本作品において、悪魔側が復活させようとしていたザイクロイド・アノドが、本作品の世界を創造した超聖神と同一人物であったことが最終回のエピローグで明かされた（おちよしひこ原作の漫画版でも、同様にアノドと超聖神が同一であるということは明かされているが、テレビシリーズとは設定が異なる）。最終回のエピローグでアノドを封印したと同時に本作品の世界すべてが壊滅してしまうという悲劇を迎えたが、アノドがメカタートルに残してくれた世界を再生させるための「光」をフェニックスたちが発動させたことにより、新世界である「聖魔和合界」が誕生する形で物語は完結する。

後年制作されたテレビシリーズ第4作目『ビックリマン2000』の舞台は、本作品の最終回から遥かな時を経た「聖魔和合界」が舞台であることが、同作品のオンライン小説『ビックリマン2000 集中豪無編』にて明かされた。それ故に、（同作品のテレビシリーズでは最後まで明かされていないものの）同作品の世界を作ったフェニックスとその仲間たち4人が超聖神と呼ばれるのに対し、アノドは初代超聖神と呼ばれている。

カッコ内にサイバーアップした時の名前を記述。原作（シール）は個別に表記。

フェニックス

声 - 草尾毅
本作品の主人公。天聖界の伝説の戦士・アンドロココの理力と使命を受け継ぐ10歳の天使。赤ん坊の頃に悪魔軍の襲撃に遭った天聖界から、魯人フッドに守護され天地球へと逃れた。世間知らずで精神的にも幼稚であったが、戦いの中で数々の試練や喪失を経験、これを乗り越える事で戦士として成長を遂げる。友情に厚く仲間思いな性格で、どんな苦境に陥ろうとも最後まで仲間を信じ抜く強い精神性を備える（ティキやアムルが敵となった時に顕著）。
最終回で世界が壊滅した事に絶望するが、ティキたちと共に超聖神（アノド）が残していた「光」を発動し、新世界である聖魔和合界を誕生させた。
原作シールにおいては当初は聖フェニックスであったが、メカタートルの光を浴びて大聖へ進化した。『ビックリマン2000』での名前は火の超聖神「アツィルト・フェニックス」。 武器「クロスソード」 サイバーアップをしていない時に使用する十字槍状の武器で、フェニックスの最初の武器でもある。下記のショットビーム十字剣とは同一のため、第30話で十字剣が破壊されたと同時に使えなくなった。 武器「ショットビーム十字剣」 薙刀状の武器で、サイバーアップした時にクロスソードが変化した武器でもある。第30話でアノド復活の祭壇に呑み込まれ、破壊されてしまう。 武器「クロスビーム天聖剣」 フェニックスの2代目の武器。聖樹キングダムの沈黙の森でアンドロココとメカタートルが与えた試練で、フェニックスが自身の弱い心に打ち勝って入手した。基本は双刃剣状だが、状況に合わせて握り懐剣状の「サンダーカタール」やブーメラン状の「シューティングカッター」にも変形する。 技「消魔鳳凰斬」 炎の不死鳥のオーラを纏って突進、敵を一刀両断にする最初の必殺技。 技「フェニックス聖凰斬」 クロスビーム天聖剣入手後に使用する2代目の必殺技。悪魔としてのアムルの妖狐聖魔弾を斬りはらった。 合体技「龍鳳斬」 ティキと連携する合体技。ショットビーム十字剣とティキの異星剣を合わせた後（またはティキがフェニックスと共に十字剣を持ち）、炎の不死鳥のオーラと水の龍のオーラの両方を放つ。 合体技「聖海龍鳳斬」 クロスビーム天聖剣入手後にティキと連携する合体技。前述の龍鳳斬と同じで、クロスビーム天聖剣とティキの異星剣を合わせた後、炎の不死鳥のオーラと水の龍のオーラの両方を放つ。

サイバーアップ「大聖フェニックス（たいせいｰ）」

フェニックスがサイバーアップした姿。天使の意匠を持つ、赤く縁取られた純白のサイバーテクターを纏う。兄のように慕うフッドの死をきっかけに覚醒する。当初は自在にサイバーアップできず、感情の高ぶりが引き金となっていた。

