画面内での操作は、上下方向にも移動可能な横スクロール型アクションゲームのシステムを採用している。プレイヤーは奥行きの無い2次元の画面内でプレイヤーキャラクター (PC) を操作する。PCは画面の下方向に向かって落ちるようになっており、落下距離によってはダメージを受けることもある。

その性質上、操作はキーボードとマウスで行うことができるが、実際にはキーボードの半分以上のキーに何らかの操作が割り振られており、また設定を変えることも可能。ジョイパッドにも対応しており、戦闘や移動だけなら充分こなせる仕様になっている。また、キーボード上段のファンクションキー（初期設定）を使って、キャラクターの表情を変えることができる。

敵キャラクター (mob) は、マップ内に姿を見ることができる状態で存在している。PCはmobと戦って倒すことにより、経験値や資金（メイプルストーリー内での通貨単位は「メル」）、そのmob特有の収集品（アイテムの1種）を得ることができる。ランダムであるが、これらより価値の高い、装備などのアイテムが得られることもある。ゲーム内では一般的にmobを倒すことを「狩り」と呼び、特定のmobを集中して狩ることを、そのmobの名前を用いて「○○狩り」と呼ぶ。またこれらのモンスター名は省略される場合が多い（例：イエティとペペ→イエペペ / ファイアブル→火ブル / アイアンピグ→鉄豚など）。

mobと戦う際は、主に接近し近接武器で攻撃するが、職業によっては、遠方から飛び道具や魔法を使って攻撃することもできる。mobは基本的にパッシブであり、1度攻撃されたmobは、攻撃したPCを一定時間、またはその場所から離れるまで追いかける。パッシブとは、攻撃されるまで一定パターン、またはランダムで移動しつづけ、PCが接近しても攻撃してこない属性である。一部には攻撃される前から画面内のPCに向かって移動するmobもいる。

前述の通り、ほとんどのmobの攻撃方法はPCと接触することであるが、高レベルのmobや一部のマップの奥に潜む大型mob（主にボスといわれている）には、パッシブ状態が解除された時に特別な行動（魔法・飛び道具・近接武器攻撃）で反撃をするタイプも存在する。また、mobに近づくことで、特別な行動をするタイプもある。

プレイヤーの目的の1つは、狩りを行ったりクエストをクリアしたりしていくことで経験を積み、自分の操作するキャラクターのレベルを上げていくことである。

現在、最終的な目的となるクエストやクエストをクリアしたことによるエンディングは用意されていないが、最大のmob「ジャクム」にかかわる大型クエストが用意されている。

2006年11月には、「ジャクム」を上回るmob、「ホーンテイル」が登場。各部位のHPの合計は30億を超える。戦闘時間が12時間用意されていることから、「ジャクム」を上回る真のmobであるといえる。

さらに、2009年3月にこれらをも上回る現在最強のmob「ピンクビーン」が登場。戦いは数段階あり、最初はピンクビーンが召喚したmobを順々に倒さなければならず（倒したmobは段階ごとに復活する）、それまでピンクビーン本体は倒せない（その間ピンクビーンは他のmobを支援したり雑魚mobを召喚したりするが、ピンクビーン自身は攻撃してこない）。全てのmob（雑魚mob除く）を倒すとようやくピンクビーン本体に攻撃できるようになる。雑魚mobを除いたHPの合計は70億を越え、ピンクビーン本体だけでも20億はある。また約半年前に実装された韓国では、日本での実装時点では討伐者がいなかった。そして、2011年7月にピンクビーンをも上回る敵「シグナス」が登場。

また、2008年3月のアップデートでmobが落とす を集めて作る「モンスターブック」が追加された。同じmobのカード1枚を拾うごとに、「mobの外見」、「mobのHPとMP」、「mobのエピソード」、「mobが落とすアイテム（ を除く）」、「mobの生息地」が分かるようになる（なお、を取るごとにそのmobの動作が追加される）。また、カードを拾うごとに効果が現れる場合があり、5枚集めるとそのmobの経験値が一定時間上がる。カードは8色（mobのレベルごと）+1色（レアカード〈ボスなどが落とす〉）ある。

ゲーム画面は大小数百にも及ぶマップに分かれている。マップ内には高低差のある（場合によっては浮いている）足場、それらをつなぐロープやはしご、ダメージを受けるトラップなどが配置されている。ジャンプで上や横に飛び移ったり、ロープやはしご、マップによってはワープポイントによってマップ内を移動する。

