1977年から1981年にかけて、少年画報社「少年キング」にて、同誌の看板作品として連載された。ヒットコミックス全18巻。第23回(1977年度）小学館漫画賞を受賞した松本零士の代表作。連載中にテレビアニメ化、劇場アニメ化されて大ヒットしてアニメブームの原点を確実なものとし、『宇宙戦艦ヤマトシリーズ』とともに昭和50年代の松本零士ブームをも巻き起こし、当時のアニメブームとともに松本ブームの頂点となった作品である。

1981年9月に連載を終了して、当初はこれをもって完全に完結し続編はないとしていた。

その後もイベント向けの番外編的な短編映像化は行われていたが、1996年になって小学館「ビッグゴールド」誌上で続編の連載が始まる。1999年の「ビッグゴールド」誌の休刊後は、「ビッグコミック」を経てWebで不定期連載し、松本は999話まで描きたいとしていた。

関連書籍となる「松本零士大解剖 無限の零次元宇宙編」では、「少年キング」版を「アンドロメダ編」、1996年からの新作を「エターナル編」と分けている。エターナル編は1998年に劇場アニメ化されて、ストーリーの完結までを描くその続編が1999年に劇場アニメとして公開される予定だったが頓挫している。

宮沢賢治の『銀河鉄道の夜』とモーリス・メーテルリンクの『青い鳥』をヒントに執筆が始められた。タイトルの999には、大人の1000になる前で未完成の青春の終わりという意味が込められている。

物語の枠組みは『銀河鉄道の夜』に登場する銀河鉄道を元にしているが、列車や運行システムの細部は日本の旧国鉄をモデルとしている。松本自身が『銀河鉄道の夜』『青い鳥』とともに、SLの引く列車に乗って東京へ行った青春時代の体験が基になっていることを述べている。

松本は物心ついた頃には既に宇宙について興味があったという。京都産業大学の創設者である荒木俊馬著の『大宇宙の旅』を小学生の時に読んだことで、後の漫画家人生を歩む上で大きく影響を受けたという。『銀河鉄道999』の主人公の氏名は「星野鉄郎」であるが、『大宇宙の旅』の主人公の氏名は「星野宙一」である。両作の主人公の苗字が「星野」であることは偶然の一致であるが、松本はインタビューで「この本の『星野』という名前が、無意識のうちに自分の中に刷り込まれていたのかもしれません」と語っている。

本来『宇宙海賊キャプテンハーロック』（以下、『ハーロック』）とともにアニメの企画であった。1976年秋に東映動画（現・東映アニメーション）からテレビアニメ『惑星ロボ ダンガードA』への参加を要請された際、ロボットアニメに気乗りしなかった松本がこの2つの企画を東映動画に逆提案し、松本自らが企画書を作成してテレビ局にも売り込んだがアニメ化は実現に至らず、ちょうど「少年キング」から連載依頼があり、『ハーロック』にも同様の話があったことからそれぞれ漫画連載していたところ、松本零士も関わった『宇宙戦艦ヤマト』のブームが到来。両作品とも1978年からテレビアニメ化された。連載開始時は全10回の予定だった。10話分を描き溜めて編集部に渡してアフリカ旅行に旅立って1977年1月から連載スタート、帰国すると予想外の人気で連載を何回でもやるように言われ、220回、5年に及ぶ連載になった。

元々『銀河鉄道999』は『ハーロック』『クイーン・エメラルダス』は同一の物語として構想していたところ、アニメ化・漫画化の際に別々の物語として再構成したものである

大ヒットした本作は「少年キング」後期の代表作ではあったが、松本がアニメ制作に時間を取られて掲載されないことが何度もあったため、単行本の売れ行きこそ非常に良かったものの同誌の部数を増加させるまでには至らなかった。同誌では銀河鉄道のパスのプレゼント企画が実施され、40万か50万の応募があったという。

前述のように1981年9月の原作終了と同年夏公開『さよなら銀河鉄道999 アンドロメダ終着駅』をもって作品のテーマを完全に描き終わったことから、これで本作は完結したとし、それを無理につなげて創作するのは「デッチあげ」であってもう2度と作らないとしていたが、1988年に再映画化について取材されると「ぜひまたやりたいと考えている」と意欲を見せ、1991年頃のインタビューで「999号そのものの旅が終わったわけじゃないんです」として、主人公星野鉄郎のドラマが完結している問題がクリアされたらという前提で新シリーズに含みを持たせた。

