本項では、ゲーム版には表れない漫画版オリジナルの性格や演出を中心に記載していく。公式の設定等はゲーム版での各作品のボスキャラクター項を参照。

ロックマンX1

雪原の皇帝 アイシー・ペンギーゴ（Icy Penguigo）

ペンギン型レプリロイド。元第13極地部隊所属の特A級ハンター。
同じ部隊のマルスを「デカい図体しているだけで威張っている奴」と難癖付けて、氷漬けにして捕らえる。マルスの旧友のエックスと対峙した際には、ことあるごとに（当時のエックスの階級である）「B級（ハンター）」と罵りながらも特A級であることは伊達ではなく、エックスを圧倒するが、マルスから教えられた誇りを思い出したエックスの反撃に遭い、フットパーツによるダッシュで機動力も逆転されてしまう。それでもエックスの説得に耳を貸すふりをして、マルスを盾にするが、地震の影響で補助電源が作動したマルスに動きを封じられてしまい、エックスのフルチャージバスターで撃ち抜かれた。

豪速拳の雷王 スパーク・マンドリラー（Spark Mandriller）

マンドリル型レプリロイド。第17部隊所属の特A級ハンター。
「いかなる手段を用いても任務を遂行してこその忠誠だ」として、エックスに倒された部下スライマーを「クズ」と罵る。エックスとの戦いでは、ゼロのアドバイスを思い出し、ペンギーゴのチップでショットガンアイスを使用したエックスに腕を凍らされた際、エックスに伝説の「ロックマン」の面影を見て、戦意を喪失。エックスに命乞いをして、シグマの居所を教えようとするが、突如現れたシグマの立体映像を伴う攻撃ビットによって処刑された。

幽林の妖撃手 スティング・カメリーオ（Sting Chameleao）

カメレオン型レプリロイド。元は第9特殊部隊、別名：レンジャー部隊に所属する実力者。
ソフトはレコード、プレイヤーは手回し式の骨董品により、鑑賞するクラシック音楽に傾倒し、戦いをダンスパーティーに見立てる倒錯した嗜好の持ち主。名古屋弁と思しき喋り方が特徴。外皮に鱗のようなアレンジが加えられている。
武装化させた動物たちを使って、破壊活動を行う最中、エックスを捕獲するようにとのメッセージを伝えてきたシグマの使者を惨殺し、命令を握りつぶす。武装動物たちがエックスのレプリカを倒したのを見て、勝利を確信し、エックス本人にも武装動物の集中砲火を浴びせるが、ボディパーツを得たことで防御力を高めたエックスには通用せず、動物たちもエックスの説得で正気に戻ってしまう。エックスとの直接対決では変色機能でエックスを翻弄し、エックスバスターを使用不能にまで追い込むが、エックスの作戦で部屋の照明が壊されて暗闇と化した際、エックスバスターの強烈な光によって、変色機能を麻痺させられてしまったところにフルチャージバスターを受けて砕け散る。直後、エックスからは「力にさえ溺れなければ、良いハンターになれただろう」と評された。

鋼鉄の甲弾闘士 アーマー・アルマージ（Armor Armarge）

第8機甲部隊の隊長を務めていたアルマジロ型レプリロイド。
礼を尊ぶ武人で、一人称は「某（それがし）」。「闘いというものは臆した者に必ず負けが訪れるものなのだ」が持論。本作では「高速回転装甲（ローリングシールド）」の名前が付けられた体を丸めての体当たり攻撃を確実な物とするために、体内に高性能かつ精密なセンサーを搭載。
カメリーオに強い不信感を抱いており、彼を倒したエックスにバスターを修理した上で果し合いを申し込むが、この行為にシグマは激怒し、ビームサーベルで彼の顔に一本傷を入れられてしまうが、辛うじて、決闘を許される。エックスとの決闘では、バスターのビームを反射するシールドを駆使して、エックスを翻弄するが、炎と決闘場所にあったアゴニウム鉱石で温度センサーから逃れた状態からエックスが放ったエレクトリックスパークでセンサーを破壊され、その影響で自身の走行も崩れてしまう。敗北を認めた後、シグマに対する忠誠の証として、ボディ内部に裏切りと同時に起動する爆弾による自身の爆破からエックスを守るため、体内の起爆装置ごと「レプリロイドを切ることができる唯一の”妖刀”」紫炎を使って文字通り”切腹”。最終的にVAVAの攻撃からエックスを庇って戦死するが、身を挺して守り抜いた部下たちも先にVAVAによって皆殺しにされていた。
なお、X1でエックスがボス相手に特殊武器を使ったのは、彼とスパーク・マンドリラー（ショットガン・アイス）、スティング・カメリーオ（エレクトリック・スパーク）との戦いのみ。

灼熱のオイルタンク バーニン・ナウマンダー（Burnin' Noumander）

ナウマン象型レプリロイド。元第4陸上部隊隊長として中東で戦っていた。
小型のCPUボールがレプリロイドのスクラップを吸収して生まれ変わった存在として描かれている。幾らボディを破壊されても本体がダメージを受けない限り、捕らえたレプリロイドたちからパーツを奪うことで何度でも再生可能。再生のための核を搭載している左胸だけは装甲が厚くなっており、そこを「再生と共にバスターを同化させ、内側から撃ち抜く」という奇策によって敗北した。本体が転げ落ち、レプリロイドから見下されていた自身の辛い過去を吐露。エックスからマルスの信念である「誇り」と大きなナウマンダーに勝てたことを伝えられ、エックスを通すことにした。エックスから贖罪を条件に存命を許され、工場地帯に留まることとなる。X1のボスキャラクターたちでは唯一の生存者。

