時は紀元前、中華最西の国・秦に信と漂という戦災孤児で下僕の少年がいた。2人はそこから抜け出す為に「天下の大将軍」を目指し、日々修行に明け暮れていた。そんな中漂は、秦大臣・昌文君に見出だされ仕官を果たす。だが1ヶ月後、漂が深手を負った状態で信の元に戻り、信に地図と大将軍の夢を託し命を落とす。
地図に書かれた場所に向かった信は、その先で秦王・嬴政と出会う。政は王弟・成蟜と秦左丞相・竭氏の反乱により玉座を追われるも、昌文君と仕官後に影武者となった漂の手により逃げ延びる。だが漂は刺客により重傷を負い、その刺客が追ってくるも信が討ち取る。そして追手の包囲から河了貂の手引きで逃がれ、追撃をかわしながら昌文君らと合流する。そして玉座の奪還を狙う一行は山の民の助力を求め、政は山の王・楊端和と会談する。政はその中で「王の道」を説き説得に成功、助力を獲得した政達はついに成蟜と竭氏のいる秦王都・咸陽へと向かう。
政達は王宮内に潜入、城門を破り広場へ突入する。そして政・楊端和らが広場の敵軍を食い止め、その隙に別動隊が成蟜、竭氏のいる本殿へと通じる回廊を進む。そして信は待ち構えていた左慈を昌文君副官・壁の援護もあって討ち取り、本殿に到達する。そこへ化猿・ランカイが襲い掛かるも信の一刀により戦意を失い、竭氏は討たれ成蟜も本殿を脱出する。そんな中広場に六大将軍・王騎が乱入し政に問いかけ、その答えに満足したのか王騎は去る。脱出した成蟜も気絶させられ反乱軍も降伏した。
信はその後土地と家を貰い河了貂と同居、一方咸陽では呂不韋陣営が帰還した。呂不韋は昌平君、蒙武、李斯、蔡沢の四柱らを率いて参内し、政陣営は圧倒的な力の差を見せつけられる。
3ヶ月後の始皇二年、魏の要衝・滎陽に向け秦大将軍・麃公を総大将に15万の軍勢が侵攻する。信はそれに従軍し、尾平、羌瘣らと作った伍と共に進軍する。だが魏軍総大将・呉慶により城が落とされ、さらに魏軍が滎陽から討って出るなど秦軍は後手に回る。そして両軍は蛇甘平原で激突するが、秦軍は兵数・地の利で劣り劣勢となる。
信の所属する第4軍も遅れて到着し、魏軍に対し突撃する。だが魏の装甲戦車隊の突撃により秦軍歩兵は甚大な被害を出す中、信達は孤軍奮闘する。それを知った麃公は全騎馬隊を第4軍の元に派遣、千人将・縛虎申は魏軍副将・宮元の布陣する丘を目指し突撃する。縛虎申は丘を登りきり宮元と刺し違え、秦軍は丘を奪取する。
秦軍が丘への布陣を急ぐ中、そこへ突如丘へ現れた王騎。信は王騎との会話の中で、戦場に置ける武将の存在の大きさを知る。そんな中呉慶本軍に向けて麃公本軍が突撃、麃公は壁隊の援護や信の活躍により呉慶のいる本陣へと到達、一騎討ちとなる。呉慶は奮闘するも、麃公の力を前に敗れ討ち取られる。
呉慶討死により魏兵は戦意喪失し秦軍は勝利するが、滎陽奪取には至らず秦軍は帰国の途につく。帰国後信は武功により百人将に昇格、その後信は最後の六大将軍・王騎に教えを乞う。
始皇三年2月、秦大将軍・蒙驁を総大将に20万の軍勢が韓に侵攻、蒙驁軍は快進撃を続け1ヶ月の間に11もの城を落とす。だがその隙を付かれ趙三大天・龐煖を総大将に12万の軍勢が馬央、そして馬陽に侵攻する。秦はそれに対し王騎を総大将、蒙武を副将に10万の軍勢を派遣。出陣前に王騎は政に昭王の遺言を伝える。また従軍した信の元に特殊百人隊・飛信隊が結成される。そして両軍は乾原で激突する。
