01 主人公のスー（時任好子）は突然、学校で黒い雪の様なものを見る。 それは彼女にしか見えなかった。 彼女は引きこもり叔父さんの面倒を見ている。 ある日、キリコとミキも同伴してそのマンションを訪れるが、そこへ黒い津波と巨大地震が襲いかかる。 ここから全く異質な非日常世界が始まる。 街中はすっかり黒い水が覆い、海に浮かぶ孤島の様に42階だけが人間が生存する空間になってしまった。黒い水はマンション住民に見えている。

屋上に上がるとそこには迷い子-ロストチルドレンがキャンプを張りサバイバル生活を送っていた。 そして子供らは何百年と生きている。突然、マンションが揺れ黒い水がひいていく。街に出てみると定礎2059年のビルが聳え立っている。ここは未来世界。

02 巨大なカマドウマのような生物“レギオン”が出現。 それがスー達を捕食しようと襲いかかってくる。 その時、ヤクザである対馬が助けに現れこれを撃退する。また敵対してくる2060年の人類=加齢症の集団も対馬らにより制圧されてしまう。 加齢症はこの時代ロシアを発端に世界に蔓延した病気。世界各地で暴動が発生し、人類は衰退の一途をたどっていったのである。

03 スーらはワゴン車で街郊外を視察し、樹木や野生動物が繁栄する様を目の当たりにする。スーが自宅に寄ると弟のトキオの思い出が甦る。トキオは時空を移動できることが物語で次第に判明していく。

対馬らは広大な農園を見つける。マンション住民は農園を訪れ物々交換を始めることになる。スーはカバに襲われ逃げまわるが、その時、時間の波が襲来する。 叔父さんが車で救出に現れるが、スーは逃げまわるのみ。すると路地に迷い込んだスーは突如として2008年の都会に入り込んでしまう。しかし叔父さんが現れ再び2060年に。

04 スーの携帯にクラスメイトの西村哲也から時間を超えてメールが届くことが判明する。 そして獣の皮を被った加齢症の集団との戦闘が展開する。

対馬はこの崩壊した社会で定礎2059年のビルをなぜ建てることが可能だったのか疑問を投げかける。 対馬はビルに入り、夥しい死骸を目にする。コウは「加齢症が蔓延すると高地の人は症状の進行が遅いことから高層ビルを建てるようになる。定礎2059年のこのビルもそうだ」と語る。

05 バベル産業により定礎2059年のビルの建設には加齢症児が駆り出され、ある者は狩りにある者は農作業に従事させられた。 次第に搾取されることに嫌気が差した加齢症児らは反乱を起こすことになったのである。

黒い津波が襲来する。その最中、加齢症の集団はマンション内に侵入。 黒い水の水位が上がっていく。スーらの前には動くはずのないエレベーターが到着。

06 エレベーターに乗るとやがて2008年の人々（半透明の姿）が次々に乗り込んでくる。 マンション内部にレギオンが侵入してきて戦いが繰り広げられる。 黒い水が引くと周囲は草原。時は戦国時代。武田勝頼の軍勢がマンションを囲んでいた。

07 武田の配下の真田昌幸はマンションに侵入し、レギオンと対馬の戦いを目撃する。 遂に武田軍の総攻撃が開始される。マンション住民との戦いが繰り広げられる中、対馬は武田に先んじてマンション周囲の草原を焼き払う。さらにレギオンが侵入しているマンションの階でロケット弾を打ち込み、一匹のレギオンを外に追い放つ。

08 放たれたレギオンに槍、銃弾が打ち込まれ勝頼の目の前で力果ててしまう。 狂乱した勝頼はレギオンの体に刀を突き刺すと、中からレギオンの子が溢れだしてくる。 真田の兵が親レギオンに砲撃を加え漸く仕留めることに成功。武田軍は撤退し、真田軍のみが残ることになる。 この時、竜水村の迷い子が1人をマンションに迷い込む。 迷い子の正体は真田昌幸の嫡子、真田幸村（幼名は源次郎）であった。一方、ロスト・チルドレンの1人孫兵衛は彼の出身村である竜水村を目指して単独行動をとる。

09 真田の攻囲を突破して竜水村に到達した一行は孫兵衛の救出に成功する。 戦に備えマンションの見取り図を見る住民たち。この図面には対馬の広い部屋（武器庫）がないことになっている。また、搬入口も非常口も埋められていた。相川は「このマンションは戦を想定して建てられたもの」と考える。なお対馬は過去の記憶が失われていることが判明する。 真田幸村は武田の人質時代に時間の波に襲われている。この時上空に出現したトキオに救われ未来の東京に時間旅行したことがあった。彼は昭和の時代を子どもとして生活し再び戦国時代へと戻されたのであった。

10 開戦。真田軍は草原に火を放ちマンションを煙攻めにする。 戦いの最中、対馬の記憶が甦っていく。対馬はかつてホームレスで黒眼鏡の一団に連れられて日本一高い霞ヶ関ビル最上階の武器庫の番人にされたことを。やがて対馬は黒い水が見えるようになる。そして今度はやはり日本一高いサンシャインビルの最上階に移される。テレビ画面を通して対馬は武器の扱いを学習させられる。 テレビ画面には何とマンションを攻撃する真田軍の様子が映し出されている。テレビの上には天使の姿のスーが浮かんでいた。 武田の兵も攻撃に加わり駐車場に侵入するがガソリンで焼かれてしまう。 真田昌幸とその兵らは死霊の姿となってマンションへ突入するのであった。

11 真田の騎馬隊がマンション内に侵入しエスカレータを駆け登る。対馬らはこれに猛射撃を浴びせ、凄まじい殺戮戦が繰り広げられる。力と学は相撃ちして果ててしまう。

対馬は初めて自らの過去をスーらに話す。30歳から39年間、監禁生活を送ってきたことを。 対馬を監禁したのは黒眼鏡の一団。その親玉である老人から「ワシはお前じゃよ」と告げられる。老人を導いた者はトキオであった。トキオが時間軸を同じくしたため二人の対馬が存在しているのだ。 対馬はスーに「トキオが旅していた理由は分からない。スーの手を汚さずが2008年に帰らせることがオレの使命だ」と語る。 次いで老人の対馬はトキオとの出会いを語る。トキオは対馬に時間の概念や彼の経歴について語り、時空を超えて彼の幾つもの臨終の様子を見せたのであった。

正午が住むマンションの屋上に住んでいた謎の子供たち。「時間」から逃げている。

真吾（しんご）

子供たちのリーダー格。自分を捨てた母親を探している。

孫兵衛（まごべえ）

子供たちの中の最年長で推定年齢258歳。1970年にトキオと遭遇している。

節子（せつこ）

防災頭巾を被った少女。東京大空襲で弟を焼夷弾で失い、「時間」が見えるようになる。1933年9月4日東京杉並生まれ。

冬子（ふゆこ）

思慮深く用心深い物静かな少女。