『おジャ魔女どれみ』シリーズ、『ふたりはプリキュア』シリーズなどの同人誌（主に18禁）で有名な同人サークル「モエモエカフェ」で「しっと」というペンネームで活動している作者の自身初となる商業誌連載作品（サークル初期は現在成人漫画誌で活動中のよしのと共作）。サンシャインクリエイションの表紙キャラとして生まれ、コミックとらのあなのグッズにも採用されている。当初漫画化の予定は全くなかったが、秋田書店の編集者からのオファーを受け漫画化することとなった。

作品のメインテーマは「オタク少女」であり、主人公のオタク少女・南極さくらがさまざまな騒動に周りを巻き込んでいくギャグが軸となっている。アニメやゲームなどのパロディ、オマージュが非常に多い（アニメ『ペンギン娘♥はぁと』の各話タイトルにも他のアニメ作品のパロディが見られる）。

当初は1話4ページからなるショートギャグ作品で4ページのうちの1ページが4コマ漫画2本という形式を取っており、ページ毎（4コマは1本毎）にサブタイトルが付いていた。中期からは2 - 3ページのエピソード毎にタイトルが付いていた。第20話から4コマが無くなり、全6ページのショート作品となり週刊時代後期は全8ページに増えた。『チャンピオンRED』への移籍後は週刊連載時代のショートギャグから、1話30ページ前後のストーリーギャグ作品になった。青年誌相当の性的描写が許される雑誌のため、週刊時代より乳首の露出などのお色気シーンが増えている。

単行本第1巻には未収録の話が存在する。雑誌連載では第2話だったエピソードでレギュラー化させる予定の男性キャラを登場させた話だったが、読者アンケートで最下位になりキャラごと無かったことにしようと作者が判断したためである。

『チャンピオンRED いちご』VOL.3に番外編の読み切り「ペンギン娘ちょびっとH」が掲載された。タイトル通り乳首の描写など青年向け作品レベルの性的描写があるが、特に修正もなく第3巻に収録された。

「声」はアニメ版における担当声優。

私立北極学園関係者

南極 さくら（なんきょく さくら）

声 - 片岡あづさ
本作の主人公で、私立北極学園2年1組に転校してきた、14歳のオタク少女（作中では「Aガール」と表記）。あだ名はペンギン。世界第1位の巨大財閥「南極財閥」のお嬢様で、ヒョンなことから転校早々第69代生徒会会長となる。すべての価値観がアニメ中心であり、現在は子供向けアニメの『竹の子ちゃん』にハマッている。普段から趣味のコスプレに勤しんでおり、家ではスク水をパジャマ代わりにしている。コスプレをした状態でキャラになりきると、そのキャラそのままの能力が発揮できる特技の持ち主（『MAX』では実際にコスプレをしなくても、「なりきる」だけで身体能力は上がる）。髪の毛に守護霊のようなものが取り憑いており、本人に知られずにあらゆる危険から守っているという設定があったが、1回しかこの設定は使われていない。かなりの巨乳。頭はあまり良くないせいかほとんど漢字が読めない。寒さに異常に強く、冬でも露出度の高いコスプレを平気でする（南極（－23℃）でもヘッチャラ）。北極町で一番高いビル「南極ヒルズ」に住んでおり（ビル全体が南極家の所有物であり、南極家と使用人が住んでいる）、最上階（60階 リビングフロア）に部屋があり『竹の子ちゃん』の影響で部屋を竹林にしている。メイド萌えな面もあり、メイド喫茶「南極巡視艇」まで全国規模で営業しているオーナーでもある。
南極ヒルズと秋葉原・ラ〇オ会館の地下に、かえでに内緒で「地下鉄・南極メトロ」を開通させており、しょっちゅう秋葉原まで買い物に出かけている（かえでにバレた後、完全に撤去された）。掲載誌移籍後は、週刊少年誌では使い辛かった百合キャラであるというとらのあなオリジナルキャラ時代の設定が復活し、鯨に猛烈な恋愛感情を抱いている。

