当時の『週刊少年マガジン』編集長・宮原照夫が企画。1977年6月から1984年10月まで、毎月4冊ずつ各期100巻3期に分けて全300巻が刊行された。当初、講談社側は文庫(新書判の説もあり)での刊行を望んだが、手塚治虫からの希望でB6判での刊行となった。

• 第1期 1977年6月 - 1979年8月
• 第2期 1979年10月 - 1981年11月
• 第3期 1982年2月 - 1984年10月

そして手塚治虫の死後、1993年1月から第4期100冊の刊行が始まり、1997年12月に全400巻完結。別巻として漫画作品以外の「エッセイ」や「対談集」など18冊を含んでいる。

• 2001年3月 全400巻をデジタルデータ化し、DVD-ROM8枚のBOXに収めた『手塚治虫漫画大全集』が限定販売された。
• 2008年 オンラインで『漫画全集』を閲覧できる「手塚治虫マガジン倶楽部」（月額制）のサービスを開始した。
• 2009年 eBookJapanにて電子書籍版の販売を開始した。
• 2011年 「手塚治虫マガジン倶楽部」の英語版「Osamu Tezuka Magazine Club」がサービスを開始した。

凡例

• 通し番号は講談社全集の「MT番号」である。
• 収録・併録作品の欄が空欄になっている場合、そのタイトルには併録作品がない。不明ゆえの空欄ではないことに注意されたし。
• 初出および掲載誌/出版社の欄の年号は「初出の発表時期」を示す。これに対し発行年は「講談社手塚治虫漫画全集における発行年」を示す。
• 括弧内の文字列はその作品の「初出時の原題」を示す。
• 赤リンクからリンクを外す必要はない。

「黒人差別をなくす会」の黒人描写問題により、1990年12月には「手塚治虫漫画全集」の全巻を出荷停止した。さらに、他の出版社から出されている手塚の単行本のうち、黒人が描かれているもの全てを一時的に出荷停止する処分が取られた。絶版も危惧されたが、巻末に断り文を掲載することで理解を求め、1992年に再出荷を開始し、1993年から第4期の刊行となった。