前作から半年ほど休止を挟んで毎週土曜日8時30分から9時00分の時間帯で放送が開始された。第1シリーズは春から放送開始だったが、これ以降は『ロックマンエグゼBEAST+』までの間ゲームの販売時期に合わせて秋から放送開始となった。なお玩具展開などのスポンサーが前作のバンダイからタカラ（現タカラトミー）へと変更されている。

ベースは『バトルネットワーク ロックマンエグゼ3』、『ロックマンエグゼ4』。ゴスペルとの最終決戦後、平和を取り戻した世界でダークロイドとネビュラの手によりウイルスやダークロイドが現実世界で実体化する事件が起こる中、熱斗とロックマンが融合＝クロスフュージョン（Cross Fusion：CF）してネット社会の平和を守るネットセイバーとして様々な事件を解決してゆくさまを描く。CFの影響で、前作後半で大活躍した「スタイルチェンジ」の代わりに「ソウルユニゾン」の能力がロックマンに発現する。ダークロイドの設定上、敵ナビにオペレーターがいない（もしくは違う）など、設定がゲームと大きく異なる箇所がありCF共々独自色が強くなっており、GC版ゲームに登場したナビも登場しており、無名だった技に技名が付けられている。その上CFの影響で本作以降『ロックマンエグゼ』と次作『流星のロックマン』のアニメシリーズは変身ヒーローモノの様相を見せていく。

ダークチップなどが物語展開に闇が関わることが多く、前作に比べややシリアスな作風になっている。

ナビのデリートの演出は体がDELETEという文字に変化してから足から頭上まで光と化し消滅する演出だったが、今作からはゲーム版同様爆散する演出も使われるようになった（特に現実世界でのデリートは爆散で、電脳世界でのデリートは光と化し消滅する）。

今作から登場した、ゲームには無いアニメオリジナルの設定。略称はCF（Cross Fusion）。現実世界に出現したダークロイドと戦闘を行うために使われる方法である。

シンクロチップという特殊なチップをPETにスロットインすることによって、オペレーターとナビが融合すること。現実世界にディメンショナルエリアという特殊な空間を展開して、電脳世界のネットナビを擬似物質化することによって融合を可能にする。ディメンショナルエリアはDr.リーガルが発動するため区間は制限されたが、『Stream』以降は自由に発動できるようになる。『BEAST』ではビヨンダードでワイリーの基地のバリアの役割となった。シークエンスはともかく、外見上は「融合」どころかオペレーターがナビに変身することにしか見えない。ただし、本来のナビとは外見上の差異がある。

誰にでもできるわけではなく、オペレーターとナビとのシンクロ率が高くなければ、CFは実行できない。熱斗とロックマンのCFは成功していたが、本作以降でロックマンのスタイルチェンジが変身不可能となってしまう。

なお、CF実行前にバトルチップをPETに装備しなければ、CF実行後はバトルチップの転送は不可能となる（最低5枚装備が可能）。『AXESS』33話ではバトルチップゲートが登場。CF実行後でもバトルチップの転送ができるようになった。

ダークシンクロチップは、ナビとオペレーターの「クロスフュージョンをしたい」という欲望をダークオーラが補完し、シンクロ率を無視してCFをすることができるが、ナビとオペレーター共にダークオーラの影響を受けてしまう。しかし、デューオのプローブであるゆりこやリーガルに、ダークオーラの影響は発生しなかった。

CFロックマン（熱斗）に限り、ソウルユニゾンチップを使用することでさらなる変身を行うことが可能。その場合、使用したユニゾンチップに対応したロックマンのソウルユニゾンと同一の姿、能力を得られる他、身体の一部分のみを変化させてバトルチップのように扱うこともできる。しかしCF中にソウルユニゾンすることは、熱斗の身体に大きな負担をかけるため、父親の祐一朗から止められている。

『AXESS』1話では科学省で開発された9枚が存在した。まず、シェードマンによりこのうちの7枚が奪われ、残りの2枚は熱斗と炎山の手に渡る。奪われた7枚は暗黒城にてシェードマンが保管していたが、物語中盤でレーザーマンらネビュラが暗黒城を支配しシェードマンを失墜させたことで、7枚はネビュラの手に渡る。さらに、そのうち3枚は岬、ゆりこ、リーガルの使うダークシンクロチップに改造される。『AXESS』最終話には、残った4枚がCFレーザーマンの巨大化に利用された。

ゲーム『ロックマンエグゼ4』の要素と同じもの。ロックマンが他のナビと共鳴することによって、その能力を取り込んで変身する。変身すると共鳴したナビを模した姿になる。初回の変身後に熱斗のPETから共鳴したナビのマークが記されたソウルユニゾンチップが排出され、以降はそのチップをスロットインすることで対応したソウルへと変身可能になる。作中に登場したソウルは以下の通り。それぞれの能力は原作を踏襲しているため、詳細はロックマンエグゼ4#ソウルユニゾンを参照。

• ロールソウル（第4話にて初登場）
• ファイアソウル（第7話にて初登場）
• ガッツソウル（第9話にて初登場）
• ナンバーソウル（第16話にて初登場）
• メタルソウル（第17話にて初登場）
• サーチソウル（第19話にて初登場）
• ブルースソウル（第27話にて初登場）
• アクアソウル（第30話にて初登場）
• サンダーソウル（第37話にて初登場）
• ウインドソウル（第38話にて初登場）
• ウッドソウル（第39話にて初登場）
• ジャンクソウル（第47話にて初登場）

• 原案 - カプコン
• スーパーバイザー - 稲船敬二、佐上靖之、中沢利洋、油井卓也
• 原案協力 - 黒澤真、西巻篤秀
• 監督 - 加戸誉夫
• シリーズ構成 - 荒木憲一
• キャラクターデザイン - 石原満
• プロップデザイン - 加藤雅之
• 美術監督 - 高山八大
• 色彩設計 - 伴夏代
• 撮影監督 - 広瀬勝利
• 3DCG制作 - 小学館ミュージック&デジタル エンタテイメント
• 編集 - 辺見俊夫
• 音響監督 - 明田川仁
• 音楽 - 五十嵐“IGAO”淳一
• 音楽プロデューサー - 田中統英
• アニメーションプロデューサー - 千野孝敏
• プロデューサー - 紅谷佳和、宮澤秀典
• アニメーション制作 - XEBEC
• 製作 - テレビ東京、小学館プロダクション

どちらの曲も2007年3月にソニー・ミュージックエンタテインメントより発売された「ロックマンエグゼシリーズ ボーカル・アルバム」に収録されているが、単独でのCD発売などはされていない。