越後国柏崎生まれの主人公、市九郎は、主人である浅草田原町の旗本、中川三郎兵衛の愛妾であるお弓と密通し、それが三郎兵衛の知るところとなり、手討ちされそうになる。とっさに反撃に出た市九郎は、逆に三郎兵衛を斬ってしまう。市九郎は、茶屋の女中上がりのお弓にそそのかされて出奔、中川家は家事不取締に付き、お家断絶と沙汰される。　

東山道の鳥居峠で茶屋を開いた市九郎とお弓は、表の顔は茶屋の夫婦であるが、その裏で人斬り強盗を生業として暮らしていた。

江戸出奔から3年目の春、自らの罪業に恐れをなした市九郎は、お弓の許を離れ、美濃国大垣在の真言宗美濃僧録の寺である浄願寺で、明遍大徳の慈悲によって出家を果たし、法名を了海と名乗り、滅罪のために全国行脚の旅に出た。

享保9年（1724年）8月、赤間ヶ関、小倉を経て、豊前国に入った市九郎は、宇佐八幡宮に参拝し、山国川沿いにある耆闍崛山羅漢寺を目指した。樋田郷に入った市九郎は、難所である鎖渡しで事故によって亡くなった馬子に遭遇した。そこで、その難所の岩場を掘削して、事故で命を落とす者を救おうという誓願を立てる。

近在の人々は、そんな市九郎を狂癡の僧として扱い、見向きもしなかった。しかし、それが多年にわたると、何度か石工を雇って力を合わせようとするが、難工事のゆえに、長続きすることはなく、また、市九郎一人に戻る始末であった。

月日が経って、18年目の終りになり、中津藩の郡奉行の計らいにより、ようやく石工を雇って、掘削作業を進めることができるようになった。

三郎兵衛の子、中川実之助は、父の死んだ時は3歳であった。親類の許で養育され、13歳で父の非業の死の顛末を知る。実之助は、柳生道場に入門し、19歳で免許皆伝、仇討ちのため、27歳まで諸国を遍歴し、九州に入って福岡城下から中津城下へ来た。そこで、市九郎と素性が一致する了海という僧が、山国川の難所で艱難辛苦の最中であることを知り、現場に急行する。　

市九郎は、親の仇を名乗る実之助の前で、素直に斬られることを望むが、石工たちが必死に止めに入ったため、石工の統領の計らいで、洞門の開通まで仇討ちは日延べすることとなる。実之助は、本懐を遂げる日を1日でも早めるべく、石工たちに混じって掘削を始めた。

市九郎が掘り始めてから21年目、実之助が来て1年6ヵ月、延享3年（1746年）9月10日の夜九つ近く、ようやく洞門は開通する。

約束通り市九郎は実之助に自分を討たせようとするが、市九郎の大慈大悲に心打たれた実之助は仇討ちの心を捨て、市九郎に縋り付いて号泣するのだった。

• PSYCHO-PASS サイコパス - フジテレビ「ノイタミナ」にて2012年より放送され劇場展開もされている日本のアニメーション作品。2019年3月8日に劇場上映された劇場版三部作「PSYCHO-PASS サイコパス Sinners of the System Case.3『恩讐の彼方に＿＿』」にて、登場する少女が読んでいる小説として「恩讐の彼方に」が登場。作中の重要なアイテムの一つであると同時に、映画のタイトルにも使われている。