声 - 高橋美佳子
本作の主人公で反政府組織「メタル・エイジ」の総裁。理性的で強い信念を持つ自称美少女。
人間を敵か味方か瞬時に判断できる能力があり、國子に眉間をとんとんと叩かれると誰もが穏やかになり緊張を解く。地区の住民たちからの信頼はとても厚く、その高いカリスマ性で住民を束ねている。カーボンナノチューブ製の身の丈程もある巨大なブーメランと鞭を武器とするがブーメランは戦車を切断するほど破壊力が大きく、扱いも難しいのでモモコが側にいるときしか使わせてもらえない。スリーサイズはB78・W54・H83で、胸が小さいのが悩み。追い詰められると、親指の爪を噛む癖がある。モモコとの会話はほとんど下ネタである。モモコ曰く國子は恋を否定するタイプらしい。また、草薙に少々惚れていると言うが、國子自身は全否定している。
16歳のとき、校舎に催涙ガスをまいたテロリストとして逮捕され少年院へ。國子の身柄を捕らえるために政府軍がテロリストを装ったのだが自分の身代わりに捕らえられた友人を助けるために真犯人として名乗り出、瞑想の期間と位置付け2年を過ごし、出所（アニメ版は友人の傷害罪を自分が代わって被り、少女更生センターに2年間収監された）。
普段は、女子校時代のセーラー服を着用している。
本人は知らないがアトラスランクAAA（トリプルエー）で、アトラスの“後継者”である。立場上多くの逮捕状が発行されるが“後継者”に相応しいきれいな経歴が求められるため、公社の人間によって記録はすぐに抹消される。その身柄は公社の人間によって密かに警備されている。
アニメ版の彼女はブーメランの扱いや驚異的な身体能力を除いて、特別な能力を持たない少女として描かれている。原作と違って一部の地域住民たちからはメタル・エイジを快く思われておらず、特に謎の砲弾（実はダイダロス（後述）から発射された種）によって家族を失った住民に敵視されている。原作であったブーメランの使用制限という制約もなくなり、そのかわりに鞭のキャラクター分担が主にモモコになっている。また最終回において、原作で見られた特大ブーメランを使用した。
実は第零層で発見された神武天皇（アニメ版は卑弥呼）の木乃伊からクローン再生された（凪子の指示による）存在であり、皇位継承者の一人として育つよう帝王学教育の一環として敢えてドゥオモと言う小規模なコミューン形態の環境を凪子が用意し、その中で育てられていた。尚、クローン再生時の代理母は涼子の母親（涼子を凌ぐ天才、加えて高貴な子供を産めると自ら率先して名乗りを挙げた。涼子曰く「出産マニア」）。
実は第零層で発見された神武天皇（アニメ版は卑弥呼）の木乃伊からクローン再生された（凪子の指示による）存在であり、皇位継承者の一人として育つよう帝王学教育の一環として敢えてドゥオモと言う小規模なコミューン形態の環境を凪子が用意し、その中で育てられていた。尚、クローン再生時の代理母は涼子の母親（涼子を凌ぐ天才、加えて高貴な子供を産めると自ら率先して名乗りを挙げた。涼子曰く「出産マニア」）。

声 - 中田譲治
ニューハーフ。永遠の28歳。新大久保へ逃げて来た時に、まだ幼かった國子に助けられた。それ以来、國子の養育係となり惜しみない愛情を注いで育てた。國子にとって私生活では母であり、戦闘に置いては師範である。スリーサイズはB90・W60・H88。
かつて六本木でパブ「熱帯魚」を経営し東京一のニューハーフパブと呼ばれたが、15年前に六本木は街ごと放棄され店は森に埋もれた。アトラスへ移住しもう一度店を開くのが夢だったが、ミーコが当選したことで夢を諦める。パブが入っていたビルはアトラスへ入れる予定だったが、移転料の入金日に店の従業員に母親の手術費用のことで相談され立て替えてあげたことで移転料が払えなくなってしまった。
オカマになる前は、柔道の名選手として名高かった。耳が柔道選手特有の形をしており、見られないように髪を下ろしている。
アニメ版は鞭の使い手という設定が追加されている。

