『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』（S.A.C.）シリーズとして現在、3作品制作されている。2004年にはシリーズ第2弾『攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG』が全26話のテレビアニメ（第2シリーズ）作品として、2006年にはシリーズ第3弾『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX Solid State Society』がPPVおよびOVAの長編アニメ作品（約105分）として制作された。

さらに2011年には第3作を3D立体視アニメーション化した『攻殻機動隊 S.A.C. SOLID STATE SOCIETY 3D』が劇場公開。観客が電脳化体験できる新感覚3D立体視作品として全カットフルグレーディングし、オープニングは完全新作作画である。タイトルデザインも本作（第1シリーズ）を踏襲したものに変更され、大文字表記となっている。

なお、2020年には攻殻機動隊の新作アニメ『攻殻機動隊 SAC 2045』（シリーズ初のフル3DCGアニメーション）がNetflixで全世界独占配信された。タイトルに“SAC”が入っており、監督の一人には本シリーズの神山健治が名を連ねている。

ある夜、トグサは旧友の刑事・山口から警察内部の不穏な動きについて相談したいと連絡を受ける。だが、山口はそのまま謎の妨害によって自動車事故という形で暗殺される。公には事故死となった中、不審を抱いたトグサは、荒巻の了解を得つつ、山口が自分に託した数枚の写真を手がかりに捜査を始める。山口は6年前に起こった連続企業脅迫事件、通称「笑い男事件」の特捜部に所属しており、9課もまた改めてこの事件に着目する。やがて、笑い男事件の被害者でもあったセラノゲノミクス社（セラノ）が製造した視聴覚素子「インターセプター」が警察上層部に不正利用され、「笑い男事件」特捜部の刑事たちに極秘に埋め込まれていたことをトグサが突き止める。すべては警察上層部とセラノの利益供与の癒着が関係していた。9課の働きでシラを切れないと判断した大堂警視総監ら上層部は特捜部の長であった丹生に責任を被せ、記者会見を開く。ところが、その現場を6年ぶりに現れた「笑い男」がハッキングし、大堂の暗殺を予告する（「視覚素子は笑う」）。

荒巻は今回の殺害予告をインターセプター不正使用事件を世間の目から逸らすための警察による自作自演だと疑う。ひとまず、9課の方針として「笑い男」の容疑者として急浮上し、特捜部がマークするナナオ・Aの身辺調査が命じられる。一方、草薙は改めて6年前の笑い男事件を振りかえる。最初はセラノ社の社長、瀬良野の多額の身代金目的の誘拐事件から始まっており、その後、複数の企業に対する大々的な脅迫が行われ、犯人は多額の身代金を得たというものであった。犯人は間違いなく超特A級のハッカーにも関わらず、最初の瀬良野氏誘拐のアナクロさに引っかかりを感じた草薙は、警視総監の護衛につくことを決める（「マネキドリは謡う」）。

笑い男が総監暗殺を予告した当日。ナナオ・Aは自らが製造した遅効性ウィルスを総監のSPに感染させることによって暗殺を企む。土壇場で草薙によって暗殺は妨害されるも、そこから次々と自らを「笑い男」と名乗る男たちが大堂の命を狙い始める。銃撃で重傷を負うも何とか大堂は助かるが、有力容疑者であるナナオ・Aは既に何者かに射殺されていた。また逮捕された複数の犯人達はナナオ・Aのウィルスとは無関係であり、それぞれが、それぞれの意思に基づいて独自に犯行に及んでいた。ナナオ・A含め、この中に本物の笑い男がいるとは思えず、彼の模倣者ばかりの中、事件の謎は深まる（「模倣者は踊る」）。

世間では復活した笑い男について盛り上がっていた。草薙は、情報収集のため笑い男フリークが集うチャットルーム「LAUGHINGMAN ROOM」に参加する。様々な参加者がそれぞれの見解を語る中、その一人ベビー・ルースは最初の瀬良野氏誘拐には正義感が見えるが、その後の企業脅迫にはそれが無く、また、今回の総監暗殺予告は最初の事件に似ていると指摘する。さらにルースは、実はナナオ・Aの登録サーバーにハッキングしており、そこには遅効性ウィルスを使った企業脅迫の緻密な計画はあったが、総監暗殺計画は無かったという。ルースは瀬良野氏誘拐と総監暗殺予告こそ本物の笑い男で、それ以外は（荒巻が予想したように）警察の仕込みであり、ナナオ・Aもその手駒だったのではないかと推測する。最後、草薙はルースの見解を引き継ぐ形で、瀬良野氏誘拐と総監暗殺予告は超特A級のハッキング能力を持つ同一人物の仕業で他は模倣犯に過ぎないと総括する。と、そこで草薙はチャットルームの主催者であるオンバに意識を別空間に飛ばされ、そこで笑い男本人と思われる人物とネット上で出くわすが、そのまま接続が切れてしまい手がかりを失う（「ネットの闇に棲む男」）。

