ミカ・セイドウ

声 - 比嘉久美子
主人公。地球統合宇宙軍少尉で「Sミッション」とよばれる計画にドライバー候補として参加する。

ソフィア・ガルガリン

声 - 甲斐田裕子
地球統合宇宙軍中尉でドライバー候補の一人。ミカの友人。

ミール・ロータス

声 - かかずゆみ
地球統合宇宙軍のエリート中尉で、気位の高いドライバー候補の一人。人類最高の遺伝子の持ち主。

レミィ・レヴィストロース

声 - 柚木涼香
地球統合宇宙軍少尉でドライバー候補の一人。ミールとつるんでいる。

チキ・ムジカノーバ

声 - 桑島法子
地球統合宇宙軍少尉でドライバー候補の一人。マリオの妹。

ドルチェ・サイトウ

声 - 川澄綾子
人類最高のプログラマー。シャフトのOSをデバッグしている。
見た目は内気な少女だが、自分が思っている事は持参している人形を介して、話をしている変人。

ヒロト・アマギワ

声 - 櫻井孝宏 / 幼少期 - 甲斐田裕子
地球統合宇宙軍中佐。新造戦艦「ビルキス」艦長としてシャフトを指揮する。男性。

ベアトリーチェ・ラティオ

声 - 坂本真綾
男性であるヒロトを補佐するレジスター。ビルキスのオペレーションも担当する。

マリオ・ムジカノーバ

声 - 浜田賢二
地球統合宇宙軍少佐。ヒロト・アマギワのバックアップでビルキスの副艦長格。男性だがレジスタが居ないまま乗艦している。

セルゲイ・IV（フィーア）・スニーク

声 - 川田紳司
地球統合宇宙軍大佐。元老院直属の「イモータル」からビルキスに派遣されている。男性。

シビル

声 - 夏樹リオ
スニーク卿のレジスタ。事故で死亡している。

アン

声 - 渡辺美佐
マリオのレジスタ。マリオのビルキス赴任直前に死亡。彼女の遺言はマリオに大きな影響を与える。

リョーコ・ヴァニング

声 - 夏樹リオ
地球統合宇宙軍中尉。ミカの親友。演習中の事故で死亡している。同位体はハル。

ジュリア・セイドウ

声 - 平松晶子
ミカの母親。遺伝学者でロサンゼルスに出張中。

カレン

声 - 小林沙苗
デバッガーの一人。地黒。

リン

声 - 永田亮子
デバッガーの一人。髪がお団子。

ナターシャ

声 - 吉住梢
デバッガーの一人。そばかす。

アリス

声 - 城雅子
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

チャチャ

声 - 川澄綾子
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

エマ

声 - 永田亮子
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

フミ

声 - 小林沙苗
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

グロリア

声 - 夏樹リオ
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

ヒューン

声 - 浅井清己
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

ジュディ

声 - 浅野瑠璃
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

ケイ

声 - 柚木涼香
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

ルナ

声 - 城雅子
ビルキス艦橋オペレーターの一人。

アシモフ

声 - 河合義雄
元老院メンバーの一人。

ブラナー

声 - 大西健晴
元老院メンバーの一人。

カミングス

声 - 松尾貴司
元老院メンバーの一人。

ディクスン

声 - 石川ひろあき
元老院メンバーの一人。

エーヴェルス

声 - 田中完
元老院メンバーの一人。

ラリィ

声 - 山路和弘
NASAのパイロット。

ジョージ

声 - 立木文彦
NASAのコ・パイロット。

チャタ

声 - 宮本充
NASAのミッション・スペシャリスト。

ジャン・ゲドゥ

声 - 山口勝平
地球統合宇宙軍中佐。戦艦ヨーキ艦長。男性。マリオとは学生時代から天敵同士。

ナタリ・コクト

声 - 斎賀みつき
地球統合宇宙軍連合艦隊司令官。戦艦エカテリーナに座乗。マリオとは旧知の仲。

リリィ

声 - 小林沙苗
ジャンのレジスタ。職場環境のせいか、少々いじけ気味。

ビスマルク

愛称は「ビス」。ダッチ・パートリッジ・ハウンド。ミカの母親がDNA操作によって生み出した犬で高い知能を持つ。

I.E.O.（イーオ）

地球統合機構。

イモータル

元老院直属の秘密組織。

元老院

地球統合政府の顧問機関。

ステーション・マラカナン

宇宙ステーション。Sミッション参加メンバーの集合ポイント。

シューレ

男性種の教育機関。

人口管理局

遺伝子情報の管理と遺伝子制御された子供を産み出す機関。

生存権の剥奪

死刑。

DNA凍結

DNAの完全な消去。

統合軍

地球統合政府が保有する唯一の軍事力。200年間、本格的な軍事行動をしたことがない。

ニーブン基地

木星の衛星ガニメデにある基地。

グリーンベレーパス

身体能力と格闘技術が特に優れている者に与えられるライセンス。

ジーンタイプ

ジーンタイプ試験紙による適正判断テストに応じて色分けされる遺伝子型。通常成人する15歳までに判明する。

スキル

遺伝子にプログラムされた適正または能力。

同位体

同じDNAを持つ個体。

脳の疲労暴走

レジスタが糖分補給を怠り、脳機能が著しく低下した状態で日頃抑えている感情が表に出ること。

ハイスキルDNA保有者

標準以上のスキルを持ち、その能力を開花させた人間。

ホワイト

ジーンタイプ・ホワイト。

ライフ・サイクル

DNAにプログラムされた寿命。15歳で成人し45歳の誕生日を過ぎると身体能力が衰え眠るように死に至る。

レジスタ

人口管理局に属する女性種で主に男性種の行動を監視する役目を負う。遺伝子操作により感情を極端に抑え、脳の副処理能力を強化している。睡眠を必要としない。

エゲリア

1発で1個艦隊を壊滅させる威力を持つ量子拡散弾を搭載するエゲリア特殊艦。

Sユニット

シャフトの遠隔操作用コンソール。

F.S.I.

