主人公

本作の主人公。性別の選択は可能である。ゼットシティ出身の新米ドラゴンテイマー。11歳。
漫画版では、男性主人公に「ゼット」、女性主人公に「イロハ」という名前が設定されている。

シロップ / 命天龍・ゼルクレア

主人公を導くドラゴンの子供。
空からゼットシティに落ちてしまい、主人公たちに出会った。一人称は「オイラ」。
明朗快活で気が強く、喜怒哀楽が豊かな性格。喜怒哀楽の表現は長い耳にも表れており、ポジティブな感情は上向きになり、ネガティブな感情は下向きに垂れる。"シロップ"という名前はサラから名付けられたものであり、名付けられた本人もその名前を気に入っている。ドラゴン以外の動物だと言われると「○○じゃないやいっ！」と言って怒る。
古代文字を読めたりするなど、不思議な力の持ち主。ジニアスの一員などの敵側の人物の発言によくツッコミを入れている。船とお菓子が大好き。
彼の正体は、始祖龍・エイドスによって生み出された命の天空龍「命天龍・ゼルクレア」である。命を司る天空龍であり、命のドロップを力の源とし、同じくエイドスに生み出された死天龍・アークヴェルザとは対になっている。冒険を通して本当に大切だと思うものを見極め、それを守るために力を行使するのが使命であり、その力を行使する前に正体を明かしてしまうと力が失われるため、それを危惧して主人公たちには記憶喪失のフリをして正体を隠していた。しかし、アークヴェルザの力を取り込んだエニグマが死のドロップの力を行使して主人公を動けなくしたことで、死の危機に陥った主人公を救うべく覚醒し正体を現し、命のドロップをぶつけて死のドロップを消して束縛を解除した。
パラドックス壊滅後、主人公たちの住むゼットシティに一緒に暮らすことになる。

• 高原は以前手がけた『絶対音感オトダマスター』に共通点を感じられる物としてツッコミ担当のキャラを取り入れた。その背景はダンジョンにチップを集めるために長い時間を掛けるのが多く、イベントの連続で物語を楽しませると目的を見失う事が多くなった事から、コントの積み重ねの様にお話を作るよう誕生した。
• 開発チーム内では賛否両論になったのは見た目が開発段階で決まってない状態にもかかわらず愛着があった。とある日にシナリオが実装されると、シロップが喋るようになり、チーム内から話し方や性格等の違和感を指定する意見が山のように挙がり、愛を感じつつ調整し、完成するのに苦労したキャラである。

ワタリ隊長

レンジャー隊の隊長。主人公以外のドラゴンマスター。
敵側以外のシロップのツッコミのターゲット。
序盤で全滅した場合、再開時の冒険では助っ人として登場する。

サラ

ドラゴンテイマーである女の子。
ジニアスの一員であるあやめとは5年前からの幼馴染で、彼女を「あやっぺ」と呼んでいる。あやめがパラドックスに加担したことにかなりショックを受けていた。

ニック

ドラゴンテイマーである体格のいい男の子。骨付き肉がプリントされたTシャツを着ている。
名前が無いシロップに名前をつける時、筋肉の名称（ここでは大胸筋）を名前にしようとするなど、ネーミングセンスが独特。
ワタリ隊長同様、敵側以外のシロップのツッコミのターゲット。

パラドックス壊滅後に訪れることができる大陸。6つのエリアのうち5つにはそれぞれ浮遊島があり、裏天空龍が身を潜めている。ユグドラシルエリアまではこれら裏天空龍の討伐を目的として探索していく。裏天空龍は倒すと一定確率で天空龍のエッグを落とす。 なお、ディストピアのエリア名はエデンエリアを除いて、アプリ版に登場した伝説龍の名前を冠している。

ゼットシティの神社におふだや絵馬を奉納することで行けるスペシャルダンジョン。曜日ダンジョンやメタドラなどが大量に出現するダンジョン、降臨系ダンジョンなどがある。複数の難易度が設定されているものが多い。

本作の企画は2012年の春頃に始まった。当時『パズドラ』のサービスは始まったばかりであり、ダウンロード件数も100万に満たなかったため、よりターゲットを広げるために家庭用ゲーム機で遊びやすい作品をということで、本作の企画が立てられた。