ビシュヌ・ティキ

声 - 柏倉つとむ（現・カシワクラツトム）
海の帝国「アクアンヌーン」の王子で、ハムラビ・シーゲルの理力と使命を受け継ぐ少年。戦士としての自覚が足りないフェニックスを快く思っておらず、アノド封印のための石板の欠片探しの時に喧嘩を起こすこともしばしば。しかし幾多の戦いの中で互いを仲間として認め合うようになる。中盤では故郷を守る使命とフェニックス達への友情の板挟みに苦悩することもあった。血の気の多い短気な性格だが、物事を客観的に捉えることができる冷静さも持ち合わせており一行を取り纏めることも多い。水に長く潜っていたり、水の流れを操り、水に幻影を映し出すなどの術が使える反面、砂漠などの高温・乾燥した気候が苦手。
原作シールではティキが石版の所有者である。『ビックリマン2000』での名前は水の超聖神「イエツィラーティキ」。 武器「異星剣」 青竜刀状の武器。サイバーアップをしていない時にも使用している。 技「海天聖龍」 異星剣から水の龍のオーラ（または水の龍を纏って突進）を放つ。 技「海龍雷撃」 異星剣から衝撃波を放つ。

サイバーアップ「海天聖ビシュヌ・ティキ（かいてんせいｰ）」

ティキがサイバーアップした姿。第3話から登場。龍を思わせる青い鎧とマントを纏う。覚醒時の描写こそないが、作中における最初の伝説の戦士である。登場した時点でフェニックス以上に力をコントロール出来ていた。メインカラーは青。

アスカ

声 - 浦和めぐみ
フェニックスを慕って仲間となった少年。幼少から一人で生きてきた為か生活力が豊か。最年少ながら一行の中では一番のしっかり者といえる。特に料理の腕には自信があり、有り合わせの食材から作ったとは思えない絶品の味には一行も舌を巻いたほどである。体の整った丁寧な言葉使いは好きではなく、一人称は「オイラ」。やや欲深く、お金や可愛い女の子に目がないのが弱点。悪魔軍を前にして何も出来ない自らの無力さを悔やみ、戦力として役立てない事に永らくジレンマを抱えていたが、テラサピエンスにおける石板奪還作戦の最中、スサノオロ士の理力を受け継ぐ戦士としてサイバーアップを果した。
原作シールでは伊邪那アスカ（いざなｰ）という名前になっている。『ビックリマン2000』での名前は地の超聖神「アッシャーアスカ」。 武器「八蛇ラッシュ」 菱形が連なった鎖型の武器。サイバーアップが出来るようになったと同時にサイバーアップをしていない時にも使えるようになった。 技「八蛇ラッシュ」 八岐大蛇のオーラとともに敵を縛りつける。 技「亀甲シールド」 緑色のクリスタル状のシールドで防御する。

