犀川研究室の旅行で、愛知県にある妃真加島（ひまかじま）に向かった犀川創平と研究室の面々。犀川の恩師の娘である西之園萌絵も研究室の正式なメンバーではないが参加していた。妃真加島にはその所有者である真賀田家が設立した真賀田研究所があり、実は萌絵は愛知県知事夫人の叔母の縁故もあって研究所と多少の関わりがあった。

真賀田研究所には優秀な研究者が集い、彼らなりの論理・生活形態とそれを許容する環境の下で精力的に研究を進めている。その頂点に君臨するのが、真賀田四季博士。彼女は現存する最高の天才で、名実ともに研究所の活動の中心人物であったが、過去に犯した殺人によっても有名人物であり、研究所の一画に隔離されている存在でもあった。

研究所に訪れた犀川と萌絵は、研究所に勤める山根幸宏、水谷主税、島田文子、望月俊樹、長谷部聡と共に不可思議な死体を見る。死体は四季で、ウェディングドレスに身を包みP1ロボットに固定され手足が切断されていた。自殺が疑われたが、その場に現れた医師の弓永富彦は「遺体の状態から殺人である」との見解を示す。同時に、研究所独自のOSである“レッドマジック”や研究所のサブシステム・デボラは制御不能になり、メール・電話共に発信できないなど異常をきたしていた。その後、所長の進藤清二が四季の妹である真賀田未来を連れて研究所のヘリポートに到着し、進藤は警察に連絡すべく再び研究所を発つ。しかし、いくら待っても進藤が現れないことを訝しんだ犀川たちはヘリポートに向かい、停留していたヘリコプターの中から進藤の刺殺体を発見する。ヘリの無線は破壊されていたため警察への通報は不可能となった。

望月の提案により、犀川・弓永・望月・山根の4人は四季の部屋へ入室し、仕事部屋で発見したパソコンを起動させ、パソコン内のスケジュールカレンダーの中から「すべてがFになる」という一文を見つける。更に、という名のフォルダには四季と四季の中の別人格である栗本其志雄と佐々木栖麻とのやり取りが残されており、その中で交していた会話の通りにパソコンにはレッドマジックとコンパイラ以外残されていなかった。

その後も防犯カメラや、過去に四季の部屋に届いた荷物を調べても不審な点が見当たらず、不可解な点は解消されないままだった。翌日、この現状を打開するため、山根はOSをレッドマジックからUNIXに切り替えることを決断する。OSの切り替えは午前11時頃に行われ、切り替えが終わると外部への連絡手段も復活する。通報を受け、刑事の芝池や萌絵の叔父で愛知県警本部長の西之園捷輔をはじめとした総勢100人程度の捜査員が研究所に到着する。また、島田とのインタビューを約束していた女性誌記者の儀同世津子もやってくる。警察の捜査が進められて行く中、島田はシステム切り替え時より姿が見えなくなっていた山根を、山根の部屋のバスルームで発見する。山根は胸を刺され服を着たまま倒れていた。

犀川は防犯カメラに今日記録されたデータの中から、正午12時からの1分間だけデータが抜け落ちていることに気付き、犯人とレッドマジックの暴走原因も突き止める。レッドマジックにはタイムカウンターが付いており、稼働し始めたときからカウントダウンが始まり、16進法で使用可能な4乗の最大値65536より1つ小さい数で10進法で表した時の単精度型整数の最大値65535、これを16進法に変換した時の値FFFFになるまでカウントされ、すべて桁がFになると黄色いドアを開かなくして既定の時刻で開くようにプログラムされていた。