Finished System and Idling の略。

F.R.B.

シャフトの後背に取りつけられたロケットブースター。Flight Rocket Booster の略。

MBH (Micro Black Hole) 砲

シャフト胸部から放ったエネルギー球で空間を湾曲させ、発生した極小のブラックホールを使用し対象を通常空間から消滅させるシャフトの最強兵装。

クァンタム・イニシャライズ

ビルキスのメインコンピュータである量子コンピュータを初期化すること。

セキュリティポール

ミカが突っ込んだ光の列柱。強力な電磁バリアが張りめぐらされている。

第一級戦列艦

統合宇宙軍が保有する主戦力。

対爆防御機能

艦橋内で起きた熱や爆風を密閉する自動防御システム。

タンデム・システム

2台のディバイス・ユニットの双方からメイン／サブの切り替えが任意に行えるシステム。

Dユニット

シャフトドライバの乗り込む操縦席。

テレメーター・システム

クルーが任務で艦を降りる間、心拍数や血圧など生体反応を艦内においてリアルタイムでチェックするシステム。

フェイズコードSSJ

レジスタ不在時、レジスタ専用端末を介さずキャプテンが直接ビルキスのメインコンピュータに指示を音声入力できるモードに切り替えること。

マスドライバ・ジェネレーター

宇宙ステーション内のドッグ側に設置されている超電導の原理を用いた艦の発進システム。

レジスタ権限

キャプテンの監視役であるレジスタが時として任務遂行のため行使するキャプテン以上の権限。

ワームホール航法

ワープ航法。

ワームホールユニット

ワームホール航行時にリング状に展開する特殊装備。

アーラ・スクリプト

航行用プログラムの名称。

アタカンテ・プログラム

攻撃用プログラムの名称。

カテナチオ

防御用プログラムの名称。

スクリプト“デッレ・ステラ”

外宇宙航行用プログラムの名称。

セッションアプリ

各プログラムの調整用アプリケーションの名称。

トリクワトリスタ

艦橋内のキャプテンエリアに立つキャプテンの存在を認識してから艦の全プログラムを起動させる認証プログラム。

バグ

プログラムの齟齬。

バロンドーレプログラム

ビルキスのメインコンピュータのOSの名称。

物質転送プログラム

シャフトのマイクロブラックホールを利用した物質転送装置を制御するプログラム。

プログラムエンジン

艦の航行上欠かせない重要なプログラムの起動・動作を確認するソフト。

オベラス

リングを操り、太陽系の知的生命体の進化を監視してきたシステム。

量子（クァンタム）ビーム

リングの放つ光の柱。カリフォルニアにある統合軍司令本部を直撃した。

リング

直径約500kmの金色に輝く輪。オベラスの端末。変幻自在、神出鬼没のエネルギー体。

Sミッション

オベラスの位置と目的を解明することが主目的の極秘任務。

ガイア

人為的進化を否定する反政府組織。

ガニメデの巨人

ガニメデで発見された地球外生命体のミイラ。全長約4メートル。2本の角を持つ。

Gファイル

オベラスの能力を解析したファイル。

ビルキス抜錨

制御・推進システムを立ち上げ、艦を出航させるの意。

レジスタキャンディ

レジスタが効率よく血糖値を上げるために必要不可欠な、果糖の100倍もの甘さを持つドロップ。

作曲・編曲 - 高崎晃 1話のみエンディングで使用。

作詞・作曲・編曲・歌 - JI-ZO “JI-ZO”は、高崎晃のプロジェクトである。

作曲・編曲 - 高崎晃

角川書店、「月刊エースネクスト」2000年7月号 - 2001年9月号連載、角川コミックス・エース
作画：山口恭史、原作：金子良馬、原案：東青龍、協力：サテライト
アニメとは異なるアナザーストーリーとなっている。 「未完兵装ルナシャフト」 第一巻 （2001年3月29日発行） 「未完兵装ルナシャフト」 第二巻 （2001年10月1日発行）

角川書店、角川スニーカー文庫刊
著：浅川美也、原作：サテライト、赤根和樹 「ジーンシャフト（上）色とりどりの少女たち」 （2001年3月） 「ジーンシャフト（下）色めきたつ少女たち」 （2001年6月）

「SHAFT DRIVE」 高崎晃 （2001年5月2日）

「GENESHAFT オリジナル・サウンドトラック」 高崎晃 （2001年5月23日） 「GENESHAFT TRANS=MIST MUSIC FROM "GENESHAFT"」 高崎晃 （2001年6月27日）

「ジーンシャフト 01」 （2001年8月25日） 「ジーンシャフト 02」 （2001年9月25日） 「ジーンシャフト 03」 （2001年10月25日） 「ジーンシャフト 04」 （2001年11月25日） 「ジーンシャフト 05」 （2001年12月21日） 「ジーンシャフト 06」 （2002年1月25日） 「ジーンシャフト 07」 （2002年2月25日）