連載当初のタイトルには『新世紀』がついておらず、月刊少年エース1995年9月号からタイトルが『新世紀エヴァンゲリオン』になった。連載当初は毎号掲載されていたが、アニメ終了後から1年以上の長期休載が3度あり、順調でも隔月掲載ペースなど、原作のある漫画としては進行が遅く、単行本も2年から3年に1冊刊行のペースとなった。2013年6月4日発売の『ヤングエース』7月号で最終回を迎え、足かけ19年の長期連載作品となった。その最終回が掲載された号は完売が続出し、8月号で再掲載に至った。

「漫画版」と称されてはいるがアニメの原作ではなく、テレビシリーズと旧劇場版（第25話・第26話）の原案・脚本を元にしたコミカライズ作品である。また、『ヤングエース』での再開前、雑誌の公式サイトで公開された作者インタビュー記事では「あくまでTVシリーズと旧劇場版をコミカライズしたもの」であるため、新劇場版の追加要素を入れるつもりはない旨を語っていた。

基本線はアニメを踏襲しつつも、コミカライズにあたり執筆を手掛ける貞本によって、ストーリー進行やキャラクターの性格に独自の解釈がなされ再構成されている。貞本はアニメと漫画のフォーマットの違いを意識し、対象年齢を14、5歳に想定しつつも「難しすぎて下がらない」と語ったうえで、「神の視点」であるアニメに対して、少ない情報量で分かりやすくし、主人公の心の流れを軸にエヴァの世界観を見ることを心がけた。特に、渚カヲルに関しては登場時期や碇シンジとの関係性、性格なども大幅に変更されている。漫画版ではサンダルフォン、マトリエル、イロウル、レリエルの4体の使徒が削られているため、使徒の数は（リリン＝人類を除き）全13体である。終盤の展開は旧劇場版『Air/まごころを、君に』を基にしているが、結末はシンジが再生された世界で未来へ歩み出すという独自の物になっている。なお、単行本最終巻では、本編終了後に番外編（EXTRA STAGE）として、大学時代の碇ユイと六分儀ゲンドウ、新劇場版に登場した真希波マリを描いた、1話読み切りの短編描き下ろしエピソード「夏色のエデン」が追加された。

貞本はこの漫画版執筆のために、原作アニメにはキャラクターデザインと作画の一部しか関わっていない。ただし、初期にはアイデア出しなどで第6話までは何らかの形でかかわっている。また、第24話は作画監修をしている。

西暦2015年、14歳の少年・碇シンジは10年以上前に彼を捨てた父・碇ゲンドウに突然呼び出され、謎の生命体・使徒に襲撃される第3新東京市で、それを殲滅するエヴァンゲリオン（EVA）の初号機に乗り戦うよう命じられる。シンジは父を憎みながらも反発心から乗る決意をし、恐怖に耐えながら使徒に挑む。所属組織NERVの上司である葛城ミサトと同居することになったシンジは、ミサトに反発して家出するなど葛藤しながらもEVAパイロットを続け、ミサトや同級生の鈴原トウジ、相田ケンスケらと親しくなってゆく。同時に、シンジはもうひとりのパイロット・綾波レイと交流し、寡黙な彼女にとまどいながらも、共に困難な戦いを乗り越え心を通わせる。

その後、新たなパイロット惣流・アスカ・ラングレーが加わり、彼女もミサト宅に同居する。同時期にミサトの元恋人でNERV職員の加持リョウジが日本に帰還する。彼のスパイ活動を知り問い詰めるミサトに、加持はNERV本部内に極秘に隠された第1使徒・アダムの存在を教えるが、偶然その場にいたシンジもそれを知ってしまう。加持はシンジに、ゲンドウがゼーレという組織をバックに持ち、死海文書という予言書に従った計画を進めていると説明、シンジはEVAを作り出したのが自分の母・碇ユイであると知り、彼女が実験中に幼い自分の目の前で消滅したことを思い出す。後日、EVA3号機のパイロットにトウジが選ばれ、彼の乗る3号機が突然使徒に取りつかれる。対決するシンジがトウジを案じて闘いを拒絶したため、ゲンドウは実験中のダミーシステムを作動させて初号機を動かし、使徒殲滅と同時にトウジは死亡する。

