歴史上最大規模とされる世界大戦の終結後、世界各国で講和条約が結ばれ平和を信条とした国際機関が設立された。多くの死傷者を出した現実を目の当たりにした世界中の国々が「戦争はコスパが悪い」と認識を改め、終戦から10年後の現代では剣や弓を用いた光の戦争ではなくスパイたちの情報戦、影の戦争が繰り広げられていた。

声の項は、PV、購入特典ボイスドラマ、テレビアニメの声優。演の項は舞台の俳優。

灯

クラウス

声 - 梅原裕一郎 / 演 - 蓮城まこと
本作の主人公。「灯」のボス。「世界最強」を自称するスパイで、容姿の整った長髪の男。コードネームは燎火（）。20歳だが実年齢より大人びて見られることが多い。口癖は「極上だ」。
かつては貧困街で生活する孤児だったが、ギードに拾われて「焔」の一員となりスパイとしての技術を身につけていった。群を抜くマイペースで、すべてを「なんとなく」と感覚的にこなしてしまうため、卓越した技能を持つ一方で指導は苦手としている。
キャラクターのコンセプトは「授業ができない教師」。
『このライトノベルがすごい！2021』の男性キャラクター部門では第35位、『このライトノベルがすごい！2022』の男性キャラクター部門では第16位になった。

リリィ

声 - 雨宮天 / 演 - 横山結衣
世間知らずな銀髪の少女。17歳。コードネームは花園（）。クラウスからの指名でチームのリーダーとなる。
ドジでスパイとしての適性に欠けるが、一方で何事にもめげない強いメンタルを持ち、また毒物調合に長けており彼女自身も毒物に耐性のある特異体質の持ち主。出身はディン共和国の僻地だが、12年前のガルガド帝国による毒ガス実験で村は壊滅し、軍人に保護されたのちにスパイの養成機関に入った。豊満なバストが特徴だが、色仕掛けを苦手としている。
真面目なクラウスに対して、実力では難しくてもメンタルでは張り合えるキャラクターというコンセプトで設定された。竹町は、キャラクターの設定においてはリリィが一番苦労したため、思い入れが強いキャラクターでもあると話している。

グレーテ

声 - 伊藤美来 / 演 - 朝倉ふゆな
静淑な赤髪の少女。18歳。コードネームは愛娘（）。容姿だけでなく仕草や声も完璧に模倣できる変装のスペシャリストにして、短時間で作戦を立案できるほど明晰な頭脳の持ち主。ただし過去に父兄から受けた仕打ちが原因で男性恐怖症のため、養成学校での潜入や交渉の試験では長所を活かせず落第寸前だった。
普段はマスクで隠しているが顔には生まれつきの大きな痣があり、作中では「悪魔のような恐ろしい見た目」などと形容される。その外見ゆえに政治家の父や兄からは嫌忌され社交界に馴染めず、捨てられるようにスパイの養成機関に入所する。偶然素顔を見て彼女の生い立ちと奮励を察したクラウスから「美しい」と褒められて以降、彼に好意を抱いている。

ジビア

声 - 東山奈央 / 演 - 星波
凜然とした白髪の少女。17歳。コードネームは百鬼（）。右目の下に泣きぼくろがある。
不良気質でガサツだが正義感が強い。元々はギャングの頭首の長女だったが妹や弟を守るために警察に密告し、父親の逮捕後は妹弟を引き取った孤児院に金を寄付すべくスパイとなる。身体能力が高く戦闘技能に優れており、また不本意ながらも父親から受け継いだ窃盗の技能を持つ。

モニカ

声 - 悠木碧 / 演 - 星守紗凪
不遜な蒼銀髪の少女。16歳。コードネームは氷刃（）。右目が前髪で隠れている。一人称は「ボク」。
スパイとしての技能はトップクラスだが皮肉屋で協調性を欠いており、「養成機関ではわざと手を抜いていた」と主張する。特技は並外れた演算技術と精密動作による盗撮だが、仲間達には秘匿している。モニカの心を読んだティアによると「灯」の誰かに一途な恋心を抱いており、マティルダの一件ではその人物のためにチームを維持すべく努めていた。

ティア

声 - 上坂すみれ / 演 - 石井陽菜
優艶な黒髪の少女。18歳。コードネームは夢語（）。年長者として少女たちの中では実質的なまとめ役を担うが、その反面精神的に脆い一面を持つ。
大手新聞社の社長令嬢として生まれ、過去に帝国のスパイに誘拐・監禁されていたところを「紅炉」に救われて以来、彼女に憧れてスパイを目指すようになった。またこの時、事件のショックで声を失っていたが、紅炉の口調を模倣することで取り戻した。3秒間目を合わせることで相手の願望を読む特技を持つ交渉のスペシャリスト。また扇情的なプロポーションの持ち主で色仕掛けも得意とするが、その技術を磨く過程での行き過ぎた素行が原因で、養成学校では成績を落とされた。