そして1996年よりエターナル編の執筆が開始された。松本は続編執筆の理由を2004年のインタビューで、地球にまだ平和が訪れておらず結末をまだ描いていないからと説明した。エターナル編は2004年までに41話が掲載され、2005年の松本の漫画家50周年を記念した「ビッグコミックスペリオール」の増刊に描き下ろしの4話が掲載されたのを最後に新エピソードが描かれず、伏線の多くは回収されないままとなっている。エターナル編は劇場アニメ版第2作の設定が取り込まれているために、原作アンドロメダ編からの純粋な続編ではない。ただし単行本ではアンドロメダ編の続きの巻として番号が割り振られて刊行されている。

アンドロメダ編では松本の他作品からの出演はあくまでゲストの範囲内であったが、このエターナル編からは、松本によって積極的に世界観の拡大や設定の変更が行われ、他作品『ハーロック』『クイーン・エメラルダス』『新竹取物語 1000年女王』『ニーベルングの指環』といった作品と物語がリンクし、キャラクターはゲスト出演の範疇を超えて頻繁に登場するようになり、メーテルとエメラルダスの関係に至っては漫画のアンドロメダ編とそれを基にしたテレビアニメでは「ライバル」だったが、エターナル編では「双子の姉妹」に変更されている。

2008年発行のゲーム情報誌『ファミ通』999号でも、999という数字に合わせて銀河鉄道999を題材とした表紙を描き下ろした際のインタビューにおいてエターナル編についても触れ、最終話の構想について「エンドマークはまだつけていない」「連載は終了ではなくあくまで中断」「自分の物語は時空を越えて全て繋がった一つの世界で時の輪をめぐる物語として描いている」と語っている。

2012年、2013年に和智正喜の小説『GALAXY EXPRESS 999 ULTIMATE JOURNEY』が発表された。これはエターナル編の続きの体を成しながらも、宇宙戦艦ヤマトおよびアニメ企画『新宇宙戦艦ヤマト』→『グレートヤマト』、さらにはアニメ企画『Cosmo Super Dreadnought まほろば -超時空戦艦-』の設定を巻き込んで再構築されている。なお、この小説の設定が『宇宙海賊キャプテン・ハーロック～次元航海～』にも反映されている。

2018年には「999 40周年記念」として、エターナル編のリブート的作品として島崎譲の手によって、『銀河鉄道999 ANOTHER STORY アルティメットジャーニー』がチャンピオンRED誌で連載を開始した。なお、この作品は松本のエターナル編とは異なり、明確に劇場版旧2作の続編として描かれている。

999号が停車する1つの惑星につき1つのエピソード、という短編の連作で基本的に構成されている。

舞台は、銀河系の各惑星が銀河鉄道と呼ばれる宇宙空間を走る列車で結ばれた未来世界（テレビアニメ版では第1話冒頭のナレーションで西暦2221年と設定）。宇宙の多くの裕福な人々は機械の身体に魂を移し替えて機械化人となり永遠の生を謳歌していたが、貧しい人々は機械の身体を手に入れることができず、機械化人の迫害の対象にされていた。そんな中、機械化人に母親を殺された主人公の星野鉄郎が無料で機械の身体をくれるという星を目指し、謎の美女メーテルとともに銀河超特急999号に乗り込む。

※キャストは特記なき場合、テレビ版のものである。テレビドラマ版の演者については、#テレビドラマの節を参照。

星野鉄郎

声 - 野沢雅子
本作の主人公。機械の体をタダでくれるという触れ込みの星へ行ける銀河超特急999号のパスをメーテルから貰い、彼女とともに999号で旅をすることとなる。
劇場版の鉄郎は原作・テレビ版と容姿が大きく異なるが、これは既に放送していたテレビ版とは別の『999』を作ろうということによる。

メーテル

声 - 池田昌子
本作のヒロインで、もう一人の主人公。鉄郎を999の旅へと誘う謎の美女。鉄郎の母によく似た風貌をしている。作品や関連商品でのジャケットイラストなどでは鉄郎ではなく、彼女を描いていることの方が圧倒的に多く、ある意味「主人公以上の存在」ともいえる立ち位置にある。

車掌

声 - 肝付兼太
999号で勤務している車掌。性格はまじめで、客へのサービスは忘れない。目以外の肉体的外見をうかがうことは出来ない。連載初期には規則には大変厳しく、鉄郎・メーテルに変装しパスなしで乗り込もうとした親子を999号から放り出したことがあった。

機関車 / C62 48号機 / C62 50号機(テレビアニメ版)

声 - 山田俊司→戸谷公次 / 柴田秀勝（劇場版第2作） / 山寺宏一（劇場版第3作）
999号の客車を牽引する機関車（C62形蒸気機関車）であり人格を持っている999号のコンピューター（人工知能）。プライドが高い。しかし、アニメ版でメーテルに逆らえなかったシーンがある。牽引機関車は原作及び劇場版では実際に存在した48号機であるが、テレビアニメ版のみ架空の50号機となっている。