やがてVRカート上に現れた四季は進藤と山根、そして進藤との間に身籠った名前のない娘の3人を殺害したことを認める。四季は部屋から出ることが無かったことから生まれた子供には名付けなかった。子供には15より大きな数字を教えず、人間は15年までしか生きられないことと、14歳になったら両親を殺すように言い聞かせていたが、娘がそれを実行しなかったため計画を変更して四季が娘を殺し、指紋を隠すために手足を切断する。死体をP1ロボットで部屋の外に出し、外で騒ぎになっている隙に部屋を抜け出して、所長室から「真賀田未来を連れて帰る」とメールを送った後、ヘリコプターの機内で進藤をナイフで刺す。その後、髪を短く切り真賀田未来を装っていた。所内では脱出方法を考える時間が確保され、プログラムリセットが行われないことと自身の死を隠すことは想定していたが、犀川と萌絵が関わってきたことが計算外の厄介な問題になり、更にはタイミング悪く山根がレッドマジックの仕組みに気付きOSを切り替えようとしたことで計画の妨げになることからやむを得ず殺害し、システムのリセット時刻を11時までに引き延ばす。リセット後、警察が到着する前に研究所を出て世津子と入れ替わる形で船に乗って妃真加島から脱した。

それからお盆の終わり頃の日曜日に犀川は大学の図書館で四季に出会う。四季と会話を交わした後、四季はその場に現れた男たちに連行された。

• 作品世界中で1994年の夏に起こった事件。現実の1994年はインターネットやwwwが世間に認知される直前にあたり、コンピュータやネットワークについて知識を持つものは少数であった。
• 犀川、萌絵、真賀田四季はその後の森博嗣作品にも陰に陽に現れる重要なキャラクタである。

• 講談社ノベルス版 - 1996年4月3日発売、ISBN 4-06-181901-1
• 講談社文庫版 - 1998年12月11日発売、ISBN 4-06-263924-6

2002年3月28日にKIDより発売されたプレイステーション用アドベンチャーゲーム。キャラクター原画は篁龍士。原作に登場した人物の全員が登場する。プレイヤーはゲームオリジナルキャラクターで犀川研の四年生である桐生渉(きりゅうわたる)となって、犀川や萌絵と共に事件の謎を追う。犀川とは師弟関係でありライバル関係でもある。ゲームの基本的なシナリオは小説版と大きく変わるところはないが、原作者である森の監修によりマルチエンディングを実現。途中の選択肢や事件現場の探索シーンでの行動によってストーリーが分岐し、原作とは真犯人や真相が異なるルートも用意されているほか、エンディングの展開も変化する。

基本的なシナリオは原作どおりで、そこに桐生渉が介入するオリジナルシナリオが挿入される形となる。原作では別のキャラクターがとった行動を渉がしたり、同じ場面を別の視点でとらえたりといった内容が多い。ゲームの目的は犀川より早く事件を解決すること。

また、ゲーム版の音楽は阿保剛が担当しており、阿保は自分の好きな「少しリズミカルで暗い」曲でまとめたと2020年の座談会の中で振り返っている。

2014年10月21日から12月23日まで毎週火曜日21:00 - 21:54に、武井咲と綾野剛のダブル主演で、フジテレビ系の「火曜21時枠」で放送された。S&Mシリーズより5作品を原則として2話完結の形で放送された。これまでに10回以上映像化のオファーがあり、森はそのいずれにも無条件で許可していたが、実現はしなかった。

『すべてがFになる THE PERFECT INSIDER』（すべてがエフになる ザ・パーフェクト・インサイダー）のタイトルで、フジテレビ・「ノイタミナ」枠にて2015年10月から12月まで放送された。全11話。本作と『四季』シリーズ全4作品を原作として制作される。放送に先駆けて5月28日発売の『ARIA』（講談社）7月号からコミカライズの連載が、『ITAN』26号から「四季」が連載された。

オープニング映像はロトスコープによる映像表現が用いられ、PerfumeやサカナクションなどのMVを手掛けた関和亮が担当する。エンディング映像はプログラミングを用いてグラフィックを生成するジェネレイティブ・アートが用いられ、映像作家の橋本麦が担当する。森の考えていたイメージとは異なっていたが、フジテレビ担当の推薦によりキャラクター原案として浅野いにおを起用している。

2002年より幻冬舎から単行本が刊行されている。2015年にはテレビアニメ放送に先駆けて『ARIA』（講談社）2015年7月号から2016年1月号まで『すべてがFになる-THE PERFECT INSIDER-』のタイトルで連載された。