日系2世でロスアンゼルスの日本語新聞社の記者・天羽賢治を主人公に、太平洋戦争によって日米二つの祖国の間で身を切り裂かれながらも、アイデンティティを探し求めた日系アメリカ人たちの悲劇を描いた作品である。300人の実在の人物への面接と膨大な資料調査に基づき、5年をかけて執筆された。作中登場する主人公や家族・友人などは架空であるが、日系人の強制収容、アメリカへの忠誠テスト、血の証、戦中・戦後における日系語学兵の活躍など、それまで日本ではあまり知られていなかった史実が盛り込まれた歴史小説として話題になった。『週刊新潮』1980年6月26日号から1983年8月11日号に連載、1983年の7月から9月に新潮社から全3巻で刊行された。1986年11月に新潮文庫版が刊行された。シベリア抑留を描いた『不毛地帯』、日本人中国残留孤児をテーマにした『大地の子』と合わせて、山崎豊子の「戦争三部作」と呼ばれている。

1984年にNHK大河ドラマ『山河燃ゆ』として九代目松本幸四郎主演でテレビドラマ化された。これらにより日本において日系人ブームが起こったが、原作も含め、在米日系人社会からは反発もあった。祖国はアメリカ一つだけであるとする日系人の書名に対する違和感や、強制収容の賠償運動などへの影響が懸念され、日系アメリカ人市民同盟はドラマ化に際しNHKと協議し、「二つの祖国」から「山河燃ゆ」にタイトル変更の上での放映となった。日系人コミュニティの反対を受けてアメリカでの放送は中止された。1980年代には『山河燃ゆ』以外にも、テレビドラマ『波の盆』『オレゴンから愛』、映画『地平線 (映画)』、長谷川法世の漫画『がんがらがん』など日系人を主人公とした作品が多く制作された。

2019年3月にはテレビ東京開局55周年特別企画として「二つの祖国」のタイトルで小栗旬主演でスペシャルドラマ化された。

アメリカのロスアンゼルスに生まれた天羽賢治は、大学を日本で過ごした後、ロスアンゼルスの日本語新聞「加州新報」で日米両国の文化を理解した新聞記者として手腕を発揮する。

新聞記者として脂が乗ってきた最中に日米開戦となる。日系人であるがゆえに家族全員がマンザナール強制収容所に入れられ、大きな屈辱を味わう。日本人として生きるべきか、それともアメリカ人としてアメリカに忠誠を尽くすべきか悩んだ末、語学兵に志願し、太平洋戦線へ向かう。一方賢治の両親はアメリカへの忠誠テストに背き、マンザナール強制収容所からツールレイク強制収容所に入れられる。

日本が敗戦した後、賢治は進駐米軍の言語モニターとして極東軍事裁判に臨む。