白土三平の貸本短編集『忍者旋風』（1959年）や、週刊少年マガジンに連載されていた『風の石丸』（1960年）などを原作としたテレビアニメである。番組スポンサーの藤沢薬品工業（現：アステラス製薬及び第一三共ヘルスケア）とのタイアップのため、主人公の名前（番組タイトル）が「フジ丸」と改められた。主題歌の最後にはスポンサークレジットとともに「♪フジサ〜ワ〜、フジサ〜ワ〜、藤沢や〜く〜ひ〜ん」とスポンサー名を連呼する女性コーラスが入っていた。

作品は全話モノクロで放送されたが、第1話のみモノクロ版とは別にテスト用として制作されたカラー版が存在する。また作品中にハーモニーカットの実験も行われ、注目を集めた。

また、原作を離れ、オリジナルストーリーとなった第29話から原作者としての白土の表記もなくなった。

第28話まで、番組のラストには本間千代子を聞き手に初見良昭（戸隠流34代目）が忍術を詳しく解説する実写のミニコーナー『忍術千一夜』があった。

久松文雄による漫画版が雑誌『ぼくら』に連載されていた。

物語は大きく二つに分かれる。

第1話から第28話は、白土三平の漫画「忍者旋風」のストーリーを下敷きにしており、フジ丸の生い立ちから始まり、「竜煙の書」をめぐる忍者たちの戦いを描く。赤ん坊だったフジ丸は、母が野良仕事をしている最中にワシにさらわれ、風魔十法斉率いる忍者集団の風魔一族に助けられ、少年忍者として成長する。しかし十法斉が冷酷非情の人間であり、大量殺傷兵器の製法を記した「竜煙の書」を手に入れて天下を支配しようとしているのを知り、これを阻止しようと、恐るべき秘術を持つ風魔の忍者たちや豊臣、徳川の忍者たちと死闘を繰り広げる。その間に、少女美香や身寄りのない少年太郎、わが子（フジ丸）をさらわれて自責の念にとらわれながら、それでも子を探し出そうと旅を続ける母お春などのエピソードが挿入される。

28話までの放送では、6回から10回ごとにそれまでの物語の経過を振り返る「総集編」が挿入される構成だった。

第29話から第65話（最終話）は、主人公のキャラクターをそのままに、脇役の美香と太郎をそれぞれミドリと太助に改名し、フジ丸が東映動画オリジナルの悪役と対決していくストーリー。悪役は南蛮（すなわち外国）からやってきた忍者群、忍盗羽黒族など。

• 風のフジ丸：小宮山清
• 太郎、太助(29話より変更)：芳川和子
• チョロ：山本嘉代子、芳川和子
• 美香、ミドリ(29話より変更)：加藤みどり
• ポン吉、おせん：伊藤牧子
• アイレル：中川謙二
• ガバルガ：久富惟晴
• ウィルフ：杉谷頼秀
• 山田八右衛門、マヌエル：内山森彦
• 十法斉、語り：湯浅実

「忍盗羽黒族編」の始まりの第35話からOP映像が変わって、提供は「藤沢薬品」から「フジザワ薬品」に変便される。

解説：第2期EDは3バージョン有り、第1バージョン（第11 - 16話）は前期ED映像（静止画像）を流用し歌は1コーラス、第2バージョン（第17 - 27話）は動画で歌は1コーラス、第3バージョン（第28話 - 終）は第2バージョンに新映像を追加し、2コーラスに拡大する一方、イントロはカットされた。　

参考：『東映動画アーカイブス にっぽんアニメの原点』ワールドフォトプレス、2010年。 

第29話から原作者表記が無くなる。

• 原作：白土三平 ※第28話まで
• 原案：木谷梨男、福原宗司
• 企画：飯島敬、小野沢寛、斎藤侑
• 脚本：飯島敬、志原弘、内田弘三、白川大作、谷井敬、田中実、加藤精二
• 演出：白川大作、矢吹公郎、田宮武、勝間田具治、村山鎮雄、白根徳重、真野好央、竹田満
• 美術：浦田又治 ほか
• 作画監督：楠部大吉郎、羽根章悦、大工原章、小田部羊一 ほか
• 音楽：服部公一

