2016年6月3日 - 24日にグッズ化をかけて行われた歴代作品人気投票では、本作品が1位を獲得。さらに同年9月に行われたカード化をかけた人気投票でも、本作品の放送期間に販売された星座編が1位となった。

2017年にはイベント「バトスピチャンピオンシップ2017 -煌臨杯-」にて、本作品のキャラクターを基にした新規カードスリーブが発売された他、バトルスピリッツ10周年記念の一環として同年10月25日から11月24日まで行われた、各アニメシリーズをテーマとしたデッキのうち商品化を決める投票でも1位となった。

2018年には同じくバトスピ10周年記念として、本作品を含んだバトスピアニメシリーズ初期3作を対象とした『アニメバトスピ3作「完全受注生産限定版ブルーレイ」』受注企画がスタート。期間中に受注数が一定以上となり、Blu-ray BOXの発売が決定した。同年7月7日には『サンライズフェスティバル2018 光焔』の一環として、「バトスピ10周年 バトルスピリッツ 少年激覇ダン＆バトルスピリッツ ブレイヴ」オールナイト上映会を新宿バルト9にて実施。上映会にはゲストとしてダン役の緒乃冬華やシリーズ構成の冨岡淳広らが招かれ、賑わいを見せた。

同年末には『少年激覇ダン』『ブレイヴ』の続編となる、全3話の新作アニメーションが制作されることも発表されており、その後2019年3月27日のタイトル発表などを経て、2019年6月15日から2020年1月24日にかけて新作アニメ『バトルスピリッツ サーガブレイヴ』が、バトルスピリッツ公式YouTubeチャンネルとバンダイチャンネルにて配信された。

2021年3月5日から8月27日まで、YouTube「BN Pictures チャンネル」にて毎週2話ずつ全話無料配信を実施。

2019年5月には、新作アニメ『バトルスピリッツ サーガブレイヴ』の制作を記念し、スマートフォンゲーム『スーパーロボット大戦X-Ω』に期間限定参戦。「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」と「月光龍ストライク・ジークヴルム」がユニットとして登場した。

2020年6月には、バトルスピリッツとスマートフォンゲーム『ゼノンザード』の相互コラボが開始。『ゼノンザード』カードパック「PACKCODE:04 FORBIDDEN」収録となる全136種中の66種が、12宮Xレアをはじめとしてバトルスピリッツ2年目・星座編を中心としてリメイクされたカード。更に、バトルのサポートギアとして本作の「馬神 弾」と「紫乃宮 まゐ」が登場した。

異界グラン・ロロでの冒険、そして異界王との激闘の終結から2年経った2010年。名実ともに最強となったカードバトラー・馬神弾（ばしん ダン）はその強さゆえに数々の大会で優勝を収めて殿堂入りとなり、バトスピ好きな子供たち相手にティーチングする日々を過ごす。しかし、様々な出来事を経験したダンは、そのような生活に満足はできず、グラン・ロロでの強者との命を懸けたカードバトルを再びやりたいと思うほどに心は荒んでいた。そんな中の8月30日、元ネットアイドルのヴィオレ魔ゐ改め紫乃宮まゐと再会。まゐから「あなたのバトルをみんなが求めている場所がある」と誘われたダンは、迷うことなく彼女が開いたゲートへ共に飛び込んだ。

時は西暦2650年8月30日の東京。未来の地球は異界王の介入の結果、「環境破壊が原因の荒廃で人類は滅亡間近」という本来の歴史から変化。人々はコアをエネルギーとして使うようになって環境破壊とは無縁の世界となったが、異界魔族と人類がお互いの領地を賭け、異界王がかつて定めた異界グラン・ロロのやり方であるバトルスピリッツによる代理戦争を繰り広げる場となっていた。

東京に本部を置く人類軍は魔族の前に追い詰められてきており、旧知の仲であり人類軍の最高司令官となったカザンと再会したダンは、カザンから人類を救ってほしいと頼まれる。スピリット、マジック、ネクサスに続く未来の第四のカードブレイヴの存在を知ったダンは、未来に来て間もないながらも、東京を狙った魔族暴将デュックを「ブレイヴ」を投入した新たなデッキで打ち負かした。