街タイプのマップには、基本的にmobは発生せず、多数のノンプレイヤーキャラクター (NPC) が存在する。マップ内のほとんどのNPCは何らかのクエストと関連しているか、アイテムを販売したり髪型などを変えたり（アバター）といった機能を提供している。街は1個から4個程度のマップといくつかの家で構成され、その周囲に数個から数十個程度の戦闘・移動用マップが存在する。基本的にマップの風景やmobの種類は、そのマップが属する街ごとに特色が付けられている（街から遠く離れた場所では街の周囲とは異なる背景やmobが設定されていることもある）。また、街の周囲のマップで幽霊になった場合は、そのマップが属する街へと強制送還される。しかし、ネットカフェでプレイしている場合はこの類に入らず、同じマップでの復活が可能となる。

マップ内には通常、いくつかの出入口（ポータル）がある。PCは、このポータルを通って次々とマップを移動し目的地へと向かう。画面の方向には、対応する方角が設定されており、地図と同様に上下が北南方向、左右が西東方向に対応している。たとえば、同じマップの左側に上下2つのポータルがある場合、上は北西方向、下は南西方面へ向かう（単純に高さを示している場合もある）。また、ポータルの中には、見えないポータル（隠しポータル）があり、近づくと見えるものもある。

NPCのなかには、帰還の書を販売しているものもあり、使用するとそのNPCが属する町に瞬間移動することができる。だが、大陸から別の大陸に移動する際、PCは船を使っての移動が主になる。なぜなら、帰還の書は大陸を越えての移動は不可能である仕様であるためだ（ただし、ジパングへ移動するための牛乳系はこの限りではない。空路の詳細については後述）。

2016年4月20日時点において、3つのワールド(PCデータを共有するサーバ群)が存在している。

ワールドは、いくつかのチャンネル（個々のサーバ）で構成されている。ワールド・チャンネルはそれぞれ同じ構成の別の空間になっている。

2013年05月27日公式サイト上で、ワールド統合が発表された。予定通り、2013年7月3日15のワールドの内けやき、ぷらむ、くぬぎ、つばきの4ワールドをあずさワールドに統合した。この時点でワールド統合は、日本のメイプルストーリーでは初めての試みである。

2014年9月10日公式サイト上で、二回目となるワールド統合が発表された。予定通り、2014年10月22日12のワールドの内もみじ、かりん、すもも、ぽぷらの4ワールドをくるみワールドに。あんず、なつめ、みずき、つつじ、いばらの5ワールドをゆかりに統合した。

2016年2月29日公式サイト上で、三回目となるワールド統合が発表された。予定通り、2016年4月20日に5つのワールドの内かえで、さくらの2ワールドをかえでワールドに。あずさ、ゆかりの2ワールドをゆかりに統合した。

PCはワールドごとに作られ、ワールドを越える移動はできないが、ワールド内であればどのチャンネルでもプレイできる。ポイントアイテムで、PCを違うワールドに移すことができる。別のチャンネルに接続しているPC同士は同じマップでも会うことがないが、友達リストやギルドに登録している相手の場合、ゲームに接続するとメッセージが表示される機能がある。また、チャットにコマンドを入力することで任意のPCの場所、チャンネルを探す機能がある（だが、友達リスト、ギルドの相手の場所をボタン1つで表示する機能が追加されている）。通常チャット以外のチャットを使えばチャンネルを越えた会話もできる（いずれの場合もワールドを越えた機能はない）。ポイントアイテムによってマップを超えた会話やチャンネルを超えた会話、ワールドを超えた会話もできる。

2Dアクションゲームの性質上、同じマップで狩りを行うと他PCと対象mobが重複しやすく、また画面内の他PCとのトラブルを回避する手段が少ないため、使用したいマップに他PCが居る場合チャンネルを変えて対応することが多い。

くるみ、ゆかりワールドは、複数のワールドが統合し、名称を変えて誕生した新しいワールド。

統合に伴い、倉庫には、一時的にアイテムを置くためのスペースが設けられ（取り出した後は、初期のストック数に戻る）、キャラクタースロットについても、統合前ワールドにおいて、追加されたスロット数がベースに計算されている。

かえでワールド内訳：さくら
くるみワールド内訳：もみじ、かりん、すもも、ぽぷら
ゆかりワールド内訳：あんず、なつめ、みずき、つつじ、いばら、けやき、ぷらむ、くぬぎ、つばき、あずさ

