物語の舞台となるのは創立およそ100年の高校で、元々は「黒箱塾」なる寺子屋であった。現理事長は不知火袴。1学年に付き1組から13組まであるマンモス校。1クラス30人として1260人は在学している。

1-4組は「普通科」、5・7・9組は「体育科」、6・8組は「芸術科」。それより上のクラスは全員が特待生（チームトクタイ）となっており、10組は「特別普通科」、11組は「特別体育科」、12組は「特別芸術科」、さらには全国から集められた異常者（アブノーマル）で構成された13組「特別特別科」 、そして作中にて新設された-13組が存在する。

制服は、男子はブレザー、女子はセーラー服であるが、生徒会役員は黒を基調とした生徒会専用制服（セイトカイコスチューム）の学級鎧（クラスメイル）を着る。その黒を基調とする理由は、「学園の影となり、影に徹して、活動すべきだから」である。風紀委員会は白を基調とした制服と星のマークのついた腕章をつけている。生徒の自主性を何よりも重んじるが故に生徒会の仕事は多岐にわたり、膨大な量となる。部活も活発で、クラブが30以上ある。

生徒会の下部組織として、委員会連合がある。

1-9組の生徒は「通常／普通（ノーマル）」、10-12組の生徒は「特例／特別（スペシャル）」、13組の生徒は「異常／異常者（アブノーマル）」、-13組の生徒は「過負荷（マイナス）」と呼称されている。

光も闇も、正義も悪も、毒も薬も、勝ちも負けも、強さも弱さも、黒も白も、成功も失敗も、幸せも不幸せも、本当は全部同じもので、人間はみんな平等にくだらないただのカス、という倫理観を持つ、平等なだけの人外「安心院なじみ」とただそこにいるだけの人外「不知火半纏」の2人だけの存在。悪平等（ノットイコール）という名も、安心院によると、異常や過負荷等に合わせて適当に名乗っているだけ。

「異常者（アブノーマル）」が持つ特異な才能や、「過負荷（マイナス）」が持つ特異な欠点など、魔法のような力を総称して「スキル」と呼ぶ。ほとんどの異常者や過負荷は一人につき一つのスキルしか持たない（「完成」でスキルを体現しているめだか、「改神モード 全吉モデル」と「愚行権(デビルスタイル)」を持つ善吉、一人で二つの過負荷を持つ球磨川や一人で異常性と過負荷を一つずつ持つ名瀬、1京のスキルを持つ安心院など、例外もいる）。これらのスキルを持つ者の大半は成人するあたりで、スキルを喪失している（全員が喪失したわけではなく、半袖や名瀬のように喪失していない者もいる）。善吉はこれを、「苦労しなければ手に入らないものがある様に、満たされることで失う物もある」と推測している。

異常性（アブノーマル）でも過負荷（マイナス）でもない、新たな戦闘スタイル。能力（スキル）ではなく、「漢字」や「誤変換」等、文字通り「言葉（スタイル）」を武器とする。黒神家の分家の頭首が、それぞれ違った言葉使いであり、舌には使う言葉（スタイル）を表す字が刻まれている。開発者は鶴喰梟。スキルが通用しない獅子目言彦を迎撃するために開発された。共鳴し共振し共感する、コミュニケーションの手段であり、言葉が通じるもの相手ならば効果がある。逆に言えば、言葉が通じない相手（コミュニケーションが取れない赤子）や逆上して「相手の話を聞かない」状態になると効果がなくなる。共感の技術であるため、相手の気持ちを理解しているほど効果がある。それ故に、機先を制する完璧なタイミングでカウンターを放つことができる。また、スタイルは「パターン」であるため、振動として一時的にスタイルを伝授することができる。

「天才がなぜ天才なのか」を解明し人為的に天才を創り出すという、安心院曰く、普通の人をめだかのような「主人公」にするための計画。立案者は安心院なじみ。計画に参加できる定員は13名であり、通称「十三組の十三人（サーティン・パーティ）」と呼ばれる。始動したのは数百年前、学園がまだ私塾だった頃でその当時は「試験管計画」と呼ばれていた。歴史は上記のように長く、不知火を代表とする数十の財団から国家軍部に至るまでが出資者となって研究は絶え間なく続けられており、現在では箱庭学園時計塔地下に広がる研究施設で続けられている。

天才を作り出すカリキュラムが完成した暁には箱庭学園に通う全校生徒にそれらを適用すると目論んでおり、王土によると「おそらく被験者（全校生徒）の98%は『壊れる』」とのこと。

