1980年ごろニュー・ウェーブマンガ家として一世を風靡し、その後低迷して一時は「消えたマンガ家」とまで言われたSF漫画・ギャグ漫画作家による、ノンフィクション作品である。1度目の失踪を描いた「夜を歩く」、2度目の失踪を描いた「街を歩く」、アルコール依存と治療の時期を描いた「アル中病棟」の3つのエピソードを収録している。「シャレにならない」部分はあえて省き、エンターテインメント作品として仕上げている。

「夜を歩く」は単行本『夜の魚』に収録されたあとがきとその続きを描いた描き下ろし、「街を歩く」は『お宝ガールズ』5月号増刊「コミックお宝VOL.1」（コアマガジン）に掲載された同名の短編（『夜の帳の中で吾妻ひでお作品集成』（チクマ秀版社）に「失踪日記外伝街を歩く」として収録）をベースに「お宝ワイドショー」（コアマガジン）にて連載された作品に加筆し、「アル中病棟」は本作のために描き下ろされた。巻末にとり・みきとの対談を収録する。再版以降は作者へのインタビュー「裏失踪日記」も収録している。

「街を歩く」を連載した出版社は、当時吾妻の単行本の売り上げが悪かったことを理由にこの本の出版企画を見送った。それを拾いあげる形でイースト・プレスからの出版となったが、ここでも出版に反対する声が多かったという。

フリースタイルの「このマンガを読め!2006」1位。吾妻によるキャッチコピーは「全部実話です」。

以下の引用は特に断りがなければ、『失踪日記』による。

出版後、編集家の竹熊健太郎がブログ『たけくまメモ』で絶賛するなど、続々と反響があらわれ、1週間後に増刷が決定した（初版は2005年3月8日、2刷は同年3月24日）。大手新聞や週刊誌に、軒並み好意的な書評が載った。出身地の北海道では『北海道新聞』に記事が掲載され（2005年4月5日）、苦難から復活した漫画家と紹介された。

出版後、急に執筆依頼が増え、再編集本や関連本がつぎつぎに出版された。『うつうつひでお日記』『逃亡日記』（インタビュー集）『出家日記―ある「おたく」の生涯』（蛭児神建の自伝）『地を這う魚』は、装幀が『失踪日記』と酷似している。

『失踪日記』の第1話（『夜を歩く』）は2回目の失踪直前に描かれ、ほかはそれ以後に執筆された。吾妻の友人でもあるいしかわじゅんは、第1話以降の作品について、「絵柄に第1話ほどの絶望感が感じられなくなっている」と評した。

続編『失踪日記2 アル中病棟』の刊行時に、当作は「30万部ベストセラー」と書かれている。

本書の作者プロフィールに「入院後半のエピソードは続編にて」と書かれているが、『うつうつひでお日記』のあとがきでは、「'06・6月現在、1P（ページ）も描けてません」と書いていた。2011年5月初版の角川文庫版『地を這う魚』では、「仕事はしてるの？」「失踪日記の続編をね。描き下ろしだから目立たないけど」と書いている。

『失踪日記』が刊行された2005年3月から8年半後の2013年10月に続編となる『失踪日記2 アル中病棟』（描き下ろし336頁）が刊行された。同作はフリースタイルの「このマンガを読め!2014」で1位となった。