八重桜の季節、東京都の児童相談センター職員・氷崎游子は、アルコール依存の男・駒田を警察に逮捕させ、彼に虐待され怪我を負った8歳の娘・玲子を保護する。「家族」に対して嫌悪感を持つ高校の美術教師・巣藤浚介は同僚教師で恋人の清岡美歩に生徒指導への無関心ぶりを非難され、同時に妊娠していることを告げられる。刑事の馬見原光毅は虐待被害の過去がある冬島綾女・研司の親子と擬似家族的な絆で結ばれているが、彼自身の家庭は息子・勲男の自殺めいた死以来、非行に走った娘・真弓、病に倒れた母、独りで家庭を支えようとし精神を病んだ妻・佐和子と、崩壊の状態にある。浚介は教え子の芳沢亜衣が男とホテルに行き傷害事件を起こした際、その前に浚介に強姦されたとの嘘を游子に話したことから彼女と知り合う。馬見原もまた、真弓の非行時代の担当者であり、彼の家族への態度を非難した游子との縁があった。

一方で、馬見原は裏社会に捜査情報を流して見返りに金を受け取る関係を結んでおり、その力関係を利用して、研司に重傷を負わせ刑期を終えた綾女の元夫・油井善博が親子に近づかないよう圧力をかける。また、馬見原を尊敬する若手刑事の椎村栄作は、彼との会話をヒントに頻発する動物殺し事件を独自に調べ始める。佐和子は自殺未遂と2度の入院を経て寛解し家に戻り、夫を困惑させるほどの前向きさを見せる。5月3日、いらだちを抱えながら絵画の制作をしていた浚介は、隣家の麻生家から耐えがたい悪臭が漂うことに気付き、苦情に訪れたところ中に3人の遺体を見つけてしまう。馬見原は通報を受けて現場に行き浚介と出会う。遺体は麻生家の夫婦と、そこにいない息子の祖父とみられ、生身にノコギリを引かれた末に絞殺された異様な状態であり、さらに別の部屋にカッターナイフで喉を裂き、祈りを捧げるようなポーズで死んでいる少年を発見する。現場には涙ににじんだ遺書らしきものが残され、馬見原は状況が示すものを受け入れられず困惑する。

游子は、父の介護に追われる母を気にかけながら玲子の案件に対応するが、駒田の怨みを買い施設での保護はトラブル続きとなる。浚介は遺体発見のショックを引きずり、酒に酔っていたときに少年グループに暴行を受け入院する。浚介は一時的に失った記憶が戻る過程で自己の存在に悩む中、ふと思い出した游子の名を出し、彼女は身元確認のため病院に呼び出される。記憶が回復した浚介は病院で游子と罪を犯す子供たちのことを語り合い、亜衣のことを気にかけてくれるよう頼まれる。やがて浚介は事件の後遺症で若者のグループや人ごみに恐怖を覚えるようになり、人けの少ない郊外の、自然に囲まれた古い日本家屋に引越しを決める。亜衣は学校には通っていたものの、食べたものを吐くなど摂食障害が起こる。亜衣は世界で起きている戦争被害者などに心を痛めていたが何もできない自分に悩む日々を送るなか、ホームレスに小さな親切を施す。馬見原は佐和子の調子になじめないまま、麻生家の事件捜査で、家庭内暴力を起こしていた息子・達也の犯行による一家心中と断定する捜査方針に抵抗する。被害者の家族問題の相談先を調べていた馬見原は電話相談を受け付けている山賀葉子を訪れ、対話中にかかった電話を受けた山賀の相談相手が、麻生家の事件の犯人を名乗る場面に直面する。しかし捜査の首脳陣には相手にされず、馬見原は独自捜査を始める。このとき、椎村は山賀の隣人として白蟻駆除業者の大野と知り合い、個人的に家の防除の相談をする。同じ頃馬見原は、彼に家族を壊されたと逆恨みする油井が出所して研司ら親子や、佐和子の前に現れていることを知る。