天空の貴公子 ストーム・イーグリード（イグリード）（Storm Eagleed）

第7空挺部隊の隊長を務めていた鷲型レプリロイド。
元々は第17精鋭部隊所属で同期たちの憧れの的でもあったが、おべんちゃらばかり言ってくる彼らに対して「（おべんちゃら言っている暇があるなら）トレーニングでもしろ」と一喝する厳格さも見せた。その直後にゼロと出会い、最初はケンカばかりしていたが、互いを認め合うようになっていく。恋人のティルが殉職した後、ゼロと顔を合わせることなく、第7空挺部隊に転属。
エックスとは2回に渡って交戦。1戦目は圧勝した上、駆けつけたゼロとの戦いでも、ゼロの心に迷いがあったことから勝利。飛行艇の甲板を舞台とした空中での2戦目でもエックスを圧倒した上、自らの弱点が背中であることを教えることでエックスをより追い詰めていくが、覚悟を決めたエックスのダッシュジャンプバスターで背中を破壊され、それと引き換えに地上に落下するはずだったエックスも強風が来ることを読んでいたために落下死せずに生還。戦い終わった後は「エックスがヘッド強化パーツを手に入れるに相応しいかどうかを試すために、悪を演じていた」ことが、ゼロの口から明らかになり、エックスを称賛した後に機能停止。ゼロの手によって、ティルが眠る空へと打ち上げられた。
X2では、空にトラウマを抱いたオストリーグの除隊を認めながらも、彼がトラウマを克服することを信じての激励も送る。そして、改心すると同時に空へのトラウマを克服したオストリーグと共に、幻として現れ空を飛んだ。
名前が「イグリード」だった詳細については後述。

深海の武装将軍 ランチャー・オクトパルド（Launcher Octopuld）

元第6艦隊所属の、タコ型レプリロイド。
漫画版独自の設定として、触手それぞれに敵のエネルギー波長を感知し自動追尾するセンサーや超振動機能で敵をパーツ単位にまで破壊するシステムが搭載されている。一人称は「わし」だが、倒される直前には「俺」と発言。
マーティを利用して、エックスを消耗させた上、バスターを無効化するサイドス溶液を戦いの舞台にする事によって戦局を優位に進める。さらにマーティを触手の超振動機能で破壊するも、その残骸がエックスバスターのエネルギーを帯びたことによって、職種が残骸をのほうを追尾してしまい、最後はマーティの形見の三叉槍を持ったエックスに顎から脳天まで貫かれて機能停止。

時空の斬鉄鬼 ブーメル・クワンガー（Boomer Kuwanger）

第17精鋭部隊に所属していたクワガタ型レプリロイド。
丁寧な口調とは裏腹に狂気じみており、シグマ軍で活動するようになってからは、本人曰く「退屈な優等生（ハンター）時代と違って、毎日が楽しい」とのこと。
自らの頭脳をタワー最上階の壁面全体に移植・増築していた為、レプリロイドの限界以上の速さで動けるようになるが、そのからくりをエックスに見破られた後、日本を消滅させるためにチャージしていたエネルギーを自身のバスターに加えるエックスの捨て身の戦法で頭脳を破壊される。
X3では弟であるグラビティー・ビートブードの尽力によって復活。残された僅かなチップで再生されたことから、台詞がカタカナになっており、下半身は浮遊ユニットで代用された姿になった。ビートブードによって壊された右腕にバグホールを纏わせたエックスの奇策により、バグホールに吸い込まれるが、中和せずにブラックホール化する。最終的には、かつての戦いの時と同じく外部エネルギーで強化されたエックスのバスターで完全に消滅した。
幻影などを含めると、全シリーズに登場している。

ロックマンX2

緑林の小悪魔 ワイヤー・ヘチマール（Wire Hetimarl）

シグマの命により気象コントロールセンターを占拠したヘチマ型レプリロイド。攻防どちらにも応用できる鶴を扱う。無邪気な性格で善悪の区別が付かず、天気をコロコロ変えては楽しんでいた。ダンス好きであり、先述の気象コントロールのスイッチもダンスステージ型にした。
エックスとの戦闘後にDr.ケインがその場で修理して正気に戻る。X2のボスでは唯一の生存者。ゲームではシグマの秘密工場で作られたことになっているが、漫画版では不明。

ヒートナックルチャンピオン フレイム・スタッガー（Flame Stagger）

シカ型レプリロイド。エックスが所属していた元第17精鋭部隊隊員。負けず嫌いな性格で、「笑う！ 笑う笑う笑う笑う！ 笑っちまうねー！」等同じ言葉を何度も繰り返す狂気の籠ったセリフ回しが特徴。
第17精鋭部隊の一員だった頃は新人イジメの常習者であり、エックスにそれを咎められたことによりゼロらが見守る中でのエックスとの決闘に臨むもののあっさり負けてしまう。それ以来エックスを逆恨みしており、そのためにシグマに協力。大幅に強化された状態でエックスに挑む。だが最期は不完全な強化改造が裏目に出て、エックスの至近距離からのバスターで体内の発火システムが破壊されて暴走し、自分で自分を焼き尽くしてしまう。機能停止後、アジールのビームサーベル攻撃によって完全に破壊された。