声 - 堀内賢雄、西墻由香（少年時代）
20年間反政府運動に携わっている、「メタル・エイジ」の参謀。30代後半。携帯の待ち受けは國子の写真。地上の庶民の中にいるアトラスランクAの少女がアトラス計画に何らかの関わりがあると察知し、森林化とアトラス計画を白紙に戻すため少女たちの拉致・殺害に手を染めた。
アニメ版では鹿島（かしま）警部の役割を兼務しており、妹を人質にとられ鳴瀬 涼子の命令で密かにアトラスランクAAAの國子を護衛していた。
第16話で妹が既にアトラスの人柱として殺されていた事を知り、17話でアトラス計画を白紙にするためランクAAAの國子殺害を謀るが草薙 国仁の邪魔により失敗し入水自殺する。その時の台詞から武彦は國子以外のAAAを知らなかったための苦心の選択だったようだ。
実はその後は生きており、アトラスの第八層でダイダロスを使って爆発を起こしていたが、最終話において総一郎の銃弾を受けて本当の最期を遂げる。

声 - 京田尚子
國子の養母。新大久保地区を取りまとめていた老婆で、「メタル・エイジ」の前総裁。「メタル・エイジ」の後継者として、國子を養女にした。犠牲を厭わず、1人や2人の死者が出ても士気を高めるのに利用してしまう。
かつては「アジアの暴竜」と呼ばれた伝説的なカーボニストで、アトラス公社の初代総裁として計画の礎に関わった。
アニメ版では本人の少女時代は秋葉原（電気街時代）のアイドルだったらしく、現在でも秋葉原の3爺の憧れの的であるという。そのため、國子が3爺から凪子に渡してくれと頼まれて持って帰ってきたマジカルギーナのフィギュアを見て異常なうろたえを見せる反応が描かれている。後に第17話でアトラス初代総裁として計画に携わっていたとして、國子にドゥオモを追放されるも、彼女に利用される形で引き続き協力する。
アトラス計画を考えた張本人であり、國子を神武天皇（アニメ版は卑弥呼）の木乃伊からクローン再生によって生み出させた。
アトラス計画を考えた張本人であり、國子を神武天皇（アニメ版は卑弥呼）の木乃伊からクローン再生によって生み出させた。

中国人の老婆。政府の森林化政策でビルを奪われた。ビルがある池袋の森から動こうとしなかったがモモコに説得され、相談役という形でドゥオモへやって来る。

声 - 柿原徹也
「メタル・エイジ」の理研スタッフ。うつ病だったがモモコに「治してやる」と言われ、ニューハーフの世界へ引きずり込まれますますおかしくなってしまった。今では研究室に閉じこもり、ブラジャーが欠かせなくなってしまった。
アニメ版は特に上記のような設定はなく、ただのやせ細った理研スタッフとして描かれている。

レディース。國子にスカウトされ炭素ディーラーになり、カーボニストの才能を開花させる。

声 - 石井真
陸軍第十高射特科大隊の少佐（アニメ版では少尉）の青年。
アトラスランクFだったがマーシャル諸島での任務中、アトラスの声を聞き“後継者”候補として認定され、アトラスランクがAAAに跳ね上がる。言動が少々青臭いところがある。
アニメ版は第16話で涼子の統治に反感を抱き、政府軍を自ら除隊した。その後はドゥオモに協力するようになる。凪子曰く、「優しすぎるために後継者に向かない」と言われ気落ちしていたが、モモコらに励まされる。親はゲリラに殺されている。アニメでは國子と手をつないだり抱きつかれたりして赤面し動揺したりしている。
実は神武天皇（アニメ版は卑弥呼）の末裔。
実は神武天皇（アニメ版は卑弥呼）の末裔。

声 - 有賀由衣
第六層の宮殿「新迎賓館」（アニメ版の第16話以降は香凛が買収した秋葉原のビルの一室）に住んでいる8歳の少女。嘘を見破る力があり美邦に嘘をついた者は皆、惨たらしい死に方をする。膠原病を患っており日光を浴びられないため、普段は遮光カーテンの奥で日々を過ごし移動する時は牛車で移動する。アトラスの“後継者”候補として、宮殿は厳重に警備されている。旧時代の宮家出身者。
実は不妊に悩んでいた笠松宮親王の精子を涼子の母親が体外受精して産まれた子。クローン再生である國子とは違い、遺伝子的には笠松宮親王と涼子の母の遺伝子を持つが、涼子の母から出産されたと言う意味においては國子の妹にあたる。アニメ版は卑弥呼のDNAから作られた設定に変更されている。アニメ最終話でミーコがかけた”ニューハーフの魔法”で忌まわしい能力を失い、日の光の中で生きられる体を手に入れる。その際、碧眼だった左目が右目と同じ色になっている。
実は不妊に悩んでいた笠松宮親王の精子を涼子の母親が体外受精して産まれた子。クローン再生である國子とは違い、遺伝子的には笠松宮親王と涼子の母の遺伝子を持つが、涼子の母から出産されたと言う意味においては國子の妹にあたる。アニメ版は卑弥呼のDNAから作られた設定に変更されている。アニメ最終話でミーコがかけた”ニューハーフの魔法”で忌まわしい能力を失い、日の光の中で生きられる体を手に入れる。その際、碧眼だった左目が右目と同じ色になっている。