サイバーアップ「倭天聖イザナ・アスカ（わてんせいｰ）」

アスカがサイバーアップした姿。第26話から登場。名の通り古代日本の戦士を思わせる姿でメインカラーは緑。髪のボリュームがアップしている。

アムル

声 - 山崎和佳奈
フェニックスと一緒に旅をする少女。第3話から登場。優しく面倒見のよい性格で、先天的に薬草学の知識と肉体の治癒を促進させる不思議な力を持つ。勇敢さや芯の強さも持ち合わせ、フェニックスたちが不甲斐なければ強く叱ることも。実は天使と悪魔の混血であるハーフデビルであり、内には超魔力と超聖理力とが混在している。テラサピエンスにおける石板奪還作戦時、アノドのデビルフォースに侵され悪魔として覚醒、フェニックスたちの敵となる（アノドの力が強まるにつれ謎の頭痛や声に悩まされるようになっていた）。悪魔時は天使時代とは別人のように好戦的で、かつての仲間すら嬉々としていたぶる非情な女性となってしまう。しかし天魔界での激戦の最中、かつての仲間たちの心に触れ天使としての心が復活。さらにマーニャと魂を融合させ、シヴァマリアの理力と使命を受け継ぐ戦士に進化した（第38話ラスト）。
原作ではマリアの子孫については当初サタンマリアが設定されていたが、各媒体によって設定が異なり、もっとも原作に近いおちの漫画版ではシルヴァ・マリア、樫本学ヴの漫画版ではサタンマリアが相当する。シールとしては先にサタンマリアが登場したが、後にAMAZOアムールが登場。『ビックリマン2000』での名前は風の超聖神「ベリアーアムル」。 サイバーアップ「月光聖アマゾ・アムル（げっこうせいｰ）」 アムルがサイバーアップした姿。第28話から登場。前述の通り悪魔として覚醒したと同時に変身可能となった。フェニックスとは対照的に悪魔をモチーフとしたサイバーテクターで、色はピンクと紫が基調。戦闘力は4人の中で最も高く、単騎では他3人全員が手も足も出ず、本気のフェニックスとティキ2人がかりでも互角以上に渡り合う。なお、天使としての心が覚醒したと同時にヒーリング能力が使えるようになったが、悪魔の時の攻撃的な性格は多少残っているようである。 武器「サタンソード」 悪魔としての武器で、斧のような形状の武器。 武器「セイントソード」 天使としての武器だが、形状は変わらない。フェニックス達とは違い、サイバーアップをしていない時には使用していない。 技「魔月華」 虹色の花弁を散らせる技。 技「妖狐聖魔斬」 サタンソード（セイントソード）を天にかざし、紫の妖狐のオーラを放つ。 技「妖狐聖魔弾」 サタンソード（セイントソード）で円を描き、妖狐型のエネルギー弾を発射する。

サイバーアップ「月光聖アマゾ・アムル（げっこうせいｰ）」

アムルがサイバーアップした姿。第28話から登場。前述の通り悪魔として覚醒したと同時に変身可能となった。フェニックスとは対照的に悪魔をモチーフとしたサイバーテクターで、色はピンクと紫が基調。戦闘力は4人の中で最も高く、単騎では他3人全員が手も足も出ず、本気のフェニックスとティキ2人がかりでも互角以上に渡り合う。なお、天使としての心が覚醒したと同時にヒーリング能力が使えるようになったが、悪魔の時の攻撃的な性格は多少残っているようである。

四戦士の先祖

先の戦いでアノドを封印した戦士達。世界の各地には彼ら4戦士を祀った偶像や神殿が点在する。また、メカタートル内の天井画にも石板を所持している姿が描かれている。肉体が失われてからも超聖理力で子孫達を守護し、アノドの封印が一時的に解かれてからはフェニックスたちの体から離れ、アノドの超魔力を抑えていた。

アンドロココ

声 - 大倉正章
天聖界の戦士で、フェニックスの祖先。戦士たちのリーダー格。第31話ではメカタートルと共に、クロスビーム天聖剣をフェニックスに与えた。

ハムラビシーゲル

声 - 平野正人
ティキの祖先にあたり、アクアンヌーンの創世者でもある。

スサノオロ士

声 - 小林通孝
アスカの祖先。

シヴァマリア

声 - 鶴ひろみ
天魔界の王女で、アムルの祖先。

6つに砕けた石板を守護する「石板の番人」。それぞれが得意とするジャンルで勝負し、心の底から参ったと思わせなければ石版を手にする事は出来ない。カッコ内の名前は試練をクリアした時に姿を現すインナーキャラを示す。なお、漫画版ではどちらも聖魔士という表記になっている。

ロッキング（ジャンダルム）

声 - 橋本晃一
石板の欠片を守護する聖魔子。お守りたちの住む山村に呪いをかけ、氷山の山頂部で聖なる者の到着を人知れず待ち続けていた。光の乱反射によってクリスタルに映ったその身を分裂させ、武器「ゴールデンジャイアントウィンチ」を利用した一斉攻撃を得意とする。フェニックスの機転により、得意の必殺攻撃を封じられて敗北。なお、インナーキャラとして登場せず石版の欠片に宿ってフェニックス達を新たな聖魔子の元へと導いた。石版の上の部分を所持する。

ドッジ王（弾・ゴルジュ）

声 - 池水通洋
ドッジボールを得意とする聖魔子。超グレートスパークボールと言う剛速球を繰り出す。ドッジボールに厳格でルールを守らない者には聞く耳を持たない。ドッジボール勝負でフェニックスからアウトを取られて敗北した。石版の右下の部分を所持する。