生徒会執行部が地下研究施設に視察したことで、王土すらも凌駕するめだかの異常性「完成（ジ エンド）」が浮き彫りになり、十三組の十三人によるプランAは頓挫。フラスコ計画は半ば自動的に-十三組によるプランBへと移行したが、生徒会戦挙で球磨川が敗北したことを受けて、安心院は黒神めだかが卒業するまで計画を凍結することを決めた。一方、めだかは自身の卒業後にフラスコ計画を止められるだけの人材を育てるべく後継者育成を目指すこととなる。

だが、めだかと善吉の決裂を受け、計画は事実上再開。普通（ノーマル）である善吉を実験台に、善吉のアイデアとこれまでのデータを加味して善吉をめだかを超える「主人公」にまでのしあげることを目標とする真・フラスコ計画を発動する。学園のほかの一般生徒を計画の実験台にしないことと引き換えに、善吉は自らがフラスコ計画のモルモットになることを了承、善吉は「主人公化」を果たしている。

第100回の生徒会選挙で善吉が勝利したことにより、めだかの名のもとに計画の凍結を解除。黒神真黒と名瀬夭歌を統括に再任し、生徒会執行部の管理と監査の下、非人道的な実験行為を排除した「健康的フラスコ計画」として再開された。その後、被験者の一人である虎居砕が第100代生徒会庶務に就任した。

箱庭学園の前身である黒箱塾時代の塾則第百五十九項に基づき、全校生徒の半数以上の署名を集めて生徒会長にリコールを請求した場合に行われる、現生徒会とリコールした側との決闘。庶務、書記、会計、副会長、会長の順に1対1の決闘を行う。黒箱塾時代は防具をつけず、日本刀のみで5つの役職を奪い合った。

今回は準備期間も兼ねて一週間ごとの開催となっており7月25日から8月22日まで行う。管理は選挙管理副委員長、長者原融通。一般生徒の見学は原則禁止。

決闘法は、子（ね）から亥（い）までの十二支に人を足した13枚の札に振り分けられており、いずれか1枚を選ぶくじ引きによって役職ごとに決定される。札の中身は次の対戦時には全て別の物に差し替えられる。長者原の独断で現代風にアレンジされた箇所を除いて、その大半は黒箱塾時代の文献に基づいた内容。生徒会は絶対的な力を持って君臨すべきとの考えに基づいてルールは挑戦者サイドに有利に作られており、5戦の対戦成績の勝敗が五分（例：2勝2敗1分）の場合は挑戦者サイドの勝利となる。また戦挙中の負傷、死亡は事故として処理される。

「黒神めだかが卒業するまでフラスコ計画を凍結する」というスタンスをとる安心院なじみに対して生徒会が打ち出した対策。在学中は自分が学園を守り、卒業後は育てた次世代が学園を守り、その次は次世代が育てた次世代が学園を守る。それを繰り返すことで学園の平和が永遠に続く「後進を育てるシステム作り」のためのプログラム。

参加者を飛び級させる形式を取り、参加する中学生達は2学期の間、箱庭学園の1年生として学業に励みながら生徒会執行部の見習いとして仕事を補佐し、数年後の未来を見据えて組まれたカリキュラムを受ける。

632人の参加希望者の中には名の知れた者も紛れてはいたが、面白半分の冷やかしも相当数いたため、球磨川による残酷な選別（聞いただけで心が折れるスピーチ）を行い、それに耐えた5人にプログラムに参加してもらうこととなった。なお、選ばれた5人は全員安心院が潜り込ませた悪平等であったが、実は632人のうち約600人が悪平等であったとのこと。

裸エプロン同盟が委員長連合を取り込むために仕掛けた勝負。裸エプロン同盟が勝利した場合は委員長連合が球磨川の計画に協力し、敗北した場合はそれぞれ望む人材を委員長連合に提供する、という条件で行われた。なお球磨川の出したプランは委員会連合女子が全員パンツ丸出しで善吉とめだかの勝負に割り込んで台無しにするというもの。

長者原考案であり、七並べとオセロを合わせたルールとなっている。しかし、球磨川によってルールが一部密かに改ざんされ、手札がなくなっても勝ち上がりではなくなっている。

本来、この対決で球磨川は勝つつもりはなく、相手の顔を立てつつ裸エプロン同盟を委員長連合の内部に送り込むための接待である。そのため、球磨川は｢どうせならお互いが楽しくできる勝負にして欲しい｣と長者原に頼んだ。

