単巻（1冊目）。《マザーコア》特化型《魔法士》〈天使〉の話。舞台は2198年2月、シティ・神戸。

便利屋を営む《魔法士》の少年・錬は、とある依頼でフィアと名乗る少女をシティから奪う。しかしフィアの正体は、稼働限界に近づきつつあるシティ・神戸の《マザーコア》の「交換部品」だった。シティ・神戸が彼女を失えば神戸市民1000万の命も失われる。それでもフィアを助けたい錬の前に、現在の《マザーコア》の恋人であった「黒衣の騎士」が立ちはだかる。

単巻（2冊目）。生体制御特化型《魔法士》〈龍使い〉の話。舞台は2198年6月、シティ・北京がヒマラヤ山脈上空に残した隔離実験施設《龍使いの島》。

フリーの便利屋ヘイズは、シティ・モスクワからの依頼で潜入した《龍使いの島》において4人の〈龍使い〉の少女少年と出会い、彼らと交流を深めていく。しかし、〈龍使い〉に隠された秘密は、やがて途方も無い悲劇を生む。

単巻（3冊目）。時空制御特化型《魔法士》〈光使い〉の話。舞台は2198年7月、シティ・マサチューセッツ。

シティのエージェントとして暮らす『双剣』の〈騎士〉ディーは、シティの機密情報を盗んだ何者かを追って〈光使い〉と「黒衣の騎士」に出会い、一連の追跡と戦いの過程で“真の強さ”とは何かを見出し始める。

上下巻（4〜5冊目）。仮想精神体制御特化型《魔法士》〈人形使い〉の話。舞台は2198年10月、シティ・ロンドン。

ロンドン軍を脱走した〈人形使い〉エドワード・ザインは、青空を夢見て“雲”を消せる《世界樹》のデータの断片を集めていた。一方、既に《マザーコア》が限界に達しているシティ・ロンドンは新たな《マザーコア》として《世界樹》のデータを必要としていた。確実な方法で1つのシティを救うのか、奇跡に近い方法で全世界を救うのか。偶然からエドを拾った錬とフィア、そしてロンドン軍の依頼でエドを追うヘイズとファンメイは、《世界樹》の種を巡って争うことになる。

上下巻（6〜7冊目）。もう一人の『元型なる悪魔使い』の話。舞台は2198年10月、シティ・メルボルン跡地。IVと対になる作品で、時系列的にはIVとほぼ同時期にあたる。

父の旧友に秘密裡の仕事を依頼された真昼と月夜は、訪れたメルボルン自治区でサクラという《魔法士》の少女と出会う。彼女こそ、シティの生命線たる《マザーコア》をシティから奪い、人類を滅亡へと追い立てる謎の組織〔賢人会議〕の正体だった。同じ頃、モスクワ軍のエージェント〈幻影〉ことイルはモスクワを救うため、ディーとセラと祐一はセラの母の仇を取るため、それぞれ〔賢人会議〕を追ってメルボルンへとやってくる。正反対の考えから真っ向から対立するサクラとイルの戦い、そして、真の強さとは何かを求めるディー、苦しむディーを救いたいと望むセラの二人が下した決断が描かれる。

上中下巻（8〜10冊目）。かつて「将棋指し」と呼ばれた〈炎使い〉の話。舞台は2199年2月、シティ・ニューデリー。

ウィザーズ・ブレイン“本編”と銘打ち、新展開に突入。メルボルンの事件以来行方不明となった姉と兄を探す錬と、その協力を請け負ったヘイズ。組織拡大を図る〔賢人会議〕のメンバーたち。シティの命令で〔賢人会議〕を追うイルとクレア。各々の目的でシティ・ニューデリーを訪れた彼らは、ニューデリーの《マザーコア》交換計画を巡る事件に関わっていくことになる。

上中下巻（11〜13冊目）。3人の《情報制御理論》創始者と「全ての《魔法士》の原型」である少女の話。舞台は2199年3月、北極海とその上空の大気制御衛星、及び地下に存在する孤立した集落。

