一般に、漫画を原作とするテレビアニメでは、ストーリーが原作から大きく変更されることがある。本作もその例外ではなく（詳細はケロロ軍曹 (アニメ)を参照）、本来は原作の設定をもとにアニメ設定が作られるところが、逆にアニメオリジナルであった設定を原作が取り入れることがある（以下に例を挙げる）。

• 一部の登場キャラクター
• ニョロロγ
• カララ（正確にはアニメが先の登場ではなく連載雑誌である『少年エース』にて初登場後、すぐアニメに登場した。しかし原作に初登場したときとは設定が大きく変更されている）
• シルヴィ
• ポヤン
• プルル看護長（本編での登場はアニメが先だが、それ以前に原作13巻の書き下ろし漫画に登場している）
• ジララ大尉
• アクアク　冬樹の世界7不思議イースター島の神々編　(原作コミックス15巻にも登場しているが、冬樹の世界7不思議イースター島の神々編では超劇場版第五弾の時と同じようにマナを吸い取って能力をコピーしていた)
• 当初はアニメ版のみの設定であった「オカルトクラブ」の登場。
• 西澤タワー（アニメの登場により原作にも登場）。
• ケロロの口癖「ゲロゲロリ」。

• ニョロロγ
• カララ（正確にはアニメが先の登場ではなく連載雑誌である『少年エース』にて初登場後、すぐアニメに登場した。しかし原作に初登場したときとは設定が大きく変更されている）
• シルヴィ
• ポヤン
• プルル看護長（本編での登場はアニメが先だが、それ以前に原作13巻の書き下ろし漫画に登場している）
• ジララ大尉
• アクアク　冬樹の世界7不思議イースター島の神々編　(原作コミックス15巻にも登場しているが、冬樹の世界7不思議イースター島の神々編では超劇場版第五弾の時と同じようにマナを吸い取って能力をコピーしていた)

• 吉崎観音『ケロロ軍曹』角川書店→KADOKAWA〈角川コミックス・エース〉、既刊33巻（2023年5月26日現在）
• 1999年12月1日発行（1999年11月29日発売）、ISBN 4-04-713307-8
• 2000年7月1日発行（2000年6月28日発売）、ISBN 4-04-713344-2
• 2001年3月1日発行（2001年2月26日発売）、ISBN 4-04-713396-5
• 2001年10月1日発行（2001年9月21日発売）、ISBN 4-04-713455-4
• 2002年6月1日発行（2002年5月29日発売）、ISBN 4-04-713496-1
• 2003年2月1日発行（2003年1月29日発売）、ISBN 4-04-713532-1
• 2003年10月1日発行（2003年9月24日発売）、ISBN 4-04-713574-7
• 限定版 『ケロロ小隊集結パック』2003年9月20日発売、
• 2004年3月27日発行（2004年3月24日発売）、ISBN 4-04-713613-1
• 2004年8月10日発行（2004年8月6日発売）、ISBN 4-04-713651-4
• 限定版 『ケロロ小隊ピンズ付特装版2004年8月6日発売、
• 2005年2月26日発行（2005年2月24日発売）、ISBN 4-04-713705-7
• 限定版『パワード夏美パック』2005年2月17日発売、
• 2005年10月8日発行（2005年10月5日発売）、ISBN 4-04-713762-6
• 限定版『アクションケロロパック』2005年9月30日発売、
• 2006年2月25日発行（同日発売）、ISBN 4-04-713791-X
• 限定版『映画公開記念特別版』2006年2月18日発売、
• 2006年7月26日発行（同日発売）、ISBN 4-04-713837-1
• 2007年2月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-713903-9
• 限定版『劇場2公開記念特別版』2007年2月10日発売、
• 2007年7月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-713939-8
• 2008年2月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715021-8
• 限定版『劇場3公開記念特別版』2008年2月15日発売、
• 限定版『劇場3公開記念超特別版』2008年2月15日発売、
• 2008年7月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715092-8
• 限定版『ミラクルセレクトパックA』2008年7月18日発売、
• 限定版『ミラクルセレクトパックB』2008年7月18日発売、
• 限定版『ミラクルセレクトパックC』2008年7月18日発売、
• 2009年2月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715179-6
• 限定版『劇場4公開記念特別版』2009年2月9日発売、
• 2009年7月25日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715295-3
• 2010年2月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715386-8
• 2010年9月25日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715529-9
• 2011年7月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-715747-7
• 2012年3月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-120170-1
• 限定版『新ケロロストラップつき特装版』2012年3月19日発売、
• 2013年1月26日発行（2013年1月25日発売）、ISBN 978-4-04-120555-6
• 2014年3月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-120979-0
• 2015年3月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-102865-0
• 2016年5月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-104273-1
• 2017年4月25日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-105544-1
• 2018年5月26日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-105545-8
• 2019年5月25日発行（同日発売）、ISBN 978-4-04-107146-5
• 2020年12月25日発売、ISBN 978-4-04-108582-0
• 2022年4月26日発売、ISBN 978-4-04-112476-5
• 2023年5月26日発売、ISBN 978-4-04-113704-8

