時代は近未来の2010年。立体映像、音響による仮想現実で異世界を体験できるオンラインゲーム、『The World』が人気を得ていた。物語は『The World』のゲーム内に閉じ込められてしまったプレイヤー司を中心にして進んでいく。当初、司は現実世界への絶望から他のプレイヤーからの支援を拒絶していたが、しだいに心を開き、脱出の方法を見出していく。ほとんどの場面がゲーム中の出来事で構成されており、登場人物の多くがゲームの中のキャラクターとしての役割と、現実世界での人物像の二重構造で描写されることでドラマ性を生み出している。また、本作品はProject .hackの一作であり、ゲーム『.hack』の前日譚として位置づけられている。物語の背景として、『The World』を管理するAIの暴走と究極AIアウラの覚醒までが描かれる。

呪紋使いの司（つかさ）は他者との関係を持とうとせず、傍若無人にふるまう少年PCだった。ある時、司はなぜかログアウトできなくなっていることに気づくが、現実世界に絶望していたために、状況を肯定的に受け入れてしまう（1話）。ゲームを続ける司は猫型PCマハと、司を護ると約束するモルガナの声に導かれる。そして、秘密の場所へ招待され、いつまでも眠り続けている少女アウラに出会う（2話）。アウラと司の心には密接なつながりが発生する。司はゲームの世界でも現実同様の五感を得、他にも特別な力を与えられる。モルガナは司が現実世界での希望を持たせないように、巧みに誘導していく。

偶然司と遭遇し、異常を感じた女性重剣士のミミル、男性剣士のベアは司を助けようとする。はじめは援助を拒否し、ことあるごとに秘密の場所に引きこもっていた司だが、二人の真摯な態度に心を開いていく。ミミルは司の最初の友達となった。ベアは現実世界で調査を行い、司のプレイヤーである少女が『The World』のプレイ中に意識不明となる未帰還者になっていたこと、また、親から虐待を受けていたことを知り、支援を約束する。一方、司はプレイヤー有志によって構成される自治集団「紅衣の騎士団」からその力により『The World』を崩壊させる危険人物と見なされ、追われることとなる。

「紅衣の騎士団」は女性重斧使い昴（すばる）に率いられ、不正や迷惑行為の防止を目的に行動している。騎士団の男性剣士銀漢 （ぎんかん）は強硬な手段で司を捕らえようとするが、穏健な活動を求める昴は騎士たちをいさめる。昴は司に特別な感情を持つが、銀漢は正義感からか、嫉妬心からか二人の接触を断とうとする。

昴のもとに古い友人である男性重槍使いクリムが訪れる。昴の行動原理はクリムの助言で支えられ続ける。その他、女性呪紋使いBT、男性双剣士楚良（そら）が司の特別性に興味を持ち、その時々で組む相手を変え、利を得ようとする。

司の周囲のPC達はシステムを超越する力を持つと言われる伝説のアイテム Key of The Twilight の噂を信じるようになり、各々が探索を始める。PC達は正体不明のハッカーヘルバの導きを受け、ことの真相に近づいていく。探索の中で司は一度命を落とし、自己の存在が信じられなくなる。これとほぼ同時期に、昴は銀漢らの強硬派を抑えることができなくなり、騎士団を解散させる。自らの居場所を失った昴は司の傍らにいることを望むようになり、二人は互いの心を支えあうようになる。

明らかになった真相は次のようなものである。

• アウラこそが Key of The Twilight であり、『The World』上で人間の思考を学び成長するAIであった。
• モルガナはアウラを生み出すために『The World』を制御するAIであったが、アウラの覚醒で自己が消失するのを恐れていた。そのため、アウラに絶望を学習させ歪んだ性質により自壊させることを計画した。
• 司はこの計画に最適な気質を持っていたので、『The World』に意識を閉じ込められ、アウラと精神をリンクさせられた。

しかし、司は他のPC、とくに昴の影響により、希望を持ちはじめてしまった。これはモルガナの望むことではなかったため、モルガナは昴の排除を企む。

司に関わったPCは昴を守るために集結する。唯一、楚良だけはモルガナに取り入り対立した。モルガナとPC達との戦いの中で、司は現実世界へ帰還する決意を確固たるものにした。これによりアウラの正常な覚醒が果たされ、また、司のプレイヤーも回復に向かった。楚良はモルガナに不信感を持ち離れようとするが、モルガナの怒りをかい未帰還者にされる。最後には昴と司のプレイヤーとが現実世界で出会い『.hack//SIGN』本編の完結となる。楚良のその後の運命、また。モルガナとアウラの戦いの決着はPS2用ゲーム4部作『.hack』で語られる。

• 原作 - Project .hack
• 監督 - 真下耕一
• シリーズ構成 - 伊藤和典
• キャラクター原案 - 貞本義行
• キャラクターデザイン - 大澤聡、番由紀子、岩岡優子、芝美奈子
• メカニックデザイン - 寺岡賢司、岡辰也
• 美術監督 - 海野よしみ
• 色彩設計 - 小島真喜子
• 特殊効果 - 村上正博
• 撮影監督 - 鎌田克明
• 編集 - 森田清次
• 音響演出 - 中野徹
• 音楽 - 梶浦由記
• 音楽プロデューサー - 野崎圭一
• 制作協力 - サイバーコネクトツー
• アニメーション制作 - ビィートレイン
• 製作 - バンダイビジュアル、読売広告社

この作品はテレビ東京系列に属するほとんどの局で放送されたが、唯一テレビ北海道では放送されなかった（『.hack//Roots』はテレビ北海道でも放送された）。

OVAに収録された作品で、この『.hack//SIGN』の第28話（テレビ未放送）と位置づけられるが、時期的にはゲーム版よりも後の作品である。SIGNおよびゲーム版の登場人物の多くが登場する。内容は、ゲーム版の「黄昏事件」解決により、それを労うヘルバにより登場人物らがネットスラムに呼び出されるというものである。

この『Unison』におけるそれぞれの人物の詳細は、#登場人物および.hack (ゲーム)#登場人物を参照。