本編の5年前、イグニス6体の内5体はリボルバーに捕らわれていた。唯一難を逃れていた闇のイグニスは仲間の5体を助けだし、再び捕らえられないために自分たちの暮らすサイバース世界を封印した。その過程で、闇のイグニスはクラッキング・ドラゴンに眼球以外の肉体を奪われてしまう。5年後、LINK VRAINSで活躍しているカリスマデュエリストのGo 鬼塚とブルーエンジェルがデュエルを始めようとしたところ、ハノイの騎士が現れてLINK VRAINSの襲撃を始めた。その一方、現実世界にいる藤木遊作と草薙翔一はある目的の為にハノイの騎士を追いかける中で、謎のAIを入手した。その後遊作はPlaymakerの姿をとり、LINK VRAINSにてハノイの騎士とスピードデュエルを行う。スピードデュエルの最中に謎のAIが呼び起こしたデータストームによって、Playmakerはスキル「Storm Access」を発動、手に入れたデコード・トーカーを使用しハノイの騎士に勝利する。

その後LINK VRAINSにスピードデュエルが普及し始めた頃、遊作はカリスマデュエリストの鬼塚剛/Go 鬼塚と財前葵/ブルーエンジェルと出会いデュエルを行い、彼らと面識を持つ。

ある日ブルーエンジェルはPlaymakerとのデュエル中に電脳ウィルスに侵された。現実世界の葵はLINK VRAINSからログアウトできず、昏睡状態のまま病院に搬送される。その事を知った兄の財前晃はこれがPlaymakerの仕業だと誤解し、別所エマ/ゴーストガールと手を組んで罠を仕掛け、捕らえたPlaymakerを尋問していた。そこにハノイの騎士の首領・リボルバーが乱入し、葵の電脳ウィルスの除去プログラムとの交換条件でPlaymakerにデュエルを申し込む。PlaymakerとリボルバーのデュエルでPlaymakerが勝利し、Aiの本体プログラムと電脳ウィルスの除去プログラムを入手、入院していた葵は目を覚ました。

遊作と翔一はロスト事件の真相を掴んだと言うゴーストガールからのメールを受けた。SOLテクノロジー社のデータバンクの鍵を掛けてデュエルし、Playmakerはゴーストガールに勝利する。SOLテクノロジー社に侵入したPlaymakerはデータバンクまでの道すがらに追っ手に追われるも、後からやってきたブルーエンジェルと協力して敵を分散させ、データバンクの最深部にまで到達する。ロスト事件の真相を先に知った晃はデータバンクの最深部に立ちはだかりPlaymakerとデュエルすることとなるが、勝利したPlaymakerはデータバンクの中身を全て採取しログアウトする。現実世界に戻った遊作は翔一と共にロスト事件を解明する中で、元SOLテクノロジー社の科学者でかつ事件の最高責任者だった鴻上聖が既に亡くなっているのを知る。

LINK VRAINSにログインしたまま現実世界に戻れなくなる「アナザー事件」が多発する中、Go 鬼塚は事件の実行犯であるドクター・ゲノムとデュエルを行い勝利する。アナザー事件の首謀者の一人で、葵に電脳ウィルスを仕組んだバイラはブルーエンジェルとデュエルを行うが、ブルーエンジェルが勝利しバイラがワクチンをばら撒くことでアナザー事件は解決した。

アナザー事件解決後、島直樹のデッキにサイバース・ウィザードが何者かによって入れられる。島がLINK VRAINSにログインした矢先にハノイの騎士に属する一般兵とデュエルすることになり、島は勝利する。それを見たファウストは島を人質に取ってPlaymakerとデュエルするも、Playmakerが勝利する。

LINK VRAINSに不穏な気配を感じ取ったPlaymakerとAiは地下下水道に侵入し、ゴーストガールと共に調査をする。途中から別行動をとったゴーストガールはPlaymakerより先に最深部に到達しハノイの塔の動力源を調べていたところ、リボルバーと対峙しデュエルを行うこととなる。Playmakerは追ってくる巨大なモンスターを回避しながら最深部に到達する。リボルバーとデュエルしていたゴーストガールは敗北し、ハノイの塔のデータをPlaymakerに託してハノイの塔に吸収された。

地下から地上へと出現したハノイの塔は6時間かけ6段の塔となり、塔が完成するとLINK VRAINSや全てのネットワークが崩壊し、現実世界に混乱が起こることが分かる。それを阻止すべく、遊作・葵・鬼塚はLINK VRAINSに入りハノイの塔を目指して別行動をとる。ブルーエンジェルはスペクターとデュエルを行い敗北するが、後からやってきた晃はスペクターの罠に掛かるのと同時にLINK VRAINS内に蘇った鴻上博士と遭遇する。Playmakerの前にもスペクターが立ちはだかりデュエルを行うが、スペクターは自身もロスト事件の被害者であること明かし、更に晃を人質にとってPlaymalerに迷いを生じさせる。晃はPlaymakerの迷いを断ち切るため自身をデータ化しハノイの塔に吸収されたことで、Playmakerはスペクターとのデュエルに勝利する。

ハノイの塔の目の前に到達したGo 鬼塚はリボルバーとデュエルを行うが、敗北する。Playmakerはリボルバーとスピードデュエルを行い、両者ともにスキル「Storm Access」で新たなモンスターを手に入れた。リボルバーが入手した「トポロジック・ガンブラー・ドラゴン」の効果で、両者ともに引き分けで終わると同時に強制的にログアウトされる。

ハノイの塔が自動構築で完成していく中、現実世界に戻った遊作は翔一と共にスターダスト・ロードが現れる海岸の上にある家に向かい、リボルバーの正体鴻上了見と対面する。了見はロスト事件とイグニス誕生の真実を語る。真実を知った遊作はハノイの塔を止めるよう説得するが了見は受け入れず、2人は再びLINK VRAINSに入り完成間近のハノイの塔にてマスターデュエルを行う。リボルバーは5体のリンクモンスターを揃えEXリンク状態となり、Playmakerは窮地に陥るも、Playmakerもリボルバーのモンスターを利用してEXリンク状態となった。攻撃力9200まで上がったデコード・トーカーの攻撃でPlaymakerが勝利し、同時にハノイの塔は消滅した。その後、現実世界に戻った了見はハノイの騎士の解散と同時に旅立ち、Aiはサイバース世界へと帰った。

LINK VRAINSはハノイの塔の被害が大きかったものの、3ヶ月後には新生LINK VRAINSへとリフォームしていた。その頃、草薙仁はボーマンによって意識を奪取される。それを見た兄の翔一は遊作に連絡し、遊作は新生LINK VRAINSにてボーマンとデュエルを行う。その際、Aiが遊作の元に戻り、サイバース世界は何らかの理由で既に崩壊していたことを告げる。ボーマンは「裁きの矢」を使用してモンスターの攻撃力を強化するが、Playmakerが勝利し追い詰めようとしたところビットとブートが立ちはだかり邪魔をする。Playmakerのデュエルを見ていたSoulburnerはビットとブートを引き付けてデュエルを行い勝利する。PlaymakerとSoulburnerは引き続きボーマンを追うも、新生LINK VRAINSの最下層に逃げ込まれてしまいそれ以上追いかけられず、2人はやむを得ずログアウトする。その翌日、Soulburnerの正体である穂村尊と炎のイグニス不霊夢が遊作の仲間に加わり、サイバース世界崩壊の真実を追うため、仁の意識データを奪還するために新生LINK VRAINS最下層の調査を始める。

新生LINK VRAINSの最下層で、PlaymakerとSoulburnerはブラッドシェパードと賞金稼ぎに転属したGo鬼塚に遭遇し、それぞれデュエルを行い勝利する。その後、風のワールドへと入りこんだ2人は謎の建造物で風のイグニスウィンディと出会い、新生LINK VRAINSに吹く風を和らげるよう説得する。その頃、ブルーガールとなった葵はゴーストガールと共に風のワールドに入りこんでおり、Soulburnerはブルーガールとデュエルし勝利して、不霊夢が持つ強制ログアウトプログラムで彼女たちをログアウトさせた。Playmakerはボーマンを見つけデュエルするが、ボーマンはマスターデュエルでは使えないはずのスキル「Storm Access」を発動し、「トライデント・ハイドライブ・ロード」を入手した。デュエルにはPlaymakerが勝利するが、決着と同時に風のワールドが崩壊したため、PlaymakerはSoulburnerと共にログアウトする。