異界魔族を打ち負かすダンの出現に対し、強きカードバトラーの出現に歓喜する月光のバローネ、何かを企む仮面の男暗闇のザジなどをはじめ魔族の強者たちがそれに反応、世界は大きく動き始める。

ダンやまゐと同じようにかつての異界王を相手に共に戦った仲間もまた人類のため未来に呼ばれており、クラッキー・レイはコアシップ「麗しのソフィア号」艦長として、兵堂 剣蔵は研究者として働いていた。しかし、剣蔵とその同僚のステラ・コラベリシチコフから、魔族がコアを地球の核に打ち込むことで地殻変動を起こして作り出した第八の大陸「オクト」の影響により、地球が自浄作用を起こして全てを滅ぼす「地球リセット」まで残り1年だということをダンは知ってしまう。ダンは魔族と戦う自分の役目は単なる人々への気休めなのかと悩む。

そんな中、ダンの強さに目をつけた魔族の強豪バトラー月光のバローネが東京に姿を現した。強くなりすぎてしまったゆえに、魂が熱くなるような強者とのバトルに飢えていたバローネは、同じようなダンとシンパシーを感じ合い、バトルをすることとなる。バトルの中、ダンはバローネに語りかけ、地球リセットを回避するため、魔族と協力するため、魔族の女王ギルファムと会うことを決意した。

そしてダンは、バローネのキースピリット「月光龍ストライク・ジークヴルム」をはじめて破壊することに成功するが、あと一歩のところでバローネのカウンターにより敗れる。バローネは、自分のキースピリットがはじめて破壊された屈辱、それと同時に自分と渡り合える強者に出会えたことを悦びながら去っていく。

ダンたち麗しのソフィア号の面々は女王ギルファムと会談するため、魔族の大陸オクトへと向かう。その道中、彼らは、人々と魔族が混乱の中で生活している姿を目撃していく。

そんな時、剣蔵たちの調査により、ダンたちは伝説の12枚のカード12宮Xレアの存在を知る。12宮Xレアを全て集め、そのカードのエネルギーを古の遺跡神々の砲台を用いて結集させて地球に打ち込まれたコアを破壊することで、地球リセットを止めることができるのではないかと希望が見つかったのである。

重要な12宮Xレアの情報であったが、ダンは人間と魔族双方のことを考え、あえてこのことをバローネとの再戦の中で彼に教える。そして、バローネに「ひとつのことに凝り固まると大事なことが見えなくなる」「バローネ、ちゃんと見ろ!バトルフィールドの外にも世界があるってことを!」と伝えた。ダンは、バトルにだけ悦びを感じていた自分から抜け出し、多くの人々が困っている姿を放っておけないという生来の気持ちを取り戻すと共に彼との再戦に勝利。バトルしか目に入らなかったバローネに変化のきっかけを与えた。

魔族の大陸オクトに到着したダン達は、女王ギルファムと会談。ダンは暴将デュックに勝利することでギルファムへ12宮Xレア探しの協力を取り付けることに成功する。しかしそれと引き換えに、自分に敗北したバローネやデュックは追放・幽閉の憂き目にあい、更に暗闇のザジの陰謀により世界中の人々にダンは「魔族に協力する裏切者」のような印象を与えられてしまう。

自分が原因で、誇り高きカードバトラーであるバローネ・デュックの運命を変えてしまったことを悔やむダンだったが、地球に生きる人類と魔族を救うために前に進み続ける覚悟を新たにする。

暴将デュックの息子ルガインと親交を築いたりしながら、12宮Xレア探しをダンたちは続ける。しかし、暗闇のザジにより組織された女王直属カードバトラー部隊獄龍隊の隊長にして洗脳されて冷酷無比な男となった獄将デュックの圧倒的なブレイヴキラーの前に敗れ、所持していた12宮Xレアを奪われてしまう。追放後、自分なりに世界を見る決意し、ダンを助けようとしたバローネもまたデュックにかなわず重傷を負い、ダンとバローネは共に人類軍本部で傷を癒すこととなった。

