本作のプロデューサーを務める澤智明は、当時流行していた王道RPGの企画を立案してプロトタイプの開発まで進んでいたものの、王道RPGが食傷気味になっていたことに気づき、世界観を強化して独自性を高める必要があると考え、方針を変えた。

澤とディレクターの下田翔大の二人は自分たちの好きなものを作ろうと考え、手軽なアクションの楽しめる現代ものが好きだったことから、それをゲームに取り入れた。

世界観については、開発初期からかなりの部分が構築されていたものの、世界観の説明が長くなるとプレイヤーが理解できなくなる可能性があった。このため、世界観の伝わりやすさを重視した方針がとられると同時に、文章や会話の長さにも注意が払われた。本作はSFの要素を有しているが、下田はSFはフック程度であると電撃Appとのインタビューの中で述べており、特定の要素を突出させない方針を取っていることを明らかにした。

本作の配信直後、プランナーが不足しているという課題が判明し、当時、本作のプロデューサーを務めていた人物が、品質保証業務を担当していた栗山知也をプランナーの一人として起用した。栗山はゲーム内の企画が終わったしばらく後は企画の仕事から外されたため、飲み会の席で企画の仕事をしたい旨を伝えたところ、ステージやバトルのバランス調整の仕事をもらうことができ、最初の仕事としてランキングイベントやコラボイベントの調整を任された。栗山は、プランナーとディレクターの業務の違いを思い知らされ、チームの統率者という役割に重大な責任を感じた。特に、500万ダウンロード達成記念イベントは、ダウンロード数を達成する前から準備を行い、推移を見たうえでゲーム内でのシナリオに合わせる必要があったうえ、広報活動のタイミングもそれに合わせなければならなかったため、調整に労力を割いた。本作の原案者であるWFSの下田翔大は、「（今までの自分は）ディレクターとしてチームを回しながら制作を進めるという形だったのですが、栗山くんが大役を背負ってくれたことでものづくりにどっぷりとハマる時間ができ、作り手としては幸せでした（笑）。」と振り返っている。

また、栗山が異動して間もないころの本作のランキングイベントでは難易度が99段階に分かれていたため、その分99通りの各種パラメータを管理する必要があった。当初栗山はパラメータの管理に使うエクセルデータの細かさに驚いていたが、作業に慣れた後は、設計段階で自らの提案を紙に書いて電卓で数値をはじき出し、テストプレイを行った。

『消滅都市2』のプロデューサーには、栗山が就任した。

ここでの「タマシイ」とは、都市の消滅に巻き込まれた人たちの″想い″が具体的に表現されたものを指す。攻撃方法等については前述の通りである。また、ガチャなどで入手したタマシイは、「資料室」でスキルやステータスなどを確認できるほか、（一部のタマシイに限られるが）タマシイ化した経緯が描かれている「ストーリー」も確認することができる。

フクザワにより、ステージでのコンティニュー、およびレア度の高いタマシイを引くことのできる（期間）限定ガチャを引くことができる。フクザワは、クエストクリアの報酬やログインボーナス、デイリーオーダーなどの他に、課金をしても得られる。タマシイの属性や系統、ストーリの進行に配慮し、上手くプレイすることでフクザワの消費を抑えることもできる。

このクエストは、様々なクエストが日にち毎に開催され、難易度は1段階から3段階、或いは5段階まで分かれていることもある。また、クリア報酬として強化合成・進化やアビリティ覚醒に必要なアイテム（素材）のほか、ボスタマシイが手に入る。

このクエストでは、（ストーリークエスト、転生・降臨クエスト、レイドを除く）下記ランキングイベントやコラボイベントのほか、デイリーイベントなどが行われ強化合成・進化に必要な素材を手に入れられる。

『消滅都市2』の配信に伴い、追加されたゲームシステム。最大3人で協力プレイができる便利なシステムである。ただし、難易度が高いクエストの場合はそれ相応のパーティメンバーやプレイスキル、そしてクエストに対する知識が求められる。また、誰かが敗れた場合でも他のプレイヤーが1人でも勝利できれば報酬を貰うことが出来る。

新メインストーリー「天上の世界」の配信に伴い、追加されたゲームシステム。ここでは、制限時間内に強力なレイドボスを最大10名で挑む。ランキング同様、レイドボスに勝利した際の参加プレイヤーのスコアの順位が高い程、受け取れる報酬も増える。しかし、レイドボスを出現させるためのタロットカードは一度使うと、翌朝11時まで無効化されてしまう。また、一度レイドボスを出現させると、ゲーム内での制限時間とは別に「出現時間」が設けられており、それが０になると強制終了となる。

上記すべてのクエストにおいて進めるうえで必要となる「助っ人」を提供し、マルチプレイ・レイドに参加・協力してくれるプレイヤー。その募集方法として代表的なものは、各クエストクリア後にフレンド申請すること。