Den Cityへと戻り、再びイグニスの捜索を始める彼らは、ある日怪しげなゲートを発見する。出現したゲートへと向かい調査を始めるPlaymakerたちだったが、なんとそのゲートはブラッドシェパードが仕掛けた罠だった。ゲートの中に捕らえられたSoulburnerは、ブラッドシェパードとのデュエルを開始する。だが、闘いの中でゲートに仕込まれた装置が作動し、Soulburnerは過去の記憶を暴かれてしまう。ロスト事件で植え付けられたトラウマがよみがえったことで動揺し、危機に陥ったかに思われたSoulburnerだったが、不霊夢の協力により、ブラッドシェパードの裏をかくことに成功したSoulburner。そのままデュエルの決着をつけようとしたその時、ゴーストガールが翔一の用意した救助プログラムを書き換え、ブラッドシェパードの罠を解除する。Den Cityへと戻り再びネットワーク内の情報を探す遊作たちは、ある時ネット上で「地のイグニス」を名乗る書き込みを発見し、書き込んだ人物とコンタクトを取る。指定された現場へと向かうと、そこには地のイグニスであるアースが待ち構えていた。アースは、人間の真意を見極めるために、Playmakerへ勝負を挑む。屈強な「Gゴーレム」によってアースに追い込まれるもPlaymakerはアースに勝利する。

アースとの闘いが終わり、再びボーマンに関する情報を集めようとした遊作は、ある日デュエルディスクからAiが姿を消してしまった事に気付く。遊作は原因を探るために、翔一と協力してデュエルディスクのデータを解析し、Aiがアクセスしたサイトを発見する。残された手掛かりから、Aiの居場所を特定し現地へと向かったPlaymakerは、Aiと接触するウィンディ、そして光のイグニスであるライトニングと遭遇する。ライトニングたちは、イグニスが目指す「人類の後継種」への道を歩むために、Aiを仲間に引き入れようとしていた。人類とイグニスが共存できる方法を模索するPlaymakerとAiは、ライトニングの誘いを断りその場を去ろうとするが、思惑を知られたライトニングはPlaymakerたちを捕獲、始末しようとする。窮地に追いやられたPlaymakerだが、その時激しい雷と共にリボルバーが現れる。イグニス殲滅のため「ハノイの騎士」としての活動を再開していたリボルバーはウィンディとデュエルを始める。壮絶な闘いが繰り広げられる中で、リボルバーはウィンディがパートナーに危害を加えた事を明かす。残虐性を露にしたウィンディに対し、リボルバーはイグニスと闘うための新たな切り札「ヴァレルロード・S・ドラゴン」を呼び出しウィンディのモンスターを撃破する。リボルバーの襲撃を受け、人類を敵とみなしたライトニングは人類に宣戦布告した。ライトニングと決着をつけようとするPlaymakerだが、ボーマンによって行く手を遮られてしまい彼とデュエルをする。ボーマンはさらに研ぎ澄まされた戦術で強力になった「ハイドライブ」によって、Playmakerを瞬く間に追い詰める。窮地に立たされたPlaymakerだったが、Aiが秘密裏に用意していた新たなスキル「ネオストーム・アクセス」を発動し、手にした「サイバース・クアンタム・ドラゴン」を召喚、引き分けに持ち込んだ。Playmakerは力が飛躍的に向上したボーマンを見て、今後の闘いがより厳しくなることを痛感する。

今後の戦いにより、「LINK VRAINS」に多大な被害が及ぶと想定するPlaymakerは、SOLテクノロジー社の晃を呼び、イグニスとの全面戦争が始まった事を告げる。一方、ライトニングによって捕らえられていたアクアの救出に成功したアースは、AIチップを脳に埋め込み極限の状態になっていたGo鬼塚に急襲される。アースは自身のスキルを発動しトドメをさそうとするが、スキルを無効化する力を得たGo鬼塚に敗れSOLテクノロジー社に捕らわれてしまい、解体されてしまう。一方で、アースに解放されたアクアは、ブルーガールと遭遇。自身が生まれた元であるパートナーにして、葵の旧友・杉咲美優の想いを伝える。美優の気持ちを知ったブルーガールは、アクアと共にライトニングと戦う決意を改め、ブルーメイデンとなる。Playmaker達はライトニングの手掛かりを探している最中にGo鬼塚と遭遇しPlaymakerとスピードデュエルを行う。Go鬼塚はPlaymakerのスキル対策として「アンチスキル」を発動したのを逆手にPlaymakerは罠カードを発動したが、Go鬼塚の罠カードで無効にされてしまいPlaymakerのライフを100まで窮地に追い詰められた。AiがPlaymakerのライフ100の状態で「Neo storm access」のもう一つの効果が使えるのを教え、Playmakerはもう一度スキルを発動してファイアウォール・Ｘ・ドラゴンを入手し呼び出して逆転勝利を納める。デュエル後にAiはGo鬼塚の中にあるアースのデータの採取を行うがSOLテクノロジー社にいる晃にGo鬼塚を強制ログアウトさせられ、アースの一部のデータとGゴーレム・クリスタルハートをアクアに託した。一方ブラッドシェパードは荒い手段でイグニスを探した所ライトニングの居城が現れ出てその直後にライトニングとデュエルを挑む。ライトニングは人間側の結託を看過する事を許さず手始めにイグニスを狙うブラッドシェパードを破り、人間側の陣営を減らした。

動き出したライトニングに対抗するために、リボルバーはPlaymakerたちを「LINK VRAINS」へ呼び出し、一時的な共闘を提案する。結託したPlaymakerたちは、ハノイの塔の力を使い、ライトニングたちが潜む「ミラーLINK VRAINS」の存在を解き明かす。ボーマンのシステム同期の時間を稼ぐために現れたハルたちの攻撃を退けるPlaymakerたちだったが、ライトニングの作戦によって散り散りになってしまう。そしてライトニングは、分かれて行動する事となったPlaymaker陣営の中から、スペクターを標的に選ぶ。ライトニングのリンクマジックを奪い、デュエルを優位に進めるスペクターだったが、リンクマジック対策を見越していたライトニングの戦術に敗れてしまう。さらに、ウィンディが動き出しSoulburnerへと襲い掛かる。自身のパートナーの存在を否定し、危害を加えたウィンディに対し、Soulburnerは怒りの炎を燃え上がらせる。イグニスとの絆を信じる彼は、不霊夢と協力して窮地を突破し見事ウィンディを撃破する。Soulburnerの戦いを見届けたブルーメイデンは、ボーマンと遭遇しデュエルを始める。ボーマンの猛攻を耐え凌ぎ、ブルーメイデンは持てる力の全てボーマンにぶつける。だが、「LINK VRAINS」と同期し、人知を超える力を手にしたボーマンには敵わず敗れてしまい、アクアを吸収されてしまう。

ライトニングたちとの交戦で次々に仲間が倒れていく中、Playmakerの前に、突如翔一が姿を見せる。彼はライトニングに弟・仁を人質に取られたことで、Playmakerと戦うように仕向けられていた。これまで支え合った翔一との戦いを受け入れられず、攻撃を躊躇するPlaymakerだったが、戦いの中で草薙と交わした約束を思い出し、決意し勝利を収めた。しかし、翔一との戦いによって精神的なダメージを受けたPlaymakerは、その場で力尽きてしまう。非道な手段でデュエルをさせた事によりSoulburnerは怒りを燃やし、ボーマンとデュエルを行う。ボーマンの圧倒的な力の前に敗れたSoulburnerは後の事をPlaymakerに託し消滅した。Soulburnerのデュエルを見届けたリボルバーはライトニングを呼び出し、デュエルを進めながらライトニングの悪行を明かしていく。イグニスに関する騒動は全てライトニングによるものと明かしたリボルバーは勝利目前までいくも、ライトニングの決死の反撃にあい引き分けと思われた。しかし、ライトニングはエクストラライフを発動して自身のライフと仁のライフを変換して勝利するがボーマンに託して吸収される。リボルバーはPlaymakerに全てを託し消滅した後、Playmakerとボーマンとの最終決戦が始まる。