謎の声

声 - 田中崇（後の銀河万丈） / 納谷悟朗（劇場版第1作） / 松本零士（WEBアニメ 不滅の空間軌道）
メーテルに指示を下す謎の声。物語の終盤で正体が明らかとなる。

鉄郎の母 / 星野加奈江

声 - 坪井章子 / 滝沢久美子（不滅の空間軌道）
雪の晩、鉄郎とメガロポリスに向かう途中のところを機械伯爵に襲われ、物語冒頭で射殺されてしまう。
テレビアニメ版では鉄郎の回想などを通じてたびたび登場している。

機械伯爵

声 - 柴田秀勝 / 中村秀利（不滅の空間軌道）
鉄郎親子を襲った機械化人。鉄郎の母をライフルで射殺したあと、彼女をハンティング・トロフィーにして自宅の応接間に飾り、仲間と祝杯を挙げていた。そこを復讐に来た鉄郎によって仲間共々皆殺しにされ、彼の屋敷は火をかけられたことにより灰燼に帰した。
劇場版第1作では機械化人の英雄とされ、宇宙を渡り歩くことのできる城・時間城のボスとして鉄郎の前に立ちはだかるため、終盤直前までにおける鉄郎の宿敵として登場するメインキャラだが、テレビアニメでは加奈江を殺害した敵である点は同じだが、上述のように早々に鉄郎に殺されて第1話でいきなり物語から退場するゲストキャラ的な扱いになっている。
惑星ヘビーメルダーの歌姫リューズ（声 - 小原乃梨子）を愛人としている。
『メーテルレジェンド』にも登場している。

アンタレス

声 - 今西正男 / 久松保夫（劇場版第1作） / 糸博（1997年のラジオドラマ） / 郷里大輔（プレイステーション用ゲーム松本零士999 〜Story of Galaxy Express 999〜） / 佐藤正治（DS）
999を襲った列車強盗。正真正銘の生身の人間であり、その体には数多くのエネルギー弾が不発弾となってめり込んでいる。999をトレインジャックして自分の住処とする小惑星へと進路を変更させた。鉄郎がタイタンで手に入れた戦士の銃のメンテナンスを行い、彼に「命乞いされようとも、心を鬼にして、撃たれる前に撃て」という宇宙で生き抜くための非情の掟を説いた。体内の不発弾はいつ爆発してもおかしくない状況だが特に気にしている様子はなく、「いつかこいつら（不発弾）が爆発しておれはなにも残さず、消し飛ぶのだ」と言って笑い飛ばすという豪快さも見せる。
たくさんの子供を持つ父親であり、2ヶ月以上家に帰っていなかった。テレビ版では、機械化人から物資を奪おうとした際に妻を殺されたことが語られ、メーテルと再婚しようとしたが断られた。
劇場版第1作ではタイタンにアジトを持つぶどう谷の山賊のボスとして登場し、機械伯爵に親を殺された孤児たちを養っていた。原作やテレビ版に比べ体型もスリムになり、風貌も精悍になっている。孤児たちの仇を討つべく、母の仇討ちのため機械伯爵の時間城に乗り込んだ鉄郎の救援に駆けつけた。メーテルが只者ではないことに気づいており、気をつけるよう鉄郎に遺言する。
この劇場版では最期を遂げており、機械伯爵とリューズが逃げ込んだ防弾ガラスに張り付き、体内の不発弾を爆発させてその言葉どおり肉体は跡形もなく消し飛んでいる。

クレア

声 - 川島千代子 / 麻上洋子（劇場版第1作） / 皆口裕子（劇場版第3作）
クリスタルガラス製の機械化人。生身の体を買い戻すため、999のアルバイトのウェイトレスとして働いている。体内エネルギーの振動を強くして、その体をホタルのように発光させることもできる。小惑星帯トンネルで鉄郎を助けるために体を砕け散らせて死亡した。原作では、このときに鉄郎が持っていたクレアの体の破片が、終着駅で鉄郎の危機を救うキーアイテムとなる。エターナル編では何者かにより再生され、999の食堂車に勤務している（メニューの表紙には"CLAIR RESTAURANT 999"と表記されている）。停車する星の情報説明やアドバイスを車掌に代わって鉄郎にすることがある。元の身体は冥王星に保管されていたが、何者かに盗まれてしまう。
劇場版第1作では小惑星帯トンネルを無事に通過したので終盤まで登場する。鉄郎に恋心を抱くも、鉄郎がメーテルに好意を持っていることに気付いて思い悩む姿が随所で見られた。
終盤、鉄郎を殺害しようとしたプロメシュームの半身を、自らの命と引き換えに破壊して砕け散った。
機械化人では珍しい、人の心を無くさずに維持している稀有な存在であり、同時に身体がクリスタルガラスで出来ているという点においても他の機械化人とは異彩を放っている。
原作も劇場版第1作も主人公を救う為に命を捧げる乙女であり、物語の根幹に関わる準ヒロインとして扱われている。
ただし、プロメシュームの側近の1人であるミライもクレアと同様にガラスで出来た身体をしている。
その優しい人柄ゆえに鉄郎からの信頼も篤く、鉄郎からは「クレアさん」と「さん」付けで呼ばれることもある。

