西暦2118年、異星人ドラクターの侵略により99.9%の人類が死滅した。生き残った人類の一部は地球を取り戻すべく『オブリビオンベイ』を組織し、巨大ロボット『ローグ』を建造して反撃の機会をうかがっていた。他の人類は記憶操作で侵略の記憶を消され、シェルター『イクシア』の中に作られた町で平和な生活を送っていた。

西暦2121年、赤城町で暮らす高校生の一大寺大和も記憶を操作され、鬱屈した気持ちを抱えながらケンカ三昧の暮らしをしていた。ある日、大和はケンカ仲間の土方龍吾と共に、同じ学校の浅海輝からメガトン級ローグ『ムサシ』の操縦士としてスカウトを受ける。ドラクターに家族を殺された記憶を取り戻した大和は、ドラクターへ復讐するためムサシの操縦士となり、戦いに身を投じる。

ムサシの参戦により反撃に転じた地球人類であったが、その中でドラクターへの重要情報の漏洩が判明する。このままでは地球人類の敗北は必至と考えたオブリビオンベイ司令官南沙也加は、イクシアを浮上させて他のシェルターを巡り、宇宙戦艦『アメノムラクモ』の設計図を収集して、ドラクターに対抗可能な戦力を入手することを計画する。イクシアの浮上の演算処理には高性能な人工知能が必要であるために、それを搭載するアンドロイドの芥川康太が操船士に任用される。

並行して戦力の拡大が行われ、オブリビオンベイ医療部に所属していた雨宮零士は、メガトン級ローグ『アーサー』の操縦士としての活動を開始する。またストリートギャングのボスを務める霧島ジュンと、格闘技のセンスに秀でた早乙女萌々香が、メガトン級ローグ『マキシマス』の操縦士として新たにスカウトされる。天才的なメカニック技能を有する金田一巧も、オブリビオンベイの技術班に加入する。

ドラクターことシドルの女王クロウゼード・ライアの娘、アーシェム・ライアは、母からの命令でローグのパイロットを暗殺すべくイクシアへ潜入していた。アーシェムは暗殺対象である大和に恋をして、シドルと地球の人々が共生する未来を望み、女王に反旗を翻す。大和もまたアーシェムの姿勢に感化され、ドラクター殲滅の考えを変化させていく。

娘の裏切りに気づいたクロウゼードは、アーシェムごとイクシアを破壊する命令を下し、ドラクターはイクシアへ総攻撃を開始する。アーシェムに想いを寄せるグリファース・クレドは、アーシェムの身柄を確保すべくダークナイトを操縦してイクシアに潜入する。

ドラクターの攻撃を防ぎつつ浮上の準備を続けるイクシアであったが、ドラクターのスパイであった竹熊繁弘の手にかかって南が死亡する。しかし司令官をマーガレット・ブレクネンに交代し、戦艦イクシアは浮上に成功、敵艦隊を一掃する。

イクシア浮上を防衛する戦闘の最中、アーシェムの処遇を巡って大和とグリファースが対峙し、結果アーシェムはひとり地上に取り残される。シェルターの外で生きる地球人ヴィクト・イーガーと出会ったアーシェムは、荒廃した地球で生きる決意をする。

浮上に成功したイクシアは、各地のシェルターを巡り、伝説の地『サンクチュアリ』を目指す旅を続けていた。

一方ドラクター陣営では、グリファースが反乱を起こし、女王クロウゼードを幽閉した。皇帝の座についたグリファースは『エルゼド』に対抗すべく軍勢を整え、またアーシェムを手中におさめるべく狙っていた。

最初のシェルター『エディシア』へたどり着いたイクシアであったが、エディシアは既に破壊され、オブリビオンベイは調査部隊を送り込む。一方、大和たちの通う星刻学園では九世正宗という人物が突如現れ、影の支配者として学校に君臨していた。実は九世は記憶操作装置のハッキングで自らの存在を偽装し、外からイクシアへ侵入した密入国者であった。ローグのパイロットを志望していると語る九世は、無断でムサシに乗り込み驚異的な操縦技術を見せつける。その頃ヴィクトと行動を共にするアーシェムは、シェルター外の峡谷集落『ソロン』にて、死と隣り合わせにある環境でも必死に生きようとする地球人たちの姿を目の当たりにする。パイロットとなった九世はイクシアをハイジャックし、ソロンの人々をシェルターに収容することを要求する。ハイジャックは失敗に終わったが、シェルターの外の状況を知ったマーガレットは、イクシアをソロンへ向かわせる決定を下す。

ソロンへ到着したイクシアは、住民たちの収容を開始する。時を同じくして幽閉を逃れたクロウゼードもソロンに降り立ち、アーシェムとの邂逅を果たす。ドラクターの襲撃により崩壊するソロンであったが、住民たちの収容は完了する。アーシェムは戦火の中で大和と再会するが、かつて地上に不時着したドラクターの戦艦とコンタクトをとるため、クロウゼードやヴィクトと共に旅立つ道を選ぶ。