※キャラクター数の上限（統合後に、24人以上キャラクターが残るケース）を突破した場合は、倉庫同様スペースが設けられる。

ワールド統合により消滅したが、過去には特別な仕様となっていたワールドが存在した。

PCはアバターを用いて表される。PCの髪型、顔は最初に（限定された種類の中で）選択することになるが、性別以外（髪型、髪の色、顔かたち、肌の色）は調髪券、整形券などをネクソンポイント（課金）で購入することにより途中で変更できる。ランダムで変更できるもの（一般調髪券290P）と変えたいものを選択できるもの（特別調髪券490P）がある。肌の色を変える券は、特定できる490Pのものしかない。性別はメイプルID作成時に選択することとなる。また、ゲーム内で手に入る全ての武器や防具、帽子や靴、手袋や耳飾りといった装備全般が個別のアバターとなっており、その組み合わせにより個性を出すことができる。

通常の装備の他に、ネクソンポイントで購入するアバターアイテムと呼ばれる装備があり、通常の装備に上書きする方式でアバターを着飾ることができる。また、チャットバルーンやPCの名前といった部分も、指輪のアバターアイテムを購入することで変化できる。基本的な感情を表すための表情が7種類用意されており、これ以外の表情もアバターアイテムで追加できる。 また、190pで購入できるアバターランダムボックスでは開封することでランダムにアバターアイテムが入手でき、無期限の物も含まれている。

2003年12月3日の正式運用以来、通常プレイは無料である。特殊なアイテムのみに課金するアイテム課金の形態をサービス開始当初から計画・実施しており、またアイテム課金そのものの先駆けとなったゲームでもある。

前述のアバターの要素に用いるポイントアイテムのほか、拡声器（ワールドの全PCに話し掛ける）や、一定期間の取得経験値を増加させるチケット（サクサクチケット・サクサクミニ）、またアイテムのドロップ率を増加させるチケット（ザクザクチケット）、ガシャポン（ランダムでアイテムを得られるシステム）用のチケット、他にもフリーマーケットに店を出す営業許可書や、幽霊になっても経験値が減らないお守り、テレポストーン（登録したマップを移動できるシステム）など、追加機能が課金の対象である。その他、他のPCにポイントアイテムを贈答する、MTSにてアイテムと交換するなどができる。また、ペットも課金制で、ゲーム内でペットを引き連れて移動し、ペットの種類によってはメルやアイテムを拾わせたりすることもできる。ペットは自発的に拾いにいくものとキャラクターの通った後のアイテムを拾うものがある。これらポイントアイテムを購入できるポイントショップは2003年11月18日にプレオープン、ゲームの正式運用に合わせて2003年12月3日に正式オープンした。

ウェブマネーやクレジットカード引き落としなどで現金と「ネクソンポイント」を交換し、ネクソンポイントでアイテムなどを購入する仕組みがとられている。ネクソンポイントは、ネクソンが運営している他のオンラインゲームでも共通に使えるポイントシステムである。

PCは様々な「クエスト」を受けゲームを進めていく。クエストとはNPCに依頼されて遂行する「仕事」である。PCは依頼内容に応じて様々なアイテムを集めてNPCに届けたり、対象mobを一定数倒すことでクエストを達成していく。クエストをクリアすると、そのクエストにより様々なアイテムやメル、経験値などの報酬を得る。狭い足場やトラップを掻い潜ってマップの頂上を目指し、1番上でアイテムを手に入れ、依頼者に渡すクエストは「忍耐クエスト」と呼ばれる。

あの程度のレベルまでプレイヤーが成長すると、ライディングスキルという名前のクエストが発生する。この場合には、メルをNPCに払うことで、モンスターライディングを獲得することができる。また、このライディングスキルを使用すると、マップ内の移動速度が速くなる。一部の職業では、初めからライディングスキルを持っている。

様々なマップをまわり、踏破することで、NPCから「探検家」の称号を譲渡される。そのほかにも、クエストやイベントをクリアすることでも称号をもらえる。称号にはHP・MP、ステータスの増加や、ドロップ率の変化など様々な種類があり、装備するとキャラクター名（ギルドに加入している場合はギルド名）の下に称号が表示される。

