同社の『崩壊学園』のパラレルワールドのような舞台になっており、世界観は完全に同じではないが共通している。

共に物語冒頭で主人公キアナの住む長空市（ちょうくうし）に大規模な「崩壊現象」が発生するが、『崩壊学園』ではキアナの通う千羽学園から物語が進行するのに対し、『崩壊3rd』ではキアナ、芽衣、ブローニャが出会った後、第三律者によって長空市が壊滅し、天命組織の戦艦ハイペリオン号に助けられ、対崩壊戦士の「戦乙女(ヴァルキリー)」を育成している聖フレイヤ学園に入学したところから進行する。

「3rd」の由来は、中国で配信された『崩坏学园』がブラッシュアップと世界展開にあたり『崩坏学园2』（日本版『崩壊学園』）に置き換えられ、本作が3作目になるためである。ゲーム性もそれまでの横スクロール型アクションゲームから３Dアクションゲームになっている。

2023年9月22日、TOKYO GAME SHOW 2023にて崩壊3rd第二部のPVが公開された。第二部の舞台は火星。主要キャラ、システム、UIなどに大幅な変更が行われる。第二部の実装は2024年2月を予定している。2023年12月7日のVer.7.1のアップデートにてUIの変更のみ一足早く行われた。

かつて人類の文明を幾度となく葬ってきた未知の力「崩壊」が今再びこの平和な世界に降臨した。

B.C.2000年頃、天変地異によって突如崩壊した人類の文明。その後も周期的な氾濫により、人々は文明を築いては崩壊するという歴史を繰り返し歩んできた。長きに渡る「崩壊」との戦いは大地を疲弊させ、変異した「崩壊獣」が世界各地に現れ始めた。生き残った人々は、滅亡を回避するための方法を探ろうと、「天命組織」を設立した。その結果、生物の変異から消滅に至る「崩壊現象」と、対抗する力を備えた「聖痕」の存在が確認された。

3年前、「第3次崩壊インパクト」と呼ばれる、崩壊史上最大級の災厄がキアナ・カスラナの住んでいる極東の地である長空市に降りかかった。崩壊と深い因縁があるカスラナ家の血を引くキアナは感染を免れたが、被害は甚大で、人々の心に大きな傷を残すこととなった。

嘗ての戦いで母を亡くし、父にも失踪されたキアナは、「崩壊」に立ち向かうことを決意し、対崩壊実戦チーム「ヴァルキリー部隊」の戦艦・ハイペリオン号に乗り込んだ。

艦長の奇妙な冒険

Ver.2.5からVer.7.0まで続いていた長編イベントストーリー。本編に登場したキャラが登場するが全員本編とは別人であり、プレイアブル化されることもある。本編と大きく異なる点として艦長がストーリーに大きくかかわっている。本編においてもVer.キアナなどで関わっていたが、本イベントでは艦長のセリフや体の一部などが描写されているシーンが存在する。

• Ver.2.5「長月の夢」

• Ver.3.1「崩壊戦記」
• Ver.3.3「艦長の奇妙な冒険」
• Ver.3.9、Ver.5.3「崩壊戦記・零」
• Ver.3.6、Ver.5.2「霞隠散華抄」
• Ver.4.0、Ver5.3「星と君が消えた日」

• Ver4.1「双子・侵入　開園遊園地編」
• Ver.4.2、Ver.5.7「ローズマリーの花詞」
• Ver.4.3「崩壊冒険記」
• Ver.4.7、Ver.5.8「ネオンシティ・天穹」
• Ver.5.0、Ver.6.0「盛夏の海浜遊園地」
• Ver.5.7「断界の残篇」
• Ver.6.6「テリリと魔法の旅」
• Ver.6.8「長い夢が去る前に」
• Ver.6.9「赤い月が沈んだ後に」
• Ver.7.0「艦長の牧場ファンタジー」

現文明における律者 名称 権能 人物 第零律者（人の律者） 第零律者（起源の律者） 権能の紐帯 雷電芽衣 第零律者（人の律者） 人間性 第一律者（理の律者→真理の律者） 創造 ヴェルト・ジョイス↓ヴェルト・ヨウ↓ブローニャ・ザイチク 第二律者（空の律者） 虚数空間操作 シーリン↓キアナ・カスラナ（K-423） 第三律者（雷の律者） 電磁気操作 雷電芽衣 第四律者（風の律者） 流体操作 ウェンディ 第五律者（氷の律者） 冷気の操作 アナ・シャニアテ 第六律者（死の律者→死生の律者） 創生、凋零 ゼーレ・フェレライ 第七律者（炎の律者） 熱の発生、分子運動の操作 なし 第八律者（識の律者） 意識操作 フカ 第九律者（岩の律者→星の律者） 重力操作 陳天武（フクロウ） 第十律者（支配の律者・千人律者） 支配 烏合之衆 第十一律者（約束の律者・反律者） 崩壊エネル化ギーの無効化 オットー・アポカリプス 第十二律者（侵蝕の律者） 浸食 エリシア？ 第十三律者（起源の律者・人の律者） なし 存在しない 第十三律者（終焉の律者） 時間操作、抱擁 ケビン・カスラナ↓キアナ・カスラナ（K-423） 番外 隕氷の律者（氷の律者＆星の律者） 重力操作、冷気の操作 アナ・シャニアテ、陳天武（フクロウ） 薪炎の律者（空の律者＆炎の律者） 熱の発生、分子運動の操作 キアナ・カスラナ（K-423）

