近代風情の続く日本である時、文学書が全項黒く染まる異常事態が発生し、同時にそれらの文学書が始めからなかったかのように人々の記憶からも消えていった。「本の中の世界を破壊する侵蝕者」によりもたらされたこの災禍に対処すべく、「アルケミスト」と呼ばれる特殊能力者が国定図書館に派遣され、文学の力を知る「文豪」を転生させて敵を討伐することとなった。

このイントロダクションストーリーの後にプロローグ、メインストーリーそして月替わりのイベントによるストーリーなどが展開される。 舞台・テレビアニメ等のメディアミックス展開作品では、ゲームストーリーの再現や補完ではなくすべてゲームとは違うオリジナルストーリーが展開する。またストーリーの違いに伴って原作であるゲームストーリー内で明かされている各種設定（図書館の設定・有碍書の浄化方法・文豪の転生方法や存在の説明・侵蝕者のデザイン設定等）も媒体によってすべて違う独自の設定となっている。

プレイヤーは「アルケミスト」として、実在する文豪をモデルにしたキャラクターを収集、強化し、敵と戦って勝利することを目標とする。

ゲーム開始時に、あらかじめ設定されている4名の文豪の中から一人選んで転生させることができ、さらにチュートリアル終了時に固定で1名獲得できる。それ以降は「潜書」を行うことで新たな文豪を獲得することができる。

本作の企画の立案は谷口晃平によるものであり、「歴史を題材としたゲームをこれまで作ってきたので、次は文学に関するゲームを作りたい」と考えたことが本作を作るきっかけとなったと、ファミ通とのインタビューで振り返っている。

当初は文学作品のキャラクターを登場させることを考えていたが、イシイジロウの提案により、文豪を出すということに決まり、イシイが示した方向性を基に谷口らがキャラクターの設定を組み立てていくという手法がとられた。イシイはファミ通とのインタビューのなかで、「谷口らがキャラクターが文豪を直接名乗るか否かについて悩んでいた」と述べており、小説の登場人物をゲームキャラクター化するのも新しいが、イシイは文豪本人を見てみたいと考えていたので、少し変えてもいいから文豪本人を直接出してほしいと頼んだと振り返っている。

音楽はノイジークロークの代表取締役である坂本英城が担当しており、坂本の妻がDMM GAMESの作品のファンであることがきっかけで本作にかかわったと谷口はインタビューの中で述べている。

本作のプロデューサーである谷口は前述のインタビューの中でインターネットでの反響が予想以上に大きく、好意的に受け止めてくれる文学館も多かったと述べており、文豪が手にしている書籍を調べ上げるユーザーもいると話した。イシイも自身に声をかけた者の反応から、代表作として認知されていると感じているとインタビューの中で述べている。

翻訳家で青空文庫にも関わる大久保ゆうは、自身のツイッターで、「文アル」の影響なのかわからないが、青空文庫の収録が少なかった作家の作品が、最近少しずつ新たに作業されるようになってきていると報告した。NHKのニュースサイトでは、青空文庫で北原白秋に連なる作家などこれまで少なかった作品の入力・校正が増え始めた背景に「文豪とアルケミスト」の影響があること、作家の文学館を訪れる若い女性が増えたこと、ゲームのユーザーが青空文庫を読み、入力ボランティアをはじめていることを報じた。

日本共産党機関紙「しんぶん赤旗」は、本作の名前を直接出すことは避けたものの、「ネットゲームを通じて小林多喜二に興味を持つ人が増えている」と報じた。それに対し、ネットでは「多喜二を政治利用するな」「多喜二が左翼だって知ってるのは左翼だけ」などの声を上げるユーザーが現れ炎上した。しかし、リテラはこの反応について、「多喜二という作家と政治性は切り離しようがない。彼の作品群はその政治思想と活動のなかから生み出されたものであり、その政治性は、どう考えても作品群、そして多喜二自身のコアの部分だ。そこを取り上げたから『政治利用だ』などというのは、逆に小林多喜二という作家を愚弄する言動だろう」と評し、さらに「DMMが主張する『政治色の強い媒体へのゲーム・名称・個人のイラスト等の掲載はいかなる場合も許諾しない』という主張は筋が通らない。というのも、DMMは現在、靖国神社が関わるイベントと『刀剣乱舞』をコラボさせ問題となっているからだ」と、DMMのダブルスタンダードな運営を批判した。

公式イベントとしては、池袋ニコ生本社にて公式ニコ生放送を定期的に開催している。一般観覧者を招待制で募集し、公開生放送形式で配信している。イベントには出演声優がゲストとして出演し、トークや公開生アフレコが行われるほか、ゲームの最新情報が発表される。

その他、企画イベントも開催されている。2018年8月19日にはAetas企画・主催・制作によるゲーム音楽コンサート『Music 4Gamer』シリーズの第3弾として、『Music 4Gamer #3 「文豪とアルケミスト」オーケストラコンサート』がサントリーホールにて開催された。東京交響楽団、東響コーラス、ヴァイオリニストの松原まりの演奏に加え、幕間には朗読とトークコーナーにて小野坂昌也、小西克幸、野島健児が出演した。

