2010年長崎。大和と未来は高校生になっていた。 未来の父、武雄は鉄也の剣道着を大和より譲り受ける。 武雄の計らいにより、大和は鉄也の形見として名前入りの垂れだけ持ち続けることになった。大和は垂れに隠されていた血まみれの500円札を発見する。 それは三億円事件で強奪された紙幣ナンバーと一致していた。 そして武雄も小手の内側にメモを発見する。その後、武雄は妻の葉子と共に失踪する。 失踪と三億円事件の関係を疑う大和は失踪直前に軍艦島（端島）を目指していたことを突き止める。 大和と未来は貸しボートで軍艦島に上陸するが、夫妻は見つからず。 そこで三億円事件で強奪されたと思われる大量の旧紙幣が入ったバッグを発見した。 大和は真相究明のために三億円を持ち帰ることを決意。 貸しボート店に戻ったところで二人組の男に出くわす。 そのうち１人は刑事（関口）であったが、異様な雰囲気を感じとった大和と未来は逃走を計る。 そこに鈴木泰成という男が助けに入り、逃走を手助けする。 泰成は武雄の道場の門下生を名乗り、武雄の身を案じて方々を探し回っていたという。 一方、取り逃した関口は大和が残したバールで貸しボート店主を撲殺した。 そして大和にその罪を着せて追うことを決めた。

貸しボート店主殺害の濡れ衣を着せられていることを知った大和たちは身の潔白を晴らすため、泰成に三億円を預けて警察に出頭することにした。 大和と未来は刑事である関口の陰謀から逃れるため管轄外の警察署に出頭したものの、関口が引き取りに現れる。 陰謀への反発を決意した二人は移送中に脱走することに成功。そして殺人容疑をかけられたまま指名手配を受けることになってしまった。 大和と未来は無実の罪を着せられたまま長崎を離れる。 そして日常を捨て、小田切夫妻の安否と自らの潔白を証明するために事件の真相を追究することを決意した。

福岡の博多まで逃亡した大和と未来は泰成と連絡を取り、預けていた三億円を受け取るように手はずを整える。 泰成は自らが勤務する塾の生徒たち数名に中身を伝えずに三億円入りトランクを大和たちに渡すよう託す。 無事にトランクの受け渡しを済ませた大和たちであったが、福岡の新人警察官、水原に見つかる。 塾生徒の一人、中野夏美の機転で追及を逃れたものの、大和と未来は夏美に疑いを持たれることになった。 大和は夏美に三億円の一部をマスコミ各社に郵送するように依頼。マスコミを賑わせてさらなる逃亡を重ねる。 関口は夏美に目をつけ、大和たちの居場所を聞き出そうと身柄を拘束した。

広島で泰成と合流した大和たちは三億円を前に次の行動を考えていたが、未来は関口に呼び出され単独で厳島へ向かう。 未来は関口に辱められそうになるも、謎の銃弾が関口を襲い、間一髪で難を逃れる。

昭和41年。長崎出身の青年、川崎雄大は知人の紹介で不動産屋に就職すべく東京にやってきた。 しかし手違いで就職できず、上京早々に宿無しの身分となる。 そんなある日、雄大はヤクザ達に囲まれている元カミナリ族の若者、望月竜と出会う。 雄大は機転を利かせて竜のピンチを救った。 竜には響子ギブソンという恋人と同棲しており、雄大はしばらく面倒をみてもらうことになった。 雄大にとって二人は東京で初めての友人となり、竜は雄大にジャズバー「ハービー」での就職口を世話した。 そして雄大の幼馴染、沢田慎之介とも再会を果たす。 沢田は府中で刑事をしており、東海林という刑事の部下であった。 カミナリ族の横溝保とも竜を通して友人となった。 昭和42年。東京での生活にも慣れ始めた雄大は小田切和子という恋人ができた。 昭和43年夏。和子の妊娠が分かり、雄大は結婚を誓った矢先に和子は不慮の事故で亡くなってしまう。 子どもの命だけは助かったもの絶望感に苛まれる雄大は病院で暴力沙汰を起こして留置所に入れられてしまう。 沢田は雄大を助けるが、雄大は既に感情を失い冷徹な性格に変貌していた。

独自の正義感とそれを実現するために何より出世を考えていた沢田はその頃に社会問題となっていた学生運動を発端とする左翼活動の抜本的解決を思案していた。 同じく上昇志向の塊である公安の須黒に沢田はある作戦計画を提示する。 それは「多摩地区ローラー作戦」なる活動家の根絶やし作戦だった。 一方で雄大、竜、響子、保はある計画を基に盗んだバイクで練習したり、カナタイプで脅迫状を作ったりしていた。