水晶の魔術師 クリスター・マイマイン（Crystar Mymine）

シグマによって作り出されたカタツムリ型レプリロイド。醜い自分の姿にコンプレックスを抱いている。このステージの中ボスの言葉を話さないマグナクォーツを「友」として溺愛しとても大切にしていた。マグナクォーツがエックスによって破壊されたことで大いに悲しみ、自らの心の拠りどころが失われた復讐のために、エックスへと襲いかかった。自分以外の時間を歪め、思考能力以外を減速させる能力があり、そこに陥った相手をいたぶる戦法をつかう。独特の美意識を持つのが特徴。一人称は「ボク」で、少年らしい口調を用いる。最後はエックスに本心を打ち明けショックを与えるも、恐怖心に勝てず発射されたエックスバスターによって破壊された。

砂漠の韋駄天 ソニック・オストリーグ（Sonic Ostreague）

ダチョウ型レプリロイド。元々は第7空挺部隊所属の特A級ハンターだったが、ブースター故障による墜落事故による飛行への恐怖心が拭い去れず、飛行能力を封印され、脱退していた。
イーグリードの部下だったが部隊を辞めた後は親友関係であり、シグマに「イーグリードは裏切り者エックスに破壊された」と騙されてエックスを恨み彼と対立する。しかしエックスの不屈の姿にイーグリードの姿が重なり、迷いが生じる。そして自分の知らなかった巨大ミサイルが放たれるのを見ると同時に、現れたバイオレンによって自分が欺かれていたことを知り、何を信じればいいのか分からなくなってしまったが、ミサイル破壊のためにエアダッシュを用いたエックスの姿を見て己の過ちに気づき、償いのためにミサイルへ向かおうとするエックスを追い越して、封印していた飛行能力を復活させてミサイルに特攻し、死の間際にイーグリードの幻影と友情を確かめ合い（なお、イーグリードの姿はエックスにも見えていた）イーグリードと同様に誇り高く散って逝った。
飛行能力を失っても戦闘能力そのものは衰えておらず、事実エックスとの対決では彼にほとんど乗ずる隙を与えなかった。

紅のアサッシン マグネ・ヒャクレッガー（Magne Hyakulegger）

ムカデ型レプリロイド。元は全18あるイレギュラーハンター部隊でも影の存在である第0特殊部隊に所属していたエキスパート忍者ハンター。
女性型レプリロイド・シルキーの姿に化けて、エックスを中央コンピューターに誘導して倒そうとした。尾のウイルスでエックスの能力を次々と消去して優勢に立つが、最後はマザーの助力を受けたエックスによってマザーのむき出しの回路に押しつけられ、自らが流したウイルスにやられる。
エックスと対峙した時は普通の口調になったり、慇懃無礼な敬語になったり、また普通の口調に戻ったりと「忍び部隊」らしからぬ感情の起伏が激しいキャラクター。

深海の切り裂き魔 バブリー・クラブロス（Bubbly Crablos）

カニ型レプリロイド。イレギュラーハンター第6艦隊に所属していた元特A級ハンター。口から吐くバブルスプラッシュは金属をも溶かす性質を持つ。
守銭奴振りに磨きが掛かり、カニ型の巨大貯金箱に金を溜め込んでいた。また海中用レプリロイドを次々と破壊し、動力源「マイヤールビー」を資産として奪っていた。彼曰く総資産は300億円に達するといい、いずれは世界だけでなくシグマをも金で牛耳ろうと目論む狂信的な拝金主義者になっている。口調は大阪弁。マーティの髪を切り落としたときは「髪は女の命だ」と激怒する彼女に呆れていた。エックスからは「だるまがに」呼ばわりされた。最終的にはバブルスプラッシュが上に浮遊していくという弱点を突かれて地面スレスレにダッシュしたエックスに追い詰められ、エックスバスターで縦に真っ二つにされた。

夢の島の堕天使 メタモル・モスミーノス（Metamor Mothmeanos）

シグマによって製作された蛾（ガ）型レプリロイド。ブーメル・クワンガー同様、常に丁寧な口調で話す。
ゲームと同じく初めはミノムシの姿で出現。鱗粉には幻影を見せる効果があり、スクラップ処理場に入ったエックスに過去のボス達の墓標を見せ精神的に追い詰め、さらには復活したように見せて襲わせた。エックスには卑怯者呼ばわりされていたが、モスミーノス自身は「エフェクトも戦術の内」という考え方である。鱗粉とスクラップやビームによる攻撃でエックスを追い込むが、鱗粉がラッシングバーナーの導火線となり燃え尽きた。

凶牙の重戦車 ホイール・アリゲイツ（Wheel Alligates）

ワニ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第6艦隊副隊長。巨大な陸上戦艦を指揮する。
洗脳されたゼロに攻撃されたトラウマから、バスターが使えなくなったエックスをオイルの海に隠れつつ、蹂躙するが、ゼロを信じる心を取り戻したことでバスターが進化復活したエックスのダブルチャージショットによって倒される。戦闘終了後、エックスは、アリゲイツの遺品でもある戦艦から、シグマ基地の場所を割り出す。

ロックマンX3

破壊されずに正気に戻ったボスが多く、終盤で正気に戻ったボス達がエックスとハンターたちを救うために奮闘する。なお、エックスにも終盤まで強化アーマーを使わせずに戦わせたおかげでボスキャラクターを大勢生き残らせることができたという。