真実の扉が開かれはじめる。シティ・ニューデリーの事件からひと月。〔賢人会議〕は軍事演習を隠れ蓑に北極上空に展開するシンガポール自治軍と接触を図る。一方シティ・ロンドンを訪れた錬とフィアだが、エド、ファンメイにはシンガポール軍牽制のため、北極への出撃命令が下っていた。同じ頃、大気制御衛星の謎を追って北極にたどり着いたヘイズとクレアの前に現れたのは…。

上中下巻（14〜16冊目）。エピソードIで故郷を失い難民となった元神戸市民たちの話。舞台は2199年8月、シティ・シンガポール。

北極海での事件から半年。世界中から《魔法士》の亡命を受け入れることでシティに匹敵する戦力を有するに至った〔賢人会議〕との同盟に、シティ・シンガポールが名乗りを上げる。真昼とフェイを中心にして同盟締結の下準備が進められ、ついに調印式当日がやってきた。だが、同盟締結反対派の議員たちは密かにある“駒”を用意し、謀略を巡らせていた。調印式を前に凶弾に斃れた真昼。跳梁する“亡霊”の影。〔賢人会議〕側の滞在する迎賓館に押し寄せた怒れる群衆。〔賢人会議〕と人類の同盟を“望む者”と“望まない者”、それぞれの信念と思惑の行き着く先は、果たして“平和”か“戦争”か───。混沌を極める事態は、衝撃の結末へとたどり着く。

上中下巻（17〜19冊目）。

ついに始まってしまった《魔法士》と人間の全面戦争。そして南極にて“雲”の秘密が明かされる。

単巻（20冊目）。

“雲”除去システムを稼働させ世界に青空を取り戻すため、人類の滅亡を望むサクラ。そして対立の火種となる“雲”除去システムを破壊し、《魔法士》と人類の協調を望む錬。両者の対決の時が、遂にやってきた。

• ウィザーズ・ブレイン ハッピーバレンタイン

初出：電撃hp公式海賊本 電撃BUNKOYOMI
血も凍る2月の夜。錬に忍び寄る恐怖とは───!?

• ウィザーズ・ブレイン 正しい猫の飼い方

初出：電撃hp vol.46
《世界樹》制御のためヨーロッパに残ったエドに、ファンメイが聞かせた物語とは───?

• ウィザーズ・ブレイン 最終回狂想曲

初出：電撃hp公式海賊本 電撃h&p
「……で? 何なのこれ」「最終回発生装置」
……と、言うわけで『ウィザーズ・ブレイン』堂々完結!?

2199年2月の北極会戦の際、北極の大気制御衛星の“出入口”である転送システムを守るため、天樹真昼の発案で即席で作られた架空の組織。 代表は黒沢祐一（世界的な知名度から選ばれた）で、表向きは「如何なるシティにも与せず、はるか昔から人類全体のために大気制御衛星と付随するシステムを研究・管理している組織」ということになっている。

