従来のシリーズ作品において、デジモンの成長やパワーアップは「進化」がメインに据えられていたが、本作品では主人公デジモンたちがデジクロスと呼ばれる「合体」をメインにしてパワーアップするというスタイルが採られた。「合体」という要素は『デジモンアドベンチャー02』でもジョグレス進化として用いられた手法ではあるが、本作品ではそれとはまた異なり単純なパワーアップだけに留まらず、デジモンの組み合わせ次第であらゆる形に変化するといった描写もなされている。

また、主人公側のデジモンおよび本作品が初出のデジモンは、成長期・成熟期・完全体といった「世代」とワクチン・ウィルス・データといった「属性」が設定されていないという、従来のシリーズ作品とは一線を画した設定となっている。これは本作品に登場する既存デジモンにおいても言及されず、後述のように個々の設定における重要な役割を果たさない。なお、本作品が初出のデジモンの一部は2020年になって世代や属性が改めて設定された。

こういった要素とは裏腹に、前作『デジモンセイバーズ』で意図的に避けられた「名前の頭文字が『タ』か『ダ』」「頭にゴーグルを着けている」という主人公の定番要素が、本作品で再度盛り込まれるなど、従来のシリーズ作品の定番要素も組み込まれている。反面、ナレーションが新たに登場したデジモンのデータ解説をするシーンはなくなっている。また、番組終了後のミニコーナーでは、その回に登場するデジモンが1匹紹介されている（デジモンデータコレクションではクロスローダーと連動しているため、紹介されるデジモンは劇中には登場しなかったデジモンがほとんど）。

1期および2期では、ジェネラルと呼ばれるデジモンを統率する人間、もしくは強力なデジモンが存在し、従来のように人間がただ進化や合体を促すだけでなく、大局的に戦場を見て自分の軍に所属するデジモンたちに指示を出すという設定が盛り込まれている。そのため人間の存在が従来のシリーズ作品とは別の形で重要なものとなっており、本作品ではそういった性質上仲間のデジモンが軍の仲間として多く登場する。他方で明確なパートナーデジモンというものは劇中において存在せず、デジクロスにおいて誰が中心になるかという点が多く言及される。シャウトモン自体は「自分が一番のパートナー」と自称していたが、3期などでは公式サイトなどでいくつかのデジモンが改めて、「パートナーデジモン」として言及がなされている。

公式サイトの文章などでは、以前の設定に触れられている個体もいるが、前述・後述の諸設定を踏まえ、あくまで既存の設定は作中において撤廃されている。

まず本作品に登場するデジモンは、従来のシリーズ作品の多くで採用されてきた「デジタマによる復活」という要素が存在せず、『デジモンテイマーズ』と同様に倒されたデジモンは消滅するものとして扱われる。他方、『テイマーズ』のように倒したデジモンをロード（吸収）するという設定は踏襲されていない。「消滅してもデジモンの魂は不滅」という設定があり、肉体が滅んでもそのデータ自体は残留し、コードクラウンの力などが発揮されることで、場合によっては復活する場合もある。一方でこのような復活は、とても稀有なこととして作中では捉えられており、「デジモンはただのデータではなく、死すべき定めを持つ生き物であり、その命を弄んではならない」ということがしばしば強調される。さらに復活後は必ずしも同じ姿で登場するとは限らず、ツワーモンがダメモンを基本としたデジモンとして生まれ変わったり、バグラモンが人間として転生するという事例なども見られた。また兄弟や両親など家族がいるデジモンも存在し、性別に対する言及が多少存在するがこれが全てに適用されているかなどは明かされていない。

世代についての扱われ方も、従来のシリーズ作品と比べて様々な点で差異が見られる。本作品初出のデジモンで、世代が言及されているのは究極体のクオーツモンのみであり、それ以外のデジモンで世代について設定されているのは過去作品からのゲストデジモンのみである。また従来の設定に準拠した形で登場するデジモンもいるが、世代に関する言及はない。その都合上、必ずしも以前存在した世代の設定において強さや階級が決まるわけではなく、従来なら世代の低いデジモンが高いデジモンを率いていることも見受けられる。

パワーアップも一部の例外はあるものの、基本的にデジクロスか吸収合体のみとなっている。「進化」の概念が本格的に登場したのは30話からであるが、これはオメガモン曰く「オメガシャウトモンはシャウトモンの未来の姿」であり、クロスローダーの力によって発現する進化は「超進化」と呼称され、これもまた以前の設定とは異なる意味を持つ。タクティモン曰く、本来進化するまで多くの年月を要するのが普通であるため、それを踏まえた上で驚愕するという描写も見られた。

第1話冒頭におけるタイキの夢の中でタイキの後ろに控えていたデジモンたちの中には、従来のシリーズ作品でパートナーとして抜擢されたデジモンたちがシルエットで多く登場しており、デジメモリの中にも同様に元パートナーデジモンだった種類が多く選抜されている。3期からはデジクオーツという空間において、デジモンを戦闘の末に捕獲することが出来るという設定が新たに登場、デジモンは人間の欲望などを糧にすることで自分をパワーアップさせることが出来るということがデジモンの間で流布され、それを狙い人間の感情を利用しようとするデジモンが多く登場した。

1期の商業展開は非常に苦戦を強いられる形となり、2期に入ってからは玩具展開はほぼ終了。その後も新規の玩具の発売はほぼ皆無なまま、テレビアニメの放送は3期まで続くという、東映アニメーション制作のキッズアニメとしては異例な形態のアニメとなった。DVDもレンタルのみで、デジモンシリーズとしては唯一のセルDVDがない作品である。Blu-rayは現在､リリースされていない。

第1期の放送時間の都合上、本作品ではエンディングテーマがなく、オープニングに全てのスタッフクレジットを集約する形式となっている。放送時間の変更後もこの形式は踏襲されているが、新たにミニコーナーが設けられている。

代表的な物を記述する。

放送開始時（2010年7月6日）から10月12日までのエンディングコーナー。モニタモンがデジモンのプロフィールを紹介し、その後デジモンにちなんだネタを披露し、シャウトモンがツッコミをするというもの。

2010年10月19日から2011年9月25日までのエンディングコーナー。玩具『デジモンクロスローダー』と連動しており、デジメロディというデジモンをリロードさせる特殊な音楽がテレビから流れ、デジモンクロスローダーのマイク部分をテレビのスピーカーに近づくとデジモンがリロードされる。放送から二日後にはテレビ朝日の番組公式サイトやデジモンウェブでもデジメロディが配信される。デジモンの電子玩具と直接連動したコーナーがアニメ内に設けられるのは、シリーズ初である。

2011年10月2日からのエンディングコーナー。その回に登場したデジモンを紹介し、最後におかしなデジクロスをしツッコまれるというもの。