• NETテレビ（現：テレビ朝日）
• 北海道放送（TBS系列）：月曜 18:00 - 18:30
• 秋田放送（日本テレビ系列）：水曜 19:00 - 19:30
• 山形放送（日本テレビ系列）：木曜 18:15 - 18:45
• 仙台放送（当時は日本テレビ・フジテレビ系列）：土曜 18:15 - 18:45
• 福島テレビ（当時は日本テレビ・TBS系列）：日曜 18:00 - 18:30
• 新潟放送（TBS系列）：金曜 17:30 - 18:00（1964年8月14日まで） → 火曜 18:00 - 18:30（1964年8月25日より）
• 北日本放送（日本テレビ系列）：火曜 19:00 - 19:30
• 北陸放送（TBS系列）：火曜 18:00 - 18:30
• 名古屋放送（当時は日本テレビ・NETテレビ系列）
• 毎日放送（当時はNETテレビ系列）
• 中国放送（TBS系列）
• 九州朝日放送（1964年9月までフジテレビ系列とのクロスネット、10月以降はNETテレビ系列単独）
• 琉球放送（TBS系列）

東映系にてTVブローアップ版3本が上映されている。

• 少年忍者風のフジ丸・謎のアラビヤ人形（1964年7月21日、『まんが大行進』で公開）
• 同時上映は、『狼少年ケン』・『エイトマン』・『鉄人28号』（第1作）の3本。なお本作は1週間で上映を終了し、代わって7月28日からは『忍者部隊月光』（劇場用新作）を上映。
• 少年忍者風のフジ丸・まぼろし魔術団（1965年3月20日公開）
• 同時上映は、『ガリバーの宇宙旅行』・『狼少年ケン』の2本。
• 少年忍者風のフジ丸・大猿退治（1965年7月24日、『まんが大行進』で公開）
• 同時上映は、『狼少年ケン』・『宇宙パトロールホッパ』・『スーパージェッター』・『宇宙少年ソラン』・『噫（ああ）!吉展ちゃん』（ドキュメンタリー映画）の5本。

• 同時上映は、『狼少年ケン』・『エイトマン』・『鉄人28号』（第1作）の3本。なお本作は1週間で上映を終了し、代わって7月28日からは『忍者部隊月光』（劇場用新作）を上映。

• 同時上映は、『ガリバーの宇宙旅行』・『狼少年ケン』の2本。

• 同時上映は、『狼少年ケン』・『宇宙パトロールホッパ』・『スーパージェッター』・『宇宙少年ソラン』・『噫（ああ）!吉展ちゃん』（ドキュメンタリー映画）の5本。

• 本作のビデオソフトは、古くは1971年に東映ビデオ第4回発売作品として2万5000円で発売されており、当時はオープンリールの各方式で供給されていた。
• 1981年頃には東映芸能ビデオから、ミリオンセラー・シリーズとしてカラー版第1話を収録したVHSが1万2800円で発売されていた。
• 2005年、ウォルト・ディズニー・ジャパン株式会社から本作の第1話（モノクロ版）、第3話、第4話、第27話および「狼少年ケン」、「ハッスルパンチ」を収録したDVD-BOX「東映アニメモノクロ傑作選 Vol.1」が発売された。2006年には「フジ丸」単品でも発売された。
• 2013年、ベストフィールドから全話を収録したDVD-BOX全2巻が発売された。第1話はモノクロ版のみの収録となっている。本編後の「忍術千一夜」のコーナーは現存する26話分が収録されている。
• この他、1986年に東映ビデオから発売された「TVヒーロー主題歌全集 4 アニメ編」（VHS）と、1998年より同じく東映ビデオから発売されたリニューアル版「東映アニメ主題歌大全集」（VHS・レーザーディスク・DVD）に、OPとEDが収録、VHS版はカラー版OP・カラー版第1期ED・第2期ED第3バージョンを収録、LDとDVDはメイントラックに先述の3種類のOP・EDを収録し、ボーナストラックにはモノクロ版OP・モノクロ版第1期ED・第2期ED第1バージョン・同第2バージョン、そして「忍術千一夜」OP（2バージョン有り）を収録している。なおOPには藤沢薬品の提供クレジット（&CMソング）も収録されている。