現代日本の東京に、秘密の地下世界が存在しているという設定を背景に、地下世界から逃げてきた2人の美少女との出会いがきっかけで、地下世界の陰謀に巻き込まれることになった男子高校生の冒険を描く漫画作品。劇中のほとんどの場面は人工物に囲まれた、照明に乏しく薄暗い地下世界を舞台としている。主人公および地下世界の登場人物たちは、地水火風などといった何らかのエネルギー（属性）の力を操ることのできる能力者という設定で、主人公らはこの力を武器に戦い、戦いを経て仲間を増やしつつ、連れ去られたヒロインを取り戻すため、地下世界を支配している勢力に立ち向かっていく。

作品タイトルは担当編集者との電話連絡中に決まった仮題がそのまま採用された。著者の有楽は漫画家になった動機を、かわいい女の子が描けることにあったとしており、本作にも2人のヒロインをはじめとして多くの女性キャラクターが登場する。しかし有楽は、いざ連載が始まると見通し不足で連載を開始したことによる構成力の不足や、安定しない絵柄、締め切りなどに終始悩まされたという。有楽は連載中の絵柄や技法の変遷を「迷走」であると認めつつも、これを「その時々で100パーセントのものを目指して試行錯誤した」結果であると説明している。7年間に渡る連載は、掲載誌で起こったトラブル（2001年のエニックスお家騒動）や、幾度かの中断を挟みつつも続けられた。

単行本のカバー下には本編中のパロディを描いた4コマ漫画や、執筆時の苦労話などを語るあとがき漫画「おまけなページ」が掲載されている。2002年のテレビアニメ化の際には、カバー下の4コマ漫画から拾われたエピソードの一部もアニメ本編に組み込まれた。

無敵のケンカ王と呼ばれる高校生、浅葱留美奈（あさぎ るみな）はある日、「公司（カンパニー）」と呼ばれる地下社会から脱走し地上にやってきた2人の少女、「生命の巫女」であるルリ・サラサと、その護衛役チェルシー・ローレックを匿う。ルリに一目惚れし、知られざる地下世界の存在と彼女らの事情を聞いた留美奈は、逃亡中に傷つき疲労した2人を助けるために公司からの追手と戦おうとするが、呆気なく命を落としてしまう。しかしルリの不思議な能力によって蘇生し、その結果として風を操る能力を手に入れる。

能力を操って戦うことができるようになった留美奈は、チェルシーと共に公司から向けられる刺客たちと戦っていくが、次々と現れる敵に追いつめられ、ルリは再び地下世界へと連れ戻されてしまう。留美奈はルリを救うべく、チェルシーや友人の五十鈴銀之助と共に地下に乗り込む。

留美奈は公司の正義を信じる地下世界の刺客たちとの戦いを繰り広げつつ、戦いを通じて地下世界の住人たちと心を通わせていく。一方の囚われのルリも独自に脱出を試み、結果的には再び捕まってしまうものの、彼女の存在に影響を受けて留美奈と合流する者も現れる。留美奈は仲間を増やしつつ、公司との戦いを繰り広げていく。

作中における物語の始まりは1998年4月6日の出来事であると設定されている。作中における地下世界（アンダーグラウンド）が誕生したのはその数十年前とされ、かつては世界中から集められた子供たちを被験者として、秘密裏に「箱庭」と呼ばれる研究施設で能力者の研究や人体実験が行われていたが、研究者らが生み出した「龍（ロン）」と呼ばれる生物兵器が暴走したことにより地上から隔離されたとされる。

地上と地下世界を隔てる秘密の出入り口には、廃線となった地下鉄の路線が用いられている。地底世界は複数の階層で仕切られ、内部には複数の集落があり経済活動も行われていて、「公司（カンパニー）」と呼ばれる組織によって統治されている。最下層には公司に反発する者たちが住むスラム街がある。また、「龍」の暴走の影響で生じた、「地下空洞（アンダーグローブ）」と呼ばれる巨大空間が複数の階層を貫く形で存在する。

公司は華泰、白龍、崇神という3人の最高幹部を筆頭に、治安維持部隊を率いる「師兵（スーペイ）」と一般戦闘員である「陰兵（インペイ）」、その他事務や警備などの一般業務に従事する者たちで構成されている。このうち最高幹部と師兵はすべて能力者で構成されており、作中において主人公たちの前に立ち塞がるライバルとして登場する。師兵は戦闘力に応じてA級、B級、C級の3階級に分かれ、8人しかいないA級師兵には最高幹部に次ぐ権限や待遇が与えられているが、C級師兵は施設内の立ち入りや部下の人数が制限されている。公司は秘密裏に虐殺や人員の使い捨てといった非人道的行為を行っているが、かつて無法地帯であった地下世界の治安を短期間で立て直したために、地下世界の人々からは概ね支配者として支持され受け入れられている。

著者の有楽によれば、地底世界の描写は無国籍な近未来世界のイメージを意図しており、影響を受けた作品として1982年のアメリカ映画『ブレードランナー』を挙げている。登場人物の名前に中国風のものが多いのは、東京新宿区歌舞伎町のイメージからの着想であるという。物語の舞台に地底世界を選んだのは、当時の担当編集者と話し合いながら現実味のある作品世界を模索する中で、編集者が話題にした地下世界を舞台にしたテーブルトークRPGから着想を得たことや、街中で見かけるマンホールの下にある世界へと想像を膨らませていった結果であるとしている。

2000年にはドラマCD『コミックCDコレクション 東京アンダーグラウンド Vol.1 霧幻の罠』が発売された。主人公らが地下世界に旅立つ前の時期を描いたオリジナルエピソードで、ドラマCDオリジナルの登場人物も登場する。チェルシーのキャストは後のOVA版に準じたものとなっているが、『Vol.2 ハート・ストリング』でテレビアニメ版の配役に変更された。

またこれとは別にテレビアニメ版のキャストに準じた配役で、全3巻のドラマCDが発売された。

テレビアニメ版に先駆けての2001年には、『月刊少年ガンガン』・『月刊ガンガンWING』・『月刊Gファンタジー』・『月刊ステンシル』、4誌合同スペシャルアニメビデオにおいて、本作のショートアニメが収録された。『BUS GAMER』（峰倉かずや）、『E'S』（結賀さとる）、『ナイトメア☆チルドレン』（藤野もやむ）のショートアニメも同時収録されている。

テレビ東京系で2002年4月2日から9月24日の期間で全26話が放送された。原作第8巻までの内容が概ね原作に沿った形で映像化され、終盤はテレビアニメ独自の展開で華泰、白龍との対決が描かれた。

• 『パーフェクトガイドブック 東京アンダーグラウンド』エニックス、2002年5月17日。ISBN 4-7575-0682-1。