バトスピ大会での優勝を夢見るカードバトラーの馬神 弾（ばしん ダン）は、ある日チャンピオンシップで出会った不思議な少女、百瀬華実を追いかけ、異界王が支配する異界グラン・ロロ「赤の世界」へ飛ばされてしまう。その世界、グラン・ロロは赤・紫・緑・白・黄・青の6つの世界からなる「バトルスピリッツ」によるカードバトルこそが至高の戦いとされる異界であった。

ダンは異界王に反逆する異界魔女マギサから、異界グラン・ロロの命の源であるマザーコアを守護するためのコアの光主「赤の戦士」であると言われる。突然のことにダンは戸惑いを隠せなかったが、異界王が赤の世界で異界人達をさらい奴隷のように扱っていることを知り、異界王を倒して世界に平和を取り戻すため、マギサ、家族をさらわれた赤の世界の子供ズングリーと共に、赤の世界を旅することとなった。

ダン・マギサ・ズングリーは、異界王に仕える白のコアの光主百瀬勇貴とその妹華実と出会い、彼らから誘いを受けるが、それをはねのける。しかし、兄と共に何かを企む華実から、ズングリーの家族は紅蓮の大地でホライゾン・ラダー建造のため働かされていることを聞かされたダン達はそこを目指すことを決める。旅を続けるダン達は、黄色のコアの光主クラッキー・レイ、紫のコアの光主ヴィオレ魔ゐ、青のコアの光主硯秀斗と出会い、クラッキー、魔ゐ達と一緒に行動するようになった。そして彼らと共に赤の世界のホライゾン・ラダーを破壊、ズングリーの家族達の解放に成功する。

ダン達は異界王の支配からすべての異界人を解放するという決意を新たにし、青の世界に向かう。異界王配下青嵐帝ブルストムによって統治され、人々が平和かつ穏やかに暮らす青の世界では、ブルストム主催によるグラン・ロロチャンピオンシップが開催され、ダン達は異界王に近づくべく出場。チャンピオンシップの最中、ダン達は緑のコアの光主兵堂剣蔵と出会い、華実がマザーコアの光主であることを知る。優勝するもブルストムに敗北し異界王のもとに連行されることとなったダン。マザーコアを制御するための青の世界のホライゾン・ラダーによる影響で体の負担に苦しむ華実を見た勇貴は、自戒のために、妹の身を案じてくれたマギサ達に華実を預けることを決める。

連行され、ついに異界王と出会ったダン。かつてマギサから魔力を奪ったこともあり、全知全能と称される異界王は車椅子に腰かけた老爺であった。異界人全ての開放と異界王がグラン・ロロから立ち去ることを求め、バトルに挑むダン。しかし異界王はダンと同じカードで構成されたデッキを使用し、更にダンによるライフへの攻撃を自らのエネルギーに変え、その姿を雄々しき男の姿へと変える。

異界王はダンに対して、自分によってグラン・ロロに文明がもたらされたのであり、更に疫病・貧困・戦争などの地球の悪影響を受けているマザーコアを自分が保護・管理しているおかげでグラン・ロロは崩壊を防がれなんとか平穏を保っていると言い放つ。そのことに対してダンは彼ら異界人にマザーコアの管理を任せてもいいのではないかというが、異界王はお前は何もわかっていないと返す。

そしてバトルでは、お互い同じデッキを使いながらも、ダンは精神的・肉体的にもじわじわと追い詰められていく。それでも必死に自分を奮い立たせて戦うダンだったが、『キースピリットの対決の勝利』にこだわった結果、『フィールド全体に目を向けていた』異界王に完敗を喫した。ダンの心の赤のシンボルは砕かれてしまったが、砕かれてなお輝くダンの赤のシンボルを見た異界王は、光主のシンボルを傷つけるほどコアの結束は強まりマザーコアは輝くという自身の仮説への確信を深める。