そして、浚介と担任の美歩が以前に家庭訪問をするも対話ができなかった引きこもりの生徒・実森勇治の家で、犯人は家族に「愛」を問いかけながら凄惨な拷問を加える。

実森家の事件は両親が体を焼かれた上に殺され、息子の勇治が遺書を残して自殺しており麻生家と同様無理心中と判断されたが、馬見原は引き続き外部の犯行を疑い、浚介は自分に何かできることはなかったのか、と事件を気にかける。游子は児童相談センターでの講演会場で電話相談の宣伝活動をする山賀に注意するが、その場に居合わせた駒田が騒ぎを起こした件もあり、逆に行政の不備を責められ山賀にやり込められてしまう。亜衣は、学校に来た事件取材のテレビカメラに向かって怒りをこめた暴言を吐く。その様子を見ていた浚介は、取り決めに反して取材に応じ、学校や社会にも問題があるとするコメントをして、学校に非難が殺到する騒ぎを起こし自宅謹慎を命じられる。引っ越した家で時間を持て余す浚介は、元教え子で電気工事職人をしている鈴木渓徳（ケートク）と出会い、同じ日に美歩から学校を解雇される見込みと、妊娠が狂言であったことと別れを告げられる。一方、ますます荒れる亜衣に悩む母・希久子は山賀の相談室に電話をかける。また、末期の病を抱えた椎村の父が心配する家屋の消毒を請け負った大野は、父に病を告知できず悩む椎村を励ます。綾女と研司の元には油井が現われて復縁を迫り、馬見原と対立する。佐和子はある日、馬見原の資料の中から彼が綾女たちと撮った写真を見つけてしまう。

游子は山賀が駒田を自分のもとで「勉強」させ、父親の代理として玲子の施設を訪れていることを知る。浚介は游子を家に誘い、ケートクやその家族・友人たちと交流を楽しむ。そのとき、害虫駆除の薬剤の臭いを嗅いだ浚介は、似た臭いが麻生家の現場にあったことを思い出し、馬見原に連絡する。馬見原は害虫駆除業者が事件に関わった可能性を追う。馬見原は大野についても椎村に調査させるが、その結果、大野が山賀と元夫婦であり、過去に息子の香一郎を殺害し服役した過去を持つことを知る。

游子は山賀が開く「家族の教室」を見学に訪れ、大野と出会う。駒田、そして希久子を含めた家族関係の悩みを抱えた人々の集まりでは、参加者が互いの悩みを告白し合っていたが、游子は山賀への反発心から集まりの和を乱してしまい、駒田に追い出されてしまう。浚介は亜衣のもとを訪れ相談に乗りたいと手を差し伸べるが、亜衣は過食行動に走り電話相談に暴言を吐く。亜衣は学校でもいじめを受けるようになり、倒れてしまい不登校になる。綾女の元には油井が近づき、馬見原の家庭のことを伝えて復縁を迫り、周囲の人々への危害をほのめかして彼女を犯す。

馬見原は大野のもとを訪れるが、それをきっかけに駒田は玲子を連れて逃走し、たびたびの誤解から游子を責め、あげく恐喝する。さらに性的暴行を加えようとした駒田に反撃した游子は彼の持つ刃物に刺され重傷を負う。馬見原は大野の事件を調べるため休暇を取り四国へ行くが、佐和子にせがまれて同行を許す。馬見原が裁判資料や、服役前後の大野の行動を調べると、大野夫妻は教育者として家庭の悩み相談を受けていたが、反面優等生として育っていた香一郎が恐喝を受けていることなどに気付かず、不登校と家庭内暴力に走るようになった彼を殺害したことを知る。その間、佐和子はお遍路の人々に出会い、彼らへの「お接待」のボランティアに参加し充実した時間を過ごす。その経験を経て勲男の死以来の自分の心を見つめ直した佐和子は、夫に離婚を申し出る。戸惑う馬見原は改めて妻との関係を考え直すが、綾女のことで研司が助けを求めて電話を掛けてきたために、家族で話し合う約束を破り佐和子を一人で家に帰してしまう。佐和子は落ち込みの中で飲み忘れた薬を一度に飲み、妄想にとらわれ徘徊する。

