「さて、そろそろはじめますか…。」が口癖の、独活大学（うどだいがく）生物学部の助教授「ぽっぺん先生」がある日、不思議な世界に迷い込むという構成の作品群。自然界の動植物達との対話や、先生のひとりごとに散りばめられる生物学講義さながらの解説を織り混ぜ、幻想的な冒険物語が進行する。『不思議の国のアリス』や『スプーンおばさん』シリーズ、『ドリトル先生』シリーズと絡めて紹介されることが多い。

日本の伝統的な児童文学からあまりに懸け離れた内容だったため、当初は出版元を見つけるのに苦労したが、高橋睦郎によって紹介された吉岡実の仲介により、筑摩書房からの刊行が決定した。

挿絵はもともと画家志望だった舟崎自身が描いており、発表当時「E・H・シェパードの猿真似に過ぎない」と酷評されたこともあるが、舟崎は敬愛する画家と比較された思いがけぬ光栄に大喜びした。

『ぽっぺん先生と帰らずの沼』は1982年にアニメ化されている。

ぽっぺん先生のキャラクターを著者と重ね合わせる読者もいるが、著者は柔道の有段者で、大学時代に柔道部の主将を務めたスポーツマンであり、ぽっぺん先生とは個性とのギャップが大きいといえる。

ぽっぺん先生が勤務する独活大学は、著者の母校学習院大学がモデルになっている。

2008年現在、以下のシリーズが発刊されている。また、これらの長編とは別に絵本の『ぽっぺん先生のどうぶつ日記』シリーズ（パロル舎）もある。

初刊は筑摩書房。

• 『ぽっぺん先生の日曜日』1973年　のち角川文庫、ちくま文庫、岩波少年文庫
• 『ぽっぺん先生と帰らずの沼』1974年　のち文庫、岩波少年文庫
• 『ぽっぺん先生と笑うカモメ号』1976年　のち岩波少年文庫
• 『ぽっぺん先生とどろの王子』1977年
• 『ぽっぺん先生の動物事典』1979年
• 『ぽっぺん先生地獄へようこそ』1983年
• 『ぽっぺん先生の博物誌』1985年
• 『ぽっぺん先生と鏡の女王』1988年
• 『ぽっぺん先生と星の箱舟』1991年
• 『ぽっぺん先生のクリスマス』1994年
• 『ぽっぺん先生のどうぶつ日記』全6巻　のちパロル舎
• へんてこヒヨドリ （1983年）
• ギンギラかいじゅう
• ひとまねザル
• ウミガメさいばん
• セミせんそう （1984年）
• モグラさくせん

1982年4月29日、『ぽっぺん先生と帰らずの沼』のタイトルで90分のスペシャルアニメがTBS系で放送された。

1985年頃に日本ビクターからVHDが発売された。これ以外で本作は一切ビデオソフト化されておらず、このVHDが唯一のビデオソフトとなっている。