勇貴の判断の元、マギサ達の元に返還されたダン。砕かれたシンボルは華実の力により回復するが、彼の心はまだ異界王への敗北に恐怖し、バトスピから離れようとしていた。しかし、自分のために奮戦する仲間の姿を見てダンは戦う気持ちを取り戻す。そして勇貴も、異界王がマザーコアの力を手に入れるため華実を傷つけようとしていると知り、異界王の元を離反。ダン達光主に協力を求め、自分達の過去を明かす。勇貴と華実の前世は、結ばれるはずだった白の世界の王と緑の世界の姫君であり、婚姻の日に異界王に滅ぼされた過去を持っていた。転生を経て二人は兄妹として再会し、勇貴は華実の体を苦しめるマザーコアの光主という使命から彼女を解放するため、全ては妹のために異界王に従っていたのであった。結集した6人の光主と華実は、異界王のマザーコアの支配を止めるために行動を開始する。

光主達は異界グラン・ロロへ人間が侵入するためのゲートが永遠に開かれないようにするため、自分達の命（シンボル）と引き換えに異界王管理下・マザーコアを制御する6つのホライゾン・ラダーの破壊を行うことを決意する。対する異界王も人形クグッツ達をホライゾン・ラダーに配置し光主達を迎え撃つ。6つのバトルは熾烈な攻防の末、光主達の勝利で幕を閉じ、ホライゾン・ラダーの核グランド・コアも破壊され、残ったホライゾン・ラダーの装置も光主達のシンボルで制御されたかに思えた。

しかし命をかけたダン達の行動も全ては異界王の掌の上だった。本物のグランド・コアはクグッツ達に内蔵されており、バトルの光主によるライフへのアタックを通じてエネルギーが蓄積されていたのである。十分なエネルギーが蓄積された6つのグランド・コアの力を通じて、異界王はマザーコアを操り、ついに自身の目的である異界グラン・ロロと第七の異界「地球」の融合を果たす。そして異界王は、自分が疲弊した世界を治め、導くことを世界に宣言した。

生き残った光主達は合流を果たし、異界王との戦いを続ける気持ちを新たにする。一方、世界各国首脳は異界との融合に驚き、皮肉にもこの事態により各国の対立は一時的に中断、全権をアメリカ大統領ジョージ・トールマンに一任し、トールマンは異界王との交渉に赴く。異界王はトールマンに対し、コアのテクノロジーを使えば世界中の環境を癒し恵みをもたらすことも、破壊に導くこともできると利益と脅しを交えながら、地球の技術では不可能なコアのテクノロジーを交渉材料にトールマンを指揮下に加わるよう勧誘。従うならば『バトルスピリッツのルールの下に戦う』ことを指示する。異界王の恐ろしさ・野心を知ったトールマンは一度は意思を曲げて彼の指揮下に入ることを考えるが、ダンとのバトルを経て彼らのただただまっすぐな思いを知り、光主達に味方することを決意した。

ダン達はトールマンの助けを借りてマギサのデッキを取り戻すことに成功し、マギサは異界魔女としての力を取り戻す。一方異界王はコアのテクノロジー等を交渉材料に各国首脳陣と同盟・協力関係を築き上げ続け、その影響力を拡大していく。しかしそれすらも前座に過ぎず、異界王は自分の影響力を無視できないものにすることで、世界経済・政治を陰から支配するフィクサー達と接触することに成功する。彼らフィクサーとも協力関係を築き上げ、ついには事実上の世界征服をも成し遂げてしまった。だがそれでも満足できない異界王はマザーコアの光主である華実を襲い、彼女のマザーコアのシンボルを奪う。華実は次の転生で勇貴との再会を誓いながらその命を散らすのだった。そして華実との戦いすらも異界王は、フィクサーの協力による情報操作の元、自分への信用を高めるために利用してしまう。

ダン達光主は華実を失った悲しみに暮れながらも、それぞれのやり方で異界王に決戦を挑む。マギサ達の支援の元、ダン達は異界王と対面し、異界王はかつて周囲全ての人間に理解されず侮蔑されたことに失望して異界に帰り異界王として文明を築き上げた自分の過去を語った。そして、貧しさと豊かさ、戦争と平和、そんな世界の矛盾を知ってしまった異界王は、その矛盾を破壊するため、憎しみ・怒りと共に、マザーコアの力を持って世界に氷河期をもたらして未熟なる人類と野蛮な異界人の進化を促す「選別」を行い、新世界を作り出そうとする。ダン達はそんな異界王の本性を世界に知らせ、ダンは異界王にマザーコアの光主のシンボルを賭けてバトルを挑んだ。