期間限定でもらえる物、期間問わない物、特殊な条件を攻略したらもらえる物と種類も豊富にある。さらに、頭上に現れる勲章も登場するようになり、そちらは、設置枠に収納されることとなる。通常の称号同様、装着することで文字が浮かび上がり、HP、MP、ステータスの増加が受けられる。

アイテムなどによって性向のレベルを上げるとHP（ヒットポイント）やMP（マジックポイント）を増加させたり。書の成功確率を上げたりできる。

メイプルストーリーでは、6人までのPCでグループ（他MMORPGでいうところのパーティー）を組むことができる。グループを組んでいる時は、同一マップ内で倒されたmobの経験値がグループの人数によって増加した上で、レベルに比例して分配される。各職業の上位職になると、グループ員に効果を及ぼすスキルが存在し、狩り効率を上げることができる。また、2005年10月26日にマップ内での人数によってアイテムのドロップ確率が上昇する仕様が追加された。また、2008年5月28日のアップデートでグループを検索できるようになった。

通常のクエストは（他PCからアイテムを買い取ったりすることはあっても）基本的に1人のPCでクリアしていくものであるが、数人のPCがグループを組んで1つのクエスト群をクリアするクエストがある。これをグループクエストと呼び、ゲーム内では「グルクエ」（または開催場所の名前を付けてカニクエ・オルクエ・ルディクエなど）と呼ばれている。

通常のクエストとは別に「イベント」が行われることがある。ネクソンスタッフが数か月単位の不定期に開催するお祭りのようなもので、普通では手に入らないレアアイテムが手に入ったり、通常ではありえない量・強さのmobが1つのマップに一定時間現れたりすることもある。

PC間での会話（チャット）にはいくつかの方法が用意されている。通常はPCの上にチャットバルーン（漫画のふきだしのようなもの）が出て、ミニマップに赤や橙の点で表示されている全てのPCのログ（会話やその他メッセージが表示される場所）に残るようになっているが、設定によって話し相手を変えることができる。特定の1PC（内緒話）、友達リストのPC（友達チャット）、グループを組んでいるPC（グループチャット）、ギルドのPC（ギルドチャット）、複数のギルドのPC（ギルド連合チャット）、といった、対象を限定したチャットの場合、チャンネルやマップが異なっていても会話が可能（これらのチャットではチャットバルーンは表示されない）。

また、ポイントアイテムの拡声器を用いればマップやチャンネルを超えて同じワールド内の全てのPCに発言を聞かせることもできる。同様にメガホンというポイントアイテムもあり、これは拡声器の廉価版で同じチャンネル内のPCにマップを超えて表示される。後述のブラックリスト機能を使ってもこれらの発言をシャットアウトすることはできず、荒らし行為が後を絶たない。

これらとは別に、ログに残らない方法として、3人までのPCで専用のウィンドウを開いて会話を行ったり（メッセンジャー）や、前述のペットに任意の台詞をチャットバルーンで表示させることもできる（ペットのレベル15以上が条件）。

2006年1月25日に、ブラックリスト機能が実装された。このリストにキャラクター名を登録すると、そのキャラクターの内緒話を拒否したり、招待・フリーマーケットでの個人商店への入場を拒否することができる。通称BL。ブラックリストの登録率が高いユーザーは、メイプルストーリーのプレイが制限される、またはIDの凍結もされることがある。

プレイヤー同士の交流・アイテム売買の手段のひとつとして、PCの持つアイテムをメルで購入できる場所が、「フリーマーケット」としていくつかの街に設けられている。街が違ってもフリーマーケットは共通の場所として存在し、何をいくらで売るかはプレイヤーの自由である。

フリーマーケット設置以前はどのマップでも店を開けたが、場所によっては迷惑にもなるため、フリーマーケット設置後はその中だけとなった。また、設置直後は街ごとに異なるフリーマーケットにつながっていたが、現在では同じ場所になっている。フリーマーケット入口のマップから22個の出店可能なマップへ移動することができ、マップ内では入口に近いほど出店者が多い。また、チャンネルはほぼ1chに集中している。アイテムの相場は、それぞれのサーバーによって違っている。店を開くには販売許可書が必要（販売許可書はネクソンポイントで購入できる）。NPCが売っていない装備などが出回っており価格はさまざまで、NPCが売っているアイテムでも安く売っている場合もある。NPCの店と違い、PCの店にアイテムを買い取ってもらうことはできない。後述のメイプルオークションシステムの実装により、こちらのフリーマーケットシステムは廃止された。