マハラジャ・ボアボア（アジャミアン・ライラ）

声 - 宮内幸平
砂漠の町を統治する聖魔子。莫大な財力を手にした結果、ギャンブルと罪人の処刑にしか興味を示さなくなるまでに堕落した。一目惚れしたアムルを手に入れるべく、悪魔軍と結託してフェニックスを亡き者にしようと企む。様々なイカサマや妨害工作を前にフェニックスたちも苦戦を強いられたが、最後にはアムルのハッタリで勝利を収めた。石版の左の部分を所持する。

亀卜師とん甲（フュー・チャンドラ）

声 - 槐柳二
占いを得意とする聖魔子。老いぼれた見た目で軽率に扱われることを嫌い、占いの才能を認めた悪魔軍に手を貸すことにする。フェニックスたちの動きを逐一予見し、悪魔たちに伝令することで一度は勝利を掴んだ。しかし未来を切り拓こうとするフェニックスたちの未知なる可能性が、占いで定められた運命を超越し敗北する。年の割にはわがままな性格で悪魔軍も扱いには手を焼いた。石版の右の部分を所持する。

哲仁トンガラテス（ダイソップ・ペロ）

声 - 沢りつお
謎かけ、知力戦を得意とする頭脳派の聖魔子。アムル救出へ向かうフェニックスたちに同行し、物事の考え方を説いた。事件が解決してから気紛れに謎かけを出し、それが解かれてあっさりと敗北を認めた。聖魔子の中では一番協力的だった。石版の左下の部分を所持する。

石妃デイナス（リザ・ドラゴン）

声 - 三田ゆう子
砂漠に眠る聖魔子。善（赤）と悪（青）に分かれる二重人格で、より強い力を持つ悪人格が主導権を握る。協和とは無縁の疑り深い性格。ティキの天地球での記憶を奪い、仲間割れを引き起こしたが、フェニックスたちの間に固く結ばれた友情を前に敗北を認めた。石版の真ん中の部分を所持する。

• 『スーパービックリマン コンプリートDVD 新世界創造の章』（2006年8月4日発売）
• 全話収録DVD-BOXで、発売元は東映ビデオ。懸賞ビデオの映像や、作画資料とスタッフインタビューなどを記録した冊子資料を特典として付属。

• 全話収録DVD-BOXで、発売元は東映ビデオ。懸賞ビデオの映像や、作画資料とスタッフインタビューなどを記録した冊子資料を特典として付属。

いずれも発売元は日本コロムビア。

• スーパービックリマン スーパーフェニックス〜光の世界へ〜（1992年6月21日発売）
• 主題歌2曲を収録したシングルCD。
• スーパービックリマン 音楽集「テラサピエンス組曲」（1992年7月21日発売）
• 前半の音楽などを収録したアルバム。2007年3月21日に廉価版の「ANIMEX1200」シリーズとして再発売。
• スーパービックリマン ヒット曲集（1992年11月1日発売）
• キャラクターソングなどを収録したアルバム。2005年に発売された東映ビックリマンシリーズの楽曲を結集したアルバム「ビックリマン大全集」にも同じ内容の曲が収録されている。

• 主題歌2曲を収録したシングルCD。

• 前半の音楽などを収録したアルバム。2007年3月21日に廉価版の「ANIMEX1200」シリーズとして再発売。

• キャラクターソングなどを収録したアルバム。2005年に発売された東映ビックリマンシリーズの楽曲を結集したアルバム「ビックリマン大全集」にも同じ内容の曲が収録されている。

• スーパービックリマン 大百科
• スーパービックリマン2 大百科
• スーパービックリマン VOL.1 伝説の四聖戦士（小説）
• 小学館からスーパークエスト文庫として発売。発行日は1993年6月20日。著者：窪内裕、イラスト：おちよしひこ。スサノオロ士を主人公に据え、テレビシリーズの物語より過去の「伝説の四戦士」の戦いを描く意図があったと思われるが、VOL.2以降は発売されず未完で終わっている。

• 小学館からスーパークエスト文庫として発売。発行日は1993年6月20日。著者：窪内裕、イラスト：おちよしひこ。スサノオロ士を主人公に据え、テレビシリーズの物語より過去の「伝説の四戦士」の戦いを描く意図があったと思われるが、VOL.2以降は発売されず未完で終わっている。