本作の開発にあたり、『パズドラ』とは異なるターゲット層が設定され、さらにハードに合ったサービスを提供するという指針が立てられ、最初にアイテム課金が廃止された。

『パズドラ』シリーズの要となるシステムについては検討が重ねられ、基本ルールを変更することなく、それ以外のところを変えるという方針がとられた。 開発当初は、Zドロップを消すことでエッグやチップを入手しやすくするというアイデアもあったが、プレイヤーが強くなりすぎてしまうことからその案は採用されなかった。 また、コンボを苦手とするプレイヤーでも遊べるようにするため、同色ドロップをまとめて消すと攻撃力が上がるリーダースキルが採用された。

ゲームバランスの調整には注意が払われ、開発の終盤では『パズドラ』の調整チームや運営ディレクターも応援に来た。 また、無料の追加ダンジョンである「降臨ダンジョン」などはストーリークリア済みでも手応えがある難易度に調整され、長期間やり込めるようにした。

本作ではキャラクターのアニメーションが取り入れられた。 当初は3Dモデルによる演出も検討していたが、しっくりいかず、キャラクターの魅力を引き出すために2Dアニメーションが取り入れられた。 アニメーションを作る際にパーツ分けする必要があったことから、『パズドラ』のグラフィックを流用することが出来ず、ほぼすべのグラフィックが新規に描き起こされることとなった。小さなキャラクターのアニメーション作成には苦労しなかったものの、ドラゴンなど大型のキャラクターをアニメーションで動かすには100以上のパーツを要したため苦労したと、プロデューサーの山本大介はGame Watchとのインタビューの中で話している。

また、当時の家庭用ゲーム機向けソフトではドット絵や2Dアニメーションがあまり用いられておらず、社内にドット絵の経験者がいても3Dモデルばかりを手がけていたためドット絵の技法を忘れてしまうなど、人員集めにも苦労したと山本は前述のインタビューの中で話している。

また、オープニングやアニメーション等でドロップが宙に浮く演出は、漫画やアニメの世界観を意識して取り入れられた。

本作はパズルベースのRPGであることから、ゲームの世界観にもパズルらしさを取り入れるため、マップのデザインはジグソーパズルをモチーフにしたものが取り入れられた。 また、味方キャラクターにはジグソーパズルのピースがつく演出も取り入れられ、アニメーションも敵として登場したときとは別個のものが用いられた。

本作のストーリーはディレクターを中心に構築され、いかに『パズドラ』の世界観を壊さず本作独自の世界観を構築するかに腐心し、最終的に現在の形に落ち着いた。 『パズドラ』で出てくる「ゼウス降臨」といったイベントを自然な形で出すため、神社から他のダンジョンへ向かうというシステムが出来た。

登場キャラクターのうち、『パズドラ』を初出とするキャラクターは全体の3割にとどまり、残りは新規に作成された。山本はGame Watchとのインタビューの中で、分岐による進化をやりたかったから新しいキャラクターを多く取り入れたと話している。 既出のキャラクターは2012年の時点で人気のあったキャラクターを中心に選定された。

2013年9月21日から9月22日まで開催された東京ゲームショウ2013のガンホーブース内にて、来場者に「限定チャレンジ版」と称した体験版ソフトの無料配布が行われた。その後、11月27日にニンテンドーeショップでゲームの序盤部分（「HERA」が使用可能になるまで）をプレイできる体験版の配信が開始された。体験版（配信版）のセーブデータはそのまま製品版に引き継がれる。

早期購入特典は特製タッチペン（ノック式となっており、スイッチ部分を押すとペン先が飛び出すようになっている）。

本作のテレビCMにはKAT-TUNが登場した。

おはスタ（テレビ東京系）にて10月3日から2014年1月30日まで毎週木曜日にパズドラZのコーナーが放送されていた。コーナーの出演者は開発者のゴールド高原で、必殺技やコンボ、ソフトの最新情報を放送する内容となっている。また、12月6日から11日までミニドラマ「プロジェクトZ イワ〜イ ドラゴンテイマーへの道」が放送され、木曜レギュラーのイワ〜イ（ハライチ・岩井勇気）が12月12日の決戦までフォレストバーンを倒すために進むというもの。

2013年11月30日から12月15日までの週末限定で全国のショッピングセンターや玩具店にて店頭体験会を実施。

オープニングアニメーションは、スタジオ雲雀による制作で、監督は別役裕之。

3D表示に対応しており、2D-3D変換はキュー・テックが行った。