前文明おける律者 名称 権能 人物 第零律者（起源の律者・人の律者） 権能の紐帯、人間性 エリシア 第一律者（理の律者） 創造 虚空万象 第二律者（空の律者） 虚数空間操作 不明 第三律者（雷の律者） 電磁気操作 不明 第四律者（風の律者） 流体操作 不明 第五律者（氷の律者） 冷気の操作 不明 第六律者（死の律者） 細胞の操作 ゼーレ 第七律者（炎の律者） 熱の発生、分子運動の操作 卑弥呼 第八律者（識の律者） 意識操作 不明 第九律者（岩の律者） 重力操作 不明 第十律者（支配の律者・千人律者） 支配、全律者の能力使用 クライン、エイマー、など複数人 第十一律者（約束の律者・反律者） 崩壊エネルギーの無効化 不明 第十二律者（侵蝕の律者） 浸食 リン 第十三律者（起源の律者・人の律者） なし 存在しない 第十四律者（終焉の律者・最終律者） 時間操作、抱擁 不明

番号 / 異名 名称 / 所有者 第零の神の鍵 不明 第一の神の鍵 / 啓示の鍵 虚空万象 / オットー・アポカリプス→ケビン・カスラナ 第二の神の鍵 / 永劫の鍵 千界一乗 / オットー・アポカリプス 第三の神の鍵 / 裁決の鍵 浄罪七雷 / ワタリガラス 第四の神の鍵 (名称不明) / 天命 第五の神の鍵 / 停滞の鍵 万物休眠 / 天命 第六の神の鍵 / 創生の鍵 黒淵白花 / 天命本部 デュランダル 第七の神の鍵 / 破壊の鍵 天火聖裁 / カスラナ一族、劫滅 / ケビン・カスラナ 第八の神の鍵 / 意識の鍵 渡世の羽 / フカ 第九の神の鍵 / 呑喰の鍵 エデンの星 / ヴェルト→ブローニャ 第十の神の鍵 / 支配の鍵 軒轅剣 / フカ 他、太虚の拳 / フカ 他 第十一の神の鍵 / 約束の鍵 誓約の十字架 / テレサ・アポカリプス 第十二の神の鍵 / 侵蝕の鍵 地蔵御魂 / （八重村に安置） 第十三の神の鍵 存在しない 第十四の神の鍵 存在しない 未識別の神の鍵 / 空白の鍵 （真紅の騎士・月蝕に変態） 番外 外の鍵 シュガーズ

型番 名称 タイプ 所属 XXX-XXX 真紅の騎士・月蝕 神殺し装甲原型機 無量塔姫子（無許可） すべての天命戦乙女装甲の原型機「空白の鍵」をベースに「疫病の炎（プレイグジェム）」を搭載 HDA-001 極騎士・月天 試作型全領域作戦装甲 使用停止 HDA-001開発理念に欠陥が見られるため、すでにハンター計画によってHDA-001Jに改造された HDA-001J 極騎士・月燼 高火力制圧型作戦装甲 なし いまだにHDA-001Jの適格者を探している HDA-002 白騎士・月光 遠距離殲滅型作戦装甲 なし いまだにHDA-002の適格者を探している偶発的にキアナが装着自動照準ガンマ線攻撃システム、通称「光翼展開」搭載 HDA-003 夜騎士・月骸 ステルス型潜入作戦装甲 所有者不明（暗号化済み） エラー：アクセス権限がありません HDA-004 血騎士・月煌 外装型崩壊エネルギーアクティブ化装甲 テレサ・アポカリプス すでに使用されており、現在は極東支部に置かれているヴィシュヌDNA抑制のリミッター装着済最大解放時「暮光騎士・月煌」 HDA-005 蒼騎士・月魂 粒子流発散特化装甲 リタ・ロスヴァイセ（暗号化済み） エラー：アクセス権限がありません人型幻影「白銀の月」搭載 HDA-006 影騎士・月輪 高機動型接近戦特化装甲 フカ（暗号化済み） すでに使用されており、現在は天命本部に置かれている「月食形態」搭載 HDA-007 輝騎士・月魄 緊急任務と突撃特化の独立駆動装甲（全領域万能装甲） デュランダル→対象が見つかりませんでした 実戦投入準備完了→このプロジェクトはほかの実験室に移されました HDA-00X 戦騎士・月兎 混合駆動型創造形成装甲 データ不備 プロジェクト凍結、開発計画が中止されました

新キャラクター追加、バグ修正等の軽微な調整に関しては表記しない。