中学1年生の少年、南雲孝士は、家を火事で失い父親は失踪し、道で行き倒れているところを、女子大生の和知みねるに助けられた。事情を聞いたみねるは、孝士をそのまま女子大の学生寮女神寮の寮母へと誘い、孝士は喜んでこれを了承した。かくして孝士と癖のあるお姉さんたちによる、ハプニング続きの新生活が始まる。

声の項はテレビアニメ版の声優。年齢は原作開始時のもの単行本6巻で進級した。学部学科は単行本カバー袖、誕生日は単行本5巻に記載。

女神寮

南雲 孝士（なぐも こうし）

声 - 山田美鈴
主人公。12歳の中学1年生。誕生日は3月10日。女装が似合う美少年。母が他界している父子家庭だったが、12歳の誕生日に家が焼失した上に父が失踪、空腹で行き倒れていたところをみねるに拾われ、女神寮の管理人になる。
誠実なしっかり者で、どんな時でも他人を気づかえる優しい性格。父子家庭だったため料理も含めて家事全般が得意。その為、曲者揃いの女神寮の住人達からもすぐに信頼され、弟のように可愛がられている。しかし性的には非常に純真で、ほぼ毎回、女性陣の裸や下着姿に照れ戸惑ったり、あてなとHなアクシデントを引き起こして動揺するなどしている。カナヅチで泳げない。
寮で暮らしていくうちに、あてなを意識するようになるが、寮母という立場もあり自分の気持ちに戸惑ってしまうが、フレイの激励で立ち直っていく。

早乙女 あてな（さおとめ あてな）

声 - 七瀬彩夏
メインヒロイン。星間女子大一回生で家政学部児童学科に所属。誕生日は4月26日。
良家出身のお嬢様。女系家族な上にずっと女子校で過ごしてきた為に男性が苦手で、触れただけで鼻血を吹き出してしまう。入学当初は別の寮に住んでいたが、男の連れ込みが横行していたため退寮し、みねるに誘われて女神寮に引っ越してきた。その経験から孝士の入寮にも反対していたが、彼の誠実さを知り同居を認めた。
個性的な女神寮の住人達の中では普通で唯一の常識人で、孝士に対しては保護者目線で接しようと努めていて、彼から姉扱いしてほしいところを持つ。寮生の中では最年少であるが、みねる達の自由奔放な面にも意見を言う几帳面な言動が多いが、ドジな面もあり孝士と一緒にいる機会が多い為、彼とHなアクシデントを起こす事が多かったりしてしまう。原作後半では孝士とHなアクシデントが起きた際激怒することも多くなる。

和知 みねる（わち みねる）

声 - たかはし智秋
星間女子大四回生で理学部物質生物化学科に所属。誕生日は9月30日。女神寮の寮長で、学外にもその異名が轟くマッドサイエンティスト。
孝士を助けて寮母に誘う。裸族で寮の中では下着に白衣のみを羽織った姿で過ごすことが多く恥じらうことがない。フレイとつるんで、純真な孝士に色気でちょっかいを出すこともしばしばだが、孝士が再び中学に通えるよう働きかけるなど、彼を思う気持ちは本物である。

戦咲 きりや（せんしょう きりや）

声 - 村井理沙子
星間女子大二回生で文学部日本文学科に所属。誕生日は8月23日。実家が武道教室を営んでおり、弟が多く、一人称は「ボク」で男装が似合うボーイッシュな武闘派。
弟と組み手で遊ぶことが多かったため、孝士にも遊びで組み手を仕掛けてくることがあり、その間密着しても特に恥じらうことはない。一方で少女漫画が好きで、漫画のシーンで照れると、部屋の壁や床を腕力で壊してしまうこともしばしば。実家に弟がいる姉である矜持から、あてなと張り合い孝士の姉を自称して弟のように思っていたが、徐々に異性として意識していくようになる。

フレイ

声 - 福山あさき
星間女子大三回生で家政学部被服学科に所属。誕生日は12月12日。フレイはハンドルネームで本名不詳。大学では服飾サークルに入っている。コスプレイヤー。
衣装を自作し、自分で着たり相手に着せるのも好きだが、強引な一面も。性的に自由奔放な面があり、みねるとつるんで純真な孝士に色気でちょっかいを出すこともあるが、孝士があてなのことで思い悩んでふさぎ込んでいた時は彼を気にかけて、コスプレを通じて本音を引き出して立ち直らせるなど面倒見の良い一面も持ち合わせている。