一方、獄龍隊は女王の権威を笠に着て強引かつ横暴な12宮Xレア探索を行い、結果的に魔族間からもギルファムへの信頼は失墜していく。しかしそれすらもザジの思惑通りであり、女王やダンへの信用が落ちたことによって世界は更に混乱していく。

そんな中、人類軍本部で治療を受けていたバローネのDNAを調査したところ、「異界魔族と人間のDNAは全く同じ」という結果が明らかとなった。「異界魔族は古代にグラン・ロロに入り込んだ人間がグラン・ロロの環境に適応した姿」という推測がなされるが、バローネは誇り高き魔族であると思っていた自分が、下に見ていた人間と実は同じと知り、その事実を前にして静かに激情に震える。そんなバローネをダンは「お互いにカードバトラーであること、地球に生まれた同じ命であることに変わりはない」と諭し、バローネは落ち着きを取り戻した。

家族を魔族に殺されたために魔族を憎み、魔族を地球に連れてきたと言われるダンも嫌っていた麗しのソフィア号操舵手ユース・グリンホルンもまた、ダンやルガインを始めとすると様々な人間・魔族達との出会いを経てその考えを変えつつあった。そして、ユースもまた魔族と人間が同じという真実を知って自分の信じてきた常識が崩れる中で、自分を変える決意をし、ダンのための力になろうと彼とテストバトルを行う。

バトルの中で、ユースはダンに問う。「なぜ異界王との戦いで使った自分のデッキを過去に置いてきたのか」。ユースはクラッキー達から聞いた話から、その理由をダンが過去をあまり思い出したくないからではないかと推測していたが、ダンはグラン・ロロでの思い出はかけがえのないものだと答えながら、ユースに異界王を倒した後の自分達の過去を語り始める。

地球にコアのテクノロジーをもたらし、そうしながらも一度世界を滅ぼし、新世界の創造を目論んだ異界王を、悪と断じて倒したダン。その後に待っていたのはまさに生き地獄だった。

最初は世界を救った英雄としてもてはやされたダンたちコアの光主だったが、彼らは異界王との戦いの中で世界の抱える矛盾に気付いていた。混乱と平和、飢餓と飽食、疫病と医療、戦争と外交、悲惨な暮らしをする人も多くいる一方で豊かに暮らす人々がいる矛盾、そしてそんな世界を経済を通じて陰からコントロールするフィクサーの存在を公表し、矛盾と戦おうとした。

しかし異界王とも結託したこともあったフィクサーはダンたちを疎ましく思い、情報操作による世論誘導でダンたちを潰しにかかった。結果として『噂』により、ごく普通の友人は勿論、家族からも手のひらを返され、孤立していく。ダンたち光主は、噂や情報を信じた市井の人々から、時には「異界王を連れてきた存在」と言われることもあるなど謂れもない中傷を受け続け、心は傷ついていった。それでも戦おうとしたダン達だったが、ついにはダンの戦友だった百瀬勇貴もフィクサーの手にかかってしまう。

絶望の中でかつてのダンは、異界王の抱えていた世界への怒り・憎しみをようやく理解すると共に、それらに囚われないように、かつての異界王のようにならないようにするために、全てを捨ててバトスピにのめり込んでいくこと以外に道は残されていなかった。

過去を語ったダンは、かつての悔恨とバトルを通じて進むことしか出来なくなった自分の存在を伝えるとともに、ユースに一人で怒りを抱えこんでいた自分のように生きるなと諭した。ユースとのバトルを終え傷も癒えたダン達は世界を混乱させている獄龍隊の活動停止をギルファムに求めるため、バローネと共に大陸オクトに再び向かう。

しかしオクトで彼らが見たのは、暗闇のザジの流した『噂』を始めとする様々な謀略の結果、ついに暴動を起こして押しかけた魔族の人々だった。獄龍隊がギルファムを殺害するのを見たダンたちは獄将デュックと対決。ダンは獄将デュックへのリベンジをし、暴動も暴将デュックの息子ルガインの協力により鎮圧に成功する。