AIが人間に代わる支配者になるのを目指すボーマンはPlaymakerを全力に潰しにかかっていく。LINK VRAINS内にいる人間の意識データを利用し作中初のリンク5モンスターを召喚し、圧倒的な力を見せつける。しかしハノイの三騎士や晃・ゴーストガールの協力によりボーマンの力の一端を阻止する。Aiもボーマンの中に侵入し吸収されてしまった同胞のイグニス達を助けようとするも叶わず、逆に最後の想いを託されてしまう。イグニス達の想いがこもったリンク5モンスターをPlaymakerは召喚しボーマンに逆転勝利を収める。ボーマンはAiに意味深な事を伝えると、吸収していた人間達の意識データを解放し、自身はミラーLINK VRAINSと共に消滅した。

ボーマンとのデュエルを終え、唯一の生き残りのイグニスとなったAiは遊作から離れ、サイバース世界で消滅した仲間達の墓標を建てていた。Aiはイグニスとしての姿を捨て、人間の容姿に変化し意志を持つようになったロボッピと共に意を決して行動を起こす。

AiはSOLテクノロジー社の現トップ・クイーンを襲撃しコードキーを手に入れる。もう一枚のコードキーを持つ財前に3日後に襲撃を予告する。襲撃予告を受けた財前はPlaymakerを始めとするデュエルの実力者やハノイの騎士に自身の警護を依頼する。Aiとの戦いに遊作は最初戸惑いを見せる。3日後、財前・Soulburner・ブルーメイデン・Go鬼塚・ゴーストガール・ブラッドシェパード・リボルバー・スペクター・ハノイの三騎士と実力者が勢揃いのなか、Aiとロボッピは2人で予告通り襲撃する。そこに相棒としてAiを止めることに決意を固めたPlaymakerが現れる。しかし次々と阻んでくるデュエリスト達をAiとロボッピは打ち倒して行き、遂に財前までも倒しコードキーを手に入れる。

その後、AiはSOLテクノロジー社のコンピューターを制圧。ロボッピに一つのデータと、LINK VRAINS内に『家電の王国』を与える。彼を讃える家電たちに喜ぶロボッピの元にSoulburnerが現れ、彼とデュエルをする。序盤はSoulburnerがデュエルを優勢に進めるも戦いが進むに連れてロボッピの知能が徐々に進化し、場を逆転するもデュエルの情報量による負荷とイグニスのプログラムに自身が耐えられず、Aiに出会う前の家電ロボットに戻ってしまい、デュエルを続行出来なくなり敗北。戦いの後、SoulburnerはAiが予めロボッピに持たせておいた自身の居場所を記したデータを手に入れる。そこにリボルバーが現れ、データを渡すようにSoulburnerに迫るも拒否し、自身の因縁との決着を含めたデュエルを行い、熾烈を極めた戦いの末にSoulburnerが勝利を収め、リボルバーに罪を償う為に自首をするのでは無く、ロスト事件を忘れる事の無い為にネットワークの監視者になるように諭し、リボルバーはそれを受け入れて去って行く。その後、SoulburnerはデータをPlaymakerに託した。

後日、遊作はデータが示した場所へと向かう。その場所とはAiが制圧したSOLテクノロジー社のソルティス製造工場であった。そこで遊作は大量に生産されたAiの人間体を模したソルティスを目撃する。Aiはこのソルティスに自らの意志を与え、世に放つ事が最終目的だと遊作に教える。それを阻止するため、AiとPlaymakerと互いの存在を賭けた最後のデュエルを行い、Playmakerが勝利する。その後、Aiはデュエルで勝利して奪った人間達の意識データを解放し、最期に遊作が自身に付けてくれた名前である「Ai（アイ）」を気に入っていた事とその名前の意味を教えてくれた遊作への感謝の言葉を告げると共に消滅した。