アーシェムたちはドラクター戦艦が不時着した地を訪れる。そこでは生存したドラクターの下民兵が『墜落村』という集落を形成し、地上で生活を営んでいた。地球人と一緒にいることもあってアーシェムは当初兵士たちから警戒されていたが、3ヶ月間の時を共に過ごすことで信頼を得るに至る。アーシェムはシドルを貴族と下民が分け隔てなく生きられる国とすること、そしてシドルと地球人の共存の未来を目標に掲げ『白の騎士団』を結成する。

シェルターを巡るイクシアであったが、訪れた5つのシェルターは全て壊滅していた。 次なるシェルター、および最終目的地『サンクチュアリ』を目指すには、地上を分断するためにドラクターが設置した電磁障壁『大陸境界線ヴォルトライン』を越える必要があった。そのためにイクシアは、ヴォルトラインを発生させている『地上要塞ゴッドハンマー』の攻略に挑む。絶対的な戦力差に圧倒されるイクシアのローグ部隊であったが、白の騎士団の援軍を得たことでゴッドハンマーの攻略に成功する。

ゴッドハンマー攻略を終え、白の騎士団はイクシアへ合流する。アーシェムはマーガレットに終戦とシドルと地球の人々の共存の志を語り、マーガレットもそれに同意する。イクシアの議会から侵略者との共存は不可能と反対を受けるが、地球人の輝とドラクターの南との間に生まれた娘・ミライを共存の希望の証として掲げ、イクシアの新たな意思決定組織として白の騎士団の同盟『二つ星同盟』を結成する。

異星人との交流を深めるためイクシアで祭が開催され、地球とシドルの戦士たち、そして侵略の記憶を持たないイクシアの住人たちは各々祭に興じていた。そこでアーシェムは大和に結婚を提案する。しかし直後、イクシアに潜入したグリファースによりアーシェムはシドルゴアへ連れ戻されてしまう。

ヴォルトラインを越えたイクシアに、サンクチュアリこと『オルテガ・マザーベース』から通信が入る。オルテガ・マザーベースもまた宇宙戦艦アメノムラクモの設計図の断片データを収集しており、イクシアの収集したものと合わせて設計図が完成することが判明し、イクシアはオルテガ・マザーベースへ向かう。到着したイクシアの面々はオルテガ・マザーベースの司令官デカート・ディクセンベルグに出迎えられ、ローグ開発者のハルマ・リュウセイ、そして新型メガトン級ローグ『ヨシツネ』のテストパイロット外山小次郎と出会う。小次郎の案内で街を楽しむ大和たちであったが、そこで暴漢たちに襲われ、またマーガレットの元にも殺し屋が現れる。大事には至らなかったものの、マーガレットたちはこれらの事件にディクセンベルグの関与を疑い、基地の調査を進めていく。

マーガレットは調査の中で、ディクセンベルグが他のシェルターを壊滅させ、地球をも危険にさらしうる次元兵器を搭載したアメノムラクモの戦力を独占しようとしていることを突き止める。ディクセンベルグはアメノムラクモを発進させ、次元兵器によるシドルゴアの破壊を試みる。一方、先んじてディクセンベルグの野望を知っていたハルマは、アメノムラクモに対抗すべく、イクシアを改造した『宇宙戦艦イクシオン』と宇宙用ローグ『ムサシクロス』を完成させる。圧倒的な突破力でアメノムラクモに迫るムサシクロスであったが、その前に小次郎の駆るヨシツネが立ちはだかる。アメノムラクモは次元兵器の発射態勢に入るが、イクシオンの戦力ではそれを止めることは叶わず、窮地に陥る。シドルの女王クロウゼードは地球を守るため、白の騎士団の母艦『ホワイトローズ』でアメノムラクモに特攻を仕掛け、次元兵器復旧までの時間を稼ぐ。

本作の地球技術で建造した巨大ロボットはローグと呼称されている。

ダークナイトエンペラー
ダークナイトエンペラー

2016年7月27日にパイロットフィルムのアニメが公開され、2018年12月25日にも『最新映像2018』のタイトルでパイロットフィルムのアニメが、2020年1月20日にも『完全版PVジャンプフェスタ2020Ver』のタイトルでPVが、それぞれ公開された。なお、パイロットフィルム版ではデジタルアニメであったが、最新映像2018では3DCGアニメ、完全版PVではCGと2Dアニメの両方使用となっていた。

TOKYO MXほかにて、シーズン1が2021年10月から12月まで放送された。2022年7月から9月まで映像を細部まで見直し新規カットを追加したシーズン1特別篇が放送された。シーズン2は同年10月より2023年3月まで放送された。

第18話は当初2022年11月4日の放送予定だったが、クオリティ維持のため放送延期となった。代替に第16話の再放送と第17話の特別篇放送が行われ、第18話以降は11月18日から順次放送された。シーズン2最終回前も新型コロナウイルスの影響で製作が遅れ放送延期になり、第25話と第26話の再放送の後に第27話とシーズン2最終話の第28話が順次放送された。インターネット配信版とテレビ放送版ではシーズン2最終話のエンディングが異なっている。