殺されたギルファムも影武者であり、生き残ったギルファムはダンたちの雄姿を称えて自分たちを迫害してきた人間への怒りを収め、ダンたちと和解する。そして、ギルファムは姿を消した暗闇のザジや獄龍隊をあぶりだすため、一時的に自分の死を偽装することを選んだ。

「魔族の女王ギルファムの死」という知らせに魔族社会は動揺し、混乱は重なる。暴動を収めこそしたものの、バローネはこのままでは魔族の混乱は加速し、最悪の場合は地球リセットを回避しても魔族と人間の全面対決になることを予見。バローネは行動を共にしてきたダンたちの元を離れ、魔族を束ねていくことを決意する。そして、自分の無力感・なすべきことに悩んできた紫乃宮まゐもまた、魔族の民衆を救うための力になることを願い、ダンたちの元を離れた。

まゐがかつての名ヴィオレ魔ゐを名乗り、バローネの右腕として、地球リセットに伴い沈没する可能性が高い大陸オクトから魔族を避難させるための移住地を確保したり、混乱を引き起こす魔族の平定に努める中、12宮Xレアも着々と見つかっていき、人類と魔族の共存を目指すルガインの努力により、形からではあるが人類軍と魔族の停戦・共存のための調印式の場を設けることに成功する。

事態が良い方向に進んでいく中、調印式の場に現れたイザーズという魔族の男が「地球リセットにかこつけて共存を謳っているが、魔族こそが地球を支配すべきなのである」と人々に主張する。そしてイザーズはバローネに勝利すると共に、勝利しながらも何も求めず去っていった。

人間との共存に対して不満を抱いていた魔族の過激派はイザーズの扇動に触発され、魔族絶対主義アスクレピオーズを組織し、オクトからの避難民を人質に取ると共に12宮Xレアの譲渡を要求。同時刻、ダンたちはスロバキアにいたザジの元を訪れ、人々を混乱に陥れるために謀略を続けたザジの目的・本心を知るためにバトルをすることになる。

バトルの中で、12宮Xレアの力を応用してダンはザジの仮面を割ることに成功し、その正体が調印式に現れたイザーズであったという確信を証明した。

自らの顔が嫌いであるために顔を仮面で隠していたというイザーズ。全ての破滅を望み、世界を混乱に陥れるために獄龍隊を作り、正体を隠して影から謀略を続けてきた彼は己の敗北が確定的になっても逃げることはなかった。自分の素顔が暴露された彼は、仮面をしていた時のように表舞台から逃げたり隠れたりの場を引っかき回す道化としてではなく、「イザーズ」としての覚悟を示しながら、己の本心を知りたがっているダンに自分の過去を語る。

子供の頃のイザーズと彼の側近二人は貧民窟の生まれだったが、貧しさを壊すことを望み、与える側になりたかった。自分たちの容姿がきれいであることに気付いた彼らは、子供の身でありながら施しと引き換えに自らの身を、富める魔族に捧げる。これにより故郷だった貧民窟はイザーズ達のおかげで貧しさから解放され彼らは感謝されたが、主人となった富める魔族の趣味であった古代魔法の実験台に夜な夜なつき合わされるという虐待を受け、心も体も傷ついていった。そんな日々も3人一緒だからこそ耐え続け、ついにイザーズたちは逆に古代魔法を覚えてその主人を殺害、自由の身となる。しかしその矢先、彼らのいた国を人間たちが制圧。今度は「人間のもの」になるという憂き目にあってしまう。イザーズ達3人は、魔族だろうと人間だろうと自分たちを絶望させてきた世界を憎み壊すことを誓い、成長した彼らは、策略や時には古代魔法も使って世界を混乱させてきたのだった。

過去を語ったイザーズに対し、ダンはそれを憎しみを抱えていた異界王のようだと評しながらも、未来へのビジョンを持っていた異界王と違い世界の破滅をただ願うイザーズに対し「お前には壊した先のビジョンがない。ただ壊すだけならわがままな子供と同じだ」と語り、イザーズを異界王の足元にも及ばないと一蹴する。そして圧倒的な力でイザーズを倒しながらも、自分と同じように心の中で世界への怒りを抱えていたイザーズたちが逃げることなくバトルの中で向き合い過去を語ってくれたことに対し、イザーズたちなりに世界と向き合い続けたのだと彼らを慰め、イザーズの心を開いた。