2006年7月26日に実装された、MTS (Maplestory Trade Space/System) は、プレイヤー間でアイテムとネクソンポイントを交換するシステムである。2006年8月16日に正式サービスが開始され、手数料・登録料が徴収されるシステムとなっている。プレイヤーからアイテムを売りに出し、ネクソンポイントと交換するのが「売ります」、プレイヤーが欲しいアイテム名とネクソンポイントの金額を出しアイテムと交換するのが「買います」。登録期間はどちらも7日で、価格上限は無い。また、2007年1月31日のアップデートで、売り手が一定期間売りに出し、買い手が、希望の価格で交換する「オークション」が実装され、2007年8月1日のアップデートで異なるワールドでも取引できるようになった。ただし、新しいワールドでは利用できない場合がある。また、オークション機能はver1.83アップデート以降、使用することができなくなった（今までも使用することができなくなっていたが、ver1.83で画面が消え、完全にオークションは姿を消した）。今では「買います」も消滅し、「売ります」とマイページとヘルプのみになった。

• 「売ります」
• 入力価格：任意（最低額110ポイント）
• 登録料：5000メル
• 手数料：100ポイント + 入力価格×110%
• 例：110pで出品すると221pとなる。
• 「買います」
• 入力価格：任意（最低額110ポイント）
• 登録料：なし
• 購買手数料：（入力価格-100ポイント）×110%
• 「オークション」（ver1.83以降は使用不可）
• 入力価格：任意（最低額110ポイント）
• 登録料：5000メル
• 手数料：100ポイント + （入力価格+変動幅）×111%
• 変動幅：10ポイント、100ポイント、500ポイント、1000ポイント

• 入力価格：任意（最低額110ポイント）
• 登録料：5000メル
• 手数料：100ポイント + 入力価格×110%
• 例：110pで出品すると221pとなる。

• 例：110pで出品すると221pとなる。

• 入力価格：任意（最低額110ポイント）
• 登録料：なし
• 購買手数料：（入力価格-100ポイント）×110%

• 入力価格：任意（最低額110ポイント）
• 登録料：5000メル
• 手数料：100ポイント + （入力価格+変動幅）×111%
• 変動幅：10ポイント、100ポイント、500ポイント、1000ポイント

フリーマーケットに代わってプレイヤー同士の交流・アイテム売買の手段のひとつとして、PCの持つアイテムをメルで購入できるシステム。以前のフリーマーケットでは街から移動して直接向かわなければいけなかったのが、こちらでは専用のポイントアイテムを使う必要がなくなり、かつ街の中でならいつでも利用可能になったという利点がある。何をいくらで売るかはプレイヤーの自由であるのはフリーマーケットのときと同じ。

PCの現在の状況・強さを示す数値として、いくつかのステータスがある。レベルが上がる毎にアビリティポイントが5ポイントが与えられ、このアビリティポイントをHP・MP・STR・DEX・INT・LUK（説明は後述）に任意に割り振ることでPCに個性を与えることができる。これらの数値と、武器・防具によりPCの攻撃力、防御力といった要素が決定される。

ゲーム内では、装備類のステータスを上げることのできる強化呪文書がある。主に「強化書」「書」などという。これにより、上記のステータスを上昇させることができる。装備を強化するのは、UG（アップグレード）と言われ、その可能回数を主に「UG数」「UG可能回数」などという。強化の手順から、「貼り」などと呼ばれることが多い。また、装備種類によって手に入れた際のUG数が決まっているが、種類で決められたUG数より初期UG数が多い特殊な装備もあり、強化効率が高いため、高値で取引される。

書には、10%、15%、30%、50%、60%、70%、100%の成功確率が決められており、失敗した場合は強化されないまま残りUG数が減る。しかし確率が低いほど成功した時の強化性能は高いため、目指す性能によって書の選択が重要となる。このうち30%と70%は「呪われた」という修飾が付き、強化に失敗すると、その強化対象の装備が、50%の確率で消失する（100%中30%で成功し、100%中35%で消失し、それ以外で何も起こらないになる）。ゲーム内では、「闇った」「闇」「消えた」などと呼ばれることが多い。

これらの書は、装備の系統ごとに強化できるステータスが異なり、確率は低いがmobからドロップすることがある。また呪われた書は、設定されているmobが非常に少なく、主に前述のガシャポンから出ることが多い。また、一部のクエストの報酬にも含まれていることがある。なお、一部の100%の書は格安で特定のNPCから買うことができる。また、2006年11月29日のアップデートで装備不可能な装備類でも強化書が張ることができるスキル「大工の魂」で強化が可能となり、2007年4月25日には顔の飾りと目の飾りを強化をできる書が追加された。