• スーパービックリマン 伝説の石版
• ゲームボーイソフト。1992年12月11日にアクションゲームとして発売。製作は株式会社ユタカ。横スクロールのアクションゲームであり、ライフゲージと共通の「理力」と呼ばれるパワーアップ用ゲージが設置され、理力が蓄えられると「サイバーアップ」と作品内で呼称される変身機能が解除される。サイバーアップ後、プレイヤーは空を飛べるようになり、その状態で理力を蓄えると必殺技が使える。プレイヤはフェニックスとティキで、3面以降は任意でキャラを変更することが可能。基本的な性能は変わらないが、ティキの方がサイバーアップ後に若干リーチが長くなる。ベイブレードに似たミニゲームも入っている。
• スーパービックリマン
• スーパーファミコンソフト。1993年1月29日に対戦格闘ゲームとして発売。製作はベック。グラフィック、操作性、SE共に劣悪であり、原作となる番組の放送途中にゲーム化されたため使用キャラもわずか8人と少ない。技の種類も少なく、無敵時間の調整もずさんであり、当時のプレイヤー間では反則的なハメ技が多発した。ハメ技を持たないキャラクターは対戦では使い物にならないなどゲームバランスはお世辞にも良いとは言えない。そのため、ゲームとしての評価は低い。
• スーパービックリマン 爆発!超聖理力
• 電子ゲーム。バンダイから発売。
• スーパービックリマン スーパーバーコードウォーズ専用バトルゲームセット
• スーパーバーコードウォーズ用のカード。バンダイから発売。

• ゲームボーイソフト。1992年12月11日にアクションゲームとして発売。製作は株式会社ユタカ。横スクロールのアクションゲームであり、ライフゲージと共通の「理力」と呼ばれるパワーアップ用ゲージが設置され、理力が蓄えられると「サイバーアップ」と作品内で呼称される変身機能が解除される。サイバーアップ後、プレイヤーは空を飛べるようになり、その状態で理力を蓄えると必殺技が使える。プレイヤはフェニックスとティキで、3面以降は任意でキャラを変更することが可能。基本的な性能は変わらないが、ティキの方がサイバーアップ後に若干リーチが長くなる。ベイブレードに似たミニゲームも入っている。

• スーパーファミコンソフト。1993年1月29日に対戦格闘ゲームとして発売。製作はベック。グラフィック、操作性、SE共に劣悪であり、原作となる番組の放送途中にゲーム化されたため使用キャラもわずか8人と少ない。技の種類も少なく、無敵時間の調整もずさんであり、当時のプレイヤー間では反則的なハメ技が多発した。ハメ技を持たないキャラクターは対戦では使い物にならないなどゲームバランスはお世辞にも良いとは言えない。そのため、ゲームとしての評価は低い。

• 電子ゲーム。バンダイから発売。

• スーパーバーコードウォーズ用のカード。バンダイから発売。

脚本は窪内裕、監修は反後D.が担当。

『別冊コロコロスペシャル』（別コロ）1991年2月28日号にて連載開始。その後『別コロ』とはストーリーが繋がらない形で『月刊コロコロコミック』に1991年11月号から1993年4月号まで、小学四年生にも1991年11月号から1993年3月号まで連載された。本作品の漫画版の中で唯一単行本化された作品である。単行本は全6巻発売され、絶版後の2006年1月に復刊ドットコムから全2巻の形で復刊された。

『別コロ』に連載開始した時点では、原作シールは未だ全国販売されておらず、『コロコロ』での連載においても初代ビックリマンのキャラクターが独自のアレンジで登場している。また、ティキ、アスタラネモ、アスカについては、おちのデザインが「逆輸入」の形でシール化されたものとなっている。〈小学館の学年別学習雑誌〉でのスーパービックリマンの紹介記事では、『別コロ』掲載分を含めたおち版の内容を掲載していたこともあった。作者のおちがロボットアニメやファンタジーゲームのファンであることから、作中にもその影響を受けた要素が盛り込まれている。一例として、おちがデザインした聖ボットヘラクライストは、サンライズの勇者シリーズの一作・『勇者エクスカイザー』の主人公エクスカイザーがイメージモデルであることを、（伏せ字にはしているものの）自身の単行本特設ページにて言及している。同様に魔ボット・ギガダロスについても、量産型の戦闘シーンは同作品のライバルキャラクター・ダイノガイストをイメージしている。