黒沢 祐一（くろさわ ゆういち） … 『黒衣の騎士』

#シティ・神戸（及び近郊の町）参照。

ヴァーミリオン・CD・ヘイズ … 『異端なる空賊』

フリーの便利屋を営む《魔法士》の青年。エピソードIIのもう1人の主人公。外見年齢は20歳前後、実年齢は12歳（エピソードII開始時点）で、肉体年齢と実年齢の差は7歳ほど。現在登場している先天性《魔法士》の中では最年長。名前のうち、ヴァーミリオンは義父の息子から、ヘイズは義母の亡夫から、CDは義父と義母の頭文字から、それぞれ採られている。
大戦期に作られた先天性《魔法士》の一人だが、I-ブレインのほとんどの部分が演算素子に侵食され、記憶領域はほとんどなく、《魔法》を外部へ出力できないという特殊さから「出来そこないの《魔法士》」という烙印を押され、欠陥品扱いされた（言わば高性能GPUのみでメモリもモニタもキーボードもないコンピュータ）。しかし、その特殊なI-ブレインにより、地球を覆い永劫の冬をもたらし《情報制御》が不可能な「雲海」を突破し、航空艦艇を雲上まで航行させることが可能。そのため世界に3隻しかない雲上航行艦の一つ［Hunter Pigeon］のマスターも務める。本来は〈炎使い〉としてデザインされており、I-ブレインが演算素子に侵食されたのは偶然の産物である。
他の《魔法士》のように《情報の海》への干渉は出来ない（そのためノイズメイカーの影響を受けることもない）が、驚異的な演算速度による“未来予測”と、それを応用した情報解体攻撃“破砕の領域”“虚無の領域”を駆使して戦う。それらは基本的に“空気分子の配列の変化”、すなわち音によって“空気分子を材料に《論理回路》を形成”して発動する。主に指を鳴らす（俗に言う指パッチン）が、作中では靴の踵をタップダンスの要領で鳴らして発動させたこともある。そのためか日常生活でも指を鳴らす癖がある。他の武器として通常は拳銃を用いる。基本的に、攻撃をかわしつつ一瞬の好機を狙う綱渡りのような戦い方をする。
アルフレッド・ウィッテンの指揮下でマサチューセッツ軍の研究所で誕生したが、研究のためメルボルン軍に売り渡される際に空賊〔人喰い鳩(Hunter Pigeon)〕に盗み出され、名前と家族・安寧の場所を得た。雲上航行艦［Hunter Pigeon］とハリーを得たのもこの頃。後に空賊団がメルボルン軍に壊滅させられた際、唯一生き残って逃走、リチャード・ペンウッドと出会い生きていくための術や《魔法士》としての戦い方を教わった。
マサチューセッツ出身のため、ファクトリー出身のクレアたちとは兄妹とも言える関係。またウィッテンが製作したため、〈龍使い〉の4人やサクラも彼の弟妹と言える。しかし生みの親とも言えるウィッテンに対しては、自身を欠陥品扱いし処分されそうになった原因であるため、嫌悪感しか持っていない。大戦後に傭兵として世界を放浪していた祐一と、偶然から一度だけ共闘したことがある。
標準的な白人青年だが、地毛かどうかを疑いたくなるほどの濃く鮮やかな赤毛で、前髪の一房を真っ青に染めている。左目は薄茶色、右目は研究所時代に研究員のミスにより失い、現在はリチャード特製の赤色の義眼を入れている。義眼の内部は空洞で、特殊な針を用いることで開く、隠し収納カプセルとなっている。
一見クールでやる気が無いような装いだが内心は熱血漢で、困っている人を見たら放っておけないお人好しな性格。しかしそれによって損な役回りを引き受けることも多く、年中赤字で借金まみれの生活を続けている。服装などで無闇に「赤」に拘る傾向がある（なお、彼の名前の「ヴァーミリオン」は燃えるような赤色のことである）。
シティ・神戸の崩壊を受けてヒマラヤ山脈上空の《龍使いの島》の存在が判明した際、シティ・モスクワの依頼で《龍使いの島》の実験サンプルを奪取すべく潜入し、当の「実験サンプル」であるファンメイたちと出会う。しかし元来のお人好しな性格から、ファンメイたちに肩入れしシティ・モスクワの依頼を一方的に破棄、モスクワ軍に追われる身となり空賊〔人喰い鳩(Hunter Pigeon)〕として空賊家業を再開した（エピソードII）。現在では世界で唯一の空賊である。その後、ファンメイの治療のため一時的にロンドン軍に雇われるが、エドと《世界樹》の種を追ってエリザベート・ザインの研究施設を捜索する中で、《論理回路》の実用化や大気制御衛星について疑念を抱くようになり（エピソードIV)、その謎を追ってロンドン軍を脱走し独自に調査を始める。
北極衛星で発見されたウィッテンの日記により、彼が欠陥品扱いされ空賊に強奪されたのは実はウィッテンが意図して仕向けた策だったことが発覚し、ウィッテンに対する嫌悪感もいくらか和らいだようである。
なおクレアに好意を抱かれているが、本人がそれに気づいているような描写は今のところない。

