その日、イギリスのマグルの首相はコーネリウス・ファッジと5回目の面会をすることになる。首相に就任した最初の晩、顔合わせに来た魔法省魔法大臣のファッジは、「魔法界で深刻な事態が発生しない限り、二度と会うことはない」と言い、そして二度と会わない予定だった。しかし、現実には4回もファッジと顔を合わせており、しかも、面会を重ねるたびにファッジはやつれ、魔法界の事態が深刻さを増していることが察せられる。首相は、ここ1週間で起こった不可解な事故や事件に頭を悩ませていたが、ファッジによると、それらの事件はすべて魔法界を恐怖で支配した「名前を言ってはいけないあの人」の復活が原因だという。その失態により魔法大臣職を失ったことをファッジは首相に告げ、新大臣ルーファス・スクリムジョールを紹介する。

同じころ、ナルシッサ・マルフォイとその姉であるベラトリックス・レストレンジは、「スピナーズ・エンド」という場所でピーター・ペティグリューと一緒に住むセブルス・スネイプを訪れる。ナルシッサはスネイプに、ヴォルデモート卿から危険な使命を受けた息子、ドラコ・マルフォイを支援するよう頼み、その確約として「破れぬ誓い」を結ぶ。

夏休み、ダーズリー家に帰省していたハリー・ポッターは、自分を迎えに来たアルバス・ダンブルドアから、シリウス・ブラックの遺産を相続したことを知らされる。その後、親友ロン・ウィーズリーの実家「隠れ穴」へ向かう途中、ハリーはダンブルドアとともに引退したホグワーツ魔法魔術学校の教授、ホラス・スラグホーンに面会し、ふたたび教鞭を取るよう説得する。説得に成功したあと、ダンブルドアはこの1年間、自分の個人授業を受けてほしいとハリーに頼む。

「隠れ穴」ではビル・ウィーズリーと婚約したフラー・デラクールが夏を過ごしに来ていたが、それを好ましく思わないハーマイオニー・グレンジャーやジニー・ウィーズリーは彼女を陰で「ヌラー」と呼び侮辱していた。しかし、ロンはフラーが気になるのか、ふたりをたしなめていて、ハリーたちは「隠れ穴」のなかの境界線で楽しい日々を送る。だが、外の世界では続々と恐ろしい事件が起こりはじめる。

新学期の準備のため、ハリー、ハーマイオニー、ウィーズリー一家はダイアゴン横丁に向かうが、ロンの兄であるフレッドとジョージの悪戯専門店「ウィーズリー・ウィザード・ウィーズ」以外はどこにも活気がなかった。「マダム・マルキン」の洋装店でハリー、ロン、ハーマイオニーはドラコと鉢合わせ、その挙動を怪しみ、あとを追う。それに気づかず、「夜の闇横丁」の「ボージン・アンド・バークス」に入ったドラコは、オーナーのボージンを脅し何かの修理方法を聞き出すが、結局修理方法は不明のままに終わる。

ハリーは、ドラコが「マダム・マルキン」の店で左腕に触れられるのを嫌がったことを思い出し、左肘に「闇の印」が刻印されているのではないかと考え、彼が父親と同様に死喰い人ではないかと推測するが、ロンとハーマイオニーは、決定的な証拠もないのにドラコを疑おうとするハリーの言葉に聞く耳をもたない。躍起になったハリーはホグワーツ特急でドラコの正体を探ろうとするが、気づかれて怒ったドラコに石化され、上から透明マントをかけられて身動きを取れなくされる。そこをニンファドーラ・トンクスが見つけ、もとに戻してもらい、無事ホグワーツに入る。

しかし実際にホグワーツで「闇の魔術に対する防衛術」を担当していたのはスネイプであり、スラグホーンは「魔法薬学」を教えることになっていた。ハリーが借りた魔法薬学の教科書には「『半純血のプリンス』の蔵書」と書かれており、魔法薬のことだけでなく彼が発明した闇の呪文が多く示されていた。蔵書の内容を参考にしたことで、ハリーはトップの成績を叩き出し、それから夢中になって蔵書の内容を研究しはじめる。

