連続殺人犯バッファロー・ビルの逮捕から10年後。FBI特別捜査官クラリス・スターリングは部下と共に麻薬組織との銃撃戦中、赤ん坊を抱いた組織の女ボスを射殺した。この事件でマスコミに叩かれたクラリスは、上官ポール・クレンドラーの嫉妬と執着も加わり、FBI内部で窮地に陥る。

傷心のクラリスのもとにハンニバル・レクター博士から慰めの手紙が届いたことにより、イタリアのフィレンツェが彼の居所であることを知ったクラリスは、逮捕に備えてひそかに調査を始める。一方、レクターに恨みを抱く大富豪のメイスン・ヴァージャーは、高額の懸賞金をかけて復讐を企てていた。

フィレンツェ警察のパッツィ刑事は、ひょんなことからレクターを発見し、懸賞金に加えて手柄を立てようと試みるが、逆に見破られて非業の死を遂げる。

イタリアから逃亡したレクターがクラリスと必ず接触するであろうというメイスンの予想は的中し、レクターを拉致する。捕らえられて拷問されるレクターは、痛みを堪えるべく色鮮やかな記憶の回廊に逃避する。そこへレクターを逮捕すべく現れたクラリスの奮戦によってレクターは窮地を脱するが、クラリスは負傷してレクターに治療される。

レクターを殺害し損ねたメイスンは、レクターによって心の枷を解かれた妹の手で、かつての性的虐待の恨みから殺される。また、メイスンと通じてクラリスを窮地に追い込んだクレンドラーはレクターの手に落ち、彼やクラリスと会話しながら、自身の脳を彼らに食べられて知能が低下していくという罰を受け、殺される。

クラリスは父の死という心の傷をレクターに癒され、彼も幼少時に失った妹の存在をクラリスに重ねることによって心の傷を癒される。クラリスはレクターから二度と解けることのない暗示をかけられ、そのまま同棲し始めるのだった。