放送局がフジテレビからテレビ東京へ替わったが、広告代理店は読売広告社、アニメ制作はぴえろと、ほぼ『平成天才バカボン』と同じ布陣による製作体制。スタッフではコメディーやナンセンスな作品を得意とし『平成』にも参加している浦沢義雄がメインライターを務めている。メインキャラクターデザインは窪詔之、これに『平成』の岸義之が加わっており、テレビシリーズ全5作品中、最も原作画に近いキャラクター造形である。監督は後に『NARUTO』などにも参加している伊達勇登が担当。また、シリーズ初のデジタル製作（デジタルペイント）が導入されたが、一部の回では従来のセル画を用いて製作された。

20世紀末に『バカボン』をリメイクすることについて、テレビ東京制作局映画部で番組プロデューサーを務めた東不可止は、「バカボンは何のポリシーもない上に無責任にもかかわらず、哲学的、達観的な面があるために、世紀末のイメージがあり、時代の空気に合う」「沈みかかっている時代だからこそ、弾ける感じが欲しい」と語っていた。またタイトルの「レレレ」は登場人物の「レレレのおじさん」が主人公というわけではなく、タイトルの案の中で最も語感の良いものが選ばれた。東不可止は「バカボンの持つ世紀末のイメージから、当初は『世紀末天才バカボン』にしようと思った」という。

キャストではパパ役として、劇団スーパー・エキセントリック・シアター（SET）所属俳優・小倉久寛が起用されている。ママ役は赤塚のリクエストもあり（後述）増山、『平成』で初お目見えとなった千葉繁の「一人二役による本官さんとレレレのおじさん」は本作でも健在だが、その他の主要キャストは一新された。なお、本作が赤塚の存命中における最後のアニメーション作品となった。

1997年のポケモンショックを受けての放送開始となったため、毎回Aパートのサブタイトルクレジット部前にはウナギイヌが登場し、「こんばんは、ウナギイヌですワン。『バカボン』を見る時には部屋を明るくして、テレビから離れて見て下さい。」と視聴者への呼びかけがあった。

本作品で初アニメ化した話もある。その一方で本作品では、そうした「アニメに対する規制」をパロディのネタにしている回が少なくない（暴力シーンを殊更強調し大げさに避ける、銃を撃つシーンで実弾ではなくモデルガンを使用していることを強調する、「危険ですからまねしないで下さい」といった表示が執拗に出る、「お食事中の方はお早め済まさせる事をお勧めします」といった表示が出るなど）。しかし一方では、バカ田大学時代のパパの同窓生がバカボンのパパに関わったため（自業自得とはいえ、）死亡してしまったり、異形な顔に作り変えられたり、大怪我を負うという、原作通りの過激なエピソードもある。

次回予告はパパ単独のコメントに戻り、締めの決まり文句は「これでいいのだ」となっている。

歴代作品では唯一、直前番組（当時は『ポケットモンスター アンコール』）からと直後番組（当時は『火曜イチバン!』）へのジャンクションが存在する。『ポケモン』からのジャンクションは、パパの「この後は『レレレの天才バカボン』が始まるのだ!」というセリフだった。

制作の布川ゆうじは自著でパパ役の小倉の演技を生かす事に試行錯誤した作品だと綴っている。

• バカボンのパパ - 小倉久寛
• バカボン - 亀井芳子
• バカボンのママ - 増山江威子
• はじめ - ゆきじ
• 本官さん、レレレのおじさん - 千葉繁
• ウナギイヌ - 塩屋浩三
• シロウナギイヌ - 間宮くるみ
• その他 - 緒方賢一、西村朋紘、大川透、山口勝平、加藤奈々絵、丸山裕子、高木渉、三石琴乃、家中宏、塩屋翼、麻丘夏未、松本梨香、高橋広樹、木村雅史、尾形雅宏、滝沢ロコ、くじら、亀山助清
• モク山：三宅裕司

赤塚は4回目のアニメ化に際し、「ママの声だけは変えないで欲しい」との要望を出している。なお、増山によるバカボンのママ役はテレビアニメではこれが最後となり、次作『深夜!天才バカボン』では、増山に代わり日髙のり子がバカボンのママ役に就任している。

『平成天才バカボン』以降パパを演じることが多い富田耕生は声優変更について「困ったもんだね」と苦言を呈している。

バカボンのパパ役の小倉久寛は1990年にテレビ東京で放送の海外アニメ『電光石火バットマン』（ロビン役）以来の声優担当で、国産アニメは初。プロデューサーの東不可止は、小倉の起用について「初代声優の雨森雅司は故人であり、『平成』での富田耕生は『何か違う』との声があったため、誰がやっても『違う』といわれるなら、敢えて雨森に似せるより、新しいイメージで」と語っている。なお第34話「モク山さんの禁煙なのだ」ではゲスト声優として、小倉が所属するSETの座長・三宅裕司がモク山の声を担当した。本作の特徴として名前のないゲストキャラクターのほとんどは形容詞が付けられて紹介されている。

• 企画 - 岩田圭介（テレビ東京）、布川ゆうじ
• 原作 - 赤塚不二夫
• キャラクターデザイン - 窪詔之、岸義之
• 美術監督 - 池田祐二
• 色彩設計 - 海鋒重信、長島真弓
• 音楽 - 和田薫
• 音響監督 - 亀山俊樹
• 音響効果 - 庄司雅弘（フィズサウンドクリエイション）
• プロデューサー - 東不可止（テレビ東京）、木村京太郎（読売広告社）、萩野賢
• 監督 - 伊達勇登
• 美術 - 長崎斉、高橋忍
• オフライン編集 - 森田清次→坂本雅紀
• 文芸制作 - 池田日出子
• アシスタントプロデューサー - 朴谷直治
• 制作 - テレビ東京、読売広告社、スタジオぴえろ

いずれもメルダックより発売。

本作ではレレレのおじさんが左側から掃除しながら登場し、掃いて舞い上がった埃の跡が「レレレ」の左、中央の「レ」に変わり、レレレのおじさん自身が右の「レ」に変わって「の」が同時に加わりタイトルテロップ完成、という流れになっている。

全作品とも原則としては1回で2話放送。

2000年1月1日（土曜日）の18:30 - 20:54に、元日の特別編成として『アニメでお正月! 2000』のタイトルで、『ポケモン』と本作品の2本立てが放送された。番組は18:30 - 20:00に『ポケモンスペシャル』、20:00 - 20:54から「レレレの天才バカボンでお正月なのだ!」として、第10回と第11回をまとめて放送した。元日に『バカボン』が放送されるのは、1972年1月1日の『天才バカボン』第15回「お年玉はイタイ!のだ」「たこあげはタコにかぎるのだ」以来、28年振りである。

また本作の最終回となる2000年3月21日には、『レレレの天才バカボン最終回スペシャル 超豪華4本立て』のタイトルで、19:00 - 19:49の拡大版として第23・24回をまとめて放送した。

※放送日時は2000年3月終了時点（東北放送、新潟総合テレビ、岐阜放送については本放送終了後に放映された日時）のものとする。

ハピネット・ピクチャーズより発売。

• レレレの天才バカボン … 全6巻（各4回分ずつ収録）、ボックスセット全1巻