択捉 鯨（えとろふ くじら）

声 - 伊瀬茉莉也
さくらと同じクラスの同級生。第69代生徒会副会長。髪の色はピンク色。かなり気が強く「漢」同然の性格をしている。オタクは苦手だったが、「竹の子ちゃん」に似ているという理由でさくらに懐かれ、さくらに振り回されることとなる。運動神経は抜群だが料理は殺人級に下手。家は空手道場で、自家に伝わる空手流派・択捉流の使い手。そのため、父親に「跡取り息子」として育てられている。子どもの頃は自らを男と思い込んで行動していたため、それゆえのトラブルが今になって跳ね返ることがある（幼少時は一人称が僕）。実はお化けが大の苦手で、お化けを見ると錯乱して辺り構わず拳で殴る。得意技は択捉ホエール拳。掲載誌が変わり『MAX』に改題した後は、一方的に恋愛感情を持っているさくらにいつもあの手この手でアタックされるが、鯨本人にはまったく百合っ気はなく、さくらを「変態女」と称してキツいツッコミを入れることが多い。過去に2回男性に恋したが、無惨な形で玉砕している。

栗尾 ねね（くりお ねね）

声 - 南條愛乃
さくらと鯨の同級生。やや天然気味ではあるもののいたって普通の少女。おばあちゃんの知恵袋的な知識が豊富で、性格も穏やかであるため他のキャラから「おばあちゃん」と懐かれてしまうこともある。口癖は「あらあら」。栗尾家に代々伝わる護神術・栗尾神道流の使い手でもあり、瞬間移動のように無音で相手の背後に近づいたり相手の動きをたやすく見切ったりと実は鯨より強いが、持久力（スタミナ）がなくバテやすい。いつも髪に挿している簪は「護神簪」・「疾風簪」として鉄をも切り裂く武器にもなり、多少ながら結界や封印程度の神力も扱える。家は神社で「栗音禰ノ命（クリオネノミコト）」なる神様を祀っており、巫女も務めている。

シャー・チー

声 - 野川さくら
中国からの留学生で鯨の幼馴染かつ格闘家としてのライバル。中国拳法の一流派・鯱極拳の使い手で、主に脚技を使うため動きやすいように、普段はパンツが見えるくらい足丈の短いチャイナドレスを着ており、「打倒鯨」を掲げて来日する。語尾を「チ」と発音するクセがある。未だに鯨を男だと思っているようで、彼女に勝ったらお嫁さんにしてくれるという約束を信じている。また思い込みが激しく人の話も全く聞かないため、鯨が必死に自分が女性であることを主張しようとしても冗談と思って信じていない。さくらがそれを援護しようとしたら、鯨を巡る恋敵と勘違いされてしまった。来日後は、メイドカフェ「南極巡視艇」などでアルバイトをしながら生活している。鯨からは「シャッちゃん」と呼ばれている。アニメ版では生徒会に関係ないのに会議に顔を出すなど、原作より出番が多い。

南極財閥関係者

セバスチャン

声 - 石井康嗣
南極家の執事長で、次期当主であるさくらの日常の護衛も勤める。年齢は不明だが、不自然なほどの筋骨隆々な肉体で超人的な体力の持ち主。さくらに影響されたのかどうかは不明だが、コスプレが趣味。さくらの影武者もこなし、替え玉試験なども務めるが服装や髪型以外は全く似ていないためすぐに見分けられる。さくらのアニメ嗜好を熟知しているようで、余計な気配りをすることもある。鯨からは「変態執事」呼ばわりされている。かえでの執事も兼任しており、かえでに命令されてさくらの行動を咎めたりすることもある。

南極 楓（なんきょく かえで）

声 - 日高里菜
さくらの妹。年齢は8歳で北極小学校の3年生。姉とは正反対のしっかりした性格。さくらがアニメにドップリと浸かって、だらけきった生活を送ったり問題を起こしたりすると「説教部屋」行きを仄めかして彼女を震え上がらせる。姉のオタク趣味には否定的できつく当たることが多いが、本心では姉のことが大好きで、普段は姉にアニメグッズの処分をしきりに迫っているが、「竹の子ちゃん」のレアアイテムをそっとプレゼントするなど姉想いな一面も持っている。

南極 鯛助（なんきょく たいすけ）

さくら・楓の父親で、南極財閥現当主（3代目）。毎日世界各地を飛び回っており、滅多なことがない限り逢うことがない。

南極 太郎（なんきょく たろう）

さくら・楓の叔父で、私立北極学園理事長。マリーの計略を見抜けず、1度は白熊学園に北極学園を乗っ取られてしまうものの北極町の壊滅とホワイトベア財閥破産にともない、再び新築された北極学園の理事長に就任した。