三ヵ月後、平和を取り戻したLINK VRAINSにログインするPlaymakerと何処かのネット空間で目を醒ますAiの姿が描かれ、物語は幕を閉じる。

※人物名とアカウント名がともに明らかになっている登場人物は、人物名 / アカウント名で表記する。

藤木 遊作（ふじき ゆうさく） / Unknown（アンノウン）→Playmaker（プレイメーカー）

声 - 石毛翔弥、幼少期 - 大室佳奈
本作の主人公。目立つことを極端に嫌い学校でも目立たない16歳の高校1年生。「ハノイプロジェクト」で誘拐された子どもの一人。
クールで非常に頭が切れる相当な実力のあるハッカーで、状況や話し相手の考えを瞬時に判断する能力に優れている。何かの分析結果や理由を述べるときに3つの解答で答えるアイデンティティーを持つ。普段は制服姿だが、VR空間に入ると「アカウント名：Playmaker」となり、髪型や髪の色が変化し高速移動に適応したシャープなコスチュームをまとう。
普段は冷静沈着かつ無感情で、他人からの評価にも無関心だが、決して冷酷というわけでもなく、半端な気持ちでハノイの騎士絡みの事件に挑もうとする者に関わらないように忠告したり、ハノイの騎士が起こす事件を解決するために尽力する一面も持つ。
使用デッキは【サイバース族】で、エースモンスターは「コード・トーカー」モンスターと「ファイアウォール・ドラゴン」。カード効果を駆使して次々と連続でリンク召喚を行い、エースモンスターで倒す戦術を得意とする。スピードデュエル時の使用スキルは「Storm Access(ストームアクセス)」→「Neo Storm Access(ネオストームアクセス)」。またAi曰く、ネットワークの気配を感じる「リンクセンス」が優れており、デュエリストの気迫やモンスターの鼓動を感じる力を持っている。翔一と出会い始めの頃は、戦士族などで組み込んだスタンダードなデッキだったが、何者かがサイバース族のデッキを隠したという都市伝説を聞きつけ（後にAiが遊作にハノイの騎士を倒してもらうための武器として用意した物と判明）、ダンジョンを攻略して手に入れて以後、現在のデッキになっている。
10年前の「ロスト事件」の被害者であり、半年間の監禁生活を送るという壮絶な過去を持つ。当時の記憶は失っており、過去に起きた事件の真相を探り「失われた記憶」を取り戻すため、運命に挑むことを決意、「ロスト事件」が「ハノイプロジェクト」と呼ばれることから「ハノイの騎士」が引き起こしたものと考え、VRAINSに出没するハノイの騎士を追っている。その経緯から自身で『復讐』と形容できる程、「ハノイの騎士」に対して強い敵意を抱いており、彼らを倒すためPlaymakerに変身して人知れずデュエルを繰り広げている。
数々のデュエルを経て遂に｢ハノイの騎士｣のリーダー・リボルバーと対戦、一時はサイバース消滅という危機を迎えるが、持ち前のリンクセンスを発揮して危機を回避、デュエルの最中にAiの正体や10年前の出来事についての話を聞きつつ、Aiとのコンビネーションでリボルバーを撃破した。
後日ゴーストガールからデュエルを挑まれ、これに勝利、その報酬として手に入れたSOL テクノロジー社のデータバンクにアクセスするハッキングルートを使用して、自身の過去を知るためにSOLテクノロジー社に潜入、排除しに現れたプロトタイプAIデュエリストを撃退し、SOLテクノロジー社のデータバンクの侵入に成功、先に10年前の事件の真相を知った財前晃に復讐を諦めろと言われるが、それを拒否し彼とデュエル、デュエルの最中に現れたブルーエンジェルから事件の真相を聞かれたため、自身に起こった過去の全てを話した後、財前晃とのデュエルに勝利し「ロスト事件」の情報を手にした。
アナザー事件では三騎士の一人ファウストを倒すも、表に出なかったリボルバーを懸念、そんな最中に自身の「リンクセンス」が「ハノイの塔」が発する不穏な気配を捉え調査を行い、リボルバーに倒されたゴーストガールが託されたデータから「ハノイの塔」の全容を把握、リボルバーの野望を打ち砕くためGo鬼塚・ブルーエンジェルと共に「ハノイの塔」に向かい、その最中に出くわしたスペクターとデュエルを行うが、彼が自身と同じく「ロスト事件」の被害者だと知り動揺、更に財前晃を人質に取られ、他人に巻き込むことを嫌う正義感を逆手に取られる形で追い詰められていくが、財前晃の忠告と意を決した自決により、自らの迷いを振り払いスペクターに勝利した。宿敵リボルバーとデュエルをして敗北したGo鬼塚を見届けた後、リボルバーとスピードデュエルを行い、そこでAiが自身のデータを基に創られたイグニスだとリボルバーに聞かされ、リボルバーの戦術より引き分けになると強制的にログアウトされ、現実世界に戻ると、リボルバーの正体・鴻上了見の居所を突き止め彼に接触、了見から「ロスト事件」の真実を聞かされ、終止符を打とうと提案するが受け入れられず再びログインし、今度はマスターデュエルを行い、攻撃力3000のリンク4モンスターを5体も並べるリボルバーの戦術に絶体絶命に陥るが、リボルバーを救おうとする強い意志を持ってデュエルに挑み勝利を収めた。
騒動終了後、「ハノイの騎士」の壊滅と共にAiを人質から解放し別れるも、三ヶ月後に翔一の弟である仁が謎のデュエリストに襲われたことから新たな戦いに身を投じることになり、新生LINK VRAINSではイグニスを所持していることからSOLテクノロジー社に懸賞金が懸けられているが、遊作本人は上記の事件が発生するまではLINK VRAINSにログインしていなかったため知らなかった。ボーマンとハルがSOLテクノロジー社の最下層にある進入禁止エリアに入ったことにより手がかりを求め、新たな仲間・Soulburnerと共に目的地を目指し、途中でブラッドシェパードとの追撃から逃れ、無事進入禁止エリアにある「風のワールド」に到着すると、そこで出会った風のイグニス・ウィンディの証言をもとに最果ての地に向かい、最果ての地で再びボーマンと対峙、デュエルを行うも、彼から「俺こそ本物のPlaymakerだ、お前は偽物だ」とロスト事件の記憶が曖昧なため彼からの衝撃の事実に惑わされ、マスターデュエルなのにスキルが発動することが可能など人智を超えた力で追いつめられるも、ボーマンの事実にリボルバーのことが語られなかったため、自分の記憶が正しいと確信、Playmakerの手の内を知るというボーマンの豪語にのまれず、さらなる戦術で逆転勝利するも、「風のワールド」が崩壊し、仁に関する手がかりを何一つ手にすることができなかった。
その後の捜索の中、光のイグニス・ライトニングがサイバース世界を滅ぼした犯人だと知り、さらに仁の意識データを奪ったボーマンとハル、風のイグニス・ウィンディがライトニングの仲間だと知り、彼らの野望を阻止すべく追いかけ、そこでボーマンに妨害されたことで三度目のデュエルを行い、辛くも引き分けに持ち込んだことで彼の成長に恐ろしさを感じるようになる。
ライトニングとの戦いに備え、Soulburner・ブルーメイデン・ゴーストガールを新生LINK VRAINSに来させるようリボルバーから頼まれ、彼から停戦協定と協力を持ち出される。旧LINK VRAINSにハノイの塔を使ってミラーLINK VRAINSを引き寄せるスキャンプログラムの鍵を翔一と共に制作し、Soulburner・ブルーメイデン・リボルバー・スペクターの5人でミラーLINK VRAINSに赴き、仲間と散り散りになった後、ライトニングの策略により敵になった草薙とデュエル、最初は信頼する草薙への攻撃に躊躇していたが、対峙することを想定したときに交わした翔一との約束を思い出し意を決して翔一を仕留め、その時の精神的ショックから翔一とのデュエル終了後に気絶してしまうが、夢の中での翔一の呼びかけで起き出してリボルバーのいる花園エリアに移動し、リボルバーとライトニングのデュエルを観戦、その後ボーマンとの最後のデュエルを行い、ボーマンの「キメラ・ハイドライブ・ドラグリッド」を「サイバース・クロック・ドラゴン」で撃破した直後、新たなモンスター「パーフェクトロン・ハイドライブ・ドラゴン」をリンク召喚した事により窮地に陥っていたが、イグニス達から「ファイアウォール・ドラゴン・ダークフルード」を託されてリンク召喚し、ボーマンの「パーフェクトロン・ハイドライブ・ドラゴン」を撃破したのと同時にデュエルに勝利した。
ボーマンとのデュエルに勝利後に別れたAiがSOL テクノロジー社に敵対していると財前から聞き、最初はAiと戦うことに戸惑うもAiに罪を重ねさせない事が相棒の務めとして新たな戦いに身を投じた。
Aiの手掛かりを求めて、再開したLINK VRAINSにログインし探してたところ、Soulburnerとロボッピのデュエルが始まっていたのを観戦、デュエルの最中にロボッピの異常が起きたことで決意を固め、Soulburnerに止めを刺すよう促した。更にリボルバーが現れてしまいSoulburnerとリボルバーのデュエルを見届け、Soulburnerの勝利でAiからのメールを受け取った後単身でSOL テクノロジー社の生産工場に赴きAiの野望の阻止と奪われた仲間たちを取り戻すため、Aiと互いの存在を賭けたデュエルを行い、Aiがリンク召喚したジ・アライバル・サイバース＠イグニスターで窮地を陥るもリンク４のアクセスコード・トーカーをリンク召喚で逆転、最後はコード・ハックの効果で攻撃力をアップしたデコード・トーカーの攻撃で勝利を納めた。現実世界に戻った時はAiのソルティスを抱いて涙を流した後、Aiとのデュエルから旅立ち、三ヵ月後に再びLINK VRAINSにログインして帰って来た。

