2000年4月4日から同年12月26日まで、全38話がテレビ東京系列にて放送された。タイトルに冠されている「ドキドキ♡伝説」は、原作の連載誌『月刊少年ガンガン』で、読者から募集して決められた。名付け親は、かつて存在した「衛藤ヒロユキ公認ファンクラブ」の会員。

1994年〜1995年に放送された前作から補完する目的もあり、ストーリーは原作第5巻から第11巻序盤までとなっている。ストーリーの辻褄を合わせるため、アニメオリジナル展開であった第1作の30話以降は無かったことにされており、第1話の時間軸は妖精の村編直後となるのを始め、前作で既にアニメ化されているエピソードの流用も見られる。また、前作では原作より先に登場した関係で違いのあったキラキラなどの設定も原作に準拠したものとなっている。

今作は日本アニメーション初の完全デジタルアニメとなった。アニメオリジナルストーリーである第22話や第38話は原作者の手が大幅に加わっているとされる。

映像媒体の発売元は前作のソニー・ミュージックエンタテインメントからバンダイビジュアルへ変更されたが、玩具の展開は前作に引き続きタカラ（当時、のちタカラトミー）が行っている。

最高視聴率は2000年12月26日に放送された第38話（最終話）「ドキドキ伝説は終らない！」の6.3%、全38話の平均視聴率は4.7%。前作の補完的な意味合いの強いアニメ化だったとは言え、原作の連載が続いている中で最終盤を迎えたのでラストの光魔法結社に関するエピソードは前作の後半と同様にアニメオリジナルの展開となっている。

キャストの多くは、前作と同じキャストだが、主人公のニケ役を含む一部キャストが変更になっている。

ニケ役は前作の瀧本富士子から南央美に交代しているが、公式発表では瀧本富士子のスケジュールの都合が理由とされている。また、日本アニメーション日俳連（日本俳優連合）との二次使用料問題で係争に参加した組合員の出演が一部制限されたことや、ジュジュ役の天野由梨が引退（後に復帰）、ゴチンコ役の安西正弘が病気療養などの理由で大幅なキャスト変更を余儀なくされている。前作からの声優交代は以下の通り。

• ニケ - 瀧本富士子→南央美
• ジュジュ - 天野由梨→荒木香恵
• レイド - 鳥海勝美→久保田恵
• ゴチンコ - 安西正弘→小和田貢平
• サーチアイ - 三木眞一郎→赤石広樹
• バド - 増岡弘→西松和彦
• レナ - 井上喜久子→栗田ひづる

• ニケ - 南央美
• ククリ - 吉田古奈美
• キタキタおやじ（アドバーグ・エルドル） - 緒方賢一
• ギップル - 高乃麗
• 魔法オババ（イザベル＝クリスチーナ） - 山本圭子
• ウルガ13世 - 池田勝
• ルンルン・フェルメール - 松井菜桜子
• 闇の総裁 - 西川幾雄
• トマ・パロット、さっぱり妖精 - 神代知衣
• ジュジュ・クー・シュナムル - 荒木香恵
• レイド - 久保田恵
• カヤ - 納谷六朗
• ゴチンコ - 小和田貢平
• バド - 西松和彦
• レナ - 栗田ひづる
• ギリ - 大友龍三郎
• ナレーター - 横尾まり

• エグゼクティブプロデューサー - 本橋浩一
• シリーズ構成 - 三井秀樹
• キャラクターデザイン - 加瀬政広
• 美術監督 - 筒井典子
• 色彩設定 - 大平敬志
• 音楽 - 中村暢之
• 音響監督 - 加藤敏→三好慶一郎
• プロデューサー - 東不可止、横山真二郎、遠藤重夫
• 監督 - 高木淳
• 撮影監督 - 間嶋秋信
• 編集 - 浜宇津妙子、名取信一、中野一穂
• 効果 - 庄司雅弘
• 選曲 - 合田豊
• 制作デスク - 小林克規
• 設定制作 - 青山愛
• 製作 - テレビ東京、創通映像、日本アニメーション

CS専門チャンネルではAT-Xやトゥーン・ディズニーのジェティックスでも放送された。

原作に関するものは魔法陣グルグル#関連商品を、サウンドトラックについては魔法陣グルグルのディスコグラフィをそれぞれ参照。

エニックスから2000年11月17日に発売されたゲームボーイカラー用ソフト。タカラが発売した前作のゲームボーイ用ソフトと異なりアクションRPGとなっている。

ゲーム誌『ファミ通』の「クロスレビュー」では合計22点（満40点）となっている。エニックスは『月刊少年ガンガン』の創刊当初から連載漫画をゲーム化するメディアミックス路線を採っていたが、本作を最後にその路線は中断されスクウェアとの合併までガンガンやその系列誌の漫画作品をゲーム化したタイトルは発売されなかった。