田中さん

さくらの「アニメ永久保存部屋」の管理人であり、現在数億本のVHSコレクションをDVDに変換する作業をひたすらしている。さくらが秘密裏に雇った人で、さくらとセバスチャンしか存在を知らない。

ホワイトベア財閥関係者

マリー・チュパカブラ・W・ホワイトベア

声 - 門脇舞以
代々南極家を目のカタキにしている世界第2位の巨大財閥「ホワイトベア財閥」の跡継ぎでアメリカ人のスーパーセレブでドSなお嬢様。通称はクマさんで鯨曰く「白髪女」。元・白熊学院2年1組在住で、現・北極学園2年1組在住。南極家の高層ビルの隣に、さらに高い摩天楼「ホワイトベア・タワー」を建てて引っ越してきた。学力は優秀だが、日本の文学「古文」だけは理解できないでいる。さくらとはもっぱら相撲で戦う。腕力があり、相手を締め上げる「ベアハック」でさくらを圧倒するも結局は敗北する。そのバトルの際に全壊した町の莫大な損害賠償でホワイトベア財閥が破産したため、その後はホワイトナイツ四天王と共に極貧生活を送っており、現在鰈と共に「南極巡視艇」でアルバイトしている。

メアリ・チュパカブラ・W・ホワイトベア

声 - 塩野アンリ
ホワイトナイツ四天王の1人。二つ名は捕食（ハンティング）のメアリ。マリーの妹で、姉のマリーを敬愛している。姉同様ドSな性格で、レイピアを使って相手を切り刻むのを喜びとする。
アニメ版では北極学園に転入後フェンシング部に入部、美貌とフェンシングの強さに女子生徒達に人気がある。

児魂 清海（こだま きよみ）

声 - 明坂聡美
ホワイトナイツ四天王の1人。二つ名は知皇（ブレーン）の児魂。元・白熊学院クイズ研究会々長であり、クイズデスマッチで敵を翻弄する。巨乳で好きなタイプは「豊臣秀吉みたいなタイプ」（アニメ内のクイズでは誤って「大閣」のテロップが流された）。
アニメ版では北極学園に転入後は「北極学園クイズ研究会」を創り、会長兼司会者を務め、バニーガール姿で司会をする。

伊集院 鰈（いじゅういん かれい）

声 - 鈴木裕斗
ホワイトナイツ四天王の1人。二つ名は麗恋（ラブ）の伊集院。元・白熊学院美術部々長であり、ナルシストでパンチラマニア。整った顔立ちをしており一見すると美少女のように見えるが、実はメンズ（男）だった。ホワイトベア財閥破産後は、極貧生活を送っているマリーのためにそして一緒に働くことを機に寵愛を受けようとアルバイトに誘い、共に働いている。
男であることはマリーにのみ秘密にしている。伊集院鰈という名前も偽名であり四天王のうちの他の3人のみ本名を知っている。
アニメ版では北極学園に転入後はチアリーディング部に入部、生徒達は鰈が男だとまだ知らないのか、男子生徒達に人気がある。

頬城 鮪（ほおじろ まぐろ）

声 - 鈴木真仁
ホワイトナイツ四天王の1人でマリーの世話係兼ボディーガードを務めるメイド。二つ名は金剛（ダイヤモンド）の鮪。メイド服に眼帯のムッツリ女だが、喋らないのは口下手だかららしい。メールでは饒舌かつ気安い口調で語りかける。肉眼で確認できない程の高速でメールを打ち、感情の表現を「大トロ」・「中トロ」で表す。鯨に匹敵するほどの怪力で、勝負方法は腕相撲。アニメ第5話より、本名が判明した。
アニメ版では北極学園に転入後は料理研究会に入部、日頃から炊事をしているため、他の生徒に料理を教えている。

頬城 咲（ほおじろ さき）

声 - ミルノ純
鮪の妹。13歳。姉同様の無口で、容姿が『涼宮ハルヒシリーズ』に登場する同じく無口なキャラクター「長門有希」に似ている（ただし貧乳ではない）鮪からは過保護に扱われ、さくらからも非常に気に入られており本人もアニメオタクでさくらに憧れている。さくら曰く「宇宙（ギャラクシー）萌え」。

