短編『エルモにおまかせ』を発表後、次作のアイディアを考えていたダニエル・キイスは、自身がブルックリンカレッジ在学中に書きなぐっていたメモを見つけ、そこから創作の構想を膨らませていった。

その学生時代のメモには、「ぼくの教養は、ぼくとぼくの愛するひとたち――ぼくの両親――のあいだに楔を打ちこむ」「もし人間の知能を人工的に高めることができたら、いったいどういうことになるか」と書き留められていた。

キイスは、社会問題となっている「いじめ」「虐待行為」などの「暴力と精神崩壊」の原因について考え、「知能」が人間に与えられた最高の資質の一つであるにもかかわらず、その知識を求める心が、愛情を求める心を排除してしまうことが多い点に気づき、「愛情を与えたり受け入れたりする能力がなければ、知能というものは精神的道徳的な崩壊をもたらし、神経症ないしは精神病すらひきおこす」こと、「自己中心的な目的でそれ自体に吸収されて、それ自体に関与するだけの心、人間関係の排除へと向かう心というものは、暴力と苦痛にしかつながらないということ」を作品のモチーフに据えた。

知的障害のある主人公・チャーリイの書いた記録という設定のため、キイスは、実際に主人公と同じ特性を持つ少年の文章を参考にして、冒頭の文章スタイルを作っていった。

出来上がった中編を友人フィル・クラス（SF作家・ウィリアム・テン）に見せ、「これはまちがいなく古典になる」と太鼓判を押されたキイスは、さっそく原稿を『ギャラクシイ』誌に持っていくが、暗い結末をハッピーエンドに書き変えれば掲載すると言われてしまった。友人フィルは、絶対に結末は変えるなとキイスに強く忠言した。

結末を変えなかった中編『アルジャーノンに花束を』は、1959年に、アメリカの雑誌『ファンタジイ・アンド・サイエンス・フィクション』4月号で発表され、翌年ヒューゴー賞を受賞し、アイザック・アシモフ編の『ヒューゴー賞傑作選 No.2』にも収録された。その後1966年に長編小説化され、ハーコート・ブレイス&ワールド社から刊行された。長編版はネビュラ賞を受賞し、ヒューゴー賞 長編小説部門候補にも挙げられた。過去の受賞作と同内容のものが候補となることは異例である。

作者であるダニエル・キイスにとっても『アルジャーノンに花束を』は印象深いものであったようで、自伝『アルジャーノン、チャーリイ、そして私』を書いている。

キイスは作家として1952年に最初の作品を発表したが注目されてこず、『アルジャーノンに花束を』が彼を「一躍スターダムに押しあげた」。彼は10代の頃から学資を稼ぐため、パン職人の見習い、パンの配送、軽食堂のウェイターなどをしたが、その時の経験も主人公チャーリイに注ぎ込まれており、キイスは、「チャーリイ・ゴードンはわたしです」と述べている。

アイザック・アシモフはヒューゴー賞をキイスに手渡したときの逸話として、以下のようなキイスの「不滅の名言」を回想している。

私（アシモフ）は「いったいどうやって、彼（キイス）はこんなことをやり遂げたのですか？」とミューズ（知の女神）に問うた。…キイスは丸っこい、穏やかな表情で、こんな不滅の名言を返してきたのである。「ねえ、わたしがどうやってこの作品を創ったか、おわかりになったら、このわたしにぜひ教えてください。もう一度やってみたいから」。

キイスは中編発表後も、主人公チャーリイのことが頭から離れず、チャーリイが「もっと書いて」と訴えかけていたと語っている。キイスは、チャーリイの「心と過去」を深く探るうちに、もっと彼の感情の発達形成の様々な経験を理解する必要性を感じ、長編化をおこなった。

長編発表直後に一人の精神科医から手紙を受け取り、これがきっかけで後に『五番目のサリー』へと繋がった。また『ビリー・ミリガン』のシリーズは、ビリー自身が『アルジャーノンに花束を』を読み、「自分の人生についてもチャーリイのように、自分の立場から書いて欲しい」と依頼したことに端を発している。