声 - 石塚理恵
美邦の側近の女医。元は東大の大学病院の医師。アトラス政府に美邦の教育係になるよう召喚された。美邦が正当な後継者であることを認めさせるために心血を注ぎ、膠原病の新薬の開発を急ぐ。倒錯しており、罵詈雑言を浴びせられると愉悦に浸る。毎日白いブラウスに白衣という味気ない格好をしており、指は試薬で汚れ身なりには気を遣わない地味な女。過去に娘を亡くしており、美邦に娘の面影を見ている。美邦をアトラスの後継者にするためになら自分の身が危険にさらされることも厭わず、常人なら確実に死亡している状況にあろうとも一人敵に挑んでいく。アニメ版第16話以降はアトラスから逃亡し、香凛が買収したビルに転居した。ミーコのことは当初は毛嫌いしていたが様々な出来事を経て、美邦に尽くす同志として認めていく。アニメ版最終話では涙と共に消えていくミーコに別れを告げた。ミーコと共に行くと聞き分けない美邦に対して初めて「母」として手を上げた。

声 - 五十嵐麗
小夜子の後任の医師。東大病院で免疫学を専攻していた。小夜子とは正反対の派手な女。祖父は元首相鳴瀬慶一郎で、家柄・美貌・頭脳・運動神経を生まれながらに備えた完璧な女。
恐らく作中最強の人物で、戦闘面においても誰よりも上をいく驚異的な能力を持つ。他人に挫折感を味わわせるのが趣味で、1番の人間を蹴落とすことを快感とする。不逮捕特権のアトラスランクダブルAの保有者。美邦の女医である小夜子が死亡（実際は生きていた）したため、その後任として登場する。
アニメ版では「Z4」（ツェットフィーア）と呼ばれる四人組を従えたアトラスの首脳として登場している。かなりのサディストであり、特に國子に対して加虐的な好意を抱いている。原作と違って美邦や水蛭子を自分の玩具としか思っておらず忠誠心は皆無。後に第15話にて内閣総理大臣に就任し、自分にとって統治の阻害となる人物を次々と排除した。終盤でミーコを失った美邦の復讐心を利用して世界を崩壊させようとしたが、最期は國子に天之御鉾を突き刺されて急激に老化した後、死亡した。実はその直後に彼女の体から抜け出たゼウス（卑弥呼の霊）が本体だった。

声 - 井口裕香
アトラスでの生活に幸福感を得ている10歳の少女。両親はカーボニストで、姉たちも炭素に関わる産業に従事している。体験学習で地上を訪れた際に、激しい嫌悪感を抱いた。また学校のカリキュラムに「修学旅行：六本木の森での野営」とあるのを見て通信教育に切り換え、既に通信教育で大学院まで修了しMBAも取得している。抱えているテディベアのプリンは両親からの贈り物。
両親が仕事で忙しく一緒に過ごす時間がないため、両親が仕事をしなくても暮らしていける財産を作ろうと画策。マーシャル諸島の1つに「石田ファイナンス」という金融リース会社を作り、大学の仲間と経済炭素を掌握する会社を興した。
閉所空間での生活が長いためか極度の対人恐怖症となっており、その素性を隠すために外出時は常に変装している。
気に入っている洋服のブランドは「RENJI MURATA」。
アニメ版第15話以降はアトラスから逃亡し、秋葉原を買収。その中にあるビルの最上階に転居している。23話で既に両親が飛行機事故で他界していた事を知る。

かつてモモコの店「熱帯魚」で働いていたオカマ。モモコがアトラスへの移転料を入金する日、母親の手術費用が必要だと泣きつき立て替えてもらった。しかしそれは全て店の権利を奪うための嘘で、現在アトラス第三層の新六本木でニューハーフパブ「熱帯魚」の経営者になっている。金にがめつく、脱税もしている。後に、美邦に嘘をついてしまったために死亡する。