昭和43年12月10日、大雨の中で白バイ警官が現金輸送車を止め、車に爆弾が仕掛けられてると言って乗員を全員降ろして現金輸送車に乗りこむと、白バイを残して現場から消えた。 奪われた被害額は三億円。わずか数分で起きた強奪事件であった。 白バイは偽物で盗難車であった。目撃証言からモンタージュ写真が作られ、現金のうち500円札の一部のみが紙幣ナンバーが判明していたが、その金が使われることは無く、事件は未解決のまま7年後に時効を迎えることになる。

三億円事件の白バイ警官は雄大であった。 現金を運び込んだアジトには竜、そして警察官である沢田と須黒がいた。 大量の現金を前に須黒は沢田に竜と雄大の殺害を命じた。 「すまない…」と言いながら沢田は銃を竜に向けると、雄大は沢田にナイフで切りかかった。 沢田が撃った弾は竜に当たり、大量の血糊が三億円の札束を赤く染めた。

竜の帰りを待ち続ける響子に思いを寄せる米国青年がいた。 それは横田基地の米国軍人を父に持つハリー・スタンレーであった。 ハリーの父は銃の密売や死体処理など裏稼業を営んでおり、須黒とも繋がっていた。 ある日、ハリーは雄大が尾行すると、瀕死の重傷で床に伏せる竜の姿があった。 雄大はハリーに竜の容体を告げるも堅く口止めをする。 そして竜や響子の身を案ずる雄大は須黒の行動を調べ上げ、「手配紙幣ナンバーの500円札に須黒の指紋をつける」ことを実行する。 中華料理店で札をばらまき、須黒に拾わせた雄大は思惑通りの証拠を作り上げた。 この証拠を持っていれば二度と彼らに手出しはできない、と安心した矢先、瀕死で包帯だらけの竜が須黒を殺してしまう。 ハリーの父は二人の処分を請け負うことになった。 そして雄大は姿を消した。

三億円事件の数年後、学生運動がまだまだ続く中、ヒッピー気取りの若いカップル、健と真理がいた。 真理はコインロッカーで首の据わった双子の男児が捨てられているのに気づく。 そのまま双子を育てることにした二人はテレビに出ていたコント55号から、兄を「欽一」、弟を「二郎」と名付けた。 しかし、無計画な生活を送っていた二人は双子を正しく育てようともせず、家に軟禁状態にしたまま学校にも通わせず、健は次第に虐待に手を染めていくことになる。

虐待を繰り返す健、逆らえない真理に見切りをつけるべく、欽一と二郎は育ての親の殺害計画を立てる。 クリスマスの夜、大人の犯行に見せかけるために欽一の誘導のもと、二郎は脚立から二人を包丁で襲い、殺害を遂行した。 警察は物盗りの犯行と見たてたが、担当刑事のひとり、沢田は脚立の痕跡、失踪した双子の情報から真相を見抜く。 あくる日、草むらに潜伏していた双子を見つけた沢田に二郎は包丁で切りかかる。

そこで沢田は双子に自分の影として生きることを命じる。 双子は沢田の知人である関口弘美の養子として生きることになった。 沢田の影として生きるべく、欽一は政界を二郎は警察官を目指した。

定年退職後、再び三億円事件の真相を調べ始めた東海林はある病院で有力な情報にたどりつく。 2004年、自身の事業に行き詰っていた横溝保も同じ情報を得た。 それは雄大の消息であった。 三億円事件の実行には関与していなかったものの脅迫文作成などで間接的に関わり真相を知っていた保は雄大に三億円の一部を融通するように頼みこむ。 無理ならば自殺すると用意した拳銃を振り回す保を雄大が止めようとするが、もみ合っているうちに保は頭部を強打して死亡してしまう。

保の息子、泰成は父の死に強い衝撃を受けたのち、保の事業失敗で裏切った鈴木に頼み込み養子となり、横溝の姓を捨てた。

さらに一方で雄大の消息をつかんだ沢田、関口兄弟の前に手配された紙幣ナンバーをもつ500円札を全て持参して雄大が現れた。 船に乗り、真札検知器で本物の札と確認した沢田達は目の前で全ての札を燃やした。 逃走を図ろうとした雄大の頭部に向けて二郎が発砲し、雄大は海の闇へと消えた。