日本では早川書房が翻訳権を独占している。ハヤカワ文庫版の発売まで10年以上の期間があった。

中編小説版は稲葉由紀（稲葉明雄）訳で『S-Fマガジン』1961年2月号に掲載された（1960年12月25日発売）。『世界SF全集』32巻（1969年出版）および『心の鏡　ダニエル・キイス傑作集』（1993年出版）に収録された。

長編小説版は1978年に小尾芙佐訳で出版され、1989年に改訂された。中編版、長編版、いずれの訳でも、はじめはめちゃくちゃだった英語の綴り・句読法や文法がチャーリイの知能の向上につれて徐々に正しくなっていく（後半では再びでたらめになってゆく）原文の表現を、日本語の漢字・句読点やテニヲハに移し変えた名訳と言われている。

2015年3月13日にハヤカワ文庫から新装版が出版された。表紙には佐々木啓成のイラストが使われている。また新装版の発売に際し特設サイトがオープンし、早川書房では期間限定で「カフェ・アルジャーノンに花束を」にてダニエル・キイスの名作をテーマとしたカフェを営業した。

2015年4月8日に早川書房から愛蔵版が出版された。装丁には絵本作家の酒井駒子のイラストが使われている。

長編中の知的障害者の扱い（用語）に関しては、時代を反映して、それぞれ翻訳された語が変えられている。

1995年8月7日から11日まで、NHKFM青春アドベンチャー枠で「ダミーヘッド・ドラマ・スペシャル」としてラジオドラマ化され放送された（全5回）。奇抜な演出も大きな改変もなく、原作小説の内容がほぼ忠実に再現された。

なお、1977年1月7日にNHKラジオ第1放送「文芸劇場」枠で、中編版を原作とする1話完結でラジオドラマ化されたこともある。（再放送：1989年6月18日「ラジオ名作劇場」、NHKラジオ第2放送）

様々な形で舞台化されている。

• 菊池准によって1990年から演劇化されている。1992年には早川書房から 『戯曲 アルジャーノンに花束を』も出版された。ISBN 4152035277（#菊池版参照）
• 2006年、荻田浩一脚本・演出によりミュージカル化された。（#荻田版参照）
• 2012年に演劇集団キャラメルボックスによって舞台化される。脚本と演出は成井豊と真柴あずき。（#キャラメルボックス版参照）

• 氷室京介は本作品を読んで感銘を受け、BOØWY解散後の1988年に発売したソロアルバムに『FLOWERS for ALGERNON』と命名している。収録曲の『DEAR ALGERNON』は後にシングルカットされた。
• 1971年にフジテレビ系で放送された特撮テレビ映画『スペクトルマン』（ピー・プロダクション制作）の第48話「ボビーよ怪獣になるな!!」、第49話「悲しき天才怪獣ノーマン」のストーリーは「アルジャーノンに花束を」の翻案である。プロデューサーの篠原茂は、フジテレビの別所孝治からの提案であったと証言しており、脚本を執筆した山崎晴哉は別所から『アルジャーノンに花束を』の小説を渡され、参考にして執筆したと証言している。
• 『ザ・シンプソンズ』の第12シーズン第9話「あのクレヨンをもういちど（英語版）（HOMR）」は本作をモチーフとしており、脳の手術(脳に突き刺さったクレヨンの摘出)を受けた結果知能指数が倍近く上がったものの、実生活での幸福を得ることができず結局は元に戻ることを選択した主人公ホーマーの顛末が描かれている。
• 2017年に京都大学の研究チームがダウン症により知的障害を引き起こす遺伝子の働きを抑制する化合物を発見、実際にダウン症の子を妊娠した母マウスにこれを投与したところ、子マウスの脳構造や学習行動に改善が見られたと発表した。この化合物は本作品にちなみ「アルジャーノン」と命名された。

• 谷口高夫「解説」『アルジャーノンに花束を』、早川書房（ハードカバー版）、1984年
• 早川書房編集部「ダニエル・キイス 人と作品」『五番目のサリー 下』、早川書房（ダニエル・キイス文庫）、1999年
• ダニエル・キイス（訳：小尾芙佐）『アルジャーノン、チャーリイ、そして私』（早川書房、2005年）
• 新版『アルジャーノンに花束を』（ハヤカワ文庫、2015年）