前作『天才バカボン』と同じ東京ムービーの制作だが、制作・放送局はよみうりテレビからキー局の日本テレビに変更。プロデューサーだった楠部三吉郎によると、赤塚は当初「1作目は、自分の作品とまったく違うものにされてしまった」として東京ムービーでの再アニメ化に反対したという。こうした前作での改変問題もあり、「本作品こそ原作に沿った内容である」との意味合いで「元祖」と銘打たれた。また「元祖」というタイトルは、碓氷峠にある「元祖釜飯本店」という看板を見た楠部の妻が「元祖って面白い言葉よね」と評した言葉をきっかけに考案したというが、文芸担当の山崎敬之によればアニメ制作スタッフ内では良案が浮かばず赤塚本人に意見を求めたところ返ってきた「元祖」という語を採用したものだとの証言もある。 本作以降、天才バカボンのテレビアニメは全て『○○天才バカボン』というタイトルを使用しており、タイトルフレーズが各作品を識別する目印となっている。放送期間は2年と、歴代バカボンのテレビシリーズでは最長となった。

本作品では原作者の意向に沿ったアナーキーな演出が徹底され、純粋にナンセンスギャグのみを追求した作品となっており、原作の持つ世界観やエッセンスをテレビアニメの制約の中で十二分に再現したことで評価も高く、本作以降の作品もこのスタイルが継承されている。また前作でまだ未登場だったウナギイヌが本作で初登場している。

ただし1作目同様、原作で描かれている暴力的表現や残酷な描写などは、アニメ化に際して大幅に書き換えられている。また、原作では理由不明だった話に独自の理由付けをするなどの改変を入れることもあり、例えば、バカボンのパパ以外の登場人物が「キャキャキャ」としか言えなくなり、パパは1日遅れて「キャキャキャ」としか言えなくなった第81話（原作「キェンキャイキャキャキョン」）は、友好的な宇宙人が地球調査のために「キノガイ病」の特殊細菌を蒔いて「キャキャキャ」のみ言えるようになったとの理由付けがされており、また、パパとバカボンがロケットでブタ星へ行った第86話（原作「ブタの惑星」）は、原作では唐突にロケットに乗っているのに対し、アニメではハジメが造ったロケットに乗って出発したことになっている。この他、ロッキード事件や山口百恵など放送当時の流行ネタも登場した。

この他第107話からはショート・ショート作品3本をまとめた「ショートギャグでコニャニャチワ」シリーズが不定期に6本放送、特に3本立て目は必ず「泥棒もの」を放送していた。

主要キャストは田の中勇から肝付兼太に変更した本官さん以外は第1作を踏襲したが、天才バカボンのアニメシリーズで主要キャストが継続された例は本作のみであり、以降の作品は赤塚から指示があったママ役の増山江威子を除き、作品毎に主要キャストは大きく異なっている。キャストの仲は良く雨森のフォルクスワーゲンで増山の別荘に行ったり、赤塚がオカマバーに連れて行ったこともあるという。

制作は前番組『ガンバの冒険』のスタッフが引き続き手がけ、演出や画風にその影響が顕著に現れている。背景画は『ガンバ』の画風をデフォルメする方向で作られた。一部のスタッフはアニメ第1作にも関わっており、渡辺岳夫作曲の劇中音楽は第1作と共通のものが多く使われている。

メイン作画監督は79回までが第1作と同じ芝山努で、80回から北原健雄に交代している。業界用語で『ガンバの冒険』『ど根性ガエル』や本作に特徴的な作画をAプロ調という 。画調は大きく前期・後期に分けられ、芝山の担当した前期は原作を尊重しながらも『ガンバの冒険』を踏襲するラフな線が特徴だった。80回から、メイン作監が北原に交代した際にキャラクター設定が改変され、原作よりも「丸く、太め」なプロポーションに変更されている。これ以降、最終話までこの「後期キャラクター」で描かれている。指の数は4本と5本のシーンが混在している。

1作目で目玉がつながっていないキャラクターデザインであった本官さんは、本作では原作に沿った「つながり目玉、鼻の穴は四角で1個」に改められ、原作通り「日本で一番銃弾使用量の多いおまわりさん」となった。ただし、赤塚の実父が警察官であったことを考慮し、楠部三吉郎はスタッフに「大事なのは目玉のお巡りさんだ」と注意し、決して人に向かって撃たなかったとしている。

逆に、パパの後輩や友人など、原作でも一回しか登場しなかったキャラクターについてはデザインが大幅に変更されている例もある。

第1回Aパート（第1話）冒頭のプロローグでは、バカボン一家が勢揃いすると、「『元祖天才バカボン』の始まりなのだ! ヨイショ!!」のセリフと共に、前番組『ガンバの冒険』でガンバたちが元気付けをする時の「ヨイショポーズ」をとって番組が始まった。この他、作中ではテレビ画面に『ガンバの冒険』のキャラがお遊び的に一瞬登場したり、54話でガクシャに酷似したキャラが登場したりしている。

『元祖天才バカボン』の後番組には『ルパン三世 (TV第2シリーズ)』が続いたが、最終回終了後の新番組予告ではルパン三世（山田康雄）がナレーション冒頭に「やあパパしゃん、長い間ご苦労さんなのだ」と慰労のコメントを入れ、最後は「来週夜7時から、なのだ」で締めている。また本編ラストの「これでいいのだ」は同作品におけるサブタイトル表記の演出と同じくタイプライターの効果音で表示された。同作品はキャストやスタッフの多数が『元祖』からスライドして参加しており、第73話「花も嵐も泥棒レース」では、ゴールが破壊されるシーンで逃げまどう群衆の中にバカボンのパパが描かれている。また劇場版第1作『ルパン三世 ルパンVS複製人間』には、赤塚不二夫が三波春夫、梶原一騎とともに声優として特別出演している。

• バカボンのパパ - 雨森雅司
• バカボン - 山本圭子
• バカボンのママ - 増山江威子
• ハジメちゃん - 貴家堂子
• レレレのおじさん - 槐柳二
• 本官さん - 肝付兼太
• ウナギイヌ - 池水通洋
• その他 - 緒方賢一、北村弘一、八奈見乗児、はせさん治、小宮和枝、和久井節緒、安原義人、神山卓三、青野武、京田尚子、野本礼三、田口昂、大竹宏、東美江、永井一郎、滝口順平、八代駿、峰恵研、富山敬、小宮山清、野沢雅子、沢りつお、山下啓介、菊池紘子、吉田理保子、城山知馨夫、内海賢二、丸山裕子、高石有子、曽我部和行、加藤修、山田俊司、筒井たか子、たてかべ和也、小山まみ、塚田恵美子、弥永和子

• 原作 - 赤塚不二夫
• 企画 - 吉川斌（NTV)
• キャラクターデザイン・総作画監督 - 芝山努（ - 79回）、北原健雄（80回 - ）、大塚康生
• 美術監督 - 小林七郎
• 撮影監督 - 若菜章夫・大和田享（ - 79回）、小林健一・小原進（80回 - ）
• 録音監督 - 加藤敏
• 音楽 - 渡辺岳夫
• 選曲 - 鈴木清司
• 文芸担当 - 山崎敬之（ - 79回）、飯岡順一（80回 - ）
• 制作担当、制作デスク - 加藤俊三
• プロデューサー - 上野徹（NTV)・楠部三吉郎（東京ムービー)（ - 79回）、高橋靖二（NTV)・高橋美光（東京ムービー)（80回 - ）
• 原画 - 近藤喜文、山田道代、葛岡博、小林治、中村英一、富沢和雄、大橋学、本多敏行、川尻善昭、北原健雄、竹内留吉、青木悠三、前田実、児玉兼嗣、丹内司、金沢比呂司、香西隆男、大塚康生、富永貞義、米川功真 他
• 動画 - 有原誠治、須田裕美子 他
• 色指定 - 山名公枝、関根栄子
• 美術設定 - 男鹿和雄、清水一利、水谷利春、白坂のり子、松平聡
• 効果 - 宮田音響
• 録音技術 - 飯塚秀保
• 編集 - 東放制作
• 制作協力 - Aプロダクション（- 79回）、東京アニメーションフィルム（- 79回）、東北新社、東京現像所
• 制作 - 東京ムービー

全作品とも原則としては1回で2話放送。前作がほとんど原作をアニメ化しなかった事もあり放送開始時点で『マガジン』、『サンデー』『おやじ』合わせて5年分のストックがあったものの、バカボン一家が不在の話やショッキングな話も少なくなかった為全てがアニメ化されたわけではないにもかかわらずアニメオリジナルエピソードもいくつか作られた。また、後期では連載中の『月刊少年マガジン』の作品からアニメ化した回もあった。

全103回、204話。休止は1977年1月3日のみ。1979年1月30日再放送（関東地方）の第92話では最高視聴率である25.7%を記録した（ビデオリサーチ・関東地区調べ）。1987年 - 1988年頃にかけてのテレビ東京による再放送では、最高視聴率が19.8%（ビデオリサーチ・関東地区調べ）に昇り、新シリーズが製作されるきっかけにもなった。

多くのエピソードでは最後にバカボンパパが「これでいいのだ！」または「これでいいのか！」などと言って終わる。スポットや次週予告でのパパの決めゼリフは1作目の「見ない奴は死刑なのだ！」から「それじゃまた会おう。見ないと逮捕なのだ！」に変更されている。

10月6日

1月5日

1月10日

なお「ショートギャグでコニャニャチワ」各話の内容は次の通り。

放送系列は当時のもの。

• 元祖天才バカボン … ボックスセット全2巻（1 - 48話、49 - 103話）

HDリマスター版はキングレコードより発売。

• 元祖天才バカボン … ボックスセット全2巻

最新HDマスタリングを売りにしており全巻とも本放送中に赤塚不二夫が書き下ろしたイラストをパッケージ用に転用している。 ※「作画監督 芝山努」版の前期OPを紛失しており、後期OPに統一している。

• 「元祖天才バカボン サウンドトラック総集盤」（デイジー・ミュージック。2008年11月25日発売）

• YouTubeの「TMSアニメ55周年公式チャンネル」から、2019年7月10日より第1 - 3回までが配信されている（同日には同チャンネルで前作も配信開始）。
• OP・EDとも「制作 東京ムービー」のクレジットは、差し替えずにそのまま配信、また第1話開始前のプロローグ（「ヨイショポーズ」入り）もそのまま配信されている。
• 2020年からは本作・前作とも、第1回のみの配信に変更された。
• 2022年9月17日から同年11月16日まで『無印』第1 - 20回と本作第1 - 20回をひとまとめにして配信された。こちらも配信形態は同じ。翌11月17日からは第3回までに短縮となる。

• 電撃ホビーマガジン編集部 編『ゴジラ 東宝チャンピオンまつり パーフェクション』KADOKAWA（アスキー・メディアワークス）〈DENGEKI HOBBY BOOKS〉、2014年11月29日。ISBN 978-4-04-866999-3。