サム・コイン

声 - 柿原徹也
本作の主人公。バルダノスのクルーとして交易を営む傍ら、兄の命を奪ったオズマを探し、砂漠を駆ける日々を過ごしている。いつも厄介事を持ち込んでくるため、クルーにからかわれることが多い。マヤを助けたことがきっかけとなり、シーシアスとの戦いに巻き込まれていく。

マヤ

声 - 田中理恵
シーシアスに追われている謎の少女。サムに助けられたことがきっかけでバルダノスに身を寄せる。シーシアスからは「マヤ様」、ダンガからは「住む時間も空間も違うお方」と呼ばれている。シーシアスの女神としてオズマと語り合う力があるとされる。
「前世紀のオリジナル」と言われる人間で、自己クローンを繰り返し精神を移し変えることで生き延びてきた。そのためもう長くは保たない。

ミメイ

声 - 藤村歩
バルダノスのクルー。サムの幼馴染で彼に恋心を抱いているが、その気持ちは届いていない。

バイナス

声 - 田中敦子
バルダノスの女船長。サムの兄・ディックの恋人だった。的確な判断で船を切り盛りし、クルーには慕われている。タロットカードが趣味であり、熱中すると人の話が耳に入らなくなる。

ボクス・ラフ

声 - 藤沼建人
バルダノスのクルー。バイナスの補佐をしている。

エジボーラ・ギー

声 - 桜井敏治
バルダノスの機関長。バイナスからは「おやっさん」と呼ばれている。

ロクサンダ・ウマイ

声 - たてかべ和也
バルダノスのコック。

ルナ・ノグチ

声 - 雨蘭咲木子
バルダノスの女船医。酒が好物。

トム、ヤム、クン

声 - 堀江一眞（トム）、小林由美子（ヤム）、中國卓郎（クン）
バルダノスのクルー。いつも三人で行動している。

バルダ、ソウリュウ

声 - 田中雅之（バルダ）、五十嵐亮太（ソウリュウ）
バルダノスの艦橋クルー。

ケンバ、カーラ、エイル、ミスト

声 - 株田裕介（ケンバ）、高橋朝子（カーラ）、うのちひろ（エイル）、徳留しづか（ミスト）
バルダノスのクルー。

ミーちゃん

虎縞の猫。バルダノスで飼われている。

ディック・コイン

声 - 速水奨
オズマを追って行方不明になったサムの兄。その身体はギドに乗っ取られたが、一時的にディックの意識が戻りモノケロスを使用する。

ギド・ガイラー

声 - 速水奨
シーシアスの司令官。ダンガの命令でマヤを追っている。仮面を付けているため、素顔は見えない。ディックの身体に精神を移植して生き永らえていたが、バイナスに撃たれた際にディックの精神に肉体を奪い返された。

ダンガ

声 - 黒田崇矢
シーシアス総本部の将軍。ギドの上官に当たる。ギドにICの元から逃げ出したマヤの捕獲を命じる。
ICの優越性を妄信しており、ナトゥーアの身体を利用した生存方法に嫌悪感を抱いている。最終話で自ら艦隊を率いて出撃、オズマによる世界再生（ICが支配する世界の終わり）を阻止するためオズマを攻撃するが、返り討ちに遭い死亡した。

オルガ

声 - 生田善子
ギドの副官。

ハイドカンプ、シュルツ、マリー、ゾフィー

声 - 矢野正明（ハイドカンプ）、株田裕介（シュルツ）、松聖花（マリー）、山口香林（ゾフィー）
ギドの乗る砂上駆逐艦の艦橋クルー。

砂中を移動する謎の超巨大移動物体。鯨のようなシルエットをしていることから、バルダノスのクルーからは「砂のクジラ」という通称がつけられている。悠久の時の中であらゆる生命の情報を集め、マヤの決断を待っていた。マヤと一体化することでゾーンに集められた新たな生命体を開放した。

バイナス率いる砂賊達の潜砂船。砂上モードから潜砂モードに変形する。量子遷移発生機関（擬似相転フィールド）を展開することにより砂を量子化し砂中に潜航ができる。
ディックの開発した対オズマ用兵器。量子遷移発生機関と逆の効果を発生させる「モノケロス」を搭載可能。

サムの愛機としている2人乗りの浮遊式砂上機。

マヤが逃亡時に使用していたヨット。

シーシアス軍の駆逐艦。船底はホバー状。

シーシアス軍の8輪装甲車。

シーシアス軍の最新型潜砂艦。砂上モードから潜砂モードに変形する。

人類再生計画による優秀なクローン人間。しかし、そのDNAは度重なる複製により劣化しており、ナトゥーアの身体に自分たちの精神を注入することで生き延びている。

ICが組織する軍隊。

地球環境が激変する以前から存在した人類。ICからは見下されている存在。

作詞 - いしわたり淳治 / 作曲 - Choi Jonghoon、DAICHI&youwhich / 編曲 - 平出悟 / 歌 - FTISLAND / レーベル - ワーナーミュージック・ジャパン

作詞・作曲 - 小倉しんこう / 編曲 - イケガミキヨシ / 歌 - 城南海 / レーベル - ポニーキャニオン　
第6話は劇中歌として使用。