油井が綾女を襲ったことを知った馬見原が彼を捜し出して恫喝していた間に、佐和子は危うく事故に遭いかけ、娘婿の鉄哉に救われたが再々入院となってしまう。入院中の佐和子は自分の新しい生き方を模索するが、真弓は父を許さず冬島親子の件で馬見原を責める。

逃走中の駒田は大野たちの元を訪れて玲子のことを相談し、自首を勧められるが、酒を飲んで金を無心し、玲子との心中をちらつかせ元夫妻たちの息子殺しの過去を突きつけて脅す。一命を取りとめ徐々に回復した游子は、駒田が大野と山賀に玲子を託す手紙を送ってきたと聞く。

大野たちは白蟻被害の調査および家族相談のため芳沢家を訪れる。大野は芳沢家の家屋が白蟻に蝕まれているとして消毒を勧めるが、その被害は大野の偽装である。また、家族の話し合いでは、電話で家族殺しの犯人を騙っていたのが亜衣であると分かる。

油井は佐和子の様子を嘲笑うつもりで病院を訪ねるが、生き生きとした彼女の様子や、その孫の赤ん坊・碧子のほほえみのまぶしさに混乱する。暴力衝動にかられた油井は長峰にそそのかされ、馬見原の情報提供者を襲撃し重傷を負わせる。馬見原は大野たちの張り込みを始め、また上司の笹木に裏取引の件を告白し、長峰に反撃するため騙して検挙する計画を進める。

佐和子の件を知った綾女は、馬見原を頼ることをやめて故郷の富山へ帰る決意をし、彼に別れを告げる。ひそかに病院を訪ね、名乗らずに佐和子と対話した綾女は、弱さを受け入れた彼女の生き方に励まされる。引越し直前の冬島親子は、再度訪ね綾女を襲おうとする油井を二人で拒絶して追い出し、彼への恐怖を乗り越える。

浚介は弟の梓郎と11年ぶりに再会し、その頼みで久しぶりに両親に会うが、禁欲的な昔とあまりに違う現在の両親に戸惑い、口論となってしまう。落ち込んだ浚介は游子に会った際、話を聞いてもらい慰められ、自宅の部屋で二人は結ばれる。その夜、浚介のもとに亜衣から電話がかかり、両親を殺して自分も死ぬという。浚介は亜衣を説得し、馬見原と連絡を取り游子と一緒に亜衣の元へ向かう。馬見原は油井に襲撃されて重傷を負い、彼を救い出した椎村が代わりに芳沢家へ行く。

その日、大野と山賀は問題家庭を襲撃する予定が狂い、ターゲットを芳沢家に変更して侵入し、一家を拘束する。一連の事件の犯人である二人は、一家にこのような行為に至るまでの、自分たちの家族に起きた苦悩、追い詰められていった香一郎を救いたかった思い、善良な家族を救うため危害を与える家族を殺し社会を変えようと望む思いを語り、犯行はそのための「儀式」という。そして亜衣を殺す前に目の前で両親を痛めつけ、子供を命がけで庇う親の姿を見せることで、殺害前の子供に親の「愛」を目に見える形で示そうとする。両親の目を潰そうとしていたそのとき、椎村が現場に踏み込む。大野たちは浚介たちの前で亜衣を人質に取り、駒田を脅し手紙を書かせた後に殺害したことなども含めた数々の殺人を認めて富士山麓の樹海へ逃走する。大野たちは亜衣に香一郎を殺したときのことを語り、その場へ解放し姿を消す。闇の中で一人になった亜衣は殺された香一郎の心に思いを馳せる。

油井は事故死し、富山で新しい生活を始めた冬島親子の元へは、前職場で親しくしていた若田部とトムが訪ねてゆく。父親を失ったことを受け入れられない玲子に、游子はひとりぼっちにはしないと伝えなければと思う。浚介は不登校児のためのフリースクールを始め、自宅に知人たちとともに亜衣を受け入れ一緒に暮らす。明るさを身に付けた亜衣は関心を持っていた紛争地域を自分の目で見るため、カンボジアへ旅立つ。馬見原は回復し、佐和子と引き続き暮らす自宅で行われる元患者カップルの結婚式から抜け出して事件を振り返り、息子の死を自分たちの罪悪感から解放してやるときがきたと想う。