黒薔薇コミュニケーションズ関係者

マリアナ

声 - 本多知恵子
黒薔薇コミュニケーションズ社長。性格はドSで、武器は棘付の鞭。
後に、さくらとかえでの母であることが判明（付け黒子を付けて変装していたため、さくらに気付かれなかった）。さくらに負けず劣らずの巨乳とアホ毛で、さくら曰く「超教育ママ」。さくらが次期当主としての実力があるかを試す「だけ」のために黒薔薇コミュニケーションズを設立、たった5年で世界的大企業にまで大きくさせるなど実業家としての才能が思いっきりある。さくらを溺愛しているが、あまりにも次期当主としての実力がなかったのでブチ殺して産み直そうかと思ったが鯨などの友情に免じてとりあえず合格にした。
序盤ではさくらや楓と同居しておりうっかりさんだったらしく、さくらの弁当箱を金庫と間違えて貯金通帳と印鑑を入れていた（第1巻・第11話参照）。

リーフ

声 - 秋谷智子
黒薔薇コミュニケーションズ社員（ヒラ）。13歳。
ドジで気が弱く、まったく会社の役に立っていない。アクア曰く「万年ヒラ忍」で、失敗してはアクアにお尻をはたかれる。

アクア

声 - 宍戸留美
黒薔薇コミュニケーションズ課長。14歳。
社長のマリアナからの命令により、マリーを拉致した。
我流"黒薔薇流"忍術を使うくノ一で、その時は「阿空亜」（アクア）と名乗る。名刺を手裏剣代わりにして攻撃する。自称「イケ忍」（「イケてる忍者」の略）で忍カラスのカンスケを諜報役として手なずけている。
さくらの試験の後にマリアナのはからいでリーフと共に北極学園へ編入するが孤児だった自分とリーフを拾ってくれた社長を「母親」（ママン）として敬愛し、社長のために最強のくノ一を目指している。さくらの事を「ペン仔ちゃん」と呼ぶ。

北極町マフィア関係者

シーラ・K・ンス（シーラ・ケー・ンス）

『ペンギン娘MAX』第1話から登場。北極町を縄張りにしている組織「北極町マフィア」のボスで、胸元が大きく開いたコスチュームを着て眼鏡をかけたグラマーな女性。ボスとはいっても実際は中間管理職で、部下のいない状態でひとりで動くこともある。マフィアの大ボスである謎の人物「ブラックタイガー」の命令で動く。
資金難で傾いた北極町マフィアを立て直すため南極財閥から身代金を奪う目的でさくらやかえでを拉致、誘拐して人質にしようと何度か企むがことごとく失敗している。アジトの家賃が滞納気味で、凄まじい極貧生活を強いられている。
悪事に走るわりには根からの悪人でもなく、人質にしたかえでを傷つけないよう心配したり小犬をかわいがったり、ねねの優しさに心を動かしたりする。
普段着はジャージ。

ブラックタイガー

北極町マフィアの大ボス。部下のシーラに携帯電話で命令を出してさくらを狙わせる。
作中では携帯電話の画面に映るシルエットとシーラに命令する声だけしか出ておらず、性別、年齢を含めた素性はすべて不明。会話をする際、語尾を伸ばして話す癖がある。

その他

イルカ様（イルカさま）

声 - 戸松遥
栗尾神社に祀られていた水神。見た目は幼い女の子。好物は最中で、現在は南極家特注の最高級最中が大好物。さくらを「えっちにんげん」と呼んでいる。
水神としての力は強く、人間を魚に変身させたり大洪水を起こすことが出来る。完全に怒らせると猫目に黒髪の「黒イルカ様」となって水竜を召喚し、怒りを鎮めない限り破壊の限りを尽くす。
さくら達と仲直りした後は「人間と分かり合う事も必要じゃ」と、そして1人でも多くの友達をつくるためにかえでと共に北極小学校へ通う事になった。しかし人見知りが激しい性格な為に片時もかえでの傍を離れずに居て、すっかりかえでが保護者になっている。

エチゼン

大昔からイルカ様に仕える「神クラゲ」で性格はスケベ。主にイルカ様を護るのが使命だったがわがままばかり言うイルカ様に「クソガキ」というほどに忠誠心は全く無く、逆に鯨の男気に惚れ込み「姐さん」と慕いひとつ説教してもらおうと「攻水の術」のかかった御札を渡すなど、鯨に忠誠を誓った。
水のある所でないと活動できない。