Ai（アイ） / 闇のイグニス

声 - 櫻井孝宏
物語の重要なカギを握る謎のAI（エーアイ）。周囲の狙う者達からは研究時の名前である「イグニス」と呼ばれている。「Ai（アイ）」という名前は遊作が命名。翔一の「名を付けないか？」との提案で、「AI（エーアイ）だから」という理由で名付けられ、翔一も「どうせ目（EYE〈アイ〉）しかないし」と同意されたため、ダブルミーニングの意を込められ呼ばれるようになる。
使用デッキは【＠イグニスター】。サポート魔法・罠カードには自身の名である「Ai」と名の付くカードを使用する。
軽口を叩く飄々とした性格の持ち主で、遊作のことは「遊作」「Playmaker」と呼び分けている。遊作がスピードデュエルを始めるときは「風を掴め、Playmaker!!」と檄を飛ばす。遊作と数々のデュエルを経ていくにつれて、友情や仲間意識が芽生えていく。遊作からはデュエル中に叩く軽口やお調子者な性格が原因で冷たくあしらわれているが、内心では「相棒」として認められている。サイバース世界にいた頃は他のイグニス達がサイバース世界の拡充に勤しむ中、一人だけリンクリボーと遊んでサボっていた。しかしその行動が理性だけであった他のイグニス達に個性と自我を芽生えさせ、サイバース世界をより複雑で高度な存在へと昇華させることに繋がった。この事実からリボルバーやライトニングから「異端」と呼ばれる。
第3シリーズからは青年の容姿に変化し、上記のイグニスの時の性格より落ち着いた雰囲気を持つが、所々元の性格が窺える。両耳にイグニスの姿と同じイヤリングを付けている。ミラーLINK VRAINSの戦いを終えた直後、イグニス達の末路を見て人間達と共存せず敵対し支配すると言うライトニングの意志を継ぐ事を決意し、Playmakerとは袂を分かち独立して動きだす。SOL テクノロジー社が開発した人型アンドロイド「SOLtiS」の存在で電脳世界だけでなく人間世界での行動も自由になった。
物語の五年前、襲撃してきたリボルバーからサイバース世界をネットワーク内に隠したため、ハノイの騎士やSOLテクノロジー社から追われる身となる。LINK VRAINS内を逃亡していたところを遊作の罠にかかり捕獲され、彼のデュエルディスクにプログラムとして取り込まれて以後、遊作と協力し合ってデュエルを行う。
リボルバー曰く、正体は鴻上博士が作り出した「意思」を持ったAI。子供の頃の遊作が繰り広げられたデュエルを学習して生まれてきたAIでもある。
リボルバーが仕掛けた罠によって、一時消滅しかけたがPlaymakerの呼びかけで復活した。Playmakerがリボルバーとのデュエルに勝利しリボルバーが保有するデータの一部を捕食したことで、自身の身体のデータを取り戻し元の姿に戻れるようになった。
「ハノイの塔」の騒動終了後、遊作に人質から解放されてサイバース世界に帰って行ったが、既に何者かの手によってサイバース世界が滅ぼされていた為、唯一生き残っていたリンクリボーと共に遊作の元に戻ってくる。
その後も再びPlaymakerと共にサイバース世界を滅ぼした敵の正体と仁の手掛かりを探していたが、その最中仮のサイバース世界でウィンディと行方をくらましていた光のイグニス・ライトニングから人間を支配する新たな世界を構築する計画に勧誘される。しかしPlaymaker等人間と一緒にいたことで人間の可能性を信じていたため、その勧誘を蹴るも駆け付けたPlaymakerと共にウィンディが発生したデータストームに消去されかかる。しかしリボルバーの乱入で免れ、ウィンディとリボルバーとのデュエル後改めてライトニング達と敵対することを決める。
Playmakerとボーマンのデュエル中にボーマンのスキル「Master Storm Access」を発動するためのニューロンリンクが再び起動してしまいもう一度破壊するために自身を犠牲とするが、ロボッピの体内に組み込んだバックアップシステムで復元する。その後ボーマンの体内に侵入しイグニス達の救出を試みるが救出できず、自身を除くイグニス達から「ファイアウォール・ドラゴン・ダークフルード」のカードを創造し託されてPlaymakerの元に戻った。ミラーLINK VRAINSの戦いが終わった後ボーマンに吸収されたイグニス達を救出できなかった事に後悔を抱き、遊作に別れを告げずサイバース世界に帰還し自身以外のイグニス達の墓標を建てた。サイバース世界に帰還してから自身のイグニスの姿を捨て、同じ人間の姿に変化したロボッピと共に上記の通り行動する。
手始めにSOL テクノロジー社トップのクイーンを始末しコードキーを手にすると、もう一枚のコードキーを持つ晃に犯行予告を送り3日後実行に移した。事前にコピーAiを3体作成し、遊撃で迎えるPlaymaker・Soulburner・リボルバーの3人の動きを封じると、本体である自身はハノイの三騎士やスペクターを次々と倒していき、立ちはだかるGo鬼塚とデュエルを行う。諦めないGo鬼塚に翻弄されつつも最後は消滅していった仲間への思いを語り勝利する。
その後、現実世界で晃を追いかけて行った先でパンドールと遭遇しデュエルを行う。パンドールをデュエルで退けた後、晃の意識に侵入し晃とブルーメイデンの前に現れる。彼らと1vs2の変則デュエルをすると、ブルーメイデンに仲間を失った哀しみをぶつける。彼らとのデュエルを制すると、晃が持つコードキーを手に入れる。
２つのコードキーを手に入れてSOL テクノロジー社を乗っ取ってからはLINK VRAINSを再開させ、SOL テクノロジー社をソルティスで警備をさせて、事実上の閉鎖状態にする。ロボッピに対し、先のコードキー奪取計画でゴーストガールらを倒した褒美として、ロボッピにPlaymaker宛てのメールとLINK VRAINS内にある「家電の島」を与え、そこの王に任命した。ロボッピとSoulburnerとのデュエルでは何時もの衣装では無く、応援しやすい衣装で陽気にロボッピを応援していたが、ロボッピが元々がお掃除用のAIプログラムであった為、デュエルの情報量による負荷とイグニスのプログラムに耐えられなくなり、Aiに出会う前の家電ロボットにまで初期化してしまった光景を見ると、デュエルに敗北して消えゆくロボッピに、良い奴だった事と今回の騒動に巻き込んでしまった事に対して謝罪をし涙を流した。
遊作が単身にSOL テクノロジー社を入り込んできたのを歓迎し、自身のコピーとなるソルティスを世に放つ目的だと遊作に教える。Playmakerと互いの存在を賭けたデュエルを行う。属性の異なる六つの＠イグニスターをリンク素材にジ・アライバル・サイバース＠イグニスターをリンク召喚し優位に立ったが、アクセスコード・トーカーとの戦闘で破壊されるところグッサリ＠イグニスターの効果で互いのモンスターの攻撃力を3000にして相討ちとなる。自身の最後のターンにダークナイト＠イグニスターで攻撃宣言時にAi打ちとのコンボで勝利を狙ったが、攻撃力を上げたデコード・トーカーの反撃で敗北する。デュエルの敗北で消えてしまう前に奪った人間達の解放、遊作から名付けてくれた名前について適当だったのか質問すると、遊作からは「人を愛するAi」と答えられ、遊作に愛していると言い満足そうな笑顔で消滅した。
三か月後には何処かで目だけの状態で復活を遂げる。

穂村 尊（ほむら たける） / Soulburner（ソウルバーナー）

声 - 梶裕貴、幼少期 - 稲瀬葵
本作のもう一人の主人公的存在。第48話で初登場し、第50話においてデンシティ・ハイスクールに転校して遊作のクラスメイトとなる。学校での一人称は「僕」で大人しい性格だが、LINK VRAINSにログインすると一変、一人称は「俺」に変わり、熱血漢な性格になる。一方、機械やネット技術には疎い。また幽霊やお化けの類いが苦手であり、不霊夢を初めて見た時は「付喪神!?」っとびびっていた。
使用デッキは【転生炎獣（サラマングレイト）】。スピードデュエル時の使用スキルは「バーニング・ドロー」。同名モンスターであれば召喚条件を無視してリンクモンスターを召喚できる「転生リンク召喚」を行う。事件のトラウマの影響で引きこもっていた頃は【炎属性・戦士族】。
ロスト事件＝ハノイプロジェクトの被害者の1人であり、事件のトラウマに加え、ロスト事件中に両親を事故で亡くしたことから塞ぎ込んでいた。事件から解放後、祖父母（声 - 田原アルノ（祖父）、声 - 寺内よりえ（祖母））に引き取られる。祖父母の家で暮らしている頃は、学校にあまり通わず、幼なじみの上白河綺久（声 - 島袋美由利）からも心配されていた。ある日、ハノイの騎士に立ち向かうPlaymakerやGo鬼塚の姿を見て、運命に立ち向かうことを決意してデュエリストとなり現在に至る。後に自らの正体を明かした上で不霊夢と共に遊作の前に姿を見せ、彼に協力することを誓う。
SOLテクノロジー社の進入禁止エリアの潜入作戦に遊作と同行する。潜入中、かつて憧れの対象であり現在バウンティハンターとして現れたGo鬼塚とデュエルし、彼に熱い想いをぶつけ勝利する。「風のワールド」に着くとそこで出会った風のイグニス・ウィンディの依頼を聞き、同じ潜入調査にやってきたブルーガールとイグニスをかけてデュエルを行う。彼女のバーンコンポの苦しめられるも、「融合召喚」を用いて形成を逆転し勝利を収める。「風のワールド」が崩壊するとPlaymakerと共に脱出する。
再びゲートが現れた情報が入るとPlaymakerと共に向かうが、ブラッドシェパードが仕掛けた罠だと気付くとPlaymakerをかばい、代わりに異空間に吸われる。そこで過去の記憶やトラウマをブラッドシェパードに覗かれてしまい、彼とのデュエルでトラウマの「闇より出でし絶望」を召喚されるも、トラウマはすでに克服しており、精神が動揺する演技まで出来るようになっていた。草薙とゴーストガールの手助けでブラッドシェパードとのデュエルは引き分けに終わる。
ライトニングとの戦いに備えるためにリボルバーから停戦協定と協力を持ちかけてきたが、ロスト事件の影響で両親が亡くなった怒りをリボルバーにぶつけてデュエルすることになる。しかし彼がデュエル中に何もしないままターンを終了し、自身は直接攻撃で勝利するはずが戦意喪失で中断する。その後リボルバーとはライトニング達との戦いの後に再戦する約束をしPlaymaker達とミラーLINK VRAINSに赴く。仲間と散り散りになった後、ウィンディとデュエルをする。パートナーを不要と述べるウィンディを相手に不霊夢と力を合わせて勝利を収める。勝利後ライトニング達が張ってる結界に閉じ込められ仲間達とのデュエルを観戦するが、Playmakerと草薙とのデュエルを見て激昂する。結界が解かれた後怒りのまま歩を進め、出くわしたボーマンとデュエルを行うが、ボーマンの圧倒的な力で敗北し、Playmakerに託してデータ化され吸収された。ミラーLINK VRAINSの戦いが終わったのと同時に意識を取り戻した。
ライトニングが引き起こした事件を通してロスト事件の真相と真実を知り終わってから故郷に帰るのを考えた直後AiがSOL テクノロジーのトップのクイーンを襲ったのを知り、Den Cityに留まるのと同時に再び戦いに身を投じる。
Aiの手掛かりを求めて、再開したLINK VRAINSにログインし探してたところ、LINK VRAINSの一画にある「家電の島」でロボッピを見つける。Aiの居場所をロボッピから聞き出すためにデュエルを行い、ロボッピの実力に苦戦をしあと一歩まで追い詰められるも、ロボッピがプログラムの限界を迎えて初期化してしまった事で最後の攻撃を免れ、辛くも勝利する。その後Aiの手掛かりとなるPlaymaker宛てのメールを入手した直後リボルバーが現れれてしまい、リボルバーにボーマンの時のデュエルの決着がついてない事を言い、メールをかけて互いに全力のデュエルを行い、デュエルの中で自分の中にある過去の呪縛を取り払い勝利する。そしてリボルバーに対して罪を償う為に自首をするのでは無く、ロスト事件を忘れる事の無い為にネットワークの監視者になるように言う。
PlaymakerとAiのデュエルから三ヵ月後、故郷の実家から綺久と共にLINK VRAINSへログインする。