シャドウ

声 - 信沢三恵子 / 藤田淑子（劇場版第1作）
冥王星の墓守を務める機械化人で、「迷いの星のシャドウ」と呼ばれている。機械の体にはなったものの、生身の体のときの顔ほどの美しさには及ばなかったため、顔はのっぺらぼうである。
機械の体になったことを後悔している。美しい生身の体に戻りたい一方で永遠の命も捨てがたく、迷い苦しんでいた。テレビ版では、生身の体に戻るために必要な鉄郎の魂を奪おうとして彼に母親の幻を見せ、メーテルから引き離そうとしていた。劇場版第1作では一人身の寂しさに耐えられずに鉄郎を狙うが、メーテルに自分の中の迷いを指摘されて断念した。劇場版第2作では、999は冥王星に停車せず、通過するだけであったが、999を見上げる姿で1カットのみ登場している。
エターナル編では冥王星でホテルシャドウを経営をしており、シャドウ夫人と呼ばれている。

リューズ

声 - 北浜晴子 / 浅野真澄（DS）
重力の底にある家で暮らす機械化人で、時間を操る能力を持つ。これにより333号を脱線させ、車内の時間を進めて333号の乗客を白骨に変えた。列車脱線の常習者で、999号で20台目になると語っている。1人暮らしの寂しさから鉄郎を自分の家に連れて行き、同居を条件に機械の体を与えると鉄郎に言うがそれを拒否される。リューズは機械の体になったいきさつを話してなおも鉄郎に同居を迫ったが、鉄郎の固い意志を見てそれをあきらめ、鉄郎がいつかメーテルをとるか自由をとるかで悩む時が来ることを話し、彼を解放した。
リューズが語ったところによれば、彼女は500年前に交際していた男性の言うがままに自分の肉体を機械の体にした結果、このような体になった挙句にその男性から捨てられたとのことであり、テレビ版ではその様子が詳しく描かれた。これにより彼女がかつてフラメンコの踊り手であったこと、交際していた男性の名がクロック男爵（声 - 徳丸完）であることなどが明かされた。

ニセハーロック / 影男

声 - 安原義人 / 大塚明夫（1997年のラジオドラマ） / 井上真樹夫（松本零士999） / 緑川光（DS）
惑星ヘビーメルダーの支配者として君臨する機械化人。影男はアニメでのクレジット表記である。ハーロックの名を騙って悪行の限りを尽くしていた。ニセハーロックと後述するレリューズが登場するエピソード「時間城の海賊」に先行して劇場版第1作が公開されており、時間城はニセハーロックの居城として登場することとなった。また「過去から未来まで渡り歩くことのできる城」というニセハーロックと部下のセリフから、タイムマシンとしても機能することが明らかとなっている。
メーテルの対決の際にも、城内に仕掛けてある落とし穴で鉄郎を母が殺される前の晩にタイムスリップさせるといった卑怯な行為に及んでいるが、最期は愛人のレリューズにも裏切られ自分の体の時間を進められた結果、電子頭脳を残して肉体を消滅させられてしまう。
メーテルのかつての同士・過去共に旅した仲間とも取れるような描写がなされており、電子頭脳だけとなったその姿を見てメーテルは涙を流し、鉄郎に対してニセハーロックもかつては鉄郎のような心を持った若者だったと語っている。
テレビ版では暗所を好み極度に光を嫌う描写が追加されたほか、レリューズに暴力を加えるシーンなども描かれた。メーテルにとっては許すべからざる敵として描かれており、最期を迎えた際にも彼を哀れむような描写はない。ただテレビ版でも、かつてはメーテルとともに宇宙に正義を取り戻そうとした同士だったことがメーテルの弁で語られ、彼女を裏切って多くの仲間を死に追いやった卑怯者とされている。またメーテルの先手を常に取り続け、彼女に反撃のチャンスを与えなかったとも語られている。