声 - 大塚芳忠
モモコの相棒のオカマ。女装した相撲取りを思わせる容貌。本名・熊谷徹雄。道玄坂でモモコに拾われ、美人揃いの「熱帯魚」の中で唯一のブスだった。アトラスのくじに当選し、アトラスへ入植する。戦闘力を小夜子に買われ美邦付きの女官となり、気に入られる。
アニメ版では、オカマになる前はその体格どおりの元相撲取りであり、力士時代に培われた怪力と張り手はオカマになっても健在である。後に第16話で涼子の独断で水蛭子の憑代（よりしろ）にされてしまった。その後は一時的であるが逆に水蛭子の体を憑依するほどの精神力を見せ付けたが、第20話で本来の人格である水蛭子と共に消滅した。最終回では霊体となってまで美邦を守る忠義ぶりをみせ、小夜子に後を託し消滅する。

声 - 櫻井孝宏
「Z4」のリーダー格。アニメ版オリジナルキャラクター。丁寧な口調と太いフレームの眼鏡、下がり眉毛の顔つきが特徴。涼子に小夜子と寝てみないかと言われた冗談が気に係り、小夜子が腹違いの姉だと気付き、アトラスに監禁されていた小夜子を逃亡させる。

声 - 平川大輔
「Z4」の一人。アニメ版オリジナルキャラクター。右目を隠したアンバランスなザンギリ頭が特徴。「Z4」の中では最も冷酷で、涼子の命令とは言え少年院での虐殺も躊躇無く下した。鳴瀬涼子というよりはアトラスそのものに対して異常なまでの執着を持っている。そのため最終話でダイダロスを使って爆発を起こしていた武彦を射殺するが、その後ろから発射されたダイダロスの種を受けて死亡した。

声 - 中村悠一
「Z4」の一人。アニメ版オリジナルキャラクター。涼子の部下にしては、やや人情がある男として描かれている。かなりの弟思いであり、涼子の仕打ちを受ける紫音の事をいつも心配している。

声 - 福山潤
「Z4」の一人。烈音の弟。アニメ版オリジナルキャラクター。涼子の身の回りの世話をしており、常に彼女に虐げられている。しかし、死に際に烈音の名だけを呼んだ両親の死をきっかけに、自分の存在価値を疑い、名目上は自分を必要としてくれている涼子を敬愛している。涼子から虐待を受けても顔を赤らめる等、被虐趣味がある。

声 - 金田朋子
アトラス公社の最高経営責任者。アトラス建設の未来を占う公社の要であり、建設や後継者に関する託宣を授ける。優れた巫女が憑代となり水蛭子を憑かせ、水蛭子を襲名する。憎悪による怨念がその本質であり、存在を維持する為、耐えず従者により肉体への物理的虐待を受ける為、憑依された人間は5年（アニメ版は数ヶ月）ほどしか生きられない。水蛭子が一度降りると、肉体が死ぬまで憑く。物語終盤ではプラズマ砲により蒸発させられるも、ゼウスに対する怨念の力で肉体を再構成してしまうというトンデモ能力を発揮。にも関わらず美邦に嘘を吐いた（というより美邦が水蛭子の言った言葉を逆手に取り、逆の行動をとった）ため呆気なく死亡。
アニメ版第16話ではミーコが水蛭子にされてしまったため、美邦はこの水蛭子をミーコと呼んでいる。小夜子によって人質として秋葉原に連れてこられたが、第20話で消滅した。最終話ではミーコや人柱にされた子供たちとともに幻となって現れ、別れを告げる。

声 - 吉野裕行
シンガポール人の男性。25歳。香凛の仕事仲間。暴走するメデューサを止めようとする。
アニメでは主にデフォルメされたアバターとして香凛のトレーディング端末画面に登場。音声もやや少年風に加工されていた。金銭至上主義の香凛、クラリスと異なり一般常識をわきまえている。香凛の無謀な炭素市場操作を封じる為、凪子と手を組んで忠告を無視した香凛を破産させた事があるが、その後、和解し、最終話で自家用ジェットを飛ばして香凛の前に姿を現し、再び破産した香凛を励ます。