サラ

声 - 佐倉綾音 / 演 - 高岡薫
気弱な茶髪の少女。15歳。コードネームは草原（）。つばの両付け根に金ボタンがある学帽のような帽子を被り、語尾に「っす」とつける喋り方をする。
レストランのシェフの娘。スパイ歴が浅く自己評価は低いが、気配りのできる常識人。動物との意思疎通が可能で、任務では動物たちの力を借りて後方支援に努める。
本作を改稿する前のファンタジア大賞受賞作に登場したキャラクターが、サラの原型となっている。

アネット

声 - 楠木ともり / 演 - 北澤早紀
純真な灰桃髪の少女。記憶喪失かつ出自不明で、書類上の年齢は14歳。コードネームは忘我（）。左目に黒い眼帯、一人称は「俺様」。
武器や爆弾などの工作が得意で、共和国の技術を超えた道具を作ることもできる。その反面イタズラ好きで突飛な行動に出ることが多く、思考を読むことは困難とされる。
その実態は、好奇心や怒りなど衝動のままに行動し、必要とあらば残忍な手段も辞さない自己中心主義者。生まれて間もなく駅のゴミ箱に捨てられていたところをマティルダ（声 - 斎藤千和）に拾われるが、次第にアネットを気味悪がるようになったマティルダからの虐待で記憶を失くし捨てられ、彼女から受け継いだ技術を買われて養成機関にスカウトされた過去を持つ。クラウスからは他の少女に欠けている冷酷さを評価され、「灯」の最終兵器としての役割を与えられる。

エルナ

声 - 水瀬いのり / 演 - 佐倉初
淡然とした金髪の少女。14歳。コードネームは愚人（）。語尾に「……の」を付ける話し方をする。
生まれは貴族の上流階級だが幼いころに火事で両親を亡くし、自分だけが生き残ってしまったことへの罪悪感から無意識に罰を求めるようになり、自身に不幸を引き寄せる特殊な体質となる。日常的に不幸に見舞われる一方で自身は嗅覚で災難を察知できるため、任務では周囲の人間も災難に巻き込んで撹乱していく。
本編1巻の内容の都合により、当初はPVや特設ページなどの本作の宣伝においてエルナは非公開となっていた。

鳳

ヴィンド

コードネームは飛禽（）。試験の順位は1位。

ビックス

コードネームは翔破（）。試験の順位は2位。

ラン

コードネームは浮雲（）。試験の順位は3位。

キュール

コードネームは鼓翼（）。試験の順位は4位。

ファルマ

コードネームは羽琴（）。試験の順位は5位。

クノー

コードネームは凱風（）。試験の順位は6位。

アーディ

故人。民間人の子供を庇い、銃弾に打たれ死亡した。前「鳳」のボス。コードネームは円空（）。

その他の人物

C

声 - 小形満
ディン共和国内閣府対外情報室室長で、クラウスから「室長」と呼ばれるロマンスグレーの男。

ギード

声 - 三木眞一郎 / 演 - 高田淳
「焔」の元メンバーで、クラウスの師匠だった男。コードネームは炬光（）。クラウスを凌駕する戦闘技術の持ち主で、クラウスはギードに訓練で一度も勝ったことがなかった。
「焔」壊滅時に死亡したと思われていたが、実際はガルガド帝国に寝返っていた。帝国でのコードネームは蒼蝿（）。エンディ研究所で「灯」に敗北した後、「白蜘蛛」の銃撃からクラウスをかばい死亡する。

フェロニカ

声 - 川澄綾子
先代「焔」のボスを務めた紅髪の女性。コードネームは紅炉（）。物語開始時点で故人。

オリヴィア・フィッシャー

声 - 日笠陽子
ウーヴェの屋敷のメイド長。

屍

声 - 岡本信彦
青白い顔色で目が落ちくぼんで痩せた陰気な男性。

ウーヴェ＝アッペル

声 - 大塚芳忠
厚生労働省の副大臣を勤めている政治家。

ウェルタ

声 - 古川慎
ディン共和国の軍人。

白蜘蛛

声 - 下野紘
帝国のスパイ。狙撃の達人。

マティルダ

声 - 斎藤千和
帝国のスパイ。アネットの母親。表向きは生き別れの娘と再会したことに喜びを感じていたが、実際は血の繋がりがなく愛情もない。ゴミ箱に捨てられていたアネットを発見し、スパイ活動に利用しようと娘として置くことにした。幼少のアネットを殴りつけ、記憶を失わせて捨ててしまう。ティアたちによって貨物船のコンテナに忍び込み逃亡を謀るが、すでにアネットには本性がバレていた。良い母親のふりをして、爆弾を仕掛けた自分の工具箱をアネットに譲るが、逆にアネットに利用され自ら爆弾を起動しコンテナごと爆死する。

紫蟻

声 - 子安武人
「蛇」のメンバー。

物語には大まかな区切りがあり、第4巻までがファーストシーズンと位置づけられている。その構成については、1巻で「灯」の少女8人を登場させ、2・3巻でそれぞれ4人ずつキャラクターの掘り下げを行い、4巻で再び結集させて任務に挑み一段落つけることは当初から決めていたという。また4巻で主役となる少女は、シリーズを執筆する中でエルナが候補に挙がったが、最終的にはもともと想定していたティアとなった。