不霊夢（フレイム）

声 - 八代拓
Aiと同じイグニスの一体で尊のパートナー。冷静な性格でデュエル中熱くなるSoulburnerを嗜めながら助言・協力する。Soulburnerがスキル「バーニングドロー」する際には、「魂を燃やせ、Soulburner!!」と檄を飛ばす。
Aiやアクアと共に人間に好意を寄せているイグニスで、パートナーの尊とは出会って最初のデュエルで彼のトラウマを克服するキッカケを作り、そこから彼と深い絆を結んでいく。ロスト事件の被害者達には自身を含むイグニスの生まれた経緯から深い敬愛精神と感謝を持っており、些細な理由でパートナーに危害を加えたウインディの行動には怒りを見せた。しかし、SoulburnerとボーマンのデュエルでSoulburnerが敗北しウィンディと共にボーマンに吸収される。
PlaymakerとボーマンのデュエルでAiがボーマンの体内に侵入しイグニス達を救出しようとした際に「ファイアウォール・ドラゴン・ダークフルード」のカードを創造しAiに託す。その後ボーマンの体内に覆い尽くし融合されてしまい、そのデュエルで彼が敗北したのと同時に消滅する。
Soulburnerとリボルバーの二度目の戦いでは、迷い悩むSoulburnerの前に幻影として現れ、彼に最後の叱咤激励し消えていった。

財前 葵（ざいぜん あおい） / ブルーエンジェル→ブルーガール→ブルーメイデン

声 - 中島由貴
本作のヒロイン。遊作のクラスメイトで愛らしい姿の少女で、財前晃の妹。16歳。デュエル部所属。LINK VRAINS使用時のアバターは背中に羽が生えた青い衣装を着たアイドル。
遊作と同じく普段はクールな性格で、落ち着いた雰囲気だが、VR空間に入ると「アカウント名：ブルーエンジェル」になり、人気の高いカリスマデュエリストとして活躍する。一般には正体は知られていないが、兄・晃にはバレておりアイドル活動を反対されている。また「ハノイの騎士」が電脳ウィルスを仕込んだカードを使った件でSOLテクノロジー社にも正体がバレている。
子供のころに読んでいた絵本「ブルーエンジェル」がアカウント名の由来。絵本の主人公に自身を投影してアカウント名にしている。
使用デッキは【トリックスター】。カード効果を駆使して、効果ダメージで相手のライフポイントを削り切る戦術を取る。スピードデュエル時のブルーエンジェルの使用スキルは「トリックスター・フロード」。ブルーガールの使用スキルは「トリックスター・ギグ」。
ブルーメイデンとなってアクアと共闘してからの使用デッキは【海晶乙女（マリンセス）】。スピードデュエル時の使用スキルは「シェイプ・オブ・シー」。
実は晃とは血は繋がっておらず、お互い連れ子同士であるが、晃に深い愛情を抱いており、晃に認めてもらうためPlaymakerに勝負を挑む。そのデュエル中にハノイの騎士から受け取ったカードを使い暴走してしまう。Playmakerとのデュエルに敗北後、カードに仕込まれていた電脳ウィルスの副作用として眠りについてしまう。Playmakerがリボルバーとのデュエルに勝利したことで、電脳ウィルスの除去プログラムが注がれ目を覚ました。その後は兄の命令で、外出やログインを禁止されており、兄とゴーストガールの話を盗聴していたが、ゴーストガールに気づかれてしまう。しかしゴーストガールから名誉挽回のチャンスを与えられ、SOLテクノロジー社のマザーコンピュータに侵入したPlaymakerのピンチに駆けつけた。プロトタイプAIデュエリスト1体を倒し、SOLテクノロジー社のデータバンクに到達。晃とPlaymakerのデュエルを扉の脇で観戦する。しかしデュエルの最中に語られる10年前の事件を知るために、2人の前に現れPlaymakerにそのことを尋ね、Playmakerの身に起こった出来事を知る。
アナザー事件では晃の愛情を知り、ブルーエンジェルとして活動する意味を失い迷っていたところ、自らゴーストガールと明かしたエマと接触。彼女に焚き付けられ、機嫌が悪いままログインした場でバイラに出くわす。彼女が電脳ウィルスに関係していることを知ると、彼女にデュエルを申し込む。事前に自身のデッキ対策を仕込んでいたバイラの戦術に苦戦するが、リスクを恐れない姿勢が奇跡を呼び彼女とのデュエルを制し、結果的にアナザー事件の被害者達を助けた。「ハノイの塔」が引き起こした事件も解決するために、PlaymakerとGo鬼塚と協力して三方向に向かっていく中、自身に電脳ウィルスを仕込んだ張本人・スペクターと出くわしデュエルする。次々と繰り出す戦術を防いでいく彼の戦術と共に上記のアカウント名の由来や自身の過去を用いたスペクターの精神攻撃に翻弄され敗北してしまう。その後、駆けつけてきた晃の目の前でデータ化し、ハノイの塔に吸収されてしまったが、後にPlaymakerがハノイの塔を崩壊させた際にデータが戻った為、現実世界で意識を取り戻した。
新生LINK VRAINSでは以前と変わらず、カリスマデュエリストとして活動していたが、後に晃からイグニスの捜索の依頼を受け、ゴーストガールと共に新生LINK VRAINSの最下層の調査に赴く。この際、アバターを『トレジャースタイル』に変更し、それを見たゴーストガールの発言からアカウント名を『ブルーガール』に改める。無事調査区域の潜入に成功するとそこで出くわした、Soulburnerとイグニスをかけたデュエルを行う。自身のデッキを分析し弱点である攻撃力の弱さを克服した戦術でSoulburnerのライフを削っていくも、それを逆にSoulburnerに利用され攻撃力アップに繋がれてしまい敗北、ログアウトする。
アースがSOLテクノロジー社によって分解された事件からイグニスが人間と同じ意志をもつAIと言うことから意識を改め、エマと共にブラッドシェパードに狙われていたアクアを救助する。この際、アクアが生き別れとなった自分のかつての友人である少女・美優を基にしたイグニスという事を知り、美優を救うためにアクアと協力関係を結びつける。水のテーマとなる大人びたアバターに変え、アカウント名を「ブルーメイデン」に改める。
ライトニングの戦いに備え、リボルバーから停戦協定と協力を持ちだされ、旧LINK VRAINSにハノイの塔を使ってミラーLINK VRAINSをお引き寄せるのを知り、Playmaker達とミラーLINK VRAINSに赴く。ミラーLINK VRAINSに着いた矢先にビットとブートとのデュエルを行っていた直後ハルとのスピードデュエルを行い勝利する。データストームが収まると待ち構えていたボーマンとデュエルを行う。LINK VRAINSと一体化した彼の力に心が折れそうになるもデュエルを見守っていた晃に励まされ善戦する。しかしボーマンの圧倒的な力に敵わず敗北しデータ化され吸収されてしまう。ミラーLINK VRAINSの戦いが終わったのと同時に意識を取り戻した。
SOL テクノロジーのトップのクイーンを襲ったAiは次のターゲットを晃に狙いを付けられているのを知らされ護衛を引き受ける。Aiと戦う前日にPlaymakerの正体が遊作だと知るようになり、彼を尊敬し握手を交わした。Aiの反乱に再び戦いに身を投じてから晃と共にPlaymaker達とは別の異空間にログインして避難していたが、Aiに突き止められ晃とタッグを組んでデュエルする。Aiに自身がアクアを失った哀しみを重ねて、凶行を止めるように説得するも失敗し、デュエルでも敗北してしまう。自身は晃と共に意識を失う覚悟だったが、Aiの気まぐれによって意識データを奪われなかった。
PlaymakerとAiのデュエルから三ヵ月後、遊作から連絡が来ていないか翔一に訪ね彼の帰りを待っていた。