厚生労働省に大規模なハッキングが行われ、機密性の高い情報が盗まれる事件が起こる。調査の結果、ハッキング元は電脳不適応児を集めた授産施設であり、被害を受けたはずの厚生労働省の態度もおかしい。そこで荒巻はトグサに授産施設への単独での潜入捜査を命じる。独特で奇妙な施設に戸惑うトグサは、自閉した車椅子の青年アオイの面倒を任される。そのアオイのルームメイトの少年・黒羽とオンバは、授産施設の皆が尊敬するという団長の話をするなど、トグサは興味を惹かれる（また、視聴者にはオンバが、声や口調から「ネットの闇に棲む男」のチャットルームの主催者・オンバと同一人物だとわかる）。トグサは、J.D.サリンジャーの『ライ麦畑でつかまえて』の一節を見つけ、これが笑い男に関係する可能性に気づく。結局、所長に正体がバレ、トグサの内偵は失敗に終わるものの、視聴者には実はアオイこそ笑い男本人かつ、黒羽たちが話す団長の正体であり、授産施設に潜入して何らかの目的のために活動していたことが明かされる（「亜成虫の森で」）。

笑い男の狙いが厚生労働省の何らかの情報にあると睨む公安9課であったが捜査は行き詰まっていた。トグサは笑い男の狙いは紙媒体情報ではないかと疑い、膨大な紙資料の中から「村井ワクチン接種者リスト」が無くなっていることを突き止める。村井ワクチンは不治の病である電脳硬化症の特効薬で、薬効は認められるも、様々な利権が絡み、当時の審議会によって不認可となった代物であった。ところが密かに特定の人間に対して有償実験薬という名目で投与が認められており、無くなっていたのはその接種者のリストであった。トグサは村井ワクチンの情報開示と認可活動を行う民間団体「ひまわりの会」に話を聞きに行くと、当時、村井ワクチンに不認可を出した審議会理事長の今来栖から、会に接種者リストが送られてきたことを明かされる（また、接種者リストの中に今来栖の名もある）。ところが、そこに厚生労働省配下の安岡率いる実働部隊マトリが襲撃を掛け、会員は皆殺しの上で資料は奪われ、トグサもまたかろうじて脱出するも重傷を負う（「消された薬」）。

意識不明に陥ったトグサの記憶から村井ワクチンや今来栖、マトリ及び厚生労働省の暗躍を知った公安9課は事態究明のため、今来栖の行方を追う。一方、マトリにひまわりの会の殲滅を命じた厚生労働省医薬局長の新見は、旧知の今来栖の裏切りに業を煮やし、マトリに彼の行方を追わせる。実は今来栖は笑い男の脅迫を受けており、彼の目的は、かつての瀬良野氏誘拐も含め村井ワクチンが不当に不認可にされた真相を世間に暴露させることであった。今来栖の居場所を知った9課とマトリ双方の激しい身柄争奪戦が始まり、草薙とバトーはマトリの課員達を排除していく。任務を達成したかと思いきや、今来栖は別の暗殺者によって狙撃され殺されてしまう。しかし、その場には笑い男も来ており、接種者リストの原本をバトーに託して姿を消す（「置き去りの軌跡」）。

新見は配下の実働部隊に公安9課の排除を命じ抵抗を試みるが、今来栖殺害の一件などで荒巻は速やかに新見の逮捕権を取り、身柄を拘束する（ただし、その後、新見は電脳自殺を図り証人資格を喪失する）。その帰路、元首相の神崎が偶然を装って現れ、借りを返す（第19話「偽装網に抱かれて」にて荒巻の進言によって娘を助けられる）として新見の背後には連合与党幹事長の薬島がいること、彼は海上自衛軍に人脈を持ち、危険であることを密かに伝える。本部に帰ってきた荒巻であったが、そこで雑誌記者の取材より、行方不明となっていた実の兄がスラム街にて麻薬密売の容疑で逮捕されたことを知る。兄の足跡を追ってスラム街にやってきた荒巻は兄に助けられたという2人のホームレスから、麻薬取引がでっち上げであることや、その映像証拠などを教えられるが、彼らこそ新見の部下達であり、荒巻を罠に嵌めようとする。一方の草薙も、前回の騒動で破壊された義体の換装の隙を狙われ危機に陥る。荒巻はバトーの機転で救出され、草薙もまた笑い男によって助けられる。笑い男はその見返りとして、もはや自分一人ではどうしようもなく、これから自分が起こすことを黙認して欲しいと言う（「疑獄」）。