ハリー

雲上航行鑑［Hunter Pigeon］に搭載された管制システムの擬似人格プログラムで、ヘイズの相棒。ヘイズの初めての友人。四角いディスプレイに横棒三本（二本が目、一本が口といういわゆる漫画顔）という姿で出現する。妙に表情豊かで性格は明るく、ヘイズとは以心伝心の仲 (?)。もとはシティで開発されたものだったが、あまりに個性的過ぎたことから(ホログラムディスプレイを移動させる、スピーカーに飛び込ませる等無闇に芸が細かい)破棄されそうになっていた所を、空賊〔人喰い鳩(Hunter Pigeon)〕によって強奪され、そのまま彼らの一員(?)となった。
ハリーが言い出した事は［Hunter Pigeon］内ではほぼ決定事項となるらしい。

クレアヴォイアンスNo.7（クレア） … 『千里眼』

#シティ・マサチューセッツ参照。

かつては揃ってフリードリヒ・ガウス記念研究所に所属しており、その時期に《情報制御理論》が創始された。

天樹 健三（あまぎ けんぞう）

《情報制御理論》創始者の一人。世界最高の物理学者。錬を作った人物であり、月夜と真昼の父。
かなりの長身で肩幅も広く、一分の隙も無い服装や振る舞いは財界の大物にしか見えず、社交的で政財界に強いコネを多く持つ。錬が生まれた日に肺炎で他界。錬を作った頃には既に自らの死を予見しており、自身の死後に独り立ちするであろう錬へ向けてメッセージを残していた。その中で世界で将来起こるであろうことを予想し、彼の予想が全て現実のものとなっていることで錬を驚かせ、その後の未来を導くために錬を生み出したことを明かす。
研究を行なうのはあくまで自身の好奇心や探求心を満たすためであり、「科学の法則は人間の思惑と無関係にそこにあるもので、原理が悪用されたからといってそれを発見した科学者、ひいては理論そのものを糾弾するのは間違いであり、糾弾されるべきはあくまでも悪用した人間である」という自論を持つ。故に、攻撃を受けてもあえて「そんなことは私の知ったことではない」と笑っていた。
アルフレッド・ウィッテンの友人にして師と言える人物でもある。エリザとは「喧嘩するほど仲がいい」の典型ともいえる友人同士だった。

エリザベート・ザイン

《情報制御理論》創始者の一人で、I-ブレインの生物学的構造とその育成過程の基礎理論を生み出した、大脳生理学の歴史的権威。現在は故人。愛称は「エリザ」。
自身の手では実験を一切行わず、データ上の仮定と思考実験だけで、実用的かつ完璧な“机上の理論”を次々と生み出した特異な研究者であり、アルフレッド・ウィッテンいわく「怪物」、天樹健三いわく「天才」。理論の現実的な実践には一切の興味がなく「実践など必要ない」が口癖で、ただ美しい理論を構築することに注力していた。そのため健三やウィッテンと異なり《魔法士》を作ることはなかったが、晩年に生涯唯一の作品として〈人形使い〉エドワード・ザインを生み出した。エドを作った理由は「退屈を紛らわすため」としているが、「健三からは孤独に負けたかと笑われるだろう」と予想もしている（気に入ってはいたらしく、日記で「なかなか気が利く」と彼女にしては珍しく褒めている）。
効率を何より重視し無駄を嫌う性格で、人付き合いも悪く、最晩年のエドと二人だけの生活サイクルは機械のように正確かつ単調だった。またバーベキューをするにしてもクラッカーを鳴らすにしてもいちいち「不合理だ」「もっと効率のよいやり方もあるだろうに」などとこぼし、その度に健三にたしなめられていた。周囲からは「社会不適格者」「偏屈な変人」と評され、並みの人間では相手が務まらなかったようである。しかしアリスとの交流を経て心境の変化があったらしく、晩年には弟子を取ったりきちんとした食事を採るようになったりエドや《世界樹》の種を作ったりしている。
西暦2189年に《世界樹》の着想を得て思考実験を繰り返し、偶然から2191年2月に《世界樹》の種を作ったものの、とある重大な欠陥に気づき、実験を放棄したようである。しかし《世界樹》に関するデータは後に誤ってエドに記録され、エドが《世界樹》事件を引き起こす遠因となった。
西暦2195年3月、シティ・チューリッヒ跡地に近い研究所にて、ウイルス性の内臓疾患で死亡。書類の年齢や生年月日の欄に大きく一言「不詳」と書いてそれで通してしまったため、冗談でなく年齢不詳だが、遺体が発見された場面では「30代半ばの女」と描写されている。
彼女が使っていた《情報制御理論》の誕生以前のプラントには、《論理回路》によって隠蔽された隠し部屋が存在する。
科学研究に対する姿勢は基本的に健三と同じだが、非難されない代わりに賞賛も受け取らないつもりで、ただ理論の完成に邁進する道を選んだ。
健三とのやりとりは、ウィッテンに「仲がいいのか、いがみ合っているのか」と言われていた。