八月朔日 せれね（ほづみ せれね）

声 - 夜道雪
星間女子大に在学中だが年齢不詳。家政学部食物学科に所属。誕生日は10月1日。みねるよりも前に入寮していることから「女神寮の主」とも呼ばれている。
感情をあまり顔に出さない一方、孝士の側で寝ようとしたり、寝ている孝士にキスしたりするなどミステリアスな部分が多い。自身の力の源と称して月に由来するものを収集する癖があり、摩訶不思議な力を持っている。一方で、寮生で1番食いしん坊で、服装は常にジャージを羽織った体操着姿など無頓着で、大学の出席数が少なく部屋が物で溢れかえっており怠惰な面が目立っている。神出鬼没で未知数のパワーを持っていることから、大学のオカルト研究部をはじめ一部の学生からUMA扱いされている。

その他の人物

香炉野 すてあ（こうろや すてあ）

声 - 南條ひかる
孝士の保育所（アニメ版では保育園）時代からの幼馴染。一人称は「オレ」の強気な性格。他人の体温さえ熱く感じるほどに熱に敏感な体質で、人に触れられる事を拒んでいる。
保育所の時代から、孝士に好意を抱いていて、前述の体質でも構わず孝士の初恋の相手の保育所の先生の髪形を真似するほど一途であるが、ツン気味に隠しており、自身の体質もあって気軽に触れ合えなかったり自分から素直に好意を示せないことを悩んでいる。強気な女子ではあるが少女漫画やメイド服など可愛いものが好きな乙女チックな一面もある。
孝士が女神寮で寮母をしていることを知ってからは寮生の面々を警戒し、特に孝士が特別懐いてるあてなに嫉妬していたが、寮生たちの面倒見の良さに心を開いていく。

神楽 うずめ（しがらき うずめ）

星間女子大生。家政学部住居学科に所属。
いつも凪野と一緒にいる。見た目は清楚だが、性格は自由奔放で男子をよく誘惑する。孝士と図書館で知り合い、後日、彼の買い出しを手伝ったことがきっかけで女神寮に暮らしてることを知る。寮生の中ではフレイと意気投合する。更に表向きは姉と弟のような関係だと自称するあてなと孝士のお互いの本心も見抜いている。

凪野 たきり（なぎの たきり）

星間女子大生。家政学部住居学科に所属。愛称は「ナギちゃん」。
いつもうずめと一緒にいる。見た目は目が合うと怖がられるギャルだが、面倒見の良い姉御肌でうずめのツッコミ役に回ったり図書館で宿題をしてる孝士に勉強を教えたりする。うずめによって孝士が女神寮に暮らしてることを知る。

健斗の姉

星間女子大生。オカルト研究部に入っている。
神出鬼没で不思議な力を持っているせれねを調査対象として追っている。孝士とは弟が家に誘う前から大学で見かけて顔を覚えており、女装が似合う彼に興味を抱く。

健斗

孝士のクラスメイトで陸上部に入っていて、星間女子大に通う姉がいる。
孝士が女神寮で寮母をしていることは知らないが、孝士が娯楽の話題に疎くなるほど毎日家事をしていることを見抜いている様子で、「オカンの匂い」がすると思っている。1度見かねて自宅に呼んだことがある。

• 日野行望『女神寮の寮母くん。』 KADOKAWA〈角川コミックス・エース〉、全9巻
• 2018年6月25日発行、ISBN 978-4-04-107050-5
• 2018年12月25日発行、ISBN 978-4-04-107727-6
• 2019年4月26日発行、ISBN 978-4-04-108137-2
• 2019年10月26日発行、ISBN 978-4-04-108698-8
• 2020年5月26日発行、ISBN 978-4-04-109450-1
• 2021年1月26日発行、ISBN 978-4-04-109451-8
• 2021年6月25日発行、ISBN 978-4-04-111483-4
• 2021年12月25日発行、ISBN 978-4-04-111827-6
• 2022年8月26日発行、ISBN 978-4-04-112634-9

2020年5月にアニメ化企画が進行していることが発表された。2021年7月から9月までAT-Xほかにて放送された。