レリューズ

声 - かおりくみこ / 小林優子（1997年のラジオドラマ）
ヘビーメルダーの酒場の歌姫で、ニセハーロックの愛人。重力の底を住処とするリューズの姉であり、彼女もまた機械化人である。タイムスリップの能力を持ち、時間の流れの中を移動できる。外見的には若い女性のように見えるが、妹のリューズが500歳以上であることから彼女も相当に高齢であることは確かである。
劇場版第1作に登場した機械伯爵の愛人・リューズに相当するキャラクターで、歌詞から劇場版のリューズが歌う「やさしくしないで」を酒場で歌っていることがわかる。メーテルの後を追う鉄郎を時間城へと連行するが、時間の流れの中へと落下させられた鉄郎を連れ戻す。最期はニセハーロックを裏切り、自分達と時間城の時間を進めて城と運命をともにした。
テレビ版では「想い出なみだ色」を歌っている。また、妹のリューズがいなくなってからニセハーロックと出会うまでのいきさつも描かれた。原作では彼女が最期を迎える描写はなく、時間城崩壊後の描写もニセハーロックについてメーテルが言及しているのに対し、テレビ版ではレリューズのほうに描写が割かれている。崩壊する時間城の中でギターを弾き「想い出なみだ色」を歌いながら肉体が朽ち果てていく様子が描かれ、劇場版の時間城崩壊シーンを踏襲するものとなっている。後に残された時間城の残骸から鉄郎がレリューズのギターを見つけ出し、酒場に戻ってきて彼女のギターを酒場のマスターに渡すシーンも描かれた。

S・F・メタルメナ

原作にのみ登場するクレアの後任のウェイトレス。口が大きめな姉御な風貌の機械化人。言動はかなり乱暴で鉄郎の「戦士の銃」を９９９号の車内で撃ったりもしていたが、結果的に鉄郎を助けるものとなっている。感謝すると皮肉や憎まれ口で返す性格で謎は多い。数話連続で登場し物語の中からも外からも意味深な存在であったが、その後はなかったことのように姿が見えない。
劇場版第2作にもメタルメナ（声 - 麻上洋子）という機械化人が登場するが、クレアの後任と機械化人という設定以外に特に共通点はない。

プロメシューム

声 - 来宮良子 / 寺瀬今日子（DS）
メーテルの母にして機械帝国の女王。終着駅で鉄郎を待つ。機械の体による人間の機械化のみならず、全宇宙の機械化を進めている。

メノウ

声 - 坪井章子（1997年のラジオドラマ） / 江森浩子（松本零士999）
原作におけるプロメシュームの側近を務める機械化人で、アニメには登場しない。クレアの母で、彼女の体をクリスタルガラスにした。クレアの弁によれば見栄っ張りとのことである。これから機械の体になる生身の人間への配慮から、先入観を持たせないために顔はのっぺらぼうで黒い体をしている。
終着駅近くの通過駅「予約カタログ」にて、機械の体のカタログ配達人として鉄郎の前に現れる。終着駅の一つ手前の臨時停車駅「最後の晩餐」では、若い女性を装い鉄郎の行動を観察していた。

エターナル編からの登場人物

※劇場版第3作『エターナルファンタジー』に登場したキャラクターは、声優も併せて記載している。

電子妖精カノン

声 - 戸田恵子
人型をした999のパーツ。999のアバター的存在であるが、独自の自我を持つ。パーツであるために機関車の外には出られないとされていたが、運命(ディスティニー)発車前に客車から顔を出すカノンの姿が確認できる。

ミーくん

地球で監禁されていた鉄郎と同居していたトラ猫で、ともに999号に乗り込んだ。

ダークィーン

エターナル編での敵役。メタノイドを支配して、有機生命体の絶滅を進めている。ただし、非業の死を遂げた惑星アフロダイテの兵士に対し涙を見せたり、自分の体内に招いた鉄郎に対し、危害を加えたり心を読んだりすることはなかったことから、冷酷非道な悪役ではないことがうかがわれ、メーテルも彼女のことを「悪人ではない」と評している。そのメーテルについては、「ぶつかれば自分の宇宙を道連れにする可能性がある」として直接対決を避けているふしがある。また、支配下に置いているメタノイドについても、「いつか自分を裏切らないとも限らない」と悟っている。（実際、その後、ヘルマザリアの子供の一人・ロウエルを含む一部のメタノイドが、ダークィーンに抵抗活動を行っていることが示唆されている）

ボルカザンダIII世

声 - 梁田清之
ダークィーンの命令により地球を奪い、地球を消滅させた張本人。原作ではヘルマザリアの上官で誇り高い武人とされているが、劇場版ではエターナル編冒頭に登場した地球総統と同一人物となっており、999号を逃がした責任を取らされてヘルマザリアに処刑された。