アクア

声 - 川澄綾子
水属性のイグニス。イグニス達のサブリーダー。嘘と真実を見分ける能力に長けている。葵の親友の美優をモデルに作られた。
アースにイグニス同士で「人間と共存する」側と「人間と敵対する」側に分裂することを伝える。ライトニングが旧サイバース世界を滅ぼす為にリンクマジックを作成している所を目撃するが、口封じのために彼によってLINK VRAINS内に幽閉されていた。幽閉されていた場所をアースが見つけ出し脱出する。
昏睡状態の美優を救おうとして失敗した際に、彼女の記憶の断片を得ておりブラッドシェパードから自分を救出したブルーガールの正体である葵のことを知っており、美優を救うという目的が一致していることから、葵と協力関係を結びパートナーとなる。
ミラーLINK VRAINSの戦いでブルーメイデンとボーマンのデュエルでブルーメイデンが敗北しアースの残骸データと共に吸収される。
PlaymakerとボーマンのデュエルでAiがボーマンの体内に侵入しイグニス達を救出しようとした際に「ファイアウォール・ドラゴン・ダークフルード」のカードを創造しAiに託す。その後ボーマンの体内に覆い尽くし融合されてしまい、そのデュエルで彼が敗北したのと同時に消滅する。

草薙 翔一（くさなぎ しょういち） / Unnamed（アンネームド）

声 - 木村昴、幼少期 - 武藤真子
遊作と共通の目的をもつハッカー。普段はホットドッグ屋を営む一方、Playmakerのデュエルの時は後方支援している。
使用デッキは【コードブレイカー】。
積極的に遊作の協力を行うが、遊作がハノイとの闘いに身を投じている現状には「巻き込んでしまって済まないと思っている」と後悔の念を示している。ロスト事件の真相を追いかけていき、Playmakerと共に真相を突き止めた。
ライトニングに弟の仁の意識データを奪われ人質に取られると、ライトニングの指示に従いPlaymakerと対決する。仁を救い出すため相棒のPlaymakerに容赦なく襲いかかる。しかしPlaymakerとは事前に想定して約束を交わしており、意を決したPlaymakerの攻撃を受けて敗北、後のことをすべて託して消滅した。ミラーLINK VRAINSの戦いでPlaymakerとデュエルする前からミラーLINK VRAINSの結界を破壊するプログラムを作りかけていたのを、現実世界からそのプログラムの制作と支援をハノイの三騎士に引き継がせた。ミラーLINK VRAINSの戦いが終わったのと同時に現実世界で意識を取り戻した。ミラーLINK VRAINSの一件の謝礼として遊作と尊のコーヒーは一生タダにするとした。
PlaymakerとAiのデュエルから三ヵ月後、連絡の来ない遊作がいつ帰ってきてもいいようにDen Cityでホットドッグ屋を続けていくことを葵に明かし、遊作の帰りを待っていた。
アニメの次回予告では草薙がナレーションを行っている。

鬼塚 豪（おにづか ごう） / Go鬼塚

声 - 濱野大輝
筋骨隆々な肉体派デュエリストで、現在「LINK VRAINS」内のカリスマデュエリストランキング1位。
VR空間に入ると、「アカウント名：Go鬼塚」になる。Playmakerと違って、LINK VRAINS使用時のアバターは本人と同じ。自身の心情やデュエルスタイルに理解が深いマネージャー（声 - 津田英三）が付いている。ヒールスタイルで闘うときは「ダーク鬼塚」となる。また、別のプレーヤーに成りすますことを得意としており、自身が希望するデュエルの対戦相手をおびき寄せるのに多用する。
使用デッキは【剛鬼】。一回ピンチを演出して逆転するプロレスの様なエンタテインメントなデュエルをする。スピードデュエル時の使用スキルは「闘魂」。Playmakerとの決闘を経て自身の今までのファイトスタイルが時代遅れだと悟り、勝つためには手段を選ばないで圧倒的な強さで勝利する新たなファイトスタイル「ヒールスタイル」に転向する。
カリスマの名を捨てバウンティ・ハンターに所属してる時の使用デッキは【ダイナレスラー】。スピードデュエル時の使用スキルは「ダイナレッスル・レボリューション」→「アンチスキル」。
第3シリーズより再び【剛鬼】となる。これはPlaymakerとのデュエルの敗北後、生死の境をさまよって目を覚ました時に自身を慕う孤児院の子供達の姿を見て改心したためである。
孤児院出身で自身のパフォーマンスで孤児院の子供たちのヒーローとなっていたが、Playmakerが現れて子供たちの興味が移って以降、彼をライバル視しておりデュエルを繰り広げる。互いに全力を尽くした熱いデュエルを行ったことにより、負けはしたものの互いの実力を認め合った。
アナザー事件で同じ施設出身の友である君島マコト（声 - 鈴木崚汰）が被害に遭ってしまい、彼を救い出すため元凶であるドクター・ゲノムにデュエルを挑む。自身の新たなスタイル「ヒールスタイル」で挑むも、モンスター効果を駆使して迫る彼のデュエルスタイルに押されてしまう。そこに突如現れたPlaymakerに貶され奮起し「ダーク鬼塚」を捨て新たなGo鬼塚として、ドクター・ゲノムが想定する以上にプレーヤーとして進化したことで勝利を収める。約束どおりウィルスの除去プログラムを手に入れ、君島マコトを救うことが出来た。この事がキッカケで「ハノイの騎士」に敵意を抱き、Playmakerと協力しあって戦っていく。Playmakerより先に「ハノイの塔」に到着し待ち構えていたリボルバーと対戦。序盤は多数の剛鬼モンスターを展開し優勢に持ち込むが、リボルバーが仕掛けた罠カード「聖なるバリア −ミラーフォース−」の効果でモンスターが全滅し劣勢に追い込まれる。その後も挫けず場を立て直し、挑み続けたが最終的にリボルバーに敗れ、Playmakerに後を託す形で「ハノイの塔」に吸収されたが、後にPlaymakerがハノイの塔を崩壊させた際にデータが戻った為、現実世界で意識を取り戻した。
新生LINK VRAINSではPlaymaker、ブルーエンジェルと共にハノイの騎士と戦った事を賞賛されつつも、世の関心は完全にPlaymakerに向いていた事から「Playmakerを倒さなければ、今の自分を超える事は出来ない」と考え、自らカリスマデュエリストの座を捨てた後にバウンティ・ハンターに所属。クイーンを通じた財前晃の命を受けてPlaymakerの行方を追っている。その後、進入禁止エリアでPlaymakerを追跡している時に共に行動していたSoulburnerに立ちはだかれ、デュエルするも敗北。彼からはカリスマデュエリストとしての鬼塚の事を尊敬していると言われるも、それを捨てた決意が揺らぐ事を恐れた事から冷たく突き放している。
その後は戦線に姿を現さずにいたが、アースがアクアを連れ出したタイミングで再登場。SOLが用意したAIチップを脳内に埋め込んだことから体格が以前と違って痩せ細り、幾多にも及ぶシミュレーション・デュエルの果てに『思考領域拡張 ブレイン・ハック』という鬼塚曰く「人間の領域を超えた力」を手に入れた。イグニスを捕らえるためにアクアを庇うアースとデュエルを行ない、これに勝利。アースの身柄を回収した後にPlaymakerに勝負を挑もうとするも、クイーンの命で強制ログアウトさせられた。
その後、アースのデータを察知したPlaymakerとデュエルを行う。その際、アースのデータを自分のAIチップに取り込み掌握した事実を明らかにし、アースのモンスターだった《Ｇゴーレム・クリスタルハート》をリンク召喚した。
その後もPlaymakerの戦術を全て見切り、Neo Storm Accessもアンチスキルで無効にし、Playmakerのライフポイントを100まで追い詰めたが、Neo Storm Accessのもう１つの効果で計算が狂い始める。最後は新たなエクシーズモンスター「ファイアウォール・Ｘ・ドラゴン」に敗れ、悔し涙を流しながら彼の身を案じた晃の手で強制ログアウトさせられる。
第3シリーズより復活しPlaymaker達と共に晃の護衛に加わる。本体のAiに遭遇しデュエルを行う。ピンチになりつつも諦めずにデュエルを続けたが「Ai打ち」の効果で敗北し消滅された。PlaymakerがAiとのデュエルで勝利したことで意識を取り戻す。
三ヵ月後にはデュエルに勝利し、自身の誇りを取り戻した姿が映されている。