アルフレッド・ウィッテン

《情報制御理論》創始者の一人で、わずか17歳で《情報制御理論》の論理体系を完成させ、史上最大の天才と呼ばれたほどの数学者。エピソードVIIの主人公。アリス・リステルと同世代で、現在は所在不明。誕生日は2163年9月27日。他の登場人物の多くからは「ウィッテン」と呼ばれるが、アリスからは「アル」と呼ばれていた。
天性の優れた数学者で、新たな何かを生み出し実践するより、既に在るものを解析し理解することを得意とする。主に《情報制御》に関する様々な理論を発表したほか、健三やエリザとは異なる着眼点からの発想を提示し、彼らの研究に刺激を与え推進させるような存在だった。後に《魔法士》を開発するため、本来は専門外である物理学や脳神経学などを学んだが、元々新しいものを生み出すのは不得手だったため、《魔法士》の“失敗作”を生み出したり、〈悪魔使い〉のシステムを完成させるのに10年近い歳月を費やしたりしている。
金髪の白人男性。数学者としての才能を除けばどこにでもいるようなごく普通の若者であり、科学に対し“全ての人々を幸福にするもの”という夢を抱いており、それゆえに“大人の事情”には思いも及ばず建前を信じ切っているような、ある意味純粋な若者。それ故に大人になり世間を知るにつれ、理想と現実の齟齬に苦しむこととなる。真昼とは年の離れた友人でもあり、三次元将棋における真昼との対戦成績は137勝512敗。遺伝子的にはサクラの父親に当たり、サクラからは「父様」と呼ばれている。
“正体不明の脳の病気”の患者としてフリードリッヒ・ガウス記念研究所へ来たアリス・リステルと出会い、交流を持つうち、互いに惹かれ合い恋人同士となる。その一方で健三やエリザと協力し合い、アリスのI-ブレインを研究して《情報制御理論》の基礎を築いた。しかしある日ニューデリー軍の襲撃を受けて、アリスの立場を初めて理解し、普通の暮らしができない彼女のため「《魔法士》の存在が当たり前になり、アリスが普通に街を歩ける世界を作ろう」と考え《魔法士》開発に邁進するようになる。健三やエリザからは《魔法士》開発から手を引くよう勧められたが、それを良しとせず世界各地を転々とし《魔法士》開発に打ち込むものの、その結果がどうなるかまでには考えが至っておらず、結局それが裏目に出てしまった。
サクラの遺伝子を設計したのは2184年頃で、偶然見つけた真昼には「設計中の新しいタイプの《魔法士》」と説明したが、真実は「自身とアリスの遺伝子を掛け合わせたら（すなわち二人の間に子供ができたら）、どんなI-ブレインが誕生するのか」を確認していただけであった。
誕生間もないサクラをカール・アンダーソンに預けた後「なくしたものを取りに行く」と南極へ発ったきり消息不明になる。後に北極上空の大気制御衛星内で癌により死亡しているのが確認された。
実の娘とも言えるサクラを始め、作中に登場する多くの《魔法士》たちに関わりを持っている（ヘイズ、ファンメイ、シャオロン、ルーティ、カイ、サクラなど）。