イーゼル

声 - 日髙のり子
惑星ブライトリングファイアフライ（輝く蛍の輪）にある、ただ一軒の温泉宿の女将。父親（声 - たてかべ和也）と二人暮し。
惑星がダークィーンの手により破壊、消滅させられたために運命をともにすることとなった。

ヘルマザリア

声 - 榊原良子
ダークィーンに忠誠を尽くしているメタノイドの女戦士で、「地獄の聖母騎士」とよばれる。鉄郎と対決して倒された。ロウエルとティア（メウエル）という2人の子供がいたため、鉄郎は彼らと会ったことで自分の母を殺した機械伯爵と同じことをしてしまったと思い、悩むこととなった。後にロウエルはダークィーンとの戦いで戦死し、ティアはヘルマザリアに似た容姿に成長して、惑星「ポイズン」で鉄郎と再会する。
『ニーベルングの指環』にも登場している。

レギュラーキャラクターは非常に少なく、鉄郎、メーテル、車掌の3人だけである（エターナル編からはカノンとクレア、ミーくんもレギュラー化）。これはゲストキャラクターによる比重が大変高いストーリー構成となっているためである。

原作ではあまり表に出てこなかったハーロックやエメラルダスなど他の松本作品に登場するキャラクターも、劇場版では前面に出て活躍する。なお、エターナル編では劇場版同様、両者は主要キャラクターとして登場し、アンドロメダ編に比べ鉄郎達との関わりも増えている。

原作者の松本は登場人物について、劇場版第2作を特集したロマンアルバムでの、ファンに向けたメッセージで「ハーロックやエメラルダス、メーテルなど、作中に登場するキャラクターは敵であるプロメシュームも含めてみんな鉄郎にとって“人生の師”なんです」と語っている。

• 少年画報社 ヒットコミックス『銀河鉄道999』
• 全18巻：アンドロメダ編、オリジナル。絶版。
• 少年画報社 漫画文庫『銀河鉄道999』
• 全18巻：第1 - 12巻がアンドロメダ編、第13 - 18巻がエターナル編。
• 小学館 ビッグコミックスゴールド『銀河鉄道999』
• 既刊21巻。小学館『ビッグゴールド』への移籍による。第1 - 14巻がアンドロメダ編、第15 - 21巻がエターナル編。第21巻は外伝『銀河鉄道物語』の収録が主で、鉄郎たちの本編は少ない。
• 小学館叢書 『銀河鉄道999』 小学館叢書
• 全10巻の愛蔵版。
• 『銀河鉄道999』 My First BIG（コンビニコミック版）
• 既刊28巻。1巻から20巻がアンドロメダ編 21〜28巻がエターナル編。コンビニコミック版には各巻にインタビューが追加された。そのかわり「17億6千5百万人のルンペン星」「絶対機械圏」「ブルーメロンの決闘」「自分以外全部バカ学博士」のエピソードが削除されている。エターナル編第38話まで収録。表紙に巻数表示はなく、かわりにサブタイトルが振られている。

• 全18巻：アンドロメダ編、オリジナル。絶版。

• 全18巻：第1 - 12巻がアンドロメダ編、第13 - 18巻がエターナル編。

• 既刊21巻。小学館『ビッグゴールド』への移籍による。第1 - 14巻がアンドロメダ編、第15 - 21巻がエターナル編。第21巻は外伝『銀河鉄道物語』の収録が主で、鉄郎たちの本編は少ない。

• 全10巻の愛蔵版。

• 既刊28巻。1巻から20巻がアンドロメダ編 21〜28巻がエターナル編。コンビニコミック版には各巻にインタビューが追加された。そのかわり「17億6千5百万人のルンペン星」「絶対機械圏」「ブルーメロンの決闘」「自分以外全部バカ学博士」のエピソードが削除されている。エターナル編第38話まで収録。表紙に巻数表示はなく、かわりにサブタイトルが振られている。

「少年キング」連載中にテレビアニメおよび劇場用長編アニメが2本、その後エターナル編を下敷きとした中編の劇場アニメなどが製作された。

• テレビシリーズ
• 銀河鉄道999（1978 - 1981年）
• 映画
• 銀河鉄道999（1979年）
• 銀河鉄道999 ガラスのクレア（1980年、東映まんがまつり内の1本として）
• さよなら銀河鉄道999 -アンドロメダ終着駅-（1981年）
• 銀河鉄道999 エターナル・ファンタジー（1998年）