白銀の雪男 フローズン・バッファリオ（Frozen Buffalio）

バッファロー型スキー場整備用レプリロイド。
本来は街を愛し、レプリロイドにも人間にも分け隔てなく接する心優しい性格であったが、ドップラーに洗脳されてイレギュラー化してしまう。芸術家気取りで街を凍り漬けにする。エックスと対決して敗北し、正気に戻った後に自分のした行いを嘆き、一度はエックスに破壊される事を望む。しかし友人である少年トシヒコがバッファリオを想い、必死で雪ダルマを作る姿をエックスに見せられて立ち直った。
後にX4編にてエックスと共にフロスト・キバトドスと交戦し、先に倒れたエックスを守るために戦い抜くが敗北、無念の戦死という無残な最期を遂げる。後にDr.ケインによって氷漬けとなった遺骸の回収が行われた。
X3編では少年のような明るい口調であったが、X4編では厳格な口調になっていた。

地底のバーバリアン スクリュー・マサイダー（Screw Masaider）

エネルゲン水晶採掘用サイ型レプリロイド。ドップラーの依頼で、侵入してきたエックスとゼロの相手をするべく登場。当初はそのままの姿でエックス達の前に立ちはだかるも、2人に軽くいなされた。しかしその後、ドップラーによって洗脳されイレギュラーとなり、言語力もほぼない戦闘用レプリロイドに改造されてしまうが、それでも所詮は付け焼刃でありエックスやゼロには通用しなかった。戦闘後は破壊されず本来の心を取り戻した。
その後はイレギュラーハンターに協力する仲間としてドッペルタウンでの決戦にも参戦する。

影の飛忍 エクスプローズ・ホーネック（Explose Horneck）

スズメバチ型レプリロイド。イレギュラーハンター第0特殊部隊の副隊長であり、ゼロの部下にあたる。
元はチンピラグループのリーダーであり、正式なイレギュラーハンターになる以前のゼロに喧嘩を売って倒された事が2人の出会いであった。その後ゼロの強さに憧れ、イレギュラーハンターになり、彼の部下となる。
初登場時にはイレギュラーハンターであったが、 序盤のネオ・イレギュラーハンターベース（ゲームでのOPステージ）での戦いの際にゼロの強さを改めて目の当たりにしていたところを、ヴァジュリーラFFに取引を持ちかけられるも敢然と拒否して交戦。しかし力及ばず拉致されイレギュラーとなり、後にゼロと戦うことになる。ゼロを超える強さを手にすることに固執し、全身を追加パーツで武装していたが、ゼロには全く通用せず、逆にゼロとの戦いの中で強さとは何なのかを再確認し、再びゼロの下に戻った。直後、大挙して襲撃してきた敵を相手にたった2人で立ち向かっている。なお、このゼロとの対決を描いた回ではエックスは最後まで登場しなかった。
その後、バッファリオら3体と共に脳内チップに擬態していたワーム型Σウイルスを除去され現場復帰している。
X4の序章にも、ワンシーンだけ登場している。

ジャングルの守護神 シャイニング・タイガード（Shining Tigerd）

森林保護用のトラ型レプリロイド。
レプリロイドやメカニロイドではない本物の雌のトラと恋仲にあった。そのため密猟者に恋人を傷つけられた事に起因する人間への怒りに我を忘れドップラーの甘言に乗ってしまい、まずゼロを襲撃した上でエックスとの戦いに挑む。
作中では攻撃の大半を太陽光を利用したエックスのバスターよりも高出力のツメ「ビームクロー」で行い、特殊武器「レイスプラッシャー」は終盤に数コマ使っただけである。
雨が降ったことで太陽光をエネルギーとしたビームクローが弱まってエックスの体を引き裂けず、牙での攻撃を試みるも濡れた地面で滑って失敗に終わる。それでもレイスプラッシャーを駆使するが、最終的に敗北して機能停止。しかし、恋仲のトラのおかげで奇跡的に機能が復活して正気に戻る。その一部始終を見た仲間たち（彼らも全員が本物のトラである）から祝福された。
初登場時は助詞を使わない錯乱気味な口調だったが、正気に戻ってからは普通の口調になっている。以降、エックスとハンターたちの仲間となっている。

レスキュー発電所 エレキテル・ナマズロス（Electro Namazuros）

発電用のナマズ型レプリロイド。
関西弁で喋り、芸人志望で「ワーム」によってスターへの憧れが暴走し、各地の発電所でライブを行って破壊していた。膨大な電力を利用することで発生する電撃は、エックスとゼロを一撃で戦闘不能に追い込むほどに強力。後にその電撃でツッコミを入れても耐えられるというだけの理由でエックスとお笑いコンビを組みたがっていた。エックスの攻撃で正気に戻り、本来の任務とは正反対の事をしてしまった自責の念から、命がけで自ら発電所の炉心になって都市の機能を回復させる。
その後、Dr.ケインの手で奇跡的に復活し、エックスと仲間たちと合流している。

七つの海の破壊神 シザーズ・シュリンプァー（Scissors Shrimper）

シグマ軍との戦いに備えて作られたとされる戦闘用ザリガニ型レプリロイド。しかしプログラムに不備があったため封印されていた。
破壊と殺戮を楽しむ戦闘狂で、ガンダ造船所を占拠した。得意の水中戦でエックスをいたぶるものの自身の負傷に逆上、人質を取り秘蔵の戦艦を発進。最後の最後で遠距離から自分だけを一撃で撃ち抜いたエックスの頭脳プレーに歓喜し、満足げに死んでいった。八大ボスの中で唯一エックスに破壊された。オクトパルドのサイドス溶液を使用しない通常の水中戦だったにもかかわらず、エックスバスターの威力が大幅に減少する描写がなされた。