• 限定版 『ケロロ小隊集結パック』2003年9月20日発売、

• 限定版 『ケロロ小隊ピンズ付特装版2004年8月6日発売、

• 限定版『パワード夏美パック』2005年2月17日発売、

• 限定版『アクションケロロパック』2005年9月30日発売、

• 限定版『映画公開記念特別版』2006年2月18日発売、

• 限定版『劇場2公開記念特別版』2007年2月10日発売、

• 限定版『劇場3公開記念特別版』2008年2月15日発売、
• 限定版『劇場3公開記念超特別版』2008年2月15日発売、

• 限定版『ミラクルセレクトパックA』2008年7月18日発売、
• 限定版『ミラクルセレクトパックB』2008年7月18日発売、
• 限定版『ミラクルセレクトパックC』2008年7月18日発売、

• 限定版『劇場4公開記念特別版』2009年2月9日発売、

• 限定版『新ケロロストラップつき特装版』2012年3月19日発売、

• 『ケロロ軍曹Green（ケロロ小隊5人衆集結編）』2004年3月30日発売、ISBN 4-04-924967-7
• 1巻から7巻までのケロロ小隊初登場話の話をまとめた単行本。
• 『ケロロ軍曹Red（ハイパーマニアックス編）』2004年3月30日発売、ISBN 4-04-924968-5
• マニアックな話をまとめた単行本。
• 『ケロロ軍曹Pink（プリティヒロインズ編）』2004年3月30日発売、ISBN 4-04-924969-3
• ヒロイン（夏美・桃華・秋・モア・小雪）+すももがメインの話をまとめた単行本。
• 『ケロロ軍曹Yellow（ケロン驚異のメカニズム編）』2006年11月30日発売、ISBN 4-04-925037-3
• 色々な発明品がメインの話の単行本。
• 『ケロロ軍曹Black（ケロロ小隊24時編）』2006年11月30日発売、ISBN 4-04-925036-5
• 長編「ケロロ小隊24時」全4話とその前フリといえる話2本を1冊にまとめた単行本。

• 1巻から7巻までのケロロ小隊初登場話の話をまとめた単行本。

• マニアックな話をまとめた単行本。

• ヒロイン（夏美・桃華・秋・モア・小雪）+すももがメインの話をまとめた単行本。

• 色々な発明品がメインの話の単行本。

• 長編「ケロロ小隊24時」全4話とその前フリといえる話2本を1冊にまとめた単行本。

• 『ケロロ軍曹11.5巻 公式ガイドブック』2005年12月26日発売、ISBN 4-04-713775-8
• コミックス11巻までの登場キャラ（&アリサ）の解説や作者インタビュー、この本のみの描き下ろし漫画などが掲載されている。
• 『ケロロ軍曹 ひみつ超ひゃっか』2007年10月26日発売、ISBN 978-4-04-925053-4
• コミックス16巻までの登場キャラクター・メカニックなどの解説が掲載されている。
• 『吉崎観音完全監修“K”-FILE ケロロ軍曹公式ガイドブック22.5巻』2012年2月24日発売、ISBN 978-4-04-120171-8
• 原作者自ら監修に関わっており、コミックス23巻までの登場キャラ・メカニックなどの解説や安彦良和と谷川流による特別寄稿が収録されている。
• 『ケロロ軍曹25.5巻「ケロロ」アニメDVD同梱』2014年9月26日発売、ISBN 978-4-04-121112-0
• フラッシュアニメ『ケロロ 〜keroro〜』の10話分のエピソードを厳選収録したDVDとアニメ化されたエピソードを収録したコミックス、アニメの絵コンテを纏めた小冊子が収録されている。

• コミックス11巻までの登場キャラ（&アリサ）の解説や作者インタビュー、この本のみの描き下ろし漫画などが掲載されている。

• コミックス16巻までの登場キャラクター・メカニックなどの解説が掲載されている。

• 原作者自ら監修に関わっており、コミックス23巻までの登場キャラ・メカニックなどの解説や安彦良和と谷川流による特別寄稿が収録されている。

• フラッシュアニメ『ケロロ 〜keroro〜』の10話分のエピソードを厳選収録したDVDとアニメ化されたエピソードを収録したコミックス、アニメの絵コンテを纏めた小冊子が収録されている。

