三世紀初頭。ナムジとその家族が沖ノ島に隠栖して十数年後。倭国の覇権を巡る情勢は邪馬台国が優位を得て、出雲を追い詰めるに至る。タケミカヅチ率いる邪馬台軍はナムジの末子ツヌヒコを出雲王に擁立すべく、大挙して沖ノ島に押し寄せる。家族の引き渡しを強要されたナムジは求めに応じるが、自らは海中に没して現し世を去る。 父を失った上、幼馴染みを殺されたナムジの息子ツノミは密かに邪馬台への復讐を誓う。 やがて邪馬台軍の猛攻で出雲は降伏し、ここに国譲りが成る。ナムジの妻子は王となったツヌヒコと共に出雲で庇護を受けるが、反抗的なツノミは両陣営から不穏分子として命を狙われ、巻向にある伯父ニギハヤヒ(オオドシ)の元へ身を寄せる。

オオドシの後見で成長したツノミは宇陀のツチグモ族を服属させるなど国作りに貢献する。やがて、巻向を訪れたもう一人の伯父イタケルから邪馬台の話を聞き、興味を抱いたツノミは共に日向の地に赴く。出雲平定後の邪馬台国は隣国熊襲との関係が悪化し、一触即発の情勢となっていた。熊襲に協力して邪馬台国と戦おうとするツノミだったが、戦場に現れたヒミコの孫イワレヒコの姿を見て、その前に跪く。

イワレヒコに仕えるようになり数年後、ツノミは夢の啓示で妹テルヒメの夫ワカヒコに危機が迫っている事を知る。十数年ぶりに出雲に帰還したツノミだったが、ワカヒコは既に殺害されており、その黒幕であるサルタヒコを斬って敵を討つ。 時を同じくして弟ツヌヒコが死に、出雲との縁が切れた事を悟ったツノミはかつて父ナムジが治めていた杵築の遺民を率いて大和に戻る。死期の迫ったオオドシはツノミに領地を与えて崩御する。程なくしてオオドシの後継者ミトシの縁談が持ち上がり、ツノミはその相手としてイワレヒコを推挙するが、ミトシの伯父ナガスネの猛反発を受ける。

婚姻を実現させるべく日向を再訪したツノミだったが、イワレヒコは既に熊襲の姫を妻に迎え、娘が産まれた直後だった。計画はヒミコらの同意を得る所となったものの、イワレヒコ夫婦は引き裂かれる事になり、ツノミも姫が報復に差し向けた刺客によって長年の従者タニグクを失った。傷心を抱えて大和に帰還したツノミは追い討ちを受けるようにナガスネに捕らわれ、牢獄に幽閉される。 程なくしてイワレヒコも長兄イツセ率いる船団に守られつつ日向を発ち東国へ向かう。オオドシの息子ウマシマチらをはじめとする巻向の一族はナガスネの説得を試みるものの頑として応じず、遂には軍勢を率いて国境いを固め、侵略者を迎え撃つ構えを見せる。 痺れを切らしたイツセは大和入りを強行するが、ナガスネの軍と戦闘に陥り、日向の一団は甚大な被害を受けて南へと逃れる。 同じ頃、ミトシの手引きで脱出したツノミも弟ウカシの導きで宇陀の山中に身を隠し、イワレヒコを捜索する。イワレヒコら日向の生き残りは紀の国の奥深く分け入り、熊野の地でツノミと再会を果たす。

イワレヒコは弟ウカシの協力で宇陀を通り大和を目指す。土蜘蛛族の首長兄ウカシは表向き協力を装い皇子を殺そうと目論むが、弟ウカシの手で討たれる。 日向勢が大和に入った事を知ったナガスネは尚も抗戦しようとするが、ウマシマチの手で討たれる。ナガスネは瀕死となるものの、イワレヒコの意向で命は助けられる。王子の器を認めたアビヒコは国を明け渡し、弟を伴って東国へと去る。紆余曲折を経てミトシとの婚姻が成り、イワレヒコは大和の王に即位、ここに大和王権が産声を上げた。

数年後、イワレヒコによる統治は安定していたかに思われたが、ミトシは秘めていたツノミへの恋情を捨てきれずにいた。夫不在の間に来訪したツノミに対し、ミトシは想いを遂げさせて欲しいと求める。不本意な婚姻を進めた責任を感じていたツノミはやむ無く応えようとするが、折悪く帰還したイワレヒコに目撃され、大事となる。一時は死を覚悟するツノミだったが、イワレヒコはそれまでの働きに報いてツノミを許し、二人が結ばれる事を認める。 同じ頃、邪馬台国のヒミコは衰弱して床に臥していた。イワレヒコの娘台与を見たヒミコは狂乱の末息絶える。周囲を熊襲に囲まれた邪馬台国は不穏な未来を暗示される。

更に数年後、ツノミとミトシの間には息子が生まれ、ツノミは沖ノ島以来の穏やかな日々を送る。だが不和が生じるのを危惧したウマシマチらは刺客にツノミを襲撃させる。 深手を負ったツノミはイセポによって死期が来たことを知り、甘んじてそれを受け入れる。 ナムジとツノミの親子二代による国作りは大和という倭州全土を統べる大国への布石となって結実し、物語は幕を閉じる。