根鯖 真（こんさば まこと）

声 - 中村太亮
さくら達のクラスのメガネ男子で真面目な性格で生徒会長になるのが夢であり生徒会長選挙に立候補したが即落選、その後ホワイトベアの学園騒動の際はクラスの代表として頑として断ったがホワイトベアが「生徒会長にしてやる（ただし5分間だけ）」の一言で即寝返った。そして5分間の任期を終えただの生徒に戻り大後悔した。

海老先生

声 - 並木のり子
アニメ版のみ登場。さくら達のクラスの担任女教師で、伊勢海老のように赤い髪色にエビテールと触覚のような2本のアホ毛が特徴。HRくらいしか出番がなく、毎回さくら達に振り回されている。

鯨の父

声 - 松山タカシ
鯨の父親で択捉空手道場の師範。鯨を「男」として育て、幼少の頃からダムへ叩き落したり、熊と闘わせようとしたりして厳しく育てていた。鯨が学校から帰ってくる時に顔面への突き蹴り「御加恵梨脚（お帰りキック）」で不意打ちさながらに出迎え、「御死男鬼打」（おしおきだ）等の親子喧嘩な組み手をする。

サバ子

原作のみ登場。私立北極学園生徒会で書記を務める。南極・択捉政権の実質的な舵取り役のようで、生徒会の会合では司会を担当している（アニメ版では鯨が司会）。生徒会の運営におよそ不向きな正副会長を相手に苦労しており、2人が話を聞かない時には黒板にナイフを投げて突き立てていた。

本山"KIT"海苔文（もとやま きっと のりふみ）

さくら達のクラスメイトで、非のうちどころの無い体育会系イケメン。さくらに告白するが、アニメなどに全く興味がなかったためあっけなく振られる。
単行本では未収録になり無かったことにされた、雑誌連載で第2話にあたる回のみに登場したキャラ。単行本第2巻巻末に、彼を登場させたことにより読者アンケートの結果が最下位となって（前述のとおりこのキャラだけが原因とは考えにくい）、その後なるべく男性キャラを出さないことに決まったと描かれている。

ニコニコ動画のサービスであるニコニコアニメチャンネルにて2008年4月19日正午より第1話を配信を開始。以後毎週土曜日正午に1話ずつ配信される。全22話。11月25日に配信終了（11話ずつで第一部、第二部と分けられ、第11話から12話まで間を空けている）。監督はまついひとゆき、アニメーション制作はピクチャーマジックである。ドワンゴニコニコ事業部の中澤友作は、ニコニコ動画内におけるMADムービーや二次創作は他者の著作権を侵害しなければ歓迎すると述べており、アニメ公式サイトでは視聴者によるオリジナルオープニング動画を募集するとの告知がなされている。12話からエンディングと次回予告の合間に本作の関連グッズなどのCMが挿入される。CMに出演している「みほちゃん先生」とは、ニコニコ動画の実在の女性広報スタッフをキャラクター化したもので、本作と直接の関連性はない。DVD3巻にてドラマCD「はぁと23『イルカ注意報』」が特典として収録された。

『ペンギン娘らじぉ』は、ニコニコアニメチャンネル内にて、2008年7月4日からストリーミング配信されているWebアニメ「ペンギン娘♥はぁと」関連のインターネットラジオ番組。同年12月19日、全13回の更新をもって終了。

隔週金曜日、午後7時頃更新。番組時間は約20分間。

パーソナリティは、「ペンギン娘♥はぁと」でメインキャラを演じている、声優の片岡あづさ、伊瀬茉莉也、南條愛乃の3人。

ラジオ番組と呼称しているが、収録の模様が動画によって観られるようになっており、実質的にはテレビ番組のようになっている。

準レギュラー的地位として、ニコニコアニメチャンネル広報担当の「みほちゃん先生」、スケキヨなどの被り物をする人物などが登場している。

携帯サイトアニメロミックス、アニメロ★うた内にある番組特設ページで、番組内でパーソナリティが発っした言葉が着ボイスとして配信されている。また、毎回パーソナリティの3人が書いたサイン色紙が特設ページで抽選でプレゼントされている。

2008年10月26日には、秋葉原エンタまつり2008にて公開収録イベントが行われた。

第13回目の最終回はApartとBpartの二つに別れて、合計約30分間の内容になっている。

• 第3回、日高里菜
• 第8回、門脇舞以
• 第12回、高橋てつや（ペンギン娘原作者）