水龍のプレジデント アシッド・シーフォース（Acid Seaforce）

ドップラー軍団所属のタツノオトシゴ型レプリロイド。
詩人ぶった喋り方が特徴。世界有数の規模を誇るモナークダムを占拠したがそれは機能停止した女性型レプリロイドを護るためである。エックスたちとの戦いでは、液体化能力で周囲の水に溶け込み、かく乱する事で優位に立つが、エックスが放ったフロストシールドで冷凍され、凍りついた所をバスターを撃ち込まれ敗北した（この際にワームから解放される）。バスターを食らって頭を強打した際に液体化機能が破損。最期は元に戻れなくなると分かっていながら、エックスの制止に耳を貸さず液体化して女性型レプリロイドの「保護膜」になり、共にダムの底で永遠に眠る道を選んだ。

鋼鉄のリベンジャー グラビティー・ビートブード（Gravity Beetbood）

カブトムシ型レプリロイド。兄弟レプリロイドであり、兄はブーメル・クワンガー。
抑揚のない口調で喋るが、兄弟愛は非常に強い。兄がエックスに破壊されたのは自業自得に過ぎないことを理解していたが、兄思いであるが故に割り切ることができず、エックスへの憧れと憎しみの間で苦しんでいた。そこをドップラーにつけこまれ、「ワーム」を入れられる。ゼロのボディにクワンガーのデータを移植しようと企み、町を破壊することで、エックスを精神的に二重に苦しめるが、エックスによって再び兄クワンガーを喪う。直後に発狂するも、ブラックホール化したクワンガーを止めるためなおも突き進むエックスの姿を見て正気を取り戻し、胸の内を吐露する。事態収拾後、事情故にエックスが処分しなかったので落命はしなかったが、その後の去就は不明。

ロックマンX4

密林のゲリラコマンダー ウェブ・スパイダス（Web Spidus）

クモ型レプリロイド。レプリフォースゲリラ部隊の隊長。元イレギュラーハンター第0特殊部隊所属でゼロとは同僚だった。
戦闘において、「戦場において、任務達成と生還のためにはどんなものでも利用する」を自身の信条としており、先遣部隊のハンター達の亡骸をゾンビとして利用してエックスを仕留めようとした。職業軍人として高い誇りを持ち、かつて所属していたイレギュラーハンターを、後述の理由もあって嫌っている。巧みな戦術とゼロに関する話をして心身ともにエックスを追い詰めたが、隙を突かれて瀕死に追い込まれ、無益な戦いに迷いその終結を願うエックスに対し「不完全な存在である人が造ったレプリロイドもまた不完全であるのは当然の事実であり、それを人間がイレギュラーとして否定し続けるかぎり、この戦いは終わらない」とその非情さを訴えながら力尽き死んでいった。語尾が「ね」となる口調で話す。

アクアデストロイヤー ジェット・スティングレン（Jet Stingren）

エイ型レプリロイド。レプリシーフォース軍所属。
任務中に助けられたカーネルをとても尊敬しており、カーネルの「部下を守り、敵を倒し、生還する」という教えを己の信条とし、自身も部下の命を大切にしていた。理想のためとはいえ、一般地区を鎮圧・破壊している自分達の行いに苦悩しており、イレギュラー事件現場にいながらカーネルを容疑者扱いして、武装解除を要求したゼロを許せず、部下を撤退させ一対一の戦いを挑むも敗れた。最期は彼の身を案じて戻ってきた部下共々、レプリロイドの自警団により破壊される。

廃墟の小悪魔 スプリット・マシュラーム（Split Mushroom）

生物研究所（バイオラボラトリー）管理用マッシュルーム型レプリロイド。
エックスの前に立ちはだかるが、その姿はワイヤー・ヘチマールのような純粋無垢な様子が垣間見られ、その行動も一種の悪ふざけのようであった。エックスバスターの一撃で気絶させられエックスが保護しようとしたが、最期は正体を隠し謎のイレギュラーとして突如現れたダブルによって破壊される。

極北の暴れん坊 フロスト・キバトドス（Frost Kibatodos）

セイウチ型のレプリロイド。レプリフォース陸軍所属。
凶暴な性格にして、強力な戦闘力の持ち主であり、ダブルからも「イレギュラーハンターで勝てるレプリロイドはいない」と言われるほどの実力者。イレギュラーとして処理されかけていたところをジェネラルに助けられて、レプリフォースに所属するようになったが、クーデター後はイレギュラー時代の凶暴さを発揮。担当地区において作戦をそっちのけに捕虜を狩りの獲物にしたり、20秒以上生き延びた者たちを氷漬けにした『猛者（もさ）の間』を作り出すようになった。『猛者の間』は「鉄クズのような奴らに与えた死に場所」で、それゆえに自らを「心優しき男」と評した。バニラアイスが好物で、特に『猛者の間』で食べるのを楽しみとしているが、食い散らかしている為、猛者の間は、バニラアイスの空容器で散らかっている。
捕虜を虐殺していた際にエックスとバッファリオとの2対1の戦いになり、そこそこの勝負を繰り広げるが実はキバトドスは一歩も動かずに戦っており、それに気づかされたエックスは動揺から隙が生じたことで、氷の刃で腹を貫かれ致命傷を負う。エックスを庇うために、盾となったバッファリオとの一対一の戦いになるが、勝利して氷漬けにした。怒りに燃えるエックスとの再戦では重装備のライドアーマーによる攻撃をものともせず、高純度エネルギーを用いた攻撃で火だるまにされながらも致命傷には至らず、バスターを乱発されても全くひるまずにエックスを追いつめて止めを刺そうとしたが、その矢先にジェネラルの存在を背後に感じ取り、恐怖するも既に遅く、彼の放った弾丸で処刑される。
序章では、フクロウルやビストレオと共にカーネルの指揮下で任務をこなしていたシーンが描かれたが、その際は本編のような残虐さは見せていなかった。