3年前、1つの都市が消滅する事件が発生した。とある人物の依頼を受けた運び屋の青年、タクヤは、消滅都市で唯一生き残った少女、ユキと出会い、彼女をロストまで連れていくという。突如現れたタクヤに連れられ、戸惑うユキは彼と共に、ロストを目指す。

ロスト・ゼロでの戦いを終え、ユキを一人残して荒廃した世界 ("失われし世界")で目覚めたタクヤ。そこには、ユキによく似た赤髪の少女と共に、″球根″ を目指す。

″氷柱″がそびえ立つ歪んだ世界。そこではユキが、記憶を失くしたタクヤの記憶を取り戻すために ″氷柱″ を目指す。

ユキたちとの死闘の末、不思議な世界 ("天上の世界") に辿り着き、目覚めたソウマ。そこで ″愚者″ のタロットカードを持つ少女、カノと共に ″消滅都市″ へと旅をする。夢に囚われたユキとタクヤを救うために…。

世界の消滅を止めるべく、ソウマとタクヤは最大の敵と戦うことになる。

運び屋の男タクヤは、依頼に応じてユキという少女を施設から連れ出す。彼女は3年前起きた「ロスト」唯一の生き残りだった。研究者のエイジとキキョウはユキの父親から「ユキ　ロストで待つ」というメッセージを最近受信し、タクヤにユキをロストに送り届けてほしいと頼む。依頼を引き受けスクーターで走るタクヤだったが、突如「タマシイ」という存在に襲われる。しかし、ユキがSPアキラのタマシイを呼び出しこれに応戦。その後、二人は理由も解らないままユキの弟・ソウマに襲撃される。能力を増強するアーティファクトを巡る戦いで傷ついたソウマはエイジの別宅で保護される。

タクヤたちは奇術師のヨシアキの協力を得て、テレビ番組の生放送で『ラクーナケミカル社』の人体実験を告発する。警察はラクーナ社代表タイヨウと広報のツキを任意同行するが、警視総監の命令で解放する。一方、昏睡状態に陥っていた筈のソウマは自身に宿る能力が暴走してしまい、巨大な肉塊となって爆発した。

物語の終盤では、ユキとソウマの父・ダイチがタイヨウ、ツキと共に『平行世界』からやってきた人間であることが判明する。ダイチは応用物理学研究機構、タイヨウとツキはラクーナケミカル社に入り込み、平行世界とのポータルを作り人類を移住させる『ノア計画』を進める。しかし、ダイチは研究所の食堂で働くミフユと親しくなり、その結果としてユキが生まれる。この事に「二つの平行世界に跨る子供を産ませた」とタイヨウたちは激怒、ダイチと袂を分かつ。数年後、ダイチは一人実験装置を起動させるが、何者かによって安全装置が外され、装置は臨界を突破、都市の消滅(ロスト)が起きる。ダイチの意識は「ユキ　ロストで待つ」と量子暗号を送り、これをエイジのパソコンが受信していた。

ユキとタクヤは、ロスト内部には記憶障害を起こし死に至る危険な波動性物質が充満していることを知る。一方のタイヨウはロストをポータルとして完成させるため自ら赴く。ユキとタクヤは、仲間たちのサポートを受けながらロスト内部に侵入。そこでユキは父親であるダイチの意識と再会する。彼の意識は「ユキがふたつの世界に跨る観測者であり、未来を選べる」と教える。ロストが起きない世界を示されたユキは、ロストが起きても未来を信じ生きていくと答える。異形化したタイヨウがダイチを襲うが自滅し、ダイチに抑えられる。ユキとタクヤはスクーターでロストから脱出。その後、ユキだけが路上に倒れているところを発見される。ユキはキキョウに引き取られ、徐々に日常を取り戻す。しかし、波動性物質に晒されたのが原因で、タクヤの記憶が失われていた。タクヤは行方不明のままであるが、ラストにおいて帰還をほのめかす形で物語は終わる。

• 原作 - 『消滅都市』 (WFS)
• 監督 - 宮繁之
• 助監督 - 室谷靖
• シリーズ構成・脚本 - 入江信吾
• キャラクターデザイン - 下谷智之
• サブキャラクターデザイン - 日向正樹
• メインアニメーター - 才木康寛、水谷正之
• 美術監督 - 黛昌樹
• 色彩設計 - 長澤諒司
• 3DCG監督 - 難波克毅
• 撮影監督 - 宮田崇弘、蔡伯崙
• 編集 - 木村佳史子
• 音響監督 - 本山哲
• 音楽 - 川井憲次
• 音楽制作 - ポニーキャニオン
• 音楽プロデューサー - 髙澤太樹
• プロデューサー - 松岡貴徳、下田翔大、大桑哲也、田口亜有理、鍋岩晶子、小澤文啓、塩谷佳之、岡村武真
• アニメーションプロデューサー - 林雅紀
• アニメーション制作 - マッドハウス
• 製作著作 - 消滅都市製作委員会

インターネットではFODにて、2019年4月7日に第1話 - 第4話、5月5日に第5話 - 第8話、6月2日に第9話 - 第12話が独占配信された。