須木奈佐木咲、八人ヶ岳十字花、不老山ぞめきの三人で結成したアイドルチーム。全員プロ意識が高く、自分たちの扱い方に不満を持って生徒会メンバーに対バンを申し込むほど。

箱庭学園の文化祭では、異常性や過負荷を沸かす為にクラシック楽器でポピュラー音楽を演奏することを発案、須木奈佐木はテューバ、八人ケ岳はボーカルとティンパニー、不老山はダブルベースをそれぞれ担当した。

演奏も悪くはなかったが、須木奈佐木のテンションが上がると脱ぐ悪癖のせいで、生放送に出ることができない模様。

黒神舵樹が会長を務める財閥で、世界有数の大企業である。箱庭学園の支援やフラスコ計画に深く関わっている。

また、分家は舵樹の愛情過多のせいで、20年前、7つの分家を代表する7人の婚約者全員と結婚。このことが原因で、7人の婚約者を1人に絞る漆黒宴が執り行われる元凶を作ってしまった。

めだかの婚約者を決める組織。通称「月氷会」。

黒神財閥や分家に対する影響力や多くの人材や施設を有し、新入りの兎洞武器子に第二回漆黒宴の司会進行役の大任を任されていた。

月下氷人とは仲人の意。

不知火一族が住む人里離れた場所。主に黒神家や分家の影武者を請け負っている。

実は不知火半纏が安心院なじみより自分の方が先に死ぬ公算が高かったため、一万年前、自身の予備（バックアップ）を作り出し、その一部が派生してできた存在。「希少種を保存したい」という本能を持ち、その存在を完全にトレースして「受け継ぐ」という伝承が行われて来た。

かつて箱庭学園が塾だった頃、安心院が冗談で考えたイベント。塾を途中退学したい者へのイベントだが、実際は退学希望者への制裁が目的。

学園のトップランカー100人を退学希望者1人が相手となり戦い全員に勝利すれば退塾出来るというもの。100人組み手のようなもので、倒した相手から学生証を証として奪う。

本編では、グループを継ぐ為、学園を中退するめだかの為に行われるイベント。何故か、今の学園には学生証が無い為、代わり五十音順の番号とメンバー個人の手書きのプレート付きコサージュが代用された。

なお、トップランカー100人は強さでなく、めだかと関わりのある人物を善吉ら生徒会が生徒・学園外問わず選んで選出された為、球磨川・都城ら13・-13組から、言彦ら不知火一族・桃園ら分家まで幅広く参加しており、中には有明や諫早ら全くの非戦闘要員のキャラクターまで参戦している。

• 西尾維新（原作）・暁月あきら（漫画） 『めだかボックス』 集英社〈ジャンプ・コミックス〉、全22巻
• 「生徒会を執行する」2009年10月7日第1刷発行（10月2日発売）、ISBN 978-4-08-874776-7
• 「わかってもらおーなんて思ってないよ」2009年12月9日第1刷発行（12月4日発売）、ISBN 978-4-08-874778-1
• 「私は生徒会長だぞ」2010年2月9日第1刷発行（2月4日発売）、ISBN 978-4-08-874799-6
• 「妹・妹・妹だ!」2010年4月7日第1刷発行（4月2日発売）、ISBN 978-4-08-870026-7
• 「普通に格好いい」2010年7月7日第1刷発行（7月2日発売）、ISBN 978-4-08-870076-2
• 「お前は何のために生まれてきた?」2010年9月8日第1刷発行（9月3日発売）、ISBN 978-4-08-870106-6
• 「これがフラスコ計画だ」2010年11月9日第1刷発行（11月4日発売）、ISBN 978-4-08-870129-5
• 「好きだぜ」2010年12月31日第1刷発行（12月29日発売）、ISBN 978-4-08-870166-0
• 「黒神くじらという姉は」2011年3月9日第1刷発行（3月4日発売）、ISBN 978-4-08-870194-3
• 「初めまして」2011年5月7日第1刷発行（5月2日発売）、ISBN 978-4-08-870224-7
• 「今も昔もそんな君が」2011年8月9日第1刷発行（8月4日発売）、ISBN 978-4-08-870274-2
• 「第一関門は難易度 B」2011年10月9日第1刷発行（10月4日発売）、ISBN 978-4-08-870296-4
• 「めだ関門」2011年12月7日第1刷発行（12月2日発売）、ISBN 978-4-08-870319-0
• 「善吉くんと戦う前に」2012年3月7日第1刷発行（3月2日発売）、ISBN 978-4-08-870374-9
• 「『勝ち』とはなんだ?」2012年4月9日第1刷発行（4月4日発売）、ISBN 978-4-08-870421-0
• 「生きることは劇的だ」2012年7月9日第1刷発行（7月4日発売）、ISBN 978-4-08-870467-8
• 「箱庭学園第百生徒会執行部」2012年9月9日第1刷発行（9月4日発売）、ISBN 978-4-08-870501-9
• 「この戦いが終わったら」2012年12月9日第1刷発行（12月4日発売）、ISBN 978-4-08-870536-1
• 「ようこそ不知火の里へ」2013年2月9日第1刷発行（2月4日発売）、ISBN 978-4-08-870620-7
• 「鶴喰梟」2013年4月9日第1刷発行（4月4日発売）、ISBN 978-4-08-870650-4
• 「私は人間が大好きです」2013年6月9日第1刷発行（6月4日発売）、ISBN 978-4-08-870685-6
• 「黒神めだか健在なり」2013年9月9日第1刷発行（9月4日発売）、ISBN 978-4-08-870804-1