一方、ハリーはダンブルドアのもとでヴォルデモートとの対決に備えるための「個人授業」を受ける。ヴォルデモート＝トム・リドルの出生と生い立ち、なぜ彼が闇の魔術に手を染めるようになったかを探っていく。やがてハリーは、過去にヴォルデモートが作り出し、その不死の力を支えている「分霊箱」の存在と、全部で7つあるそれを破壊しなければならないことを知る。

6年次も終わりに近づいていたころ、ハリーはダンブルドアにともなわれて新たに発見した分霊箱の捜索に向かう。ふたりはかろうじて分霊箱を見つけ出すが、闇の罠と戦ったダンブルドアは著しく衰弱する。ホグワーツ帰還を急ぐふたりは、天文台の塔に浮かぶ闇の印（死喰い人の紋章）を目にする。ドラコの手引きで侵入した死喰い人と騎士団が戦っていた。天文台塔に降り立ったハリーとダンブルドアは包囲され、すでに戦う力を失っていたダンブルドアはハリーを守り、セブルス・スネイプに殺害される。

ハリーは半純血のプリンスの蔵書で覚えた闇の呪文でスネイプを攻撃するが、呪文は通じずあっけなく倒される。そして、蔵書を作成した「半純血のプリンス」の正体こそ、スネイプであったことを知る。スネイプはハリーを昏倒させ、ドラコたちとともに逃亡する。満身創痍のハリーはダンブルドアの遺体のそばに戻り、分霊箱の「銀のロケット」の蓋を開ける。だが、ロケットから出てきた「R・A・B」なる人物の書置きは、本物の分霊箱を壊すために偽物とすり替えたことを綴っていた。ダンブルドアは偽の分霊箱に、命をすり減らしたのだった。

ダンブルドアの校葬が執り行われるなか、ハリーは来年は学校に戻らず、ただひとり残りの分霊箱を探し出して破壊することを決意し、親密となっていたジニーに別れを告げる。しかしロンとハーマイオニーはハリーに旅に同行する覚悟を伝え、3人は分霊箱探しの旅に出ることになる。

『謎のプリンス』の記録破りの出版は論争を呼んだ。2005年5月、英国のブックメーカーは、インサイダー情報を恐れて主要な登場人物の誰が本作で亡くなるかという賭けを停止した。アルバス・ダンブルドアの死に多数の高額が賭けられ、その多くが当時この本の印刷が行われていたと考えられていたバンゲイ（英語版）の町から寄せられた。賭けはのちに再開された。さらに、グリーンピースの「有名作家には森林に優しい紙を使おう」というキャンペーンに応えて、ブルームズベリー社は30%再生紙でこの本を出版した。

一部の批評家は、『謎のプリンス』は従来の『ポッター』小説よりも暗い調子で書かれていると指摘した。クリスチャン・サイエンス・モニター紙の批評家Yvonne Zippは、悲しい結末を和らげるために前半は軽い調子で書かれていると異議を唱えた。ボストン・グローブ紙の批評家Liz Rosenbergは、「この次第に暗くなるシリーズでは、これまで以上に明るさが希薄になっている(…)新たな沈鬱と暗愚がある。私は、3分の2まで読み進めるまでに、憂鬱な気分になった」と書いた。また彼女は、本書の設定をチャールズ・ディケンズの描いたロンドンになぞらえて「陰鬱で、壊れ、金色に輝き、ほかのどのキャラクターにも負けないくらい生き生きとしている」とした。クリストファー・パオリーニは、従来の本と大きく異なるため、暗いトーンを「不穏にさせる」と考えた。ニューヨーク・タイムズ・ブックレビューに寄稿したLiesl Schillingerも、『謎のプリンス』は「はるかに暗い」が「ユーモアと冒険と洒落た会話で退屈しない」と指摘した。彼女は、その後のより暗い小説がアメリカ同時多発テロ事件の後に書かれたとして、その関連性を示唆した。サンフランシスコ・クロニクル紙の評論家David Kipenは、「暗闇は私たちの偏執的な時代の象徴」と考え、我々の世界に類似するものとして、ホグワーツ魔法魔術学校の警備強化の一環である夜間外出禁止令や持ち物検査を指摘した。