2019年8月24日には朗読イベント『文豪とアルケミスト 文士劇 夏夜怪綺談』が日本教育会館一ツ橋ホールにて開催された。5月29日に朗読CDの第7〜9弾が発売されたことを記念して行われたもので、朗読とトークコーナーにて浪川大輔、斉藤壮馬、内田雄馬、野島健児が出演した。

2022年10月9日には朗読イベント第2弾『文豪とアルケミスト　錦秋文士劇』が日本教育会館一ツ橋ホールにて開催された。昼の部「潜書編」と夜の部「談論編」に分けて開催され、潜書編では諏訪部順一と三木眞一郎、談論編では渡辺拓海と白井悠介がそれぞれ出演した。

作中の文豪と縁のある記念館と公式コラボレーション企画を行っている。

• 武者小路実篤記念館（東京都調布市）とのコラボレーション企画が2017年8月2日から8月27日の期間に開催された。開催中には武者小路実篤の声優を担当したKENNによる詩の朗読の放送や、コラボグッズの販売、登場キャラクターの等身大パネルの展示などが行われた。また、2018年11月3日から12月9日にかけて、2度目のコラボレーション企画が実施された。
• 菊池寛記念館（香川県高松市）とのコラボレーション企画が2017年9月16日から10月22日の期間に開催された。開催中には特別展示や登場キャラクターの等身大パネルの展示が行われた。また、2018年11月20日から12月26日にかけて、2度目のコラボレーション企画を実施された。
• 2017年10月31日、新潮社とDMM GAMESは都内で記者発表会を行い、新潮社による各種コラボレーションを発表した。発表会では太宰治、谷崎潤一郎らの生原稿が紹介され、アンソロジー書籍「『文豪とアルケミスト』文学全集」の発売や新潮文庫の文学作品6タイトルの限定コラボカバーが公表された。また、11月22日から26日にかけて「文豪たちと新潮社」展が神楽坂「la kagu」で行われた。会場には新潮社ゆかりの文豪の新発見資料が文豪とアルケミストに登場する文豪たちのパネルとともに展示された。
• 石川県金沢市と金沢文化振興財団主催による観光スタンプラリータイアップ企画「金沢三文豪×文豪とアルケミスト」が2018年3月3日から3月31日まで開催された。徳田秋聲記念館、室生犀星記念館、泉鏡花記念館の3ヶ所を会場とし、記念品として描きおろしポストカードとゲーム内で使用できるアイテムおよび内装が配布された。
• スイーツパラダイスとのコラボレーションによるコラボカフェが上野ABAB店、町田モディ店、四条河原町店の3店舗にて2018年6月から7月にかけて開催された。会期中はコラボメニューの提供やコラボグッズの販売が行われた。
• 市立小樽文学館（北海道小樽市）とのタイアップ企画が2018年8月4日から10月28日まで開催された。開催中には特別展示や登場キャラクターのパネルの展示が行われた。
• 観光スタンプラリー「おおいそめぐり 2018 スタンプラリー」（神奈川県中郡大磯町）とのタイアップ企画が2018年9月28日から10月28日まで開催された。島崎藤村ゆかりの地を巡る趣旨のもと、旧島崎藤村邸や鴫立庵などに登場キャラクターのパネルの展示が行われるほか、記念品としてキャラクターのしおりが配布された。
• 富士ソフト開発のはがき作成ソフトウェア「筆ぐるめ」とのコラボレーションによるPC向けソフト「筆ぐるめ 26 年賀状×文豪とアルケミスト」が2018年11月1日から2019年1月15日まで期間限定で配信された。キャラクターを使用したデザインプレートを収録しているほか、購入特典として限定内装のシリアルコードが付属する。
• 新宿区とのタイアップイベントが2019年7月30日から9月8日まで開催された。新宿区立漱石山房記念館と新宿歴史博物館を会場とし、特設展の開催と描き下ろしパネルの展示が行われた。また、両施設でスタンプを集めると記念品としてクリアファイルが、アンケートに回答すると缶バッジが、それぞれ配布された。
• カフェコムサとのコラボレーションによるコラボカフェが全国7店舗にて2019年8月から9月にかけて開催された。会期中はキャラクターをイメージしたケーキとドリンクセットの提供やコラボグッズの販売が行われた。
• さいたま文学館（埼玉県桶川市）とのタイアップ企画「太宰治と埼玉の文豪展」が2020年1月18日から2月28日まで開催された。開催中には特別展示や登場キャラクターの等身大パネルの展示、併設のカフェでのコラボドリンクの提供、限定缶バッジの販売などが行われたほか、記念品としてポストカードが、アンケートに回答すると特製しおりが、それぞれ配布された。また、1月26日には記念トークイベント「文学・文豪を後世に伝えていくこと」が館内文学ホールにて行われ、プロデューサーの谷口晃平らが登壇した。当初開催期間は3月8日までの予定だったが、1月に発生した新型コロナウイルスの感染拡大防止策として展示室が3月16日まで休室となったため、2月28日をもって企画自体が打ち切りとなった。

2020年4月から8月までテレビ東京ほかにて『文豪とアルケミスト 〜審判ノ歯車〜』のタイトルで放送された。

新型コロナウィルスの影響で4月24日、5月1日両日は第2話・第3話の再放送となった。