電子書籍としてカラー版も発売されているが、カラー版では以下のように章分けされ通巻での表示はされていない。全21巻(モノクロ版より1巻少ない)

• 生徒会執行編（全2巻・新書版の1-3巻前半部）
• 十三組の十三人編（全4巻・新書版の3巻後半-7巻前半）
• 球磨川事件編（全4巻・新書版の7巻後半-11巻前半）
• 黒神めだかの後継者編（全5巻・新書版の11巻後半-16巻・グッドルーザー球磨川はモノクロ版では15巻末尾に収録されているがカラー版では16巻に相当する後継者編5巻の先頭に収録されている）
• 漆黒の花嫁衣装編（全2巻・新書版の17-18巻）
• 不知火不知編（全3巻・新書版の19-21巻）
• 未来へのブーケトス編（全1巻・新書版の22巻）

• 西尾維新（小説）、暁月あきら（画） 『小説版 めだかボックス』 集英社〈ジャンプ ジェイ ブックス〉、上下巻
• 「上巻 久々原滅私の腑抜けた君臨または啝ノ浦さなぎの足蹴による投票」2012年5月7日第1刷発行（5月2日発売）、ISBN 978-4-08-703261-1
• 「下巻 朳理知戯のおしとやかな面従または椋枝閾の杯盤狼籍マニフェスト」2012年6月9日第1刷発行（6月4日発売）、ISBN 978-4-08-703264-2
• 西尾維新（小説）、暁月あきら（画） 『めだかボックス外伝 グッドルーザー球磨川 小説版』 集英社〈ジャンプ ジェイ ブックス〉、上下巻
• 『上巻 水槽に蠢く脳だらけ』2012年10月15日第1刷発行（10月10日発売）、ISBN 978-4-08-703278-9
• 『下巻 水槽管理のツークツワンク』2012年11月24日第1刷発行（11月19日発売）、ISBN 978-4-08-703280-2
• 西尾維新（小説）、暁月あきら（画） 『めだかボックス ジュブナイル 小説版』 集英社〈ジャンプ ジェイ ブックス〉 2013年10月4日第1刷発行 ISBN 978-4-08-703300-7

• めだかボックス コンプリートガイドブック めだかブックス 2013年9月9日第1刷発行（9月4日発売）、ISBN 978-4-08-870876-8

• 原作 - 西尾維新
• 漫画 - 暁月あきら
• 掲載 - 集英社「週刊少年ジャンプ」連載中
• 監督・シリーズ構成 - 佐伯昭志
• キャラクターデザイン - 桑名郁朗
• サブキャラ設定 - 木野下澄江、清丸悟
• プロップデザイン - 村松尚雄、春藤佳奈（第9話）
• 総作画監督 - 木野下澄江、清丸悟（第9話）
• ストーリーボードチーフ - 品川宏樹
• 色彩設計 - 高星晴美
• 美術監督 - 阿部幸恵
• 美術設定 - 藤井一志
• 撮影監督 - 赤松康裕
• 編集 - 平木大輔
• 音響監督 - 渡辺淳
• 音楽 - 加藤達也
• 音楽制作 - ランティス
• プロデューサー - 加藤正純、斎藤友子、紅谷佳和、伊藤善之、斎藤朋之
• アニメーションプロデューサー - 高橋祐一
• アニメーション制作 - GAINAX
• 製作 - 箱庭学園生徒会（メディアファクトリー、ガイナックス、テレビ東京、ランティス、電通）