• 銀河鉄道999（1978 - 1981年）

• 銀河鉄道999（1979年）
• 銀河鉄道999 ガラスのクレア（1980年、東映まんがまつり内の1本として）
• さよなら銀河鉄道999 -アンドロメダ終着駅-（1981年）
• 銀河鉄道999 エターナル・ファンタジー（1998年）

上記のテレビアニメや劇場アニメ以外にも、WEBアニメやプラネタリウム上映作品が多数製作されている。

BSスカパー!で2018年6月18日20:00から「銀河鉄道999 40周年記念」として、『銀河鉄道999 Galaxy Live Drama』と題し放送。「Live Drama」とあるとおり、約60分のドラマは生放送となりドラマ終了後、前述した舞台劇版『～GALAXY OPERA』主演俳優・中川晃教をゲストに迎えた30分のトークパートがある。

• 星野鉄郎 - 前田旺志郎
• メーテル - 栗山千明
• 車掌 - 森田ガンツ

• クイーン・エメラルダス - 凰稀かなめ
• 大山トチロー - 橋本じゅん
• 機械伯爵 - 染谷俊之
• アンタレス - 宇梶剛士
• ナレーター - ゴブリン

劇場用長編アニメ第1作と第2作『さよなら銀河鉄道999』が各社からノベライズされている。このほかに、オリジナル作品として下記の作品がある。

• 花の万博『ジャスコ アドベンチャークルーズ』（1990年） - メーテルがイメージキャラクターになっており、メーテルによるウォーターライドのTVCMも作られた。
• サントリー清涼飲料水『DAKARA』（2006年） - TVCM。バラード調でメーテルが「ジョジョビジョ」と歌うと鉄郎が「ブァー」と合いの手を入れる。
• パソコン教室アビバ『Excel無料体験セミナー』（2013年） - TVCM。競演は鷲巣あやの。スキルUPエクスレスというオリジナル列車に乗ってメーテルが現れる内容で、「スキルUPエクスプレス PC」篇、「スキルUPエクスプレス 無料体験」篇、「キャリアUPエクスプレス 資格」篇の3本放送。
• チャップアップ『メーテル、髪、輝いテル』（2017年） - 育毛シャンプー&トリートメント剤のイメージキャラクター。

また、日本テレネットから原作版を基にしたメガCD用のアドベンチャーゲームとして発売が予定されていたが、未発売に終わっている。この未発売ゲームについては2013年8月9日発売の『アドベンチャーゲームサイドvol.1』で言及されているほか、『ゲームラボ 2009年6月号』でも言及されており、同誌のインタビューを受けたゲーム製作スタッフの遠藤正二朗によると、野沢雅子、池田昌子、肝付兼太の3名によるビジュアルシーンのアフレコ自体は全て終了していたとのことである。

• CR銀河鉄道999（2008年、豊丸産業）
• CRびっくりぱちんこ銀河鉄道999（2011年、京楽産業.）
• CR銀河鉄道999（2017年、平和）
• P銀河鉄道999 PREMIUM（2020年、アムテックス）
• P銀河鉄道999 Next Journey（2020年、アムテックス）

• パチスロ銀河鉄道999（2012年、山佐）

本作は鉄道に関する作品であるため、現実の鉄道事業者とコラボした臨時列車・団体専用列車やラッピング車両の運行などが行われてきた。

元SMAPの木村拓哉は、本作のファンであることをバラエティー番組『SMAP×SMAP』で公言しているほか、同番組内で本作をネタにしたコント「アルカディア」ではハーロックに扮し、原作者の松本とも共演している。詳細は木村の項を参照。

ファッションモデルの杏も本作のファンである。2009年9月9日に劇場版3作品のBlu-rayビデオ発売記念として同年8月8日 - 14日に劇場版第1作HDリマスター版を上映したイベント「銀河鉄道999映画祭」では、初日の8月4日を「スペシャルナイト」と銘打ち、東京・新宿バルト9で開かれた舞台挨拶にてメーテルの姿で登場。原作者の松本零士、野沢雅子、池田昌子、タケカワユキヒデらと共に出演した。杏は2010年8月9日から8月13日にかけてNHK-BS2で5夜連続で放送された「全駅停車!銀河鉄道999全部みせます」でもメーテルの姿に扮して出演している。