ネットワークガーディアン サイバー・クジャッカー（Cyber Kujacker）

クジャク型レプリロイド。
正確にいうとレプリロイドではなく、コンピュータプログラム。ゲーム同様オカマ口調だが、ミステリアスな雰囲気を持つ。
アイリスグループのネットワークを侵す「バグ」として出現。ネットワークにダイブしたアイリスの仲間のムラダを倒し、実際のボディを真四角に変形させた（完全に機能停止と言える状態であり、石化などに近い）。その後、ネットワーク世界にダイブしたゼロに倒される。ゼロを道連れにしようとするもののアイリスの活躍でそれすらも失敗に終わるが、逆流したウイルスをアイリスが浴びてしまい、彼女は意識不明の状態になってしまった。

鋼の破壊王 スラッシュ・ビストレオ（Slash Beastleo）

ライオン型レプリロイド。レプリフォース陸軍所属。
アイリスに取り憑いた「バグ」を除去できるワクチンプログラムチップを所持。弱音を吐いた部下を殺害するなど粗暴な性格であり、自身も相当の自負があったが、アルティメットアーマーを装着したエックスにバラバラの残骸になるまで破壊され、ゼロが駆け付けた際にはワクチンチップを手にした右手だけしか残っておらず、エックスによると最後には命乞いをしていたらしく、「みっともない」と評された。
序章ではキバトドス同様に暴力的なシーンは描かれなかった。

大空の参謀長 ストーム・フクロウル（Storm Fukuroul）

フクロウ型レプリロイド。レプリフォース参謀本部とレプリエアフォース軍所属。
ジェネラルないしは、レプリフォースに絶対の忠誠を抱いており、戦うことへの迷いはない。プレストーリーや会話シーンへの登場が比較的多く、ジェネラルの右腕的存在であった事が窺えるが、連載時には打ち切りのため、ドラグーンと共に戦闘シーンがカットされたが、フクロウルは序章において1コマだけだが戦闘シーンが描かれた。
復刊版でも戦闘シーンは追加されず、レプリロイドの人知を超えた力を持つエックスを「イレギュラー」と卑下するも、結局とどめを刺されるシーンだけが書き下ろされた。

爆炎の武道家 マグマード・ドラグーン（Magmard Dragoon）

竜型レプリロイド。イレギュラーハンター第14特殊部隊（通称・白兵戦部隊）の隊長。
月刊誌連載時は連載が打ち切られた事もあって、ゼロとの対峙など重要キャラを思わせる描写にも拘らず、再登場はすでにエックスに破壊されていた残骸としてであった。
2005年に発行された復刊版コミックではエックスと戦うシーンが描き下ろしで追加された。「イレギュラーに身を落としてでも“伝説”と戦いたい」と思い、エックスに戦いを挑む。自我を失ったエックスの力を「怯え」と見抜き軽く弾き飛ばすが、自我を取り戻しかけて涙を流しながら立ち上がったエックスに敗れ去った。
初登場時は「俺」であり口調も普通だったが、描き下ろしシーンでは古風な口調で一人称は「我」になっている。

• X1で戦うボスパイダー、ランダバンダ、D-REX。X2で戦うアジールフライヤーやサーゲスタンク、X3で戦うヘルクラッシャー、ワームシーカー、ホタリーカー、プレスディスポーザー、モスキータス、ボルトクラゲール、ブラウンベア、X4で戦うアイザード、ジェネレイドコアと、一部の中ボスやメカニロイドボス、ボスの形態の一部が登場しない。
• 全体的にボスキャラクターの過去がオリジナルで設定されており、恋人が居たり好物があったりと性格描写に深みを与えている。また、ゲーム版では「弱い」とされるボスが強化されていることもありフロスト・キバトドスなどは、かなり凶悪になっている。
• 『ロックマンX1』に登場したバーニン・ナウマンダーの正体は小型CPUで、X1における唯一の生存者。『ロックマンX2』ではワイヤー・ヘチマールが生存者である。『ロックマンX3』では、シザーズ・シュリンプァーとアシッド・シーフォース以外の6体は生き残った（前後述の通り後にバッファリオは戦死）。ボスキャラクターが全滅したのは『ロックマンX4』のみである。
• 必ずしもエックス（ゼロ）が（勝利した上で）とどめを刺して倒したとは限らないケースがある。『X1』はシグマに処刑されたマンドリラー、自害したアルマージ。『X2』はミサイルに特攻したオストリーグ、マザーコンピューターに自分のウイルスを逆流入されたヒャクレッガー。『X3』は大半が生き残るか、エックスに倒されたかのどちらかで、他の者がとどめを刺したという意味ではいない。『X4』は自警団に殲滅されたスティングレン、ダブルに殺されたマシュラーム、ジェネラルに粛清されたキバトドス、ゼロに致命傷を負わされるも最期は自爆のような形で消滅したクジャッカー、などが該当する。
• 本作のロックバスターは強力な破壊光弾とされ、ゲームと違って相手によってはフルチャージショットを一発命中させるだけで勝負が着く事もあるが、逆にバイオレンやキバトドス、ジェネラルのような重装甲を持つキャラクターには全く効かなかった事もある。
• ゲーム最終ステージに必ずある、8体のボスとの総当たり決戦がない。
• X1で登場したベルガーダーとは対峙する場面のみが描かれ、次のシーンではすでにエックスに破壊され戦闘描写は無い。
• X2に登場するカウンターハンターの1人であるバイオレンの性格や言動がゲーム版と大きく異なる。
• X3では「ホーネックはゼロが隊長を務める第0特殊部隊の副隊長」という設定から、エックスではなくゼロがホーネックを倒しに行く。初めてエックスの出番がなかった話であった。
• X3で登場したフローズン・バッファリオは、ゲーム版X4のフロスト・キバトドスステージに残骸があった事から第6話にて壮絶な死に方をした。
• X3のナイトメアポリスはシグマウイルスを流し込み、チップに擬態する「ワーム」と呼ばれる虫型メカの集合体という設定であり、ナイトメアポリスとの最終決戦でワームを砕かれて、マンダレーラBBの顔の一部がワームのままという描写がある。さらにO・イナリーもナイトメアポリスにさらに大量のワームが融合して生まれたロボットであるとされている。
• X4のボスであるスラッシュ・ビストレオとストーム・フクロウルの戦闘シーンが無く、ジェネラルとは物語上戦闘を行わなかったがマグマード・ドラグーンのみ、復刊版にて追加された。

