タイトルの通り、時代劇『水戸黄門』のテレビ漫画＝アニメ版である。内容も一般的な『水戸黄門』の形式を踏襲しており、ほぼ毎回「旅先で悪徳役人や悪代官、盗賊が民衆を困らせようと悪事を働く→黄門一行が懲らしめる」という、多くの水戸黄門作品と同様のストーリー展開だった。それまで多く製作された各種映画・ドラマ版とは直接の関連はないが、ストーリーの様式や徳川家紋入りの印籠を見せて平伏させるなど、パナソニック ドラマシアター（旧ナショナル劇場）版の水戸黄門からの強い影響が見られる。

一方で、随所にヒロイックアニメ的な演出が盛り込まれている。アップテンポの主題歌や、「流星十文字斬り」や「葵三ツ葉返し」などの必殺技を持つ助さんと「力だすき」というアイテムで百人力になる格さん、そして印籠を出すシーンの派手な演出などにそれが見られる。その他、「実写で出来ない事をする」というコンセプトの元、人語を話す犬の鈍兵衛を登場させるなどの自由な発想も組み込まれている。時には時代考証をせず登場人物に横文字を使わせ、いずれも変装や幻覚による偽物ながら妖怪や鬼などを懲らしめる回も見られた。また、悪を懲らしめてハッピーエンドという基本の形式のみならず、第29話のように悲劇的な結末を迎えるエピソードも存在する。

黄門様が印籠の葵の御紋のアップをバックに立ち、助さんと格さんの口上が流れるシーンなどで流れるBGMは、『宇宙戦士バルディオス』と同じモチーフである。

脚本構成の伊東恒久は「『水戸黄門』というと、大人のもの（年齢層高めの視聴者中心）。アニメならではのリアリティを出すため、この企画はまずそのイメージを崩すところから始まった」と話している。

放送開始当初は、キー局の東京12チャンネルが現社名に変更する直前だったことなど諸々の事情で「製作・ナック」とクレジットされていたが、社名変更した1981年10月以降は「製作・テレビ東京、ナック」とクレジットが変更されている。

当時テレビ東京系の放送局があったのは関東・大阪（1982年3月、テレビ大阪が開局）のみで、それ以外の地域では系列外の局で放送された。サンテレビ（兵庫県域）や北海道テレビの他、長崎放送とテレビ熊本でも放送されていた。その後、サンテレビや北海道テレビでは編成の都合上、1982年春に放送を打ち切った模様。サンテレビの場合はテレビ大阪が本放送を開始したことも、打ち切りの理由とされる。

東海地方では放送当時テレビ愛知開局前（1983年9月開局）で、他の在名局での放送も行われず、テレビ愛知開局後にマンガのくに枠で放送されていた。

視聴率6％を超えれば成功と言われた当時、シリーズを通して10％前後を維持する人気を有していた。イタリアへの輸出も行われており、『L'invincibile Shogun（無敵の将軍）』というタイトルで放送された。

権利切れ後に一部の地方局、ケーブルテレビ局、スカパーのアニメ専門チャンネルAT-Xにて全話再放送がされるも、全話を収録した映像ソフトも発売されていなかったため、長い間「幻のテレビアニメ」という扱いをされていた不遇な作品だった。

その後、2004年にフジテレビの番組『トリビアの泉 〜素晴らしきムダ知識〜』にて"「水戸黄門」のアニメがある"として取り上げられた。2006年10月22日からは時代劇専門チャンネルにて全46話の放送が開始（同チャンネルでは2022年9月15日からも全46話を放送）。2008年10月12日にテレビ朝日の番組『大胆MAP』でも紹介され、出演者やスタジオの観客を驚かせた。

村西とおるが代表を務める「ニューシネマジャパン」というアダルトビデオを中心に製作しているメーカーから子供向け廉価DVD“アニメの王国”シリーズの一環として、第1・第2話収録の第1巻と第3・第4話収録の第2巻が発売された。しかし、権利元に無断で発売していた海賊版だったために問題になり、回収騒ぎになっている。このためAmazonでは購入できないほか、会社公式サイト上にもこの作品に関する情報は一切掲載されていない。

TV番組で紹介されたことで人気に火が付き、ラインコミュニケーションズより全話収録のDVD‐BOXが全3BOXにて発売された。DVD発売に伴い、TSUTAYAなどのレンタル店ではDVDレンタルされている。オリジナルフィルムは保存状態が悪く使用不可能なために、一部の話数を権利元が初回放送で録画した、シブサン（四分の三インチ）と呼ばれるU規格ビデオテープからDVD化している。その結果、エンドタイトルなどの部分も収録されている。現在の再放送も、シブサンテープからデジタルベーカムに変換して使用しているため、著しく画質が悪かったり、一部BGMが重なって聴こえる箇所などがある。

2021年4月30日、放送40周年を記念して、TCエンタテインメントから初のBlu-ray化が実現した。オリジナルネガフィルムを修復し、HDネガテレシネによりHDリマスターを作成してBlu-ray化。映像特典として「まんが水戸黄門・パイロット版」、「日本の民話・パイロット版（笠地蔵、一寸法師）」を収録。

• 脚本：伊東恒久、荒木芳久、水野均、吉田進、吉田喜昭、藤まさとし、市川靖、菅良幸、安藤豊弘
• 演出：岡迫和之、吉田浩、内田祐司、原田伊佐央
• 作画監督：森下圭介、昆進之介、鈴木孝夫