アリス・リステル

《情報制御理論》が創始される発端となった、生まれつき脳内にI-ブレインを持った少女。エピソードVIIのヒロイン。アルフレッド・ウィッテンより11か月年下で、現在は所在不明。誕生日は2164年8月27日。
“全ての《魔法士》の原型”となった人物。《魔法士》としてのタイプは明確でないが、本来であれば特定の機能に縛られずあらゆる物理定数や物理法則を書き換えることが可能。彼女のI-ブレインを研究した副産物として《情報制御理論》、及び《魔法士》は生み出された。大戦前に製造されたあらゆるコンピュータや後天性《魔法士》よりはるかに優れた演算能力を持っていた。
黒い髪に青い瞳の白人女性。料理上手なごく普通の少女で、優しく寂しがり屋で、愛する人との平穏な普通の生活を求めていた。遺伝子的にはサクラの母親に当たり、サクラからは「母様」と呼ばれている。
元々は北欧系のシティ出身で、両親の病死後にニューデリーの親戚へ引き取られ、“正体不明の脳の病気”によって長らく入院していたが、研究者の手に余り、当時フリードリッヒ・ガウス記念研究所に所属していた大脳生理学の権威エリザのところへ送られた――ということになっているが、入院先の正体はニューデリー軍の施設であり、軍事利用を目的として彼女の能力を研究していたが、10年を費やしても研究が進まず解体されることになった彼女を、研究者が密かに手回ししてフリードリッヒ・ガウス記念研究所に逃した、というのが真相。
その特異な能力のためニューデリー軍から狙われており、また真相が知れればシティ同士の激しい争奪戦が予想されることから、常に身を隠されており普通の暮らしができずにいた。しかし同世代のアルフレッド・ウィッテンと出会い、恋人同士となったことでひと時の安らぎを得る。やがて彼女の存在を察知した各シティの目から逃れるため、大気制御衛星の中に《情報制御》で作られた隠れ家へ住むことになるが、ある日健三のアイディアで既存の予測システムが計算できない“世界の未来”を予測演算することになり、大気制御衛星が暴走を起こした2186年5月14日、衝撃的な“世界の解”を知ってしまう。

《情報制御理論》とは、平たく言えば「超高速のコンピュータには物理法則を改変する能力がある」という理論である。天樹健三によって命名された。

2179年10月ごろより、流出元不明の極秘データを元に作られたアンダーグラウンドな最新型コンピュータの使用中、物理的には起こりえない謎の現象が頻発するようになり、それらの現象を研究したフリードリッヒ・ガウス記念研究所の所員3名（天樹健三とエリザベート・ザインとアルフレッド・ウィッテン）により2180年に発表された。

その詳細は「世界は我々が一般に認識している現実世界の他に、《情報の海》という側面を持っている。現実世界と《情報の海》は言うなれば合わせ鏡のように互いに干渉し影響し合っており、故に、ある一定以上の（非常に速い）演算速度を持つコンピュータを用いて情報を押し付け《情報の海》を書き換える事で、《情報の海》とリンクした現実世界も改変する事が出来る」というもの。《情報の海》を介して現実世界を改変することを指して《情報制御》と呼ぶ。 改変できるのは、主に物理法則（物理定数）である。ただしアインシュタインが相対性理論で明らかにした「物体は光の速さ以上で移動できない」など、ごく基礎的、根幹的な部分については改変出来ない模様。

人類はこの理論に基づいた技術により熱力学の第2法則「エントロピー増大の法則」を突破し、永久機関の創造に成功している。

しかし学会に発表された2180年以前から、秘密裡に《情報制御理論》が実用化されていた形跡が見られ、物語全体の謎のひとつとなっている。

本作品最大の特徴であり、これによって様々な特殊能力に説得力を持たせているが、この設定はよくも悪くも物理学を基幹としているため、理解が難しいとの意見がある。また2巻以降ではこの描写が簡略化されているため、「1巻目が山場、2巻目以降読みやすい」との意見がある。

《論理回路》とは、《情報制御理論》に基づき《情報の海》に干渉できる幾何学的なパターンを組み合わせ、限定的な《情報制御》を行うための模様。物体に刻印することで「大きな空間をごく小さな場所に押し込める」「銃弾の加速性を上げる」「物体の強度を高める」など通常の物理法則を超えた様々な効果を発揮する。

精密さが必要なため、原子や分子単位で模様を調整する必要があり、特に金属に刻印されることが多いが、金属以外の固体はもちろん、液体や気体と言った不定形の物質など、“模様”を形成できるものであれば、およそどんなものでも《論理回路》を形成できる。また、固体に刻印した《論理回路》は効果も固定されるが、時間とともに変化する流動的な物質で形成された《論理回路》は、時間の変化に伴い《情報制御》が同時に行われるため、より大きな効果を持つ。