シカゴ・トリビューン紙の評論家Julia Kellerは、この小説に見られるユーモアに脚光を当て、『ハリー・ポッター』サーガの成功だと主張した。彼女は「この本は暗く怖いところがある」と認めたが「『謎のプリンス』には、クスリとしたりニヤリとしたりする笑いでは救われないような巨大な闇はない」とした。ローリングは、つらい時も想像力、希望、ユーモアで克服できることを示唆しているとKellerは考え、この考えをマデレイン・レングルの『五次元世界のぼうけん（英語版）』やケネス・グレアムの『たのしい川べ』などの作品になぞらえた。

Rosenbergは、『謎のプリンス』の2大テーマは愛と死であると書き、ローリングが「人間の生活における愛と死の中心的な位置を肯定している」と称賛した。彼女は、親から子への愛、教師から生徒への愛、そして主人公たちの間で培われる恋愛のように、愛がさまざまな形で表現されていると考えた。Zippは、最終巻まで続くことが期待できるテーマとして信頼と贖罪に言及し、「それを切実に必要とする一部の登場人物たちに、ニュアンスと複雑さをより一層加えることになるだろう」と考えた。またDeepti Hajelaは、ハリーは「もはや少年の魔法使いではない。彼は青年であり、青年としての課題を探し出し立ち向かう決意をした」と、ハリーの人格の成長を指摘した。パオリーニも同様の見解で、「子供たちも変わった(…)彼らは本当のティーンエイジャーのように振る舞っている」と主張した。

『ハリー・ポッターと謎のプリンス』は、イギリス、アメリカ、カナダ、オーストラリア、ニュージーランド、南アフリカで同時に出版された。その他のハリー・ポッターシリーズの作品と一緒に、最終的には67の言語に翻訳された。しかし、原稿を取り巻くセキュリティが高いため、英語版の発売日まで翻訳者は『謎のプリンス』の翻訳に着手できず、もっとも早い場合でも2005年秋まで発売できる見込みはなかった。ドイツでは、ドイツ人翻訳家のKlaus Fritzが本書を翻訳し出版するよりもずっと早く、発売後2日も経たないうちに「趣味の翻訳家」のグループがインターネットを介して本書を翻訳した。

2005年7月16日にハードカバーが広く発売されたあと、『謎のプリンス』はイギリスで2006年6月23日にペーパーバックで発売された。2日後の7月25日、ペーパーバック版がカナダとアメリカで発売され、アメリカで販売するスカラスティック社の初刷は200万部だった。アメリカのペーパーバック版の発売を祝い、スカラスティック社は、オンライン投票の参加者に賞品が当たる懸賞を6週間にわたって開催した。通常のハードカバー版の発売と同時に、新しい表紙を採用したイギリス大人版も発売され、またペーパーバック版も6月23日に発売された。また7月16日には、メアリー・グランプレ（英語版）のイラストを複製したスカラスティック社の「デラックス・エディション」も約10万部が印刷され発売された。その後、ブルームズベリー社は2009年7月6日にペーパーバックの「スペシャル・エディション」を発売し、また2010年11月1日にペーパーバックの「シグネチャー・エディション」を発売した。

劇場用映画をもとにしたニンテンドーDS用のソフトが2009年に発売。ハリー・ポッターシリーズの日本におけるコンシューマーゲームは謎のプリンスまでとなっている。

ほかの巻と同じようにトレーディングカード（カードゲームではない）のデッキボックスとパックが発売されていて、こちらは『死の秘宝』のパックまでの発売がなされた。

本作日本語版はその邦訳にあたり、タイトルは原題にある「Half-Blood Prince」を直訳し『ハリー・ポッターと混血のプリンス』に一度決定していた。 しかし現代の日本では混血という単語は差別用語に当たるため、その旨を原作者に説明し理解を得る。 そしてその後、2005年12月20日に『ハリー・ポッターと謎のプリンス』に「再決定」がなされ、2006年5月17日の日本国内発売を迎える運びとなった。このため国内出版元である静山社は、予約開始時には再決定前のタイトル『 - 混血のプリンス』で受け付けをおこなっている。一方、物語中にも「Half-Blood Prince」という単語は登場する。これをタイトルと同じく「謎のプリンス」と訳すと意味が通じなくなるため、こちらは「半純血」という言葉で置き換えられている。