『元祖天才バカボン』から13年ぶりのアニメ化となった本作は、1987～88年にテレビ東京で行われた『元祖』の再放送が高視聴率を獲得したことがきっかけで制作された。制作会社は東京ムービーからスタジオぴえろ（現・ぴえろ）に変更となり、以降ぴえろは全テレビシリーズの制作に関与している。監督にはタツノコプロ制作の『タイムボカンシリーズ』などギャグアニメの演出に定評のある笹川ひろしが起用され、「タツノコ系」のスタッフによってリメイクされることとなった。キャラクターデザインは『おそ松くん』に引き続き岸義之。画調は原作を尊重しつつもかなりアレンジされており、ママやハジメ、レレレのおじさんなどのサブキャラクターの造形に独自のアレンジが加えられているほか、本官さん以外にも目ン玉つながりのキャラが普通に存在する。美女キャラクターはしばしば原作と全く違う当時のアニメの美少女風の画調で描かれる。『元祖』同様に背景画は線を狂わせて描かれている。

キャストは全面的にリニューアルが行われ、パパ役は前作までパパを演じていた雨森雅司が放送6年前の1984年4月に死去したことから富田耕生に交代した。富田のキャスティングに関しては6人のベテラン声優の中からオーディションで選ばれたが、それ以前にも、第1作『天才バカボン』開始直後の1971年12月に朝日ソノラマから発売されたソノシート付き絵本「天才バカボン うたとえほん」や、本作の2年前に放送されたCM『セガ・マークIII用ソフト・天才バカボン』でもバカボンのパパを担当していた。バカボン役は山本圭子から林原めぐみ、ハジメ役は貴家堂子から坂本千夏に交代し、オリジナルキャストはママ役の増山江威子のみとなった。「本官さん」と「レレレのおじさん」は『おそ松くん』と同じキャストで千葉繁が一人二役で演じている。

『元祖』から10年以上が経過し、一家の家が洋風建築になるなど時代の変化が盛り込まれている。放映当時（バブル景気）の時事ネタも随所に盛り込まれており、放送終了時の提供クレジットの後に出てくる「次回おたのしみに」の画面では、パパがことわざや慣用句に対してツッコミを入れるのが毎回の恒例だった（例：「目は口ほどに物を言う」というが、そんな目があったら、うるさくて夜も寝られないのだ!!）。「『油を売る』というが、どっかの国の大統領は、戦争しないで油を売ればいいのだ!!」など、放送当時の時事ネタが盛り込まれることもあった。このツッコミは最終回を除く全ての放送回の分が制作されていた。ただし、本放送時は次週がプロ野球中継で放送中止となる場合はプロ野球中継の告知画面に差し替えられたため、このツッコミは放送されなかった。なお、再放送では本放送で放送できなかったこれらの放送回のツッコミも全て放送されている。

本作は1990年内に放送されたため、1・2・4作目とは異なり越年しておらず、また「正月の話」や「ご挨拶」も存在しない。

2015年6月にはアニマックスでリマスター版が初放送。2017年4月18日から2017年9月25日までテレビ大阪にて、1話を2回に分けて18分枠でリマスター版が放送された、その際CMのアイキャッチと次回予告がカットされている。

本作の次回予告はパパとバカボンの掛け合いで構成され、最後はパパの「楽しみに待つのだ」で締めとなる。なお、5作品の次回予告の中でパパ以外のキャラクターが担当したのは本作と『深夜!天才バカボン』の2作のみである。

制作局のフジテレビでの前番組は同じく赤塚の原作による『おそ松くん』であった。このため、同作品のスタッフがほぼスライドで参加しており、両作品のキャラクターが競演する特別編が製作された。

• バカボンのパパ - 富田耕生
• バカボン - 林原めぐみ
• バカボンのママ - 増山江威子
• ハジメ - 坂本千夏
• おまわりさん、レレレのおじさん - 千葉繁
• ウナギイヌ - 田原アルノ
• その他 - 緒方賢一、北村弘一、二又一成、神山卓三、水鳥鐵夫、松本梨香、八奈見乗児、滝口順平、松井菜桜子、茶風林、真柴摩利、富山敬、川久保潔、峰恵研、納谷六朗、片岡富枝、神代知衣、城山知馨夫、原田一夫、荒川太郎、鈴木勝美、今西正男、石丸博也、麻上洋子、伊倉一恵、飯塚昭三、島田敏、田中真弓、島香裕、大木民夫、矢野陽子

各種TVやCM、パチンコ版などでは、第3作の声優が多く起用されている。

• 製作 - 布川ゆうじ（スタジオぴえろ）
• 企画 - 嶋村一夫（読売広告社）
• プロデューサー - 清水賢治、立川善久（フジテレビ）、木村京太郎（読売広告社）
• アシスタントプロデューサー - 萩野賢、阪口和久
• キャラクターデザイン - 岸義之
• 美術監督 - 石津節子
• 撮影監督 - 高橋宏固
• 音楽 - 本間勇輔
• 音響監督 - 水本完
• 監督 - 笹川ひろし
• 編集 - 厨川治彦、植松淳一
• 音響効果 - 加藤昭二（アニメサウンドプロダクション）
• 広報 - 重岡由美子→名須川京子（フジテレビ）、梅崎浩志（スタジオぴえろ）
• 制作デスク - 小野達矢
• 制作 - フジテレビ、読売広告社、スタジオぴえろ

全作品とも原則としては1回で2話放送。

全46回、92話。本放送ではプロ野球中継で番組が6回休止となった 。

タイトルコールは最終回までに3回変更されている。

第1回～第13回：各サブタイトルに纏わるショートアニメ
第14回～第36回：バラバラになったピースが組み立てるとバカボンのパパの顔になる
第37回～第46回：ウナギイヌ、バカボン一家と本官が逆さまで駆けた後でレレレのおじさんの影絵が出る

フジテレビ系列の土曜18時台はローカルセールス枠のため、一部地域では遅れネットもしくは非ネットとなった。

放送日時は個別に出典が掲示されてあるものを除き、1990年12月終了時点、放送系列は放送当時のものとする。

以前はDVD-BOXがエイベックスから発売されていた。廉価版は全作ともハピネット・ピクチャーズより発売。

• 平成天才バカボン … 全12巻（各3 - 4回分ずつ収録）