秦軍中央の蒙武軍の攻撃はいなされる一方秦右軍は趙左軍に攻撃を受け、秦左軍は趙右軍の将・馮忌の策により大損害を出す。そんな中飛信隊は王騎の特命を受け、馮忌を討つべく趙右軍の側面に突撃、守備隊を突破し馮忌本陣に迫る。さらに秦左軍の将・干央と千人将・壁も反撃に出たことで本陣一帯は乱戦状態となり、信はその隙を突き馮忌を討つ。その夜王騎が隊名を与えた意味を知らされた信は、将軍への道を垣間見た。
二日目、蒙武軍は敵軍に猛攻を加え大損害を与える。三日目も同様であり、対応を迫られた趙軍は四日目、全軍で蒙武を狙う。だが王騎は全軍総攻撃を掛け、趙軍は後方の山間部へ退却した。その夜、秦軍の夜営地に突如龐煖が現れ秦兵を襲う。さらに趙将・万極の夜襲を受け、また干央は全軍に龐煖を狙わせ混戦状態となる。飛信隊も龐煖を狙うも失敗、敗走し万極軍の猛追を受ける。だが隊員の奮闘により難を逃れ、翌朝再集結を果たす。
五日目、王騎は自ら敵将を討ち、蒙武は趙本陣に猛攻を掛けるも罠に嵌まり窮地に陥る。王騎は蒙武軍を救うべく軍を進め趙本軍と対峙、歩兵を囮として趙本陣に突入し龐煖との一騎打ちを繰り広げる。六将・摎の仇である龐煖を王騎は追い詰めるも、趙三大天・李牧率いる大軍が秦軍を包囲する。さらに王騎は背後からの矢が影響し龐煖に胸を貫かれる。
王騎副官・騰らの奮闘の末に包囲を脱出した王騎は、信に自らの矛を託し、皆に多くのものを残してこの世を去る。その後趙軍は撤退し、信は武功により三百人将へ昇格する。河了貂は軍師になることを決意し、昌平君の軍師学校に入学、蒙毅らと兵法を学ぶ。

始皇四年、呂不韋の画策により趙宰相・李牧が秦を訪れる。そして李牧の提言により秦趙同盟が締結、その後の宴席で信は李牧を戦場で倒すことを宣言した。そして前線では、信や同じく三百人将の玉鳳隊隊長・王賁、楽華隊隊長・蒙恬といった若き将が次の大戦に向け武功を重ねていく。
肆氏ら竭氏残党を吸収した政陣営の元に、政の母・大后のいる後宮から白紙の書簡が届く。突然の接触に戸惑うも翌朝政は大后の元へ赴き、打倒呂不韋の協力を要請する。返答は可であったが、大后は裏で呂不韋と密通をしていた。その事実を知った宮女・向は大怪我を負わされながらもその事を政に伝え、それを知った政は攻勢へと転じる。
始皇五年、魏要衝・山陽一帯を攻略すべく大将軍・蒙驁を総大将に20万強の軍勢が侵攻。対する魏軍は、元趙三大天・廉頗に率いられていた。秦軍は魏の城を落としながら行軍するが、廉頗四天王・輪虎により千人将が次々と暗殺される。これを受け秦軍は軍の再編成を行い、蒙恬、王賁、信は臨時千人将へ昇格した。そして両軍は流伊平野で激突する。
一日目、先鋒隊同士の激突は一進一退となるが、廉頗四天王・玄峰の策略により大損害を被る。二日目、王翦率いる左軍は敵の猛攻により後退するも、桓騎率いる秦右軍は奇策により優勢となっていた。そして四日目、桓騎は自ら敵軍に潜入し玄峰を討ち取った。5日目、蒙恬の作戦により信と王賁が輪虎に襲い掛かるも、輪虎は2人相手に互角以上に闘う。だが限界を越えた信の一刀により輪虎は左手を負傷する。一方秦左軍では壁が敵将を追い詰めるも、敵の策により窮地に陥る。だがそこへ王翦本軍、更には廉頗も現れるも、王翦は後方の砦へ退却した。
六日目、輪虎率いる魏中央軍は秦中央軍へ突撃するも、飛信隊に進撃を止められ、信は輪虎と一騎討ちを繰り広げる。また蒙驁本陣の背後から廉頗軍が攻め込み、廉頗は蒙驁の策を破り本陣へ到達、蒙驁と一騎討ちとなる。一方信は死闘の末に輪虎を討ち取り、蒙恬と共に本陣へと急ぐ。蒙驁は一廉頗相手に奮闘するも左腕を失い、また廉頗は輪虎の仇・信にも矛を向ける。だが桓騎が魏本陣を落としたことで廉頗は敗北を認め和睦、秦は山陽を獲得した。