シンジはゲンドウに憤り、パイロットを辞してNERVを離れようとするが、その矢先新たな使徒が襲来する。シンジは加持に説得され再び初号機に乗るが、使徒を捕食して覚醒した初号機に取り込まれ戻れなくなる。その間、ゼーレはゲンドウに不信を抱き、計画の切り札となる少年タブリスこと渚カヲルを目覚めさせ、NERVに新たなパイロットとして送り込む。シンジは初号機内で母ユイと対話する夢をみたあと、レイたちの祈りに応えるように機外の世界へと戻る。一方で加持はスパイ活動の狭間で危機に陥り、ミサトに機密データを託して殺害される。やがて使徒による精神汚染で正気を失い、寝たきりとなったアスカに代わり、カヲルが正式なNERVのパイロットとなる。

ある日使徒との対戦でレイは精神を侵蝕され、心に秘めたシンジへの独占欲に向き合わされ苦悩する。使徒の侵蝕はカヲルや助けに入ったシンジにまでおよび、レイは使徒を自身に封じ込めて自爆する。シンジはレイの死に苦悩し、軽くあしらうカヲルに激怒するが、自宅に帰ることも辛く感じて、カヲルの部屋に一時身を寄せる。一方、使徒を通じてシンジを思うレイの感情が流れ込んだカヲルは、人の抱く愛情に興味を惹かれ、シンジからの好意を求める。数日後、生き返ったレイが現れるが、彼女は一連の記憶を持たなかった。戸惑うシンジとミサトに対し、エヴァ開発の機密を知る赤木リツコは、レイと同じ姿であるが魂の無い、ダミーシステムの器となる人体の大群を見せ、今いるレイはスペアであるその一体に魂を宿らせたものだと告げ、ゲンドウの裏切りにあった苦悩からそれらを壊す。やがてカヲルはゼーレの命令により、使徒としての正体を現しNERV本部を襲撃するが、そこに隠されているのが実はアダムではなくリリスであるために目的を果たせないと知る。カヲルはシンジの手で殺されることを望み、受け入れたシンジは初号機の手で彼を殺す。度重なる苦悩にシンジが戦うことへの疑問を抱き気力を失う中、ゼーレはついに補完計画を実行すべくNERVの権限を破棄し、本部を襲撃させる。

アメリカでは、ビズメディアより複数のバージョンで刊行されている。初めに、通常版第1期が1998年12月6日から2003年5月にかけて第1 - 7巻まで発行された。次に、Special Collector's Editionが2002年2月1日から2003年5月にかけて第1 - 7巻まで発行された。現在広く手に入るものは通常版第2期リリースのものであり、こちらは第1 - 11巻まで発行されている（2004年3月24日 - ）。基本的にはアメリカ版の表紙は日本版と同じものが使われているが、通常版第2期の第2巻の表紙のみ日本版とは違うものが使われている。台湾では、台湾東販から第6巻まで出版された後、台湾国際角川書店に版権が回収され、以降は同社より出版されている。

• 貞本義行『新世紀エヴァンゲリオン』 1巻（初版第18刷）、角川書店〈角川コミックス・エース〉、1995年9月1日。ISBN 4-04-713115-6。 
• 貞本義行『新世紀エヴァンゲリオン』 2巻（初版第12刷）、角川書店〈角川コミックス・エース〉、1996年3月12日。ISBN 4-04-713132-6。 
• 貞本義行『新世紀エヴァンゲリオン』 3巻（初版第9刷）、角川書店〈角川コミックス・エース〉、1996年11月7日。ISBN 4-04-713165-2。 
• 竹熊健太郎、庵野秀明『庵野秀明 パラノ・エヴァンゲリオン』太田出版〈¥800本〉、1997年3月。ISBN 4-87233-316-0。