また、通常の成功率ではない書もみられた。4周年記念期間には、成功率40%、破壊率30%の書が登場し、2007年11月の期間・土曜日限定クエストでは、成功率10%と60%の書をそれぞれ15%と65%に向上することができた。

2008年5月28日のアップデートでは白の書、混沌の書、防寒の書と呼ばれる書が実装された。これらの書は今までの書と比べると特殊な書である。

• 白の書は、強化に失敗したときに減るUGを1戻すことができる書である。だが成功確率が1%、3%、5%、と今までの書と比べると格段に低く、また呪われたという修飾がつく書と同様に強化に失敗したとき、一定確率で強化対象の装備が消失する（n%の成功確率の書で消失する確率は2n%となる）。現在は20%の白の書も実装済みである。20%の白の書は、破壊率が50%となっている。
• 混沌の書は、今までの書とは違い、成功時に一定の能力が上昇するのではなく、ランダムで能力が上がる書である。また、能力が上がらずに下がることもある、大変ギャンブル的な要素がある書でもある。この書は60%の成功確率のものしか実装されていない。上位に能力が下がらない肯定の混沌の書があるがこちらは成功率が30%とさらに低い。
• 防寒の書は、エルナス地方でHPが自然減少してしまうものを抑えるための書である。この書はマントにしか強化することができず、成功確率は10%のものしか実装されていないが、ugはいくら貼っても変わらない。
• スパイクの書 靴に貼る強化書である。成功率は10%だが、雪のマップでも滑らなくなったり、mobの攻撃で吹き飛ばされにくくなる。こちらもugはいくら貼っても変わらない。

Ver3.28で追加された強化呪文書に代わる強化システム。現在はこれが一般的な強化方法になっており、この頃から従来の強化呪文書がモンスターからほとんど手に入らなくなったため、一部の強化呪文書が高騰化する原因になっている。従来は呪文書のドロップ率そのものの低さや100%強化の効果の低さに悩まされていたがこれによって誰でも気軽にどんな装備アイテムでも強化が可能になった。ただし、アップグレード回数のある装備アイテムでないといけないのはもちろん、キャラクターのレベルが20以上にならないと強化不可能で狩りで呪文の痕跡も手に入らないという制限がある。こちらは従来の確率の書を呪文の痕跡で使用する形に変わっている。確率の低いものは効果値が高いがその分必要な痕跡の数も多くなる。確率は100%、70%、30%の3つで武器のみ15%がある。これと別に共通で30%イノセント、アークイノセント、5%白の書がある。これらは強化のリセットやアップグレード回数を取り戻す効果があるため、必要な痕跡の数が非常に多い。

従来の強化と違い、職業別の装備アイテムはそれに合わせた必要な能力が必ず強化できるようになっている（例えば弓使いの装備ではDEXを、魔法使いの装備では魔力やINTを強化できる）。また防具は4回目の強化を呪文の痕跡で成功させると、攻撃力（魔法使いの防具以外）または魔力（魔法使いの防具のみ）が1増えるボーナスがある（全職業共通の防具は攻撃力も魔力も1増える）。

2010年9月29日 (Ver1.86) で追加された新しい装備強化システムのことである。

• 潜在能力覚醒の書、高級潜在能力覚醒の書などを使用することによって装備品に2〜3個の潜在能力をランダムで追加することができる。また、ドロップした時点で既にレア等級以上の潜在能力を持っている装備品もあり、その場合は鑑定することによって潜在能力が判明する。
• 潜在能力を変更するにはアイテム｢ミラクルキューブ｣が必要。
• 基本的に潜在能力の個数は最初に鑑定が完了した時点 から変わらないが、等級を上げると稀に増えることがある。