戦後まもなく飛信隊は帰路に付き、その最中羌瘣は姉同然であった羌象の仇を取るべく、飛信隊を一時離脱する。また論功行賞で信は、正式に千人将へ昇格した。
3ヶ月後、飛信隊は軍略の要たる羌瘣が不在の為敗戦を続け、再降格の危機に陥る。だが河了貂の加入により救われ、山陽平定に活躍する。そして山陽平定後、秦は山陽を東郡へ改称すると宣言した。その後飛信隊が対楚前線に送られる一方、李牧と龐煖は燕に侵攻し劇辛を討ち取る。
咸陽では、嫪毐が大后の元へ送り込まれたことで呂不韋陣営が拡大、呂不韋が相国に就任した。これを受け政は成蟜一派を解放し呂不韋打倒に協力させる。そして空席となった丞相の席には、右丞相に昌平君、左丞相に昌文君が就任する。これにより政陣営は確かな実権を手に入れた。

始皇六年、楚軍が秦へ侵攻し、さらに魏・趙・韓・燕・斉の軍が次々とと侵攻。これは戦国四君にして楚宰相・春申君を総大将、李牧を参謀とする六国連合・合従軍であった。蔡沢により斉を離脱させたが、合従軍を迎え撃つべく秦は国内全戦力を動員、両軍は国門・函谷関で激突した。
一日目、麃公軍は趙軍副将・慶舎の罠に嵌まるも、信の檄で盛り返し激戦となる。一方魏軍総大将・呉鳳明は函谷関に巨大井闌車を投入するも、桓騎が1台を焼き払う。また騰軍は楚第一軍と激突してその将を討ち、信は混戦の中で万極を討ち取った。2日目以降合従軍は、楚第二軍将・媧燐の献策により主力を温存した消耗戦を続ける中、七日目には韓軍総大将・成恢により秦将・張唐が毒を喰らう。
十五日目、合従軍全軍による総攻撃が行われた。蒙武軍は楚軍総大将・汗明軍に対し斜陣がけを仕掛けた後自ら突撃、騰軍は媧燐軍の猛攻に対し王賁・蒙恬を抜擢する。函谷関では呉鳳明の猛攻の中、張唐が桓騎と共に韓本陣を奇襲、成恢を討った後毒で力尽きる。一方燕軍総大将オルドは函谷関の裏を狙うも王翦軍の急襲に退却、また項翼が騰と互角の戦いをする中媧燐本軍が突撃する。媧燐本軍はさらに蒙武を狙うも、蒙武は汗明を一騎討ちの末に討ち取る。だが媧燐により函谷関が陥落寸前に陥るも、王翦の活躍により函谷関を守り切った。
秦軍が勝利に浮かれる中、李牧率いる別動隊により国門・武関の内側の城が次々と陥落する。この動きを察知した麃公軍は猛追を掛け、李牧の策を破り本陣へ到達する。だが麃公は龐煖との一騎討ちの末に討たれ、信達残された者は咸陽へ向かった。その頃、政は自ら出陣し、咸陽を守る最後の城・蕞で信達と合流。政の檄で蕞の住民は奮い立ち、民兵と共に李牧軍を迎え撃つ。
民兵達の奮戦により初日を凌ぐも、形だけの夜襲により民兵は疲弊、二日目には李牧軍の将・傅抵とカイネにより窮地に陥る。だが飛信隊が2人を破り、さらに三日目、四日目も凌ぐ。だが五日目には民兵が限界を迎え倒れ出し、政も深手を負う。そして李牧軍は総攻撃を掛けるも、全てを出し切り六日目も凌ぐ。だが七日目、とうとう城門が突破されるが、そこへ山の民が現れ形勢逆転、信は龐煖に挑み、ついに深手を負わせ龐煖を退かせる。山の民により李牧軍は撤退、合従軍は両谷関より完全撤退を余儀なくされ、斉へ攻め込んだのち解散した。
論功行賞で信は三千人将へ昇格、一方羌瘣は仇敵・幽連の居所へ乗り込む。幽連の現蚩尤としての力に苦戦するも、飛信隊との繋がりが羌瘣の力となって幽連を討ち、再び飛信隊へと戻った。

呂不韋が失脚した。