混乱を招くために謀略を続けてきたイザーズもダンと和解。魔族絶対主義アスクレピオーズも、いたずらに魔族を混乱させ続けることに怒り表舞台に姿を現したギルファムの魔術により拘束され、事態は収束したのだった。

南極にある神々の砲台を起動させるためには、バトルを行い、バトル中に発生するエネルギーをバトルフィールドに蓄積させ、更にその空中のバトルフィールドを神々の砲台と合体させる必要があることが判明。エネルギーをバトルフィールドに完全に蓄積させるためには12宮Xレアを使いこなす二人のカードバトラー、つまり馬神弾と月光のバローネがバトルをする必要がある。

南極に向かうダン達だったが、そこに魔族側についていたヴィオレ魔ゐが、ダンの持つ12宮Xレアをかけてバトルを挑んできた。魔ゐは、かつてのダンのキースピリット「超神星龍ジークヴルム・ノヴァ」とブレイヴキラー「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を組み合わせた【ダブルノヴァ】デッキを使いこなす。

「超神星龍ジークヴルム・ノヴァ」を、イギリスにあったバトスピ博物館のダンに関する展示品から見つけてきたという魔ゐ。そこに展示されていたダンの経歴の最後とは、彼が未来の来た日以降、消息不明になった事実。それはつまりダンが未来に残ったか、あるいは未来で命を落としたのではないかということ。そして魔ゐは、誰かのために全力を尽くすダンのように魔族達の力になりたいと願って、ソフィア号を離れた本心を話す。

「ダンは神々の砲台起動のためのバトルで命を落としたのでは」と推測し、ダンを死なせたくない一心でバトルを挑んできた魔ゐは【ダブルノヴァ】でダンを追い込むが、異界王の業を背負うまでに成長していたダンには敵わなかった。敗北が確定的になり、なすすべが無くなった彼女は、ずっと胸の内に秘めていた想いを涙ながらダンにぶつけ、彼が止まることを望む。

しかし、自分の死の運命を聞いても自分を愛する人の決死の制止を聞いても、ダンの地球を救うための決意は変わることはなく、ダンはまゐに「かつて絶望していた自分の心は、この時代に来たことで救われた。まゐが自分を救ってくれた」と感謝の言葉を伝え、それを聞いたまゐは、彼の決意を受け入れるように最後の攻撃を受け敗北。

バトル後、ダンは魔ゐにソフィア号に戻ってくるように告げると共に彼女の想いに応え、二人は共にソフィア号へ帰還したのだった。

神々の砲台起動作戦『オペレーション・ゾディアック』のため、南極に結集した魔族と人間達は皆一丸となってバトルフィールドと神々の砲台のドッキングを行うとともに、ダンとバローネはバトルフィールドへエネルギーを完全に蓄積するべく「勝者が神々の砲台の引き金を引く」という条件の元でバトルをする。

地球を救うという思いは一つに、お互いの手の内を知り尽くした二人の全12宮Xレアをデッキに投入したデッキでのバトルは熾烈極まりないものとなり、凄まじい攻防の末、ダンの光龍騎神サジット・アポロドラゴンは、赤のネクサス「光り輝く大銀河」のサポートを受けて、BP36000・シンボル4つのクアドラプルシンボルという輝きを見せ、ダンの勝利で終わる。

しかし、神々の砲台の起動のためには勝者の命が必要であることが判明。それを理解したダンはバローネたちに向けて「ありがとうございました、いいバトルでした」と笑みを浮かべていい、一筋の涙を流しながら光の中に姿を消した。

神々の砲台の力により地球リセットは回避され、魔族と人間もまた調停を結んで、戦争を終えて新たな時代に向けて歩みだす。現代に戻ったまゐたち光主もまた、いつの日かのダンとの再会を願いながら世界と向き合う決意を新たにしたのだった。