メイプルアイランド・リス港口周辺に出現する、カタツムリのモンスター。小さくて動きが遅く弱いものが多い。

主にヘネシス周辺に出現する、きのこの敵。きのこだがどれも顔が付いており動き回る。

エリニア周辺などに出現する、丸く顔があるスライムのモンスター。頭から紐のようなものが出ている。

ノーチラス・ペリオン周辺などに出現する、豚や猪のモンスター。比較的動きが速い。

キノコ王国・エルナスなどに出現する、青いペンギンのモンスター。

雪男のモンスター。

ビクトリアアイランド中央ダンジョンに出現する、恐竜のようなドラゴンのモンスター。

ビクトリアアイランド中央ダンジョンに出現する、悪魔のような怪物のモンスター。ボス級の扱いである。

ルディブリアム周辺に出現する、オモチャのモンスター。

ショーワ村付近に出現するヤクザ。人間だがゲーム上モンスター扱いである（ゲーム中で正体を現すことはないが、大親分のみ狸の妖怪である）。

メイプルストーリーの利用者層は低年齢者が大半であり、小学生を含む未成年が多数参加している。このプレイヤーの年齢層の低さが、モラル・マナーの欠如につながり、以下ような問題を起こしている。これらの行為の名称はプレイヤー間の呼称に由来する。またRMTの利用者も非常に多い。

また、嘘の情報や特殊な技術などを使ってゲームのソフトを不正に利用しているものもいる。これらの行為、行為者はプレイヤー間では一般に「詐欺」や「チート（升）」と呼ばれる。

• これらの風潮を利用し、ゲーム内アイテムや通貨、アバターなどの課金アイテムなどを騙し取る行為までが後を絶たない。2006年9月には、ゲーム内の課金アイテム（狩りなどで得るアイテムではなく、後述のネクソンポイントを消費して得るサービスをアイテム化したもの）を、ゲーム内通貨（メル）で買い取ると偽った詐欺容疑で容疑者が逮捕され、同年11月には地方裁判所で詐欺および不正アクセス行為の禁止等に関する法律（不正アクセス禁止法）違反の有罪判決が下されている。ニュースサイトの4Gamer.netによると、ゲーム内のアイテム詐取に詐欺罪を適用したことがもっとも注目すべき点であるとしている。
• 2008年5月には、ゲーム内で結婚していたカップルの男性が勝手に離婚したことに腹を立て、女性の側が男性のIDでログインし、男性のキャラクターを消去する事件が発生している。同年10月に女性が、不正アクセス禁止法違反などの疑いで逮捕された。

ネクソン全体の問題点についてはネクソンを参照。

2006年11月9日、ネクソンジャパン（日本法人）は、マッドハウスの協力のもとで「メイプルストーリー」をアニメーション化することを発表した。メイプルストーリーを展開している各国に放送することを目的とし、ゲームユーザー以外の人々にも幅広く認知されることも製作の視野に入れている。テレビアニメは2007年10月7日から2008年3月30日まで、テレビ東京系列にて日曜 8:30 - 9:00に放送された（全25話）。ハイビジョン制作（アナログ放送は16:9レターボックスで放送）、字幕放送。

韓国の地上波では2008年にSBSで放送された。本作の放送をもって韓国の地上波での日本製アニメの放送は完全に途絶えることとなった。

角川書店が毎月26日に発刊しているケロケロエースに連載している。漫画版のキャラクターは、テレビアニメ版のキャラクターと同一である。

2007年1月9日に韓国ネクソンが『メイプルストーリー』をニンテンドーDSに移植することを発表。韓国では2010年4月15日に『メイプルストーリーDS』を発売した。日本でも2011年11月17日に発売された。

2014年4月24日 同ネクソンがニンテンドー3DS向けゲーム『Maple Story 運命の少女』を発売。

2007年8月28日から、日本全国のローソンおよびファミリーマートで、株式会社ロッテとのタイアップによる「メイプルストーリーガム」の販売を開始した。包装紙に印刷されているシリアルナンバーをゲーム内で使用することで、通常は入手できないアイテムを手に入れることができるようになっている。

2008年2月19日からコカコーラでもタイアップ商品を発売した。4月27日までの期間限定でオリジナルマップも登場した。

「メイプルストーリー」をモデルとしたトレーディングカードゲームが、2008年3月20日から販売されている。これはウィザーズ・オブ・ザ・コースト社が2007年11月から米国で販売している物を、日本国内向けに日本語翻訳して発売しているもので、日本での販売/著作はウィザーズ・オブ・ザ・コーストとNEXONの連名になっている。日本の国内で流通している物は1パック5枚のカードの内1枚に、先述の食品会社とのタイアップ商品のようにコードが付随していて、それをオンラインゲームで使用することでアイテムを手に入れることができる。

15周年記念として2017年12月24日よりYouTubeで配信の実写ドラマ。