元海上幕僚長で、政界に転出後は厚生労働省の族議員として力を握った薬島が、すべての黒幕と睨む9課であったが、彼を追い込める材料が無かった。そこで今回の一連の出来事に関係しているセラノの社長で、現在は護衛という目的で警察に監視・軟禁されている瀬良野に着目する。しかし、バトーらが到着するより早く、瀬良野は笑い男によって密かに拉致されてしまう。瀬良野と笑い男は6年前の出来事について懐かしみながら話合い、その中で、実は企業脅迫事件によって薬島が身代金と政府支給金の全額を懐に入れていたことが発覚する。自分が薬島に騙されていたことを知った瀬良野は今度こそ、真相を世間に公表することを笑い男に約束する。その後、現場から立ち去る笑い男の前にバトーが立ちふさがるが、実は笑い男は草薙の変装であり、すべては今回の事件の裏を取るための策謀であった（「善悪の彼岸」）。

薬島を追い詰める証拠を集めた9課であったが、薬島が先手を打ち、公安9課の存在を世間に明らかにした上に、笑い男事件の犯人だと濡れ衣を着せる。政府は特殊部隊規制法案を通し、9課を解体しようとする。荒巻は首相に直談判し、薬島の不正の証拠を提出するも、首相はきたる衆院選への影響を考え、今、薬島を逮捕することはできず、また9課の解体は回避できないと答える（ただし、事態収束後の再建は約束する）。荒巻は草薙に「死ぬな、必ず生き延びろ」と命令する。トグサは途中で公安に逮捕され、他の主要メンバー達は本部に集まる。一方、既に海上自衛軍の特殊部隊「海坊主」が動いており、特殊部隊規制法案に基づき、9課を武力排除しようとしていた。海坊主による本部襲撃に対し、時間稼ぎを行った後、草薙らは生き延びることを最優先に、それぞれ脱出して別れる。しかし、敵の手は早く、ボーマとパズはすぐに捕まってしまう（「孤城落日」）。

荒巻は法務大臣に薬島の不正の証拠を託すなど、独自の動きを見せる。一方、海坊主はサイトーとイシカワも逮捕する。バトーは草薙のために、彼女がセーフハウスに忘れた腕時計を取りに向かうが、そこも既に海坊主によってカバーされていた。バトーは海坊主らの襲撃を受け上手く出し抜いて彼らを返り討ちにするも、残り1体の強化スーツに敗れ殺されそうになる。そこに民間に払い下げられるなどして残ったタチコマ3体が救援に現れ、バトーを助け、最期は自らを身代わりとして強化スーツを破壊する。感傷に浸るバトーの下に草薙が現れ、2人は彼女の別のセーフハウスに行く。翌朝、飛行機で脱出を図る2人であったが、既に所在は海坊主にバレており、草薙はライフル狙撃によって頭部を破壊され、バトーは叫ぶ（「硝煙弾雨」）。

一連の出来事から3ヶ月後。釈放されていたトグサは、他の仲間達の行方もわからず、行き場のない怒りに悶々とした生活を送っていた。世間では9課のクーデター計画が発覚して鎮圧されたことになっており、また、薬島は捜査の手が及ぶも、それはマスメディアと検察の功績になっていた。逮捕されても薬島は逃げ切るかもしれないと考え、ついにトグサは笑い男の模倣犯として自ら薬島を襲撃しようとする。と、そこにバトーが現れ、トグサを止める。バトーはトグサを連れ、全員無事な他の仲間達の元に連れていく。すべては荒巻の筋書きであり、どのみち世間に知られてしまった9課では今後の活動は難しく、再び秘密機関として結成し直す必要があったために、あえて首相の9課解体の命令に乗ったのであった。草薙もまた狙撃されたのはリモート操作の素体であり、生きていた。

草薙は、現実世界において本当の笑い男ことアオイに会いに行く。図書館にて草薙とアオイは会話をし、今回の出来事を総括する。情報の並列化がもたらす、オリジナル無き後に模倣者が続出した今回の出来事を何と命名するかのアオイの問いに、草薙は「スタンド・アローン・コンプレックス」と答える。と、同時に個性を得たタチコマ達を踏まえ、好奇心がその解決の糸口になるかもしれないとする。そこに荒巻が現れ、アオイを9課の9人目のメンバーにスカウトしようとするが、アオイは誘いを断り、草薙と荒巻は図書館を後にする（「公安9課、再び」）。

復活した9課が前と同じように事件捜査にあたるシーンで物語は終わる。

• 『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』（PS2、2004年3月発売）
• 『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX -狩人の領域-』（PSP、2005年9月発売）
• 『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX オンライン』（パソコン用オンラインFPS、2016年11月よりβ版サービス開始）

• パチンコ：新世紀ぱちんこCR攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX（2012年9月、オッケー.）（公式サイト）
• 京楽産業.とフィールズの合弁ブランド・オッケー.の、約7年ぶりとなる新作機種。
• パチスロ：パチスロ攻殻機動隊S.A.C.（2013年1月、サミー）

京楽産業.とフィールズの合弁ブランド・オッケー.の、約7年ぶりとなる新作機種。