大人たちがいなくなり、子ども達だけで生きていくことになった世界で、「知恵」と「勇気」 「やせ我慢」と「ええかっこしい」の精神でピンチを潜り抜けていく冒険ファンタジー。本作の舞台は緻密な現場取材を元に、（2008年当時の）実在する街の道路や建物の位置、構造が正確に描写されている。

伝染病の蔓延により大人たちは死に絶え、世界は一度リセットされた。大崩壊から5年後、生き残った子供達は文明を維持できず過去の遺産をゆっくりと食いつぶしていき、ギャングなどに脅えながら生活していた。そんな中『ファウンデーション』と呼ばれる組織から派遣されたエージェント「園山慎吾」はかつての東京に、新たに作られた『国』があると聞きつけ、西東京協和国を訪れる。そこには野盗に脅えることなく暮らす人々の姿があったが、街を見ながら奇妙な違和感を覚える。

その時、男装して他の町から潜入していた少女「矢上」を偶然助けた慎吾は、彼女の口から協和国の実態について聞かされる。この国は「多目」という人物によって作り出された独裁国家であり、支配階級以外の人達は過酷な労働につかされ、近隣のコミュニティを攻撃しては労働力確保のために人々をさらって来たり、労力の無い子供達は残らず殺されていると言う。

その話を聞き終えた時、人狩りから戻ってきた協和国の兵士と拉致されて来た人々を目撃する。その中には10歳前後の幼い少女までいた。亡き妹を思い出し、絶対助けると言う矢上を制止した慎吾は、矢上の代わりに自分があの子を助けると言って行動を開始し、首尾良く少女「サナエ」を助け出すが、ふとしたことで慎吾の正体に感づいた多目は追跡部隊を出し、慎吾達は矢上の住む大宮までの命懸けの逃走をする事になる。

辛くも追っ手を振り切り、前橋・大宮連合との接触に成功した慎吾は彼らを信じファウンデーションについて語り協力を申し出るが、連合を本格的に壊滅させようと協和国も動き出し、事態は関東を二分する戦争へと発展していく……。