本シリーズは、1998年にスクウェア（現：スクウェア・エニックス）から発売されたPlayStation用RPG『ゼノギアス』との関連を持つSF作品であるが、公式のコメントでは『ゼノギアス』との直接の関係は無いとされている。実際に、『ゼノサーガ』は『ゼノギアス』の構想を発展・拡張したものがベースになっているため、同一の世界観上に連なる物語ではない。あえて初期の構想に当てはめるなら、設定上存在するエピソードIからVIまでの中で『ゼノギアス』の本編であるエピソードVから、劇中時間で約1万年前の、公開されている設定上もっとも古いエピソードIの時代（星間戦争時代）のストーリーに相当し、『ゼノギアス』とは大きく異なった世界観で展開されるスペースオペラとなっている。なお、『ゼノギアス』公式設定資料集のエピソードI時代の年表と『ゼノサーガ』の年表では、数年のずれがある。

本シリーズはエピソードIIIをもって一応の区切りがついたとされているが、エピソードIの発表時に「宇宙の始まりから終わりまでを描いた叙事詩」であるとのコメントがなされており、まだ構想にあるうちの導入部が終わったに過ぎない。

『ゼノギアス』同様、ドイツの哲学者フリードリヒ・ニーチェ、カール・グスタフ・ユング、ジークムント・フロイトやグノーシス主義など、哲学や心理学、宗教的な思想などが背景にあり、それらが支える複雑なSF的要素を含んだ知的なストーリーとなっている。「力への意志」「善悪の彼岸」「ツァラトゥストラはかく語りき」と、各エピソードのサブタイトルもニーチェの著書から取られている。

2005年にはテレビアニメ化されており、東映アニメーションによる製作の『Xenosaga THE ANIMATION』が、同年1月5日から3月23日までテレビ朝日（関東ローカル）で放送された。ストーリーに若干の違いはあるが、『ゼノサーガ エピソードI［力への意志］』とほぼ同一の内容となっている。主要なキャストはゲーム版と同一だが、一部は変更されている。

後年、原作者の高橋哲哉は本シリーズが「あまりいい評価をいただけなかった」と語っている。エピソードIの段階ではモノリスソフトの組織作りと並行しての開発であり、休みなしの不夜城状態で予算も人材も足りず、開発期間2年の1年半をムービーに費やし、残り半年でゲーム部分を作るような状態であった。これらの反動でエピソードIIでは逆に「限られた予算と時間でできることをする」という方向に流れて開発を行ったが、そのエピソードIIはユーザーからの評価が芳しくなかった。その後は再び方向転換を図ったが、既にエピソードIIIの開発が進行している最中であった事と、社内でも「Ep2は予算内に収まったんだし，いいじゃないか」「確かにそうかもしれないけど，それでお客さんは喜んだのか」という形で意見が割れ、最終的には大きく舵を切り直したが、最後まで直し切ることはできなかった。この紆余曲折の悔しさから社内では「次こそお客さんに喜んでもらえるものをつくらねば」という共通認識を持つようになり、後の『ゼノブレイド』では開発の空気もそれまでとは大きく違ったものになったと言う。

• ゼノサーガ エピソードI［力への意志］ （2002年2月28日、PS2）
• ゼノサーガ エピソードI リローディッド 力への意志 （2003年11月20日、PS2）
• ゼノサーガ フリークス （2004年4月28日、PS2）
• ゼノサーガ エピソードII［善悪の彼岸］ （2004年6月24日、PS2）
• ゼノサーガ パイド パイパー （2004年7月14日、Vアプリ、iアプリ）
• ゼノサーガI・II （2006年3月30日、DS）
• ゼノサーガ エピソードIII［ツァラトゥストラはかく語りき］ （2006年7月6日、PS2）
• ゼノサーガ エピソードII to III a missing year 〜U.M.N.に封印されし真実の断片〜 （web限定Flash動画および、公式攻略本掲載ノベライズ）

• 高橋哲哉
• 嵯峨空哉
• 田中久仁彦
• 麦谷興一 (CHOCO)
• 光田康典
• 梶浦由記
• 石垣純哉

ゾハルが発見されてから40世紀後の超未来。人類は宇宙を第二の故郷とし、あらゆるテクノロジーを駆使して繁栄していた。

惑星改造やワープ航法、全宇宙を繋ぐネットワークであるU.M.N.、ネットワークにアクセスすることで使用できるETHER（エーテル）、人型端末兵器A.G.W.S.（エイグス）、最も人間に近いアンドロイドであるレアリエンなどがその代表である。

U.M.N.、ETHERおよび関連の「事象変異機関ゾハル」などは、ユングの唱えた「ウーヌス・ムンドゥス」という、当時科学を補完せんとした学説を骨格にしたシステムである。

2005年1月5日 - 3月23日の期間にテレビ朝日で放送されたテレビアニメーション。

ムービーでTVアニメ1クール分に相当するエピソードIのシナリオを要約し、その上でキルシュヴァッサーらサブキャラクターのドラマを原典のイメージを損なうことなく補完されている。なお作中でクーカイ・ファウンデーションの酒場で落ち込んだアレンが元気付く理由が謎のポーズを取る人ではなく、ドラマCD同様スコットクンとなっており、ドラマCDの展開も踏襲されている。シリーズ構成・脚本を担当した竹田裕一郎は、後に『ゼノサーガI・II』で抜擢された。