竹町は本作の主人公について、クラウスがシリーズを通しての主人公、リリィがサブ主人公で、ダブル主人公と呼称するほど均衡ではなく、ややクラウスに寄せていると述べている。

ファンタジア大賞応募時のタイトルは「スパイは甘く誘惑される。学校全員の美少女から」。作品内容は、男子スパイ養成学校の優等生だったが諸事情により落第の危機に瀕した主人公が、退学を回避する条件として、渡されたポイントをスパイ少女たちに奪われないように女スパイ養成学校で1か月間過ごすというもので、『スパイ教室』はそれを全面改稿したものである。

竹町は、受賞作は「傑作」と自称したもう一つの作品と並行して「実験的に書き上げた作品」だったと述べている。また受賞時、作品に納得できない部分も多々あったため、書籍化に当たっての全面改稿に救われたとも話している。

本作の題材をスパイにしたのは、『ジョーカー・ゲーム』や『プリンセス・プリンシパル』がきっかけとなり、竹町自身がミステリ好きであることやスパイとミステリ要素の親和性に着目した結果なのだという。

2020年1月に刊行された『スパイ教室01 《花園》のリリィ』は「ラノベニュースオンラインアワード」にて、新作総合部門および新作部門の2冠を達成した。ライターの前島賢からは「ライトノベルらしいキャラクターの魅力とスパイものならではのサスペンスが合わさって独自の魅力を生んでいる」と評された。2020年7月31日時点でシリーズ累計は10万部を突破し、2020年上半期ライトノベル新人賞新作売上げ第1位を記録した。2023年2月時点で電子版を含めたシリーズ累計発行部数は100万部を突破している。『このライトノベルがすごい！2021』では、本作が文庫部門と新作部門でともに第2位になった。『このライトノベルがすごい！2022』では文庫部門で第13位になった。『このライトノベルがすごい！2023』では文庫部門で第8位になった。

第1巻発売時には第2巻のカバーを飾るキャラクターを決める人気投票が実施され、アネットが1位になった。テレビアニメ化発表時にはリリィのフィギュア化が発表された。同時期に第2回キャラクター人気投票が実施され、1位になったモニカのフィギュア化が決定した。

『スパイ教室』のタイトルで、せうかなめによる原作1巻のコミカライズが『月刊コミックアライブ』（KADOKAWA） にて2020年7月号から2022年6月号まで連載された。第5話からは竹町が新たに脚本を書き下ろしたオリジナルの展開がなされた。また、『スパイ教室2部 愛娘』のタイトルでべにしゃけによる原作2巻のコミカライズが、『スパイ教室3部 忘我』のタイトルでせうかなめによる原作3巻のコミカライズが、同誌にて2022年8月号から2023年11月号まで同時連載された。『スパイ教室4部 燎火』のタイトルでせうかなめによる原作4巻をクラウスの視点から描くコミカライズが『コミックアライブ+』にて2023年12月から連載されている。2部以降の脚本も竹町が担当している。

2022年3月に製作が発表された。1st seasonは2023年1月から3月まで放送された。2nd seasonは2023年7月から9月まで放送された。

原作者・竹町によると、アニメでは「1巻のアレ」は「原作そっくりそのまま」ではないが、「（原作に）かなり尊重をして」もらえたという。

舞台「スパイ教室」として2024年1月20日から28日にかけて博品館劇場にて上演されている。

• 竹町『スパイ教室01 《花園》のリリィ』KADOKAWA〈富士見ファンタジア文庫〉、2020年1月20日。ISBN 978-4-04-073480-4。 
• 竹町『スパイ教室02 《愛娘》のグレーテ』KADOKAWA〈富士見ファンタジア文庫〉、2020年4月20日。ISBN 978-4-04-073636-5。 
• 竹町『スパイ教室03 《忘我》のアネット』KADOKAWA〈富士見ファンタジア文庫〉、2020年8月20日。ISBN 978-4-04-073740-9。 
• 竹町『スパイ教室04 《夢語》のティア』KADOKAWA〈富士見ファンタジア文庫〉、2020年12月20日。ISBN 978-4-04-073741-6。 
• 竹町『スパイ教室05 《愚人》のエルナ』KADOKAWA〈富士見ファンタジア文庫〉、2021年5月20日。ISBN 978-4-04-073742-3。 
• 竹町『スパイ教室08 《草原》のサラ』KADOKAWA〈富士見ファンタジア文庫〉、2022年7月20日。ISBN 978-4-04-074607-4。 
• 『ドラゴンマガジン』2020年9月号、KADOKAWA、2020年9月20日、ASIN B08B35X5LC。 
• 『このライトノベルがすごい！』編集部 編『このライトノベルがすごい！2021』宝島社、2020年12月6日。ISBN 978-4-299-01056-8。 
• 『このライトノベルがすごい！』編集部 編『このライトノベルがすごい！2022』宝島社、2021年12月9日。ISBN 978-4-299-02264-6。 
• 『このライトノベルがすごい！』編集部 編『このライトノベルがすごい！2023』宝島社、2022年12月10日。ISBN 978-4-299-03647-6。