「武者ケロ」（むしゃケロ）とは、本作品のメディアミックス作品のうち武者や戦国時代・武者ガンダムがモチーフとなっている作品群の総称。

「ケロロパイレーツ」とは、本作品のメディアミックス作品のうち海賊がモチーフとなっている作品群の総称。

「ケロロクエスト」とは、本作品のメディアミックス作品のうちRPG風の西洋騎士がモチーフとなっている作品群の総称。なお、上記の「武者ケロ」や「ケロロパイレーツ」とともに、『晴レルヤ!!』（2009年10月3日からのテレビアニメED）の背景に使用されている。

本作品を専門に取り扱う子供向け雑誌。『月刊少年エース』の増刊誌となっている。

2004年4月から2011年4月まで、テレビ東京系列 (TXN) でアニメ『ケロロ軍曹』が、2010年4月から2011年4月までテレビ東京のみでアニメ『ケロロ軍曹乙』が、それぞれ放送された。いずれもサンライズ制作。

テレビアニメの制作体制で長編5本・短編3本が公開された。

『ケロロ』と題したショートフラッシュアニメが、アニマックスにて2014年3月から9月まで放送。制作はサンライズとギャザリング。

夏休みの宿題である「かえるの成長記録」のために、田舎から送ってもらった「謎のおたまじゃくし」はケロロぐんそーに成長した。ケロロぐんそーは実は宇宙人で行き倒れの所を助けられたのである。彼の星のおきて「命の恩人には"テガラ"で返す」を実践しようとするが、実は彼もまた夏休みの宿題で「地球人の観察記録」を付けに来ていたのだった。

• 夏美の表記がナツミであり、後の連載版とは異なり小学6年生である。また「発育盛り」らしい。
• ケロロの別名として「バトラコス」がある(なお原作第226話ではケロロ軍曹の人格osを搭載した偵察ユニットの４号だと発覚)。
• ゲームマニアのマリコという眼鏡を掛けた女の子がいる。