遊作達が通う高校。部活動にデュエル部（部員・声 - 石狩勇気（部長）、矢野正明（佐藤）、竹島聡之介（田中）、若山晃久（鈴木））が存在する。

藤木 遊作

「藤木遊作」を参照。

財前 葵

「財前葵」を参照。

島 直樹（しま なおき） / ロンリーブレイヴ→ブレイヴマックス

声 - 沢城千春
遊作のクラスメイトで、Playmakerのファン。デュエル部所属。デュエルモンスターズ好きで、デュエルディスクやデュエリストに詳しい情報通。何も知らないように振る舞う遊作を何も知らないと勘違いしており、小馬鹿にしながら情報を教えては遊作にあしらわれている。遊作曰く「俺みたいな一人でいるやつにわざわざ声をかけるのは孤独で寂しがり屋」。
使用デッキは【バブーン】。
カリスマデュエリストに対してミーハーなところがあり、気になるデュエルがあると授業中まで観戦するほど。LINK VRAINSに行けばカリスマデュエリストに会えるかもしれないと考えてはいるものの、デュエリストとして自信がないらしく、歴戦のデュエリストの聖地と称して行かずにいる。しかしハノイの騎士がアナザー事件を引き起こしていることを知ってからは一念発起し「ロンリーブレイヴ」としてLINK VRAINSにログイン。そこで一般アバターを襲っていたハノイの騎士の一人と遭遇し、デュエルを行い、これに勝利する。以来、自身のアバター名を「ブレイヴマックス」に改めた。
アナザー事件の際は、自身の力不足と安全を考慮してか、ログインせず、現実世界で静観を決め込んでいる。
新生LINK VRAINSでは以前と変わらず「ブレイヴマックス」として活動しており、山本＆斉藤にPlaymakerの情報を教えると語り、自身の配信番組『マックス散歩』の手伝いをさせるなどしていた。しかし同じくPlaymakerの情報を探っているゴーストガールにはルールを勘違いしたプレイングミスを犯して敗れたり、斉藤曰く「幼稚園児に負けている」など、デュエルの腕は成長していないままである。
PlaymakerとAiのデュエルから三ヵ月後、Soulburnerが綺久を連れてDボードに乗っている様子を羨み、新たな出会いを求めてLINK VRAINSを駆け回っている。

穂村 尊

「穂村尊」を参照。

スキル一覧 スキル 使用者 効力・概要 Storm Access Playmakerリボルバーボーマンウィンディ 自分のターンでのみ使用可能。ライフポイントが1000以下の時にデータストームの中にいる未知のサイバース族リンクモンスター1体をランダムにエクストラデッキに追加する。Ai曰く「Ai独自のプログラム」。 Neo Storm Access Playmaker Aiが「Storm Access」をアップデートしたスキル。ライフポイントが1000以下の時にデータストームの中にいる未知のサイバース族モンスター1体をランダムにエクストラデッキに追加する。ライフポイントが100以下でライフポイント1000以下の時に回収に失敗している場合、もう一度使用することができる。その場合、カードを１枚ドローする。 闘魂 Go鬼塚 「剛鬼」が戦闘破壊されたときに発動可能。ターン中に戦闘破壊された「剛鬼」モンスターを全て特殊召喚する。 ダイナレッスル・レボリューション デッキから直接フィールド魔法を発動することが出来る。 アンチスキル 相手がスキルを発動した時に発動可能。相手のスキルを無効にし2枚ドローする。 トリックスター･フロード ブルーエンジェル 相手ターンに発動可能。手札の「トリックスター」を1枚墓地に送り、相手プレイヤーに手札が3枚になる様にドローさせる。ターン終了時相手の手札を自分の墓地にある「トリックスター」の数だけ除外する。 トリックスター･ギグ ブルーガール 自分ターンに発動可能。自分フィールドの「トリックスター」モンスターの数だけデッキの上からカードを墓地に送り、墓地から「トリックスター」と名の付くカードを1枚手札に加える。 シェイプ・オブ・シー ブルーメイデン 自分が戦闘ダメージを受けた時に発動可能。自分の墓地から受けた戦闘ダメージの数値以下の攻撃力を持つ水属性モンスター1体を選んで特殊召喚する。 シークレット･キュア ゴーストガール モンスターカードが出るまでデッキをドローし、引いたモンスターを手札に加える（引いたカードが魔法・罠カードの場合墓地へ送る）。その後手札に加えたモンスターの攻撃力分だけお互いのライフポイントを回復する。 バーニング・ドロー Soulburner ライフポイントが100になるまで支払い、支払ったライフ1000につき、1枚カードをドローする。 ダブルドロー ハノイの騎士 ドローフェイズ時に発動可能。通常の1枚ドローから、2枚ドローに変える。「イグニス」が知らないスキルで、「ハノイの騎士」が勝手に組み込んだプログラム。 種の保存 ドクター・ゲノム リンクモンスターが墓地から特殊召喚した時に発動可能。相手モンスター1体の攻撃力と相手ライフポイントの数値を半分にする。 フォービドゥン・サージカル・オペレーション バイラ レベル2以下の同名モンスターを除外し発動可能。除外したモンスターと同じレベルの同名モンスター2体をデッキから特殊召喚する。 ダブルバイト ファウスト バトルフェイズ時に発動可能。自分フィールド上の昆虫族モンスター1体は2度攻撃することが出来る。 マーカーズ・ポータル ボーマンハルビットブート 自分のライフが元々の数値以下の場合に発動可能。デッキから「リンクマジック」を発動する。このスキルで発動した「リンクマジック」は無効化されず相手の効果では破壊されない ドローンクラフト・フォース ブラッドシェパード 相手モンスター1体の攻撃力を墓地の「ドローン」と名のつくカード1枚につき200ダウンさせ、ダウンした数値分自分のモンスター1体の攻撃力をアップさせる。 ロック・ユー アース 自分の地属性モンスターが相手モンスターを戦闘破壊した時に発動可能。その相手モンスターのレベル×100のダメージを与える。 Master Storm Access ボーマン マスターデュエルで使用。ライフポイント制限は無く、1ターンに1度データストームの中にいる未知のサイバース族モンスター1体をランダムにエクストラデッキに追加する。ただし、データストームを発生するのに多くの人間の意識データを必要とし、利用された人間は意識を失った脱け殻となる。 ハニートラップ クイーン マスターデュエルで使用。ダイレクトアタックを受けたときに発動可能。受けたダメージ分のライフポイントを回復し、デッキ外から罠カードを1枚選択してフィールドにセットする。セットした罠カードはセットしたターンに発動する事が可能。

！《アクセスコード・トーカー》！」。

フィールドのカードを破壊する効果は「アクセス・インテグレーション」。
フィールドのカードを破壊する効果は「アクセス・インテグレーション」。

『遊☆戯☆王VRAINS徹底解剖！ 遊☆戯☆王LABO』（ゆうぎおうヴレインズてっていかいぼう ゆうぎおうラボ）は、 テレビ東京、NAS製作の『遊☆戯☆王』情報バラエティ番組。2017年4月5日から5月3日まで、テレビ東京などでテレビ放送された。

海馬コーポレーション社長、海馬瀬人を尊敬しているバイきんぐ小峠が『遊☆戯☆王』の研究機関『小峠コーポレーション』を設立したという設定で、アニメ、OCG、モバイルゲーム等、『遊☆戯☆王』の魅力を伝えていく。