ヘイズの『破砕の領域』『虚無の領域』は空気分子を“音”で位置調整して《論理回路》を生成し、時間とともに変化させることでより大きな効果を得ている。

「論理回路」と呼ばれる物は実在するが、ここで説明する《論理回路》とは無関係である。詳しくは論理回路を参照。

I-ブレインとは、《情報制御理論》に基づいて《情報の海》に干渉し、《情報の海》を書き換える生体量子コンピュータ。Informational-Brain(『情報を扱う脳』)の略であり、天樹健三とエリザベート・ザインによって命名された。

具体的には、人間の脳の一部が異常発達してできた“新しい器官”であり、前頭葉に位置する僅か100グラム足らずの神経細胞の塊。内包されている神経網は“論理的には通常のコンピュータと完全に同じ構造を持って”おり、「CPU」、「主記憶装置（メインメモリ）」、内蔵された「補助記憶装置」、および「《情報の海》への接続部位（入出力装置）」などの構成要素からなるとされる。また通常の脳に“視覚化された映像”を送り込むグラフィック処理系まで備えている。

《魔法士》の“使える魔法”を決定付ける代物であり、原則として特定の物理法則（物理定数）のみを書き換えることへ特化しており汎用性は低い。ただしI-ブレインの性能が低くても、経験（祐一など）や性能を最大限に活かした使用法（ヘイズ）などによってそれをある程度補うことも可能である。 また、あらゆる物理法則（物理定数）を書き換え可能な汎用性の高いI-ブレインも存在しており、「全ての《魔法士》の原型」であるアリス・リステルのI-ブレインが相当する。

ただしあくまでもコンピュータとしては“ハードウェア”の部分だけであり、その機能を最大限に活用するための“ソフトウェア（オペレーティングシステム含む）”は別に用意する必要がある。I-ブレイン内にOSを始めとするソフトウェアがない状態でも《情報の海》への干渉そのものは可能だが、I-ブレインの持ち主の感覚頼りになるため効率が悪くなり、その真価を発揮することはできない。

またI-ブレインもコンピュータの一種であるため、外部の電子機器と接続することで、《情報の海》を介さず通常のコンピュータと同様に扱うことも可能。作中では天樹真昼が錬の戦闘プログラムを調整したり、黒沢祐一が独立型データベースへのクラッキングを試みたり、アリス・リステルが外部記憶装置に保存されたプログラムを稼働させたりしている。

《魔法士》とは、脳内に“I-ブレイン”を保有し、《情報制御理論》に基づいて《情報の海》に干渉し《魔法》を行使出来る者を指す。正式名称はウィッテン・ザイン型《情報制御》能力者。I-ブレインの性能にもよるが、1人の《魔法士》がI-ブレインを持たない一般兵の数十人から数千人にも匹敵する、貴重で脅威的な戦力である。

《魔法士》たちが使う《魔法》には、“炎や氷の矢を投げつける”“常人をはるかに上回る身体能力を発揮する”“物質が生き物のように動き回り襲いかかる”などがあり多種多様である。ただし、《魔法士》の《情報制御》は電磁場の乱れに極端に弱いため、対《魔法士》用兵器であるノイズメイカーを使用することで《魔法》の発動を阻害できる。

1人の《魔法士》が使える《魔法》は、その《魔法士》が持つI-ブレインに左右される。I-ブレインは原則として“特定の物理法則（物理定数）のみを書き換える”ため、I-ブレインが“どの物理定数を書き換えるか”によって使える《魔法》は限られており、本質的に“決まった系統の《魔法》しか使えない”うえに、これを後天的に変更することはできない。すなわち、“炎や氷を生み出す《魔法士》”は超人的な身体能力を発揮したり物体を生き物のように操ったりはできず、“超人的な身体能力を発揮する《魔法士》”は炎や氷を生み出したり物体を生き物のように操ったりはできず、“物体を生き物のように操る《魔法士》”は超人的な身体能力を発揮したり炎や氷を生み出したりはできない。 唯一の例外は、あらゆる物理法則（物理定数）を書き換えることが可能なI-ブレインの持ち主だが、彼らのI-ブレインにも限界があり、全ての《魔法》を無条件に使えるわけではない。また重力制御のように、異なる系統の《魔法》ながら（原理は異なるが）同等の効果を持つ場合もある。