おち版はテレビシリーズ同様にシリアスな内容で、打ち切りの為に未完のまま終了した。作者自身も完結させられなかったことを残念がっており、最終巻表紙の折り返し部分に、「これで終わっちゃうんです、ごめんなさい」の文面とともに真っ白に燃え尽きた自画像を描いている。他にも「アンケートの評価は別コロのときから悪かった」「相撲の土俵でサッカーをやっていた（のがよくなかった）」というような文も掲載されている。

後に発表されたオンライン小説『ビックリマン2000 集中豪無編』では、ティキ（テレビシリーズのティキであるイエツィラーティキとは別人）とシルヴァ・マリアが登場している。

おち版の連載と同時期に、樫本学ヴによる連載も始まった。こちらは『小学二年生』に1991年11月号から、学年をまたいで『小学三年生』の1993年（1992年度）3月号まで連載された。これとは別に、『小学一年生』にも1992年（1991年度）2月号から、学年をまたいで『小学二年生』の1993年（1992年度）3月号まで連載された。

当初はおち版と同様にハードでシリアスな内容が志向され、特に1991年『小学二年生』の連載はストーリー自体が「テラサピエンスでサラジンと対決」、「ブーメランを武器にするマリア」、「ゼウスに化けたデビルが聖樹王国に潜入」など、おち版と同様の内容だったが、どちらの連載もテレビシリーズの放送が開始した頃の1992年6月号（5月1日前後発売）から、テレビシリーズのストーリーに合わせて石版を探す物語に移行した。同時に、シリアスな内容を通したおち版やテレビシリーズとは対照的に、樫本版はギャグを基調とするコミカルな内容へと路線変更し、サイバーアップした姿や戦闘シーンの描写もそれに伴って極端に少なくなった。

樫本版では、フェニックス、ティキ、サタンマリアの3人が主人公で、アスカに当たる人物が登場しない。またザイクロイド・アノドと超聖神の関係も描かれておらず、最後は復活したザイクロイド・アノド（作中末期では大悪魔アノドと呼ばれている）を倒して、ギャグテイストではあるものの一応のハッピーエンドとなっている。

1992年度の『小学一年生』は、当初はスーパービックリマンの紹介記事が掲載されていただけだったが、1992年9月号から沢田ユキオによる漫画が連載された。上記の2作品とは異なり、沢田版はテレビシリーズの放送開始後に連載が始まったため、おおまかな内容もテレビシリーズのそれに準じている一方、2ページのみの連載である都合上かなり短くまとめられている。連載は1993年1月号で終了しており、最終回の内容は、リトルミノスがデビルから石版を奪ったが、イザナ・アスカがそのミノスを倒して石版を奪い返したというものである。そのため、ザイクロイド・アノドは復活していない。

• 一弾 - スーパーゼウスやスーパーデビルなど御馴染みの面子が揃う。主人公が「聖フェニックス」として初登場する。
• 二弾 - 若神子たちがサイバーアップした姿を見せる（一本釣帝とピーター神子を除く）。
• 三弾 - ヘッドにヘラクライストが登場。テレビシリーズと比べると参戦時期が早い。この弾までは明確なストーリーが記されていない。
• 四弾 - メカタートルが登場し、フェニックスが大聖へとパワーアップするなど、スーパービックリマン独自のストーリー展開が始まる。天使達は既に壊滅的状況に陥っている。
• 五弾 - ヘリレオンなどの実装で悪魔軍の軍備が増強。4幹部も出揃い天使に猛攻している。
• 六弾 - リトルミノスやクレインバスターが登場。前弾に続き悪魔軍が活躍する。
• 七弾 - 天使達の危機にティキたち海の帝国勢が助っ人に。石版が登場。3回目の登場となるフェニックスはサイバーアップ版で登場。
• 八弾 - ヘッドには聖魔子が揃い、またテレビシリーズ放送開始後に販売された弾であることから、アスカやアムルがテレビシリーズから逆輸入される。物語は石版集めへ移行。
• 九弾 - 聖魔子のインナーキャラクターが登場する。石版集めが終了。
• 十弾 - ブラックナイトらが参戦。決戦を前にしてシールは打ち切りとなった。