• X1 - X3の終盤にて、エックスがゼロやドップラーの死に直面することで自我を失い「鬼」と化す。この時自らを「イレギュラー」と称しており、戦いの果てに自らをも破滅に追い込もうとする考えへと転換していく。それぞれシグマとの戦いで瀕死の重傷を負わされることで本来の心を取り戻す描写がある。
• X4では中盤・バッファリオと共に挑んたキバトドスに完膚なきまでに叩きのめされたことで同じように暴走している。この時は我を忘れた状態が長く続き、偶然対面したゼロに「俺の邪魔をするのなら君でも殺すよ」と言い去っていった。その後フクロウル、ドラグーンとの戦いで断片的に自我を取り戻し、後にダブルを倒した後ジェネラルに抱きしめられることで心が洗われ、完全に正気に戻った。この時アルティメットアーマーがゲーム版X5で「フォースアーマー」と命名された通常のアーマーに変化している。
• X3・4の自我を失った状態では、瞳が小さくなることで人格の変化を表現している。
• X2第4話でゼロは復活する。その後計画を伝えるためエックスに会うべく基地を脱走するが、途中で力尽きる。第7話では同じマザーセンターに居たが、「シグマのデータを消すまでは会えない」とマザーに告げ、去っていく。なおエックスはヒャクレッガーとの戦闘後、ゼロの生存をマザーから聞いた。
• X2のゲームではエックスはゼロはシグマ戦の前で再会もしくは戦闘するが第9話でエックスはゼロと再会する、この時ゼロに斬り付けられてしまい、ショックで一時的にバスターが使えなかった。
• カウンターハンターとの戦闘は1対3であり、サーゲスはゼロによって倒された。
• X3では、別行動をしている話もあるがほとんどのエピソードでゼロと一緒に戦っている。岩本は「コンビ感を出す為」と復刊版にて語っている。
• X3では大半のボスキャラクターが野心や敵意から人間を裏切ったのではなくドップラーのチップで無理矢理イレギュラー化されたという設定にされ、破壊されずに生き残り、その後はエックス達の味方として描かれたボスキャラクターも居る。
• X3では、中盤エックスがウイルスを流すワームに取り付かれている間にゼロ&生き残ったボスキャラクターとナイトメアポリスが壮絶な死闘を演じるというエピソードが追加されている。さらにエックスとゼロがナイトメアポリスに捕まり処刑されそうになった際には味方になった各ボスキャラ達がエックスのパワーアップパーツのデータを集め、それをマーティがエックス達の下に届けるという展開になっている。
• ドップラーがシグマとVAVAよりも先に死亡してしまう。VAVAの登場がドップラーよりも後になっている。
• X4ではレプリフォース独立演説直後に、戦友カーネル達の行為に苛立ちを感じたゼロがエックスをサーベルで切り裂き基地を脱走し、イレギュラー認定されながらも独自にカーネルを追う。また、打ち切りによりシグマとの対決直前で終了。その影響で、ゲームではゼロのオペレーターを務めるアイリスは軍を離脱した部隊を連れ、各地で戦災負傷者への救助活動を行なっている。よってアイリスの性格もゲームとはかなり異なる。X4はこの他にもストーリー展開が独特である。
• レプリフォースが最初のシグマ反乱事件（ロックマンX）に関わらなかったのは、イレギュラーハンター上層部が身内の不祥事は自分達で解決するという「見栄」を張ってレプリフォース側の協力を断ったためとされている。レプリフォースの成立時期は、『ロックマンX大全書』にはX3とX4の間と書かれているが、ゼロの回想でカーネルとの出会いも書かれており、その時のゼロの姿はX1時代の物だったことから漫画版では少なくともX1の時点で既に成立している。

• X4では中盤・バッファリオと共に挑んたキバトドスに完膚なきまでに叩きのめされたことで同じように暴走している。この時は我を忘れた状態が長く続き、偶然対面したゼロに「俺の邪魔をするのなら君でも殺すよ」と言い去っていった。その後フクロウル、ドラグーンとの戦いで断片的に自我を取り戻し、後にダブルを倒した後ジェネラルに抱きしめられることで心が洗われ、完全に正気に戻った。この時アルティメットアーマーがゲーム版X5で「フォースアーマー」と命名された通常のアーマーに変化している。
• X3・4の自我を失った状態では、瞳が小さくなることで人格の変化を表現している。