なお同じタイプのI-ブレインでも（生体コンピュータであり成長を偶然に頼る部分も多いため）個々の性能には差があり、そのため《魔法士》は性能によってランク分けされている。最高ランクの《魔法士》は第一級（ランク1、カテゴリーA、A級）と呼ばれ、以下第二級（ランク2、カテゴリーB、B級）、第三級（ランク3、カテゴリーC、C級）の存在が確認できる。ランクによる性能差は著しく、基本的にB級《魔法士》がA級《魔法士》に勝利することは難しい。しかし、《魔法士》同士の戦闘は性能の優劣よりも経験・戦略・ブラフ・相性が物を言う場合が多く、戦闘経験豊富なA級《魔法士》一人で数人のA級《魔法士》を相手にしたり、B級《魔法士》がA級《魔法士》と一対一で対抗することも可能。

使える《魔法》の系統が決まっているため、《魔法士》はいくつかのタイプに分かれている。主なタイプは、それぞれ〈炎使い〉〈騎士〉〈人形使い〉と呼ばれる3種で、作成もこの3種が多く、大戦前には数千人単位で、2198年現在でも大戦後に作成された《魔法士》を含めて数百人程度が存在するとされる。 また、この3種以外の特殊な《魔法》系統が使える「規格外」の《魔法士》も存在しているが、その数は系統ごとに1人から数人程度と、ごく少数である。ただし、作中で「規格外」とされる《魔法士》の多くは“意図的に作られたものの、様々な理由で稀少な存在のため「規格外」とされている”だけであり（〈悪魔使い〉や〈龍使い〉や〈光使い〉、未登場の電磁場制御能力者など）、“意図せず偶発的に誕生した、真の意味で「規格外」”の《魔法士》は、ヴァーミリオン・CD・ヘイズとウィザーズ・ブレイン・ファクトリー出身者のみと言える。

《魔法士》のタイプによっては、その特性を最大限に生かすため、特性に応じた外部の補助デバイスを用いる。〈騎士〉の騎士剣、〈人形使い〉の特殊金属メルクリウス、〈龍使い〉の黒の水、〈光使い〉のD3などである。

彼らの使う《魔法》の正体は、I-ブレイン内で動作する《情報制御》を行なうコンピュータ・プログラム（＝アプリケーション、ソフトウェア）である。I-ブレインの構造により最適なプログラムが異なるうえ、《魔法》を保存するにも動作させるにも膨大なI-ブレインの容量が必要なため、原則として複数の《魔法》を同時には使用できない。複数の《魔法》を保存し動作させようとしてもI-ブレインの容量が追いつかず、無理に動作させても実用に耐えない中途半端な性能の《魔法》になってしまう。なお《魔法》はコンピュータ・プログラムであるという性質から、後天的なアップデートやコピーも（理論上は）可能。〈悪魔使い〉は《基礎領域》を持たないことで、通常の《魔法士》の数倍以上のI-ブレインの容量を確保している。しかし使える《魔法》は簡単にいうと劣化コピーであり、あくまでも“仮想的に動かす”エミュレーションであるため、その《魔法》系統に特化したA級《魔法士》に比べると個々の精度や威力は劣る。ただしそれを上回る選択肢の多さから、戦術の組み立てかた次第で相手を凌駕することもでき、決して総合的に劣る訳ではない。

元々は、大戦前のシティのエネルギー源である太陽光と核融合のうち、核融合の燃料資源の枯渇に伴い、《情報制御》によってエネルギー問題を解決すべく西暦2183年に実用化された技術である。西暦2180年代後半には様々なタイプの《魔法士》の研究がされたが、エネルギー問題の解決を見る前に第三次世界大戦が勃発し、《魔法士》研究は軍事目的へと傾倒していった。

以下では各規格について紹介する。なお、物語は「規格外の《魔法士》」を中心に展開されている。