• かつてエプソン 品川アクアスタジアム内のアトラクションに、本作をモチーフにした屋内型コースター『ギャラクシーエクスプレス999』があった。999関連のグッズショップも併設されていたが、2014年10月末に営業終了となった。
• 日本郵政公社が2006年2月1日に特殊切手『アニメヒーローヒロインシリーズ』として、銀河鉄道999の郵便切手10種を発行した。デザインはテレビアニメ版に即したものであり、クレアと車掌のほか森木豊や機械伯爵なども描かれている。また999もC62の50号車が描かれている。また、ハーロックとエメラルダスも登場している。なお切手の印刷はフランスのカルトール社が担当している。
• 2007年には、吹奏楽の人気シリーズであるニュー・サウンズ・イン・ブラスにおいて、ささきいさおの歌う「銀河鉄道999」（テレビ版）とゴダイゴの歌う「銀河鉄道999」（劇場版）、「宇宙戦艦ヤマト」の3曲をメドレーにした曲も作られている。
• 1999年に敦賀港開港100周年記念事業として、福井県敦賀市が市内に「銀河鉄道999」および「宇宙戦艦ヤマト」のモニュメント計28点が整備された。これは、敦賀港が古くから貿易や交通などで重要な役割を担ってきたことや、明治時代に欧亜国際連絡列車が東京から同港まで運行されていたことなど、鉄道と船が登場する銀河鉄道999と宇宙戦艦ヤマトのイメージと合致したためである。
• 2007年に漫画の誕生30周年を祝して、英連邦ツバル政府から1オンス金貨と5オンス銀貨で記念貨幣が発行された。また、2013年に松本零士画業60周年を記念して英連邦クック諸島政府から発行された金貨・銀貨にも本作の星野鉄郎、メーテル、999号の図柄が用いられている。
• JTB時刻表の創刊999号となる2009年4月号の表紙に、「銀河鉄道999」の999号とメーテルが起用された。漫画の登場人物が同誌の表紙を飾るのはこれが初である。
• 『宇宙怪獣ガメラ』では、ガメラと一緒に999号が宇宙を飛翔するシーンがある。映像はアニメからの流用。
• 2012年の九州新幹線全通時には箱に「銀河鉄道999」がデザインされた駅弁が発売された。これは作者が九州新幹線沿線の福岡県久留米市出身である縁から。
• 作者が練馬区の名誉区民であるため、「アニメのまち練馬区」をPRする活動にも積極的に参加している。同区の住民票の写し、戸籍に関する証明、課税証明書などの各証明書の発行用紙には「銀河鉄道999」の999号、メーテル、鉄郎、車掌さんのイラストが印刷されている（2009年8月3日 - 2013年8月2日までの期間限定）。また、2012年8月1日からは、原動機付自転車のナンバープレートに、メーテルのカラーイラストを描いたオリジナルプレートを製作。5,000枚限定で交付。
• 作者の住む大泉学園では「アニメと映像・銀河鉄道999の街」をキャッチコピーに掲げている。駅構内には車掌さんの等身大人形が設置されている。駅前の商店街は「ゆめーてる商店街」と名称を変更し、イメージキャラクターにメーテルを起用していた。しかし、2012年8月3日、作者自らデザインしたオリジナルキャラクター「ゆめーてるちゃん」を発表した。このキャラクターは、かぐや姫 - 1000年女王 - ◎ - 女王ラー・メタル - メーテル/クイーンエメラルダスに連なる系譜の「◎」に位置する（メーテルの先祖であるとしている）。現代に生きている小学生の設定。
• 2015年4月4日、大泉学園駅北口に直結する歩行者道路「大泉アニメゲート」に練馬区にゆかりのある漫画作品のブロンズ像を設置。松本作品からは銀河鉄道999が選ばれ、メーテルと鉄郎が寄り添ったブロンズ像が展示されている。
• 2013年5月13日より、ジャパンネット銀行のローン広告に「銀河鉄道999」を起用された。
• 2014年3月、東京都港区台場にあるシホテル グランパシフィック LE DAIBA（現グランドニッコー東京 台場）に本作品の世界観をイメージしたコンセプトルームが登場。
• 2017年4月24日より期間限定で、アソビズムが配信するゲーム「ドラゴンポーカー」でコラボイベントを行った。
• 2017年6月6日にメーテルと花王「ビオレ」がコラボレートし、松本描き下ろしのメーテルをデザインしたスキンケアアイテムが発売された。
• 2018年8月28日より、松本零士原作による、石原まこちんがマンガを手がける新連載「THE銀鉄999（サンキュー）」が、ピッコマにてスタートした。  
• 2021年11月5日には新幹線変形ロボ シンカリオンZとコラボを開始し、シンカリオンZ H5系はやぶさの運転士として出演している。

• 2015年4月4日、大泉学園駅北口に直結する歩行者道路「大泉アニメゲート」に練馬区にゆかりのある漫画作品のブロンズ像を設置。松本作品からは銀河鉄道999が選ばれ、メーテルと鉄郎が寄り添ったブロンズ像が展示されている。