また、この読み切り版とは別に現在のパートナーとは異なるメンバーの初期設定が存在する。

• フジテレビ系ドラマ『電車男』にも関連グッズなどが登場する。なお、『電車男』の元ネタとなった『2ちゃんねる』でのスレッド内に電車男本人からの「今日は土曜日だから、ケロロ軍曹を見なくては…」という書き込みが存在した。逆にこれらを取り上げたエピソードが原作11.5巻（公式ガイドブック）の描き下ろし漫画にある。
• 『.hack//G.U. Vol.1 再誕』にケロロ軍曹がゲスト出演している。
• 集英社の『週刊少年ジャンプ』に連載されている『銀魂』のアニメ版249話の冒頭で、機動戦士ガンダムのモビルスーツとともにケロロ軍曹の人形が登場している。なお、この3作品ともアニメの製作会社がサンライズという共通点がある。
• 西村しのぶ著『一緒に遭難したいひと』の単行本2巻150頁、主人公のいとこである絵依子の携帯にケロロたちの待ち受け画面が存在する。
• 漫画『ボボボーボ・ボーボボ』第21巻にて、本作のパロディ・オマージュがある。
• 小学館の『月刊コロコロコミック』に連載されている『絶体絶命でんぢゃらすじーさん邪』にて、本作の一部にパロディ・オマージュがある。
• 同じく『月刊コロコロコミック』に連載されている『西遊記ヒーローGo空伝!』にて『ケロロ軍将』という名前の妖怪が登場している。なお、見た目は一切似ていない。
• 2007年5月23日発売の『週刊少年サンデー』第26号の漫画版『ハヤテのごとく!』にケロロの帽子と星を付けた本物のカエルが登場した。
• アニメ版第1期で第36話でドロロの名前が登場している。第49話には朝風理沙がケロロの柄のTシャツを着ていたり、タママ・ギロロ・クルル・ドロロそっくりの子供も登場している。第51話にはケロロそっくりのぬいぐるみがクレーンゲームの賞品として登場した。
• 『新・吼えろペン』（島本和彦）で作者が小学館から角川書店へ移ったことを書いたところで、背後にケロロらしきキャラクターが描かれている。
• 『らき☆すた』では同じ角川書店の作品だけあってキャラクターグッズがたびたび登場したり、アニメ版にはケロロがアクセサリーや人形で登場している。第13話にてケロロ役の渡辺久美子、タママ役の小桜エツコ、ギロロ役の中田譲治がアニメイトの店員（各自それぞれの体色の服を着てエプロンには各キャラのマーク付き）として声優を務め、次回予告も3人が本作のキャラとして担当した他、OVA版第1巻では渡辺と小桜の2人がそれぞれケロロとタママにそっくりな顔つきのカエルの役として出演している。また、2009年3月に開催されたコンサート『らき☆すた in 武道館 あなたのためだから』では、第二部のトークコーナーに監督、渡辺、ケロロの3人が登場し、トークの傍ら映画の宣伝を行った。
• 同じサンライズ製作のアニメ『コードギアス 反逆のルルーシュR2』第5話には日向家の3人によく似たモブキャラクターが登場している。
• 映画『パコと魔法の絵本』のカエルの置物の中に「ケロロ等身大ぬいぐるみ」と「ギロロフイギュア」が登場した。
• スピンオフ作品の「いつもワガママガマ王子」にもケロロ・ギロロ・タママの3人が出演した（セリフはなし）。
• BS-iのドラマ『女子大生会計士の事件簿』の第7話において、角川（かどかわ）書店のパロディ会社・角川（すみかわ）書店に「ケロロ伍長」というパロディキャラクターが登場し、「ケロロ等身大ヌイグルミ」の右下の名前部分に「ケロロ伍長」と書かれていたり、「ケロロ伍長」と書かれた偽ポスターも特別に作られた。
• テイルズ オブ シリーズとのオマージュ、コラボレーション
• PS3版『テイルズ オブ ヴェスペリア』にカロルの新コスチューム称号「ケロロ軍曹」が登場、この称号をつけると戦闘中の一部の声がケロロになる（声優が同じ渡辺久美子であるため）。さらにこの状態でパティを一緒に戦闘に出した際の戦闘勝利時の台詞でパティが「このボケガエル!」や「私がいれば地球はもう大丈夫」などの台詞を喋る場合がある（パティの声は夏美役の斎藤千和であるため）。
• 2010年発売のニンテンドーDSソフト『ケロロRPG 騎士と武者と伝説の海賊』の予約限定特典としてプロダクションI.G作画のケロロ軍曹×「テイルズ オブ」超コラボ限定クリアファイルが付属した。このクリアファイルはケロロとカロルに加えタママとコーダ（『テイルズ オブ イノセンス』）、ギロロとヴァン、クルルとジェイド（共に『テイルズ オブ ジ アビス』）、ドロロとクレス（『テイルズ オブ ファンタジア』）という、担当声優5人がそれぞれケロロ軍曹とテイルズ オブ シリーズで演じたキャラクターをペアとしたイラストを使用している。
• トニーたけざきの漫画『トニーたけざきのエヴァンゲリオン』の第11話「最後のシンリャク者」において、渚カヲルのパロディ「渚カヱル」としてケロロがそのままの容姿で登場している。
• 2020年に放送されたアニメ『社長、バトルの時間です!』に登場するマコトのリュックは渡辺久美子が声優を務めており、口調が「ゲロゲロ」や「○×であります!」といったケロロを彷彿とさせるものになっている。

• アニメ版第1期で第36話でドロロの名前が登場している。第49話には朝風理沙がケロロの柄のTシャツを着ていたり、タママ・ギロロ・クルル・ドロロそっくりの子供も登場している。第51話にはケロロそっくりのぬいぐるみがクレーンゲームの賞品として登場した。

• スピンオフ作品の「いつもワガママガマ王子」にもケロロ・ギロロ・タママの3人が出演した（セリフはなし）。

• PS3版『テイルズ オブ ヴェスペリア』にカロルの新コスチューム称号「ケロロ軍曹」が登場、この称号をつけると戦闘中の一部の声がケロロになる（声優が同じ渡辺久美子であるため）。さらにこの状態でパティを一緒に戦闘に出した際の戦闘勝利時の台詞でパティが「このボケガエル!」や「私がいれば地球はもう大丈夫」などの台詞を喋る場合がある（パティの声は夏美役の斎藤千和であるため）。
• 2010年発売のニンテンドーDSソフト『ケロロRPG 騎士と武者と伝説の海賊』の予約限定特典としてプロダクションI.G作画のケロロ軍曹×「テイルズ オブ」超コラボ限定クリアファイルが付属した。このクリアファイルはケロロとカロルに加えタママとコーダ（『テイルズ オブ イノセンス』）、ギロロとヴァン、クルルとジェイド（共に『テイルズ オブ ジ アビス』）、ドロロとクレス（『テイルズ オブ ファンタジア』）という、担当声優5人がそれぞれケロロ軍曹とテイルズ オブ シリーズで演じたキャラクターをペアとしたイラストを使用している。