ダンは光主達のカードの力を借り、ついに異界王をバトルで打ち破ることに成功する。マザーコアをダンに授けながら異界王は「お前達が生きる時代は俺が創った時代だ。忘れるな…」と言い残し息絶えるのだった。マザーコアの力に耐えきれないダンを見たマギサは、マザーコアのシンボルを自分が受け取って女神となり、異界と地球を再び切り離すことを決意する。全てが元の場所に戻る別れを前に、ダンとズングリー達はいつかの再会を誓うのだった。

戦いを終えた光主達は、しばしの時を経て再会し、使命にとらわれない純粋なバトルを楽しんだ。

全員が異界魔族である。

ナミー

声 - 大原さやか
所有Xレアカード：魔界七将アスモディオス（魔ゐとのバトル中のみ）
紫の世界のカードバトラー。セルジュのかつての主人であり、ヴァイオレット号のかつての所有者であり、魔ゐのライバル。通称「スコルピオン・ナミー」。魔ゐに敗北するまでは紫の世界の住人の憧れの的だったらしい。
その異名に相応しくサソリを象ったバトルフォームを纏い、紫属性の「骸蛇スカルピオーネ」をキースピリットに据える。
結果的にセルジュとヴァイオレット号と「魔界七将ベルゼビート」を奪った魔ゐを強く恨んでいたが、バトルを通して魔ゐと和解した。

ゴーダ

声 - 稲田徹
所有Xレアカード：魔界七将パンデミウム
ナミーの第一用心棒。ヘリオストム曰く「異界一の悪ガキ」。紫属性の使い手。
監獄内に入り込んだダン一行にモーニングスターを投げつけ、暴れたい気分のダンと戦う。「戦士」が嫌いらしく、異界王のように叩き潰してやると息巻いていたがバトルには敗北し、壁に取り込まれそうになったが助けられた。しかし監獄内をうろついているところを突如現れたヘリオストムに見つかってバトルを挑まれ、敗北したのか壁に取り込まれてしまった。
魔ゐがナミーを倒した後は復活できたようで、ダン一行を見送っている。

ガバルス・ギベリウス・ヘリオストム

声 - 楠大典
所有Xレアカード：巨神機トール
かつて異界を暴れまわった魔族の生き残り。白属性の鉄壁の守備を得意としており「磐石のヘリオストム」と呼ばれている。
ブルストムの父だが、彼を誇り高き魔族の面汚しと嫌っており、またブルストムからは恐れられている。セルジュによると計り知れない力を持っているらしい。
ナミーやマギサとは旧知の仲らしく、マギサからは「ヘーちゃん」と呼ばれることも。ナミーがダン達と戦うことを聞き、ブルストムと共にタッグバトルを挑んで敗北したが、親子の和解には成功する。
過去に異界王にバトルを挑まれたことがあるが、戦うことを恐れて妻子を置き去りに逃げてしまう。それが一家離散の原因らしい。豪胆で知られると豪語するが、前述の異界王の件もあり、妻の涼子によれば「本当は臆病な人」らしい。また、妻には頭が上がらないようである。
そういった性格を反映してか、攻撃的な言動とは裏腹に、バトルスタイルも「受け」や「待ち」を主体とした堅実なものであり、ブルストムとのタッグバトルでは基本的に指示役兼サポート役に回っていた。

涼子（りょうこ）

声 - 園崎未恵
ヘリオストムの妻であり、ブルストムの母。尼僧のような格好をしている。ヘリオストムとは2000年もの間、夫婦喧嘩をしていた。
通称「ブーメランのお涼」。袖に付けられた布をブーメランのように操る（袖に付いたまま投げずに使うことも）。また、頭部には白い尻尾のようなものがいくつも生えており、顔の周りに巻きつけている。
ブルストム達の敗北後、彼が緑の世界で行った暴挙を剣蔵が口を滑らせたことで耳にし、折檻のために別の部屋へ連れて行った。
魔ゐとナミーのバトルでは「魔界七将アスモディオス」を両者に貸与し、勝利した魔ゐに託した。