• エックスもゼロも全作通して、特殊武器を使う場面が非常に少ないがX4の後半では必殺技を連発している。エックスの場合、X3でザコやVAVA MK-II相手に多用している。これは、ゲームとは違い、マンガ上で特殊武器が効果的であることを見せるには、「何故そのボスにこの特殊武器が効くのか?」というSF考証を必要とするが、作者がその手間暇を避けるため、当初敢えて使わない意向だったことによる。X3ではエックス自ら、あまり特殊武器を使っていないことを認める発言をしている。
• なお、ボス相手に特殊武器を使ったのは、X1でスティング・カメリーオとアーマー・アルマージにエレクトリックスパーク、スパーク・マンドリラーにショットガンアイス。X2ではメタモル・モスミーノスにラッシングバーナー、カウンターハンターとの決戦では全ての特殊武器。X3でアシッド・シーフォースにフロストシールド、エレキテル・ナマズロスとの戦いでトルネードファング、VAVA MK-II戦ではフロストシールド、アシッドラッシュ、トライアードサンダー、トルネードファングのチャージショットを使用しており、カメリーオに対するエレクトリックスパークのみ弱点でない。これ等の相手は「精密なセンサーを持っているので高圧電流に弱い」や「引火性の高い特殊な鱗粉を使う」、「液体化する能力があるため、冷凍されるのに弱い」等の、一部の例外はあれども特殊武器が効く理由が解りやすい相手に限定されている。なお、X2のカウンターハンターは全ての特殊武器を弾切れまで使ったが、傷を負わすことはできなかった。また、X3のVAVA MK-II戦ではフロストシールドは文字通り盾として使い、トルネードファング、アシッドラッシュは撃つも防がれ、トライアードサンダーは戦場の一部を破壊するのに使用した。
• ボス戦以外では、X3の終盤にて、大量のビクトロイド改にチャージ版のスピニングブレードやパラスティック・ボムを、同じく大量のヘリットらをチャージ版のバグホールで倒している。その後VAVA MK-II戦にて、「特殊武器は使い果たしたはずでは」と言われ、本人も認めていることから、その戦いもしくはVAVAと交戦するまでの間にすべての特殊武器を使っていたことがわかる。また、VAVA戦では既にザコ達のエネルギーカートリッジを奪うことで武器エネルギーを回復していた。

X4では、マシュラーム戦前に移動手段としてライトニングウェブを使用。

• 『ロックマンX3』の特殊武器、「トルネードファング」の名称が「ドリルファング」になっていた。
• 『ロックマンX3』の終盤でのみ、特殊武器のチャージショットを使用している。また、チャージするシーンはない。

• エックスのバスターはゲームの公式イラストでは大抵『X1』から右腕に装備しているのに対し、漫画版では『X1』-『X2』の途中までは左腕でしか使用できなかったが、オストリーグ戦後ケインが改良し、右腕でも使用できるようになった。複雑な回路のため両腕同時にはできないことも明かされた。
• ゲームではX4で公式にOKにされたレプリロイド同士の恋愛だが、漫画版では既にX1でイーグリードとティルの2人が成立している。子を成すことは不可能だが、魂を伝えるためにDr.ケインが方法を模索しているとされている。
• X1の「イーグリード」は、作中では作者の読み間違いで「イグリード」と表記されており、X2が中盤に差し掛かった頃に間違いに気づいたという。だが後に復刊の話が出た際、イグリードという名前が定着していたことを知って驚くとともに嬉しく思い、ファンサービスのつもりから「復刊できたら名前の表記はイグリードで通す」と自身のHP上で公言した。だが時間が経つにつれ「最初の間違いはまだしも、意図的に間違った名前を書くのは製作に携わったスタッフ、そしてこのゲームを愛するプレイヤーの方々に失礼ではないか」と思い始め、悩んだ末に「名前の表記はコミックボンボン掲載時のものに準ずる」という結論に落ち着いたと語り、「中途半端な形になってしまい、申し訳なく思う」と述べている。類似のケースとしてX2の「アリゲイツ」が「アリゲーツ」、X4の「フクロウル」が「フクロール」と表記されたミスも存在する。
• X3のアーマーのアームパーツはバスターに2つのチャージショットを合体させたクロスチャージショットを使用可能にさせる効果があるが、漫画ではX1のアームパーツのように単なる出力が強化されたと取れる描写となっている。また、同じようにX2、X3のヘッドパーツのアイテム探知機能やアルティメットアーマーとフォースアーマーのヘッドパーツの特殊武器のエネルギー消費を0にする機能は描写されず、単に新しいヘルメット程度の扱いである。
• X3とX4ではアーマーを1箇所ずつ装着していかず、4箇所同時に装着した。よって各部位ごとの機能は不明。これはX4のアルティメットアーマーに似ている。
• X4において当時は作者自身がキャラクターの描き方に悩んでいたらしい。なかでもゼロは相当描写に困ったキャラクターであった様子。復刊の話が出た際に「可能な限り修正したい」と言及していた。
• X4でフロスト・キバトドスがバニラアイスを食べている事から、一部のレプリロイドは人間の食べ物が食べられると解釈されている。ただし、エックスやゼロはX4のエックス復帰の宴会でオイルを飲むシーンがあるが食事をするシーンは無い。逆にシグマはX1、X2ではワイングラスでオイルを飲んでいるシーンがあり前記のキバトドスの件から本物のワインともとれる。
• 作者が手がけていないX5以降のキャラクターは、復刻版の書き下ろしおまけページにて登場している。エイリアとアクセルは3,5巻（5巻ではX8版デザイン）、レイヤーとパレットは5巻に登場する。また、アクセルは『R20』の書き下ろしイラストにも登場している。