声 - 渡辺久美子
ドイツ人の女性。香凛の論文にいち早く飛びつき、有志を募った。金儲けを何よりも愛する。
アニメのアバターは張と同じくデフォルメされており、少女風の声で香凛と会話する。香凛を出し抜こうとして一度破産した事があり、配給チケットを受ける程困窮していた。その際、香凛は彼女を「貧乏なクラリス」と称してイジっていた。３００万を昼食一回分と言う等、かなり金銭感覚が麻痺していた。香凛から３０００万の資金援助を受け、復活した。最終話で張と共に香凛の前に姿を現す。実際は張と同年代の美女。

声 - 中村秀利
ニューヨークの男性。アルメニア系アメリカ人。クラリスに誘われて協力者に。用心深く、いつも静観しているような態度。メデューサを香凛に内緒で2台作り、もう1台をモルディブへ設置していた。アトラス計画に多額を出資し、計画に大きく携わる重要人物。

公社に命じられ、國子を密かに警備しているボディーガード。

声 - 山下百合恵
國子の友人。アニメ版で捨てられた交際相手を刺し、國子が身代わりに収監される原因を作った。再び少年院に収監される國子に自らも進んで収監される。看守に唇と引き換えに國子の独房に侵入し、烈音に見つかった時も身体と引き換えにしようとする。國子と共に少年院からの脱獄に成功する。

声 - 渡辺明乃
國子が去った後の少年院の実質的なリーダー格。所長となった涼子にアトラス行きを餌にされ國子を目の敵にする。國子のタイマン勝負に破れ、涼子から３日間の屋外放置を命ぜられるが、國子が身代わりとなった事が切っ掛けで脱獄を手伝う。國子の脱獄後は涼子の命令で他の囚人と共に銃殺された。

声 - 榊原奈緒子
國子の少年院時代の友人。レナから國子に近づけば制裁を加えると言われていたにも関わらず國子に少年院の現状を伝える。國子の脱獄に必要な爆薬を手に入れる為（レナ爆殺用と偽って）看守に体を売ったと思われる描写がある。國子の脱獄後はレナ共々銃殺された。

声 - ロリ爺 茶風林 軍爺 立木文彦 カメ爺 岩田光央
秋葉原に長年生息する武器商人３人組。それぞれ女装、軍装（というよりコスプレ）、カメラ小僧の服装をしている。店内はどう見ても武器店と言うよりオタクショップである。17話で香凛がシンジケートごと秋葉原を買い占めてしまった為、武器を直接買い取る事が出来なくなり、國子を香凛に仲介する。

声 - 松元環季
第4話で登場する秋葉原のアイドル
國子が3爺から預かったマジカルギーナのフィギュアを見た凪子が異常なうろたえを見せる反応が描かれている。

アトラスが一層増える度に、抗議の証に1本増える。大量に二酸化炭素を排出し、炭素指数を急騰させることでアトラスの裕福なカーボニストたちに悲鳴を上げさせることができる。

契約国に課せられた1億トンの経済炭素を石田ファイナンスがヘッドリース、同時に、石田ファイナンスとL.T.C.I.がリース契約を結ぶ。石田ファイナンスが契約国からリースした経済炭素はL.T.C.I.へ移行される。
L.T.C.I.は契約国へ9500万トンの経済炭素をリースバック、これで帳簿上は500万トン分の経済炭素が消える。L.T.C.I.は負債引受銀行に85%、資産引受銀行に10%を返還。負債引受銀行は融資した炭素銀行に満額を返還するので損はしない。投資会社は税金の控除を受け、香凛たちは5%の仲介手数料を得る。

「キミシニタモウコトナカレ」

作詞 - 岩里祐穂 / 作曲・編曲 - 本間昭光 / 歌 - May'n
※第24話はオープニングはなく、エンディングテーマとして使用された。

「はじまりの朝に光あれ。」

作詞・作曲・編曲 - 黒石ひとみ / 歌 - midori

「月に隠せし蝶の夢」

作詞・作曲・編曲 - 黒石ひとみ / 歌 - midori

「オレンジかんだら」（第12話）

作詞・作曲・編曲 - 黒石ひとみ / 歌 - マジカルギーナ（松元環季）

「天への祈り」（第24話）

作詞・作曲・編曲 - 黒石ひとみ / 歌 - Hitomi

「シャングリ・ラを目指して」（第24話）

作詞・作曲・編曲 - 黒石ひとみ / 歌 - Hitomi