2007年8月の世界妖怪会議において京極夏彦より公式発表され、翌年1月より放送開始。内容は少年誌で連載される前の貸本版を原作とし、内容・キャラクターデザイン共に当時のものを踏襲した怪奇漫画風となっている。また、本作をアニメ『ゲゲゲ〜』第1・第2シリーズの前史および全鬼太郎アニメシリーズ共通のプロローグ的位置付けを持たせる意味もあったため、第1・第2シリーズで鬼太郎・ねずみ男を演じた野沢雅子・大塚周夫が当時と同じ役を演じた。そして目玉親父はこれまでのシリーズと同様、田の中勇がつとめている。鬼太郎と目玉おやじは全話登場し、ねずみ男は第2話で鬼太郎親子と出会ってから毎回姿を見せている。『ゲゲゲ～』シリーズでの他の鬼太郎ファミリーは登場しないが、猫娘の原型的な存在である寝子が序盤で登場し、声は鬼太郎ファンであるタレント・女優の中川翔子が特別出演している。

『鬼太郎』シリーズのオープニング主題歌で唯一『ゲゲゲの鬼太郎』が使われていない中、アニメ『ゲゲゲ〜』の第5シリーズが放送中ということもあり、深夜アニメとしては好視聴率を記録した。音楽は第4シリーズと同じく和田薫が担当し、曲は全て本作オリジナルだが同様の妖怪的な雰囲気を表現されたものが多くなっている。

「鬼太郎の両親が血液銀行に血を売った事で、幽霊病の感染者が発生する」という物語の発端となるエピソードが、全く異なる物に変更されたり、10話に登場するチベットの高僧の名前が変更されている等、現在の放送倫理に基づいた改変が行われている部分がある。なお、DVDでは未放映シーンが追加された。

エンディングのサビ部分で画面左側の小さな画面に次回予告を流している。また、背景に表示された文章も次回の脚本の一部である。最終話は全11話のダイジェスト紹介と、未映像化の「ないしょの話」の脚本テキストの一部が流されている。

• 鬼太郎 - 野沢雅子
• 目玉親父 - 田の中勇
• ねずみ男 - 大塚周夫
• 寝子 - 中川翔子（特別出演）
• 水木 - 大川透
• 物の怪 - 塩屋浩三
• ニセ鬼太郎 - 伊倉一恵
• トランプ重井 - ピエール瀧（特別出演）
• 鬼太郎の父 - 郷里大輔
• 鬼太郎の母 - 鈴木れい子
• 社長 - 佐藤正治
• 水木の母 - 真山亜子
• 有馬汎 - 堀秀行
• トムポ - 京極夏彦（特別出演）
• ガマ令嬢 - 川浪葉子
• 案内人 - 茶風林
• 協森社長 - 川津泰彦
• ドラキュラ四世 - 大友龍三郎
• 夜叉 - 堀秀行
• 水神 - 川津泰彦
• 人狼 - 宝亀克寿

• 原作：水木しげる
• シリーズディレクター：地岡公俊
• シリーズ構成：成田良美
• 音楽：和田薫
• キャラクターデザイン・総作画監督：山室直儀
• 美術デザイン：本間禎章
• 美術ボード：倉橋隆
• 色彩設計：辻田邦夫
• 撮影監督：入部章
• CGディレクター：森田信廣
• 編集：片瀬健太
• プロデューサー：高瀬敦也、細見康介、梅澤淳稔、池澤良幸
• アニメーション制作：東映アニメーション
• 制作：墓場鬼太郎製作委員会（フジテレビジョン、東映アニメーション、アスミック・エース エンタテインメント、電通、ソニー・ミュージックエンタテインメント、スカパー・ウェルシンク、読売広告社）

本作では全編を通してサブタイトルの読み上げがなく、表示された後に